PDB-8rz3: Structures of Se- glycosyltransferase SenB from Variovorax paradoxus

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 8rz3

タイトル

Structures of Se- glycosyltransferase SenB from Variovorax paradoxus

要素

TIGR04348 family glycosyltransferase

キーワード

STRUCTURAL PROTEIN / C-Se bond formation / glycosyltransferase

機能・相同性

Putative glycosyltransferase / Glycosyl transferase, family 1 / Glycosyl transferases group 1 / glycosyltransferase activity / URIDINE-DIPHOSPHATE-N-ACETYLGLUCOSAMINE / TIGR04348 family glycosyltransferase

機能・相同性情報

生物種

Variovorax paradoxus (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.15 Å

データ登録者

Ma, Y.Y. / Gao, Y. / Xu, S.H.

資金援助

中国, 2件

引用

ジャーナル: Heliyon / 年: 2024
タイトル: Structures of SenB and SenA enzymes from Variovorax paradoxus provide insights into carbon-selenium bond formation in selenoneine biosynthesis.
著者: Xu, S. / Zhao, J. / Liu, X. / Yang, X. / Xu, Z. / Gao, Y. / Ma, Y. / Yang, H.

履歴

登録	2024年2月12日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2024年9月11日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2024年9月18日	Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	8rz3.cif.gz	193.8 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb8rz3.ent.gz	153.2 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	8rz3.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/rz/8rz3 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/rz/8rz3	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	8ryzC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#254 - 2021年2月セルロース合成酵素 (Cellulose Synthase) 類似性 (2)

登録構造単位

A: TIGR04348 family glycosyltransferase

B: TIGR04348 family glycosyltransferase

C: TIGR04348 family glycosyltransferase

ヘテロ分子

108 kDa, 3 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: TIGR04348 family glycosyltransferase

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
根拠: gel filtration
35.9 kDa, 1 ポリマー
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2

B: TIGR04348 family glycosyltransferase

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
35.9 kDa, 1 ポリマー
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3

C: TIGR04348 family glycosyltransferase

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
35.9 kDa, 1 ポリマー
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単位格子

Length a, b, c (Å)	107.898, 56.323, 108.045
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.94, 90.00
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1

#1: タンパク質	TIGR04348 family glycosyltransferase 分子量: 35325.277 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Variovorax paradoxus (バクテリア) 遺伝子: JF629_18585 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A952K6X5
#2: 化合物	ChemComp-UD1 / URIDINE-DIPHOSPHATE-N-ACETYLGLUCOSAMINE / UDP-GlcNAc 分子量: 607.354 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₇H₂₇N₃O₁₇P₂ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 180 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 3.1 Å³/Da / 溶媒含有率: 60.29 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法詳細: 50 mM magnesium sulfate hydrate, 50 mM HEPES sodium pH 7.0, and 1.6 M lithium sulfate monohydrate

-
データ収集

回折	平均測定温度: 80 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL19U1 / 波長: 0.979183 Å
検出器	タイプ: DECTRIS EIGER R 4M / 検出器: PIXEL / 日付: 2023年10月6日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.979183 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.15→49.87 Å / Num. obs: 71180 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 6.3 % / R_merge(I) obs: 0.15 / Net I/σ(I): 8.2
反射シェル	解像度: 2.15→2.18 Å / R_merge(I) obs: 0.96 / Num. unique obs: 2762

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	(1.20.1_4487: ???)	精密化
XDS		データスケーリング
HKL-3000		データ収集
Coot		モデル構築
HKL-3000		データ削減
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 2.15→48.62 Å / SU ML: 0.29 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 0 / 位相誤差: 27.65 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2856	3635	5.11 %
R_work	0.2367	-	-
obs	0.2392	71108	99.9 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.15→48.62 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	7239	0	117	180	7536

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.008	7534
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.024	10264
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	11.167	1076
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.052	1164
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.009	1352

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.15-2.18	0.3027	147	0.2275	2615	X-RAY DIFFRACTION	100
2.18-2.21	0.2765	108	0.2253	2595	X-RAY DIFFRACTION	100
2.21-2.24	0.2578	147	0.2253	2552	X-RAY DIFFRACTION	100
2.24-2.27	0.2932	117	0.2184	2579	X-RAY DIFFRACTION	100
2.27-2.31	0.2691	133	0.2143	2596	X-RAY DIFFRACTION	100
2.31-2.35	0.2593	132	0.2152	2618	X-RAY DIFFRACTION	100
2.35-2.39	0.262	117	0.2129	2587	X-RAY DIFFRACTION	100
2.39-2.43	0.2758	160	0.2158	2544	X-RAY DIFFRACTION	100
2.43-2.48	0.3069	164	0.228	2564	X-RAY DIFFRACTION	100
2.48-2.53	0.3085	105	0.2448	2608	X-RAY DIFFRACTION	100
2.53-2.58	0.2893	134	0.2475	2574	X-RAY DIFFRACTION	100
2.58-2.64	0.3173	175	0.2436	2570	X-RAY DIFFRACTION	100
2.64-2.71	0.2856	147	0.2405	2575	X-RAY DIFFRACTION	100
2.71-2.78	0.3101	145	0.2445	2554	X-RAY DIFFRACTION	100
2.78-2.86	0.3546	123	0.2741	2606	X-RAY DIFFRACTION	100
2.86-2.96	0.3297	146	0.2886	2604	X-RAY DIFFRACTION	100
2.96-3.06	0.3805	140	0.299	2557	X-RAY DIFFRACTION	100
3.06-3.18	0.3152	146	0.3047	2621	X-RAY DIFFRACTION	100
3.18-3.33	0.3982	154	0.2915	2570	X-RAY DIFFRACTION	100
3.33-3.5	0.3496	132	0.2777	2612	X-RAY DIFFRACTION	100
3.5-3.72	0.2858	141	0.2525	2631	X-RAY DIFFRACTION	100
3.72-4.01	0.2617	149	0.2373	2590	X-RAY DIFFRACTION	100
4.01-4.42	0.2379	131	0.2074	2597	X-RAY DIFFRACTION	100
4.42-5.05	0.245	150	0.1928	2647	X-RAY DIFFRACTION	100
5.05-6.36	0.2625	128	0.2141	2670	X-RAY DIFFRACTION	100
6.37-48.62	0.2029	164	0.1828	2637	X-RAY DIFFRACTION	98

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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