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万見
- PDB-8ryk: IL-1beta in complex with macrocyclic peptide hit -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8ryk
タイトルIL-1beta in complex with macrocyclic peptide hit
要素
  • Interleukin-1 beta
  • Macrocyclic peptide
キーワードCYTOKINE / Peptide Discovery Platform
機能・相同性
機能・相同性情報


positive regulation of T cell mediated immunity / positive regulation of cell adhesion molecule production / negative regulation of adiponectin secretion / monocyte aggregation / negative regulation of lipid metabolic process / smooth muscle adaptation / positive regulation of lipid catabolic process / negative regulation of D-glucose transmembrane transport / regulation of nitric-oxide synthase activity / hyaluronan biosynthetic process ...positive regulation of T cell mediated immunity / positive regulation of cell adhesion molecule production / negative regulation of adiponectin secretion / monocyte aggregation / negative regulation of lipid metabolic process / smooth muscle adaptation / positive regulation of lipid catabolic process / negative regulation of D-glucose transmembrane transport / regulation of nitric-oxide synthase activity / hyaluronan biosynthetic process / positive regulation of T-helper 1 cell cytokine production / positive regulation of complement activation / : / cellular response to interleukin-17 / positive regulation of RNA biosynthetic process / positive regulation of tight junction disassembly / positive regulation of prostaglandin biosynthetic process / negative regulation of gap junction assembly / positive regulation of immature T cell proliferation in thymus / vascular endothelial growth factor production / positive regulation of prostaglandin secretion / positive regulation of neuroinflammatory response / positive regulation of platelet-derived growth factor receptor signaling pathway / regulation of defense response to virus by host / fever generation / positive regulation of fever generation / regulation of establishment of endothelial barrier / CLEC7A/inflammasome pathway / Interleukin-1 processing / negative regulation of synaptic transmission / response to carbohydrate / positive regulation of monocyte chemotactic protein-1 production / interleukin-1 receptor binding / positive regulation of heterotypic cell-cell adhesion / positive regulation of macrophage derived foam cell differentiation / positive regulation of p38MAPK cascade / positive regulation of membrane protein ectodomain proteolysis / positive regulation of vascular endothelial growth factor receptor signaling pathway / positive regulation of granulocyte macrophage colony-stimulating factor production / regulation of canonical NF-kappaB signal transduction / interleukin-1-mediated signaling pathway / response to ATP / Interleukin-10 signaling / positive regulation of cell division / regulation of neurogenesis / positive regulation of vascular endothelial growth factor production / negative regulation of extrinsic apoptotic signaling pathway in absence of ligand / negative regulation of MAP kinase activity / Pyroptosis / ectopic germ cell programmed cell death / negative regulation of lipid catabolic process / regulation of ERK1 and ERK2 cascade / Purinergic signaling in leishmaniasis infection / positive regulation of epithelial to mesenchymal transition / positive regulation of T cell proliferation / extrinsic apoptotic signaling pathway in absence of ligand / JNK cascade / positive regulation of glial cell proliferation / neutrophil chemotaxis / embryo implantation / negative regulation of insulin receptor signaling pathway / positive regulation of interleukin-2 production / response to interleukin-1 / positive regulation of mitotic nuclear division / regulation of insulin secretion / secretory granule / positive regulation of protein export from nucleus / cytokine activity / positive regulation of interleukin-8 production / astrocyte activation / positive regulation of JNK cascade / positive regulation of non-canonical NF-kappaB signal transduction / cytokine-mediated signaling pathway / negative regulation of neurogenesis / positive regulation of interleukin-6 production / positive regulation of type II interferon production / Interleukin-1 signaling / cellular response to mechanical stimulus / positive regulation of inflammatory response / positive regulation of angiogenesis / positive regulation of NF-kappaB transcription factor activity / positive regulation of nitric oxide biosynthetic process / integrin binding / cellular response to xenobiotic stimulus / cell-cell signaling / cellular response to lipopolysaccharide / Interleukin-4 and Interleukin-13 signaling / response to lipopolysaccharide / positive regulation of canonical NF-kappaB signal transduction / lysosome / positive regulation of phosphatidylinositol 3-kinase/protein kinase B signal transduction / positive regulation of ERK1 and ERK2 cascade / positive regulation of MAPK cascade / defense response to Gram-positive bacterium / immune response / positive regulation of cell migration / inflammatory response / protein domain specific binding / negative regulation of cell population proliferation / apoptotic process
類似検索 - 分子機能
Interleukin-1 propeptide / Interleukin-1 propeptide / Interleukin-1 conserved site / Interleukin-1 signature. / Interleukin-1 homologues / Interleukin-1 family / Interleukin-1 / 18 / Cytokine IL1/FGF
類似検索 - ドメイン・相同性
Interleukin-1 beta
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
synthetic construct (人工物)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.8 Å
データ登録者Rondeau, J.-M. / Lehmann, S.
資金援助1件
組織認可番号国
Not funded
引用
ジャーナル: J.Med.Chem. / 年: 2024
タイトル: Ligandability Assessment of IL-1 beta by Integrated Hit Identification Approaches.
著者: Vulpetti, A. / Rondeau, J.M. / Bellance, M.H. / Blank, J. / Boesch, R. / Boettcher, A. / Bornancin, F. / Buhr, S. / Connor, L.E. / Dumelin, C.E. / Esser, O. / Hediger, M. / Hintermann, S. / ...著者: Vulpetti, A. / Rondeau, J.M. / Bellance, M.H. / Blank, J. / Boesch, R. / Boettcher, A. / Bornancin, F. / Buhr, S. / Connor, L.E. / Dumelin, C.E. / Esser, O. / Hediger, M. / Hintermann, S. / Hommel, U. / Koch, E. / Lapointe, G. / Leder, L. / Lehmann, S. / Lehr, P. / Meier, P. / Muller, L. / Ostermeier, D. / Ramage, P. / Schiebel-Haddad, S. / Smith, A.B. / Stojanovic, A. / Velcicky, J. / Yamamoto, R. / Hurth, K.
#1: ジャーナル: Nat Commun / 年: 2023
タイトル: Discovery of a selective and biologically active low-molecular weight antagonist of human interleukin-1beta.
著者: Hommel, U. / Hurth, K. / Rondeau, J.M. / Vulpetti, A. / Ostermeier, D. / Boettcher, A. / Brady, J.P. / Hediger, M. / Lehmann, S. / Koch, E. / Blechschmidt, A. / Yamamoto, R. / Tundo ...著者: Hommel, U. / Hurth, K. / Rondeau, J.M. / Vulpetti, A. / Ostermeier, D. / Boettcher, A. / Brady, J.P. / Hediger, M. / Lehmann, S. / Koch, E. / Blechschmidt, A. / Yamamoto, R. / Tundo Dottorello, V. / Haenni-Holzinger, S. / Kaiser, C. / Lehr, P. / Lingel, A. / Mureddu, L. / Schleberger, C. / Blank, J. / Ramage, P. / Freuler, F. / Eder, J. / Bornancin, F.
履歴
登録2024年2月9日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02024年5月22日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年6月5日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation_author.identifier_ORCID

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Interleukin-1 beta
B: Interleukin-1 beta
C: Macrocyclic peptide
D: Macrocyclic peptide


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)39,0124
ポリマ－39,0124
非ポリマー00
水3,333185
1
A: Interleukin-1 beta
C: Macrocyclic peptide


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)19,5062
ポリマ－19,5062
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1360 Å2
ΔGint-7 kcal/mol
Surface area9250 Å2
手法PISA
2
B: Interleukin-1 beta
D: Macrocyclic peptide


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)19,5062
ポリマ－19,5062
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1460 Å2
ΔGint-7 kcal/mol
Surface area9390 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)58.777, 67.394, 80.219
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

-
要素

#1: タンパク質 Interleukin-1 beta / IL-1 beta / Catabolin


分子量: 17395.832 Da / 分子数: 2 / 断片: Fab light-chain / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: Mature human Interleukin-1beta / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: IL1B, IL1F2 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P01584
#2: タンパク質・ペプチド Macrocyclic peptide


分子量: 2110.266 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 185 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.16 Å3/Da / 溶媒含有率: 43.15 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 5 / 詳細: 0.1M citrate pH 5.0, 1.6M ammonium sulfate

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X10SA / 波長: 1.00004 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年7月13日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.00004 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.8→51.601 Å / Num. obs: 30169 / % possible obs: 99.8 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 6.5 % / CC1/2: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.102 / Rrim(I) all: 0.111 / Net I/σ(I): 10.5
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. unique obsCC1/2Rrim(I) all% possible all
1.8-1.856.21.741.1122010.5841.90199.9
1.85-1.91.5511.3421380.6981.68899.9
1.9-1.951.0591.9620770.7851.14699.7
1.95-2.010.8492.4320330.870.919100
2.01-2.080.5973.2519570.9350.64899.8
2.08-2.150.4693.9319140.9560.509100
2.15-2.230.4314.2118420.9650.47199.5
2.23-2.320.3655.5517530.960.39799
2.32-2.430.2566.9717070.9810.278100
2.43-2.550.2247.8616280.9860.242100
2.55-2.680.16610.1415740.9920.18199.9
2.68-2.850.1312.4614700.9940.142100
2.85-3.040.09216.5713780.9970.1100
3.04-3.290.0722.0913150.9980.07699.8
3.29-3.60.05725.7312030.9980.062100
3.6-4.020.0528.0611020.9990.054100
4.02-4.650.03834.389710.9990.04199.9
4.65-5.690.03634.468400.9990.039100
5.69-8.050.03631.266700.9990.0499.9
8.05-51.6010.02538.2739610.028100

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
BUSTER2.11.7精密化
XSCALEOct. 15, 2015データスケーリング
XDSOct. 15, 2015データ削減
PHASER2.8.2位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 1.8→47.41 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.956 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.937 / SU R Cruickshank DPI: 0.149 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / SU R Blow DPI: 0.155 / SU Rfree Blow DPI: 0.141 / SU Rfree Cruickshank DPI: 0.138
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.248 1509 5 %RANDOM
Rwork0.209 ---
obs0.211 30168 99.8 %-
原子変位パラメータBiso mean: 41.47 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.3147 Å20 Å20 Å2
2---2.1031 Å20 Å2
3---1.7884 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error obs: 0.28 Å
精密化ステップサイクル: 1 / 解像度: 1.8→47.41 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2438 0 289 185 2912
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数Restraint functionWeight
X-RAY DIFFRACTIONt_bond_d0.012797HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_angle_deg1.233778HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_dihedral_angle_d952SINUSOIDAL2
X-RAY DIFFRACTIONt_incorr_chiral_ct
X-RAY DIFFRACTIONt_pseud_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_trig_c_planes
X-RAY DIFFRACTIONt_gen_planes471HARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_it2797HARMONIC20
X-RAY DIFFRACTIONt_nbd
X-RAY DIFFRACTIONt_omega_torsion4.06
X-RAY DIFFRACTIONt_other_torsion15.56
X-RAY DIFFRACTIONt_improper_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_chiral_improper_torsion337SEMIHARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_sum_occupancies
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_distance
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_ideal_dist_contact3135SEMIHARMONIC4
LS精密化 シェル解像度: 1.8→1.81 Å / Total num. of bins used: 50
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2563 -4.97 %
Rwork0.223 574 -
all0.2248 604 -
obs--100 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
12.4927-0.2071-0.27451.52150.57411.9364-0.1249-0.2851-0.14340.1250.12680.09940.05860.0411-0.002-0.21340.02870.00780.1240.0477-0.075322.7376-5.1545-6.1266
23.36670.89120.87131.140.08562.0681-0.13120.3819-0.0542-0.0717-0.0424-0.0412-0.04950.19080.1736-0.22490.01070.00460.14590.0276-0.049551.99865.9057-7.4989
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1{ A|* }
2X-RAY DIFFRACTION2{ B|* }

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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