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- PDB-8ryi: Metformin hydrolase from Aminobacter niigataensis MD1 with urea i... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8ryi
タイトルMetformin hydrolase from Aminobacter niigataensis MD1 with urea in the active site
要素
  • Agmatinase family protein
  • Arginase family protein
キーワードMETAL BINDING PROTEIN / Metformin hydrolase / ureohydrolase / nickel-dependent
機能・相同性dicarbonimidic diamide / NICKEL (II) ION / UREA / : / :
機能・相同性情報
生物種Aminobacter niigataensis (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.06 Å
データ登録者Fleming, J.R. / Lutz, H. / Bachmann, A. / Mayans, O.
資金援助European Union, 1件
組織認可番号国
European Research Council (ERC)681777European Union
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2024
タイトル: Metformin hydrolase is a recently evolved nickel-dependent heteromeric ureohydrolase.
著者: Sinn, M. / Riede, L. / Fleming, J.R. / Funck, D. / Lutz, H. / Bachmann, A. / Mayans, O. / Hartig, J.S.
履歴
登録2024年2月8日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02024年8月28日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年10月2日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
C: Arginase family protein
B: Agmatinase family protein
A: Arginase family protein
E: Agmatinase family protein
F: Arginase family protein
D: Arginase family protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)236,97915
ポリマ－236,3786
非ポリマー6019
水16,718928
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)163.990, 86.520, 168.410
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 113.990, 90.000
Int Tables number5
Space group name H-MC121
Space group name HallC2y
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: -x,y,-z
#3: x+1/2,y+1/2,z
#4: -x+1/2,y+1/2,-z
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11E-560-

HOH

非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
d_1ens_1(chain "A" and (resid 7 through 15 or resid 28...
d_2ens_1(chain "C" and (resid 7 through 15 or resid 28...
d_3ens_1(chain "D" and (resid 7 through 15 or resid 28...
d_4ens_1(chain "F" and (resid 7 through 15 or resid 28...
d_1ens_2(chain "B" and (resid 8 through 11 or resid 13...
d_2ens_2(chain "E" and (resid 8 through 11 or resid 13...

NCSドメイン領域:
Dom-IDComponent-IDEns-IDBeg auth comp-IDBeg label comp-IDEnd auth comp-IDEnd label comp-IDAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
d_11ens_1TYRTYRGLYGLYAC7 - 157 - 15
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d_16ens_2GLUGLUVALVALBB64 - 8283 - 101
d_17ens_2ALAALAARGARGBB84 - 94103 - 113
d_18ens_2ALAALAGLNGLNBB96 - 134115 - 153
d_19ens_2TYRTYRALAALABB136 - 165155 - 184
d_110ens_2ALAALAILEILEBB167 - 249186 - 268
d_111ens_2ARGARGALAALABB251 - 287270 - 306
d_112ens_2ALAALAGLYGLYBB290 - 309309 - 328
d_113ens_2HISHISARGARGBB311 - 351330 - 370
d_114ens_2GLNGLNPROPROBB353 - 357372 - 376
d_115ens_2C5JC5JC5JC5JBG401
d_116ens_2UREUREUREUREBH402
d_117ens_2NINININIBI403
d_21ens_2THRTHRTRPTRPED8 - 1127 - 30
d_22ens_2PHEPHEHISHISED13 - 1832 - 37
d_23ens_2GLYGLYGLYGLYED20 - 2639 - 45
d_24ens_2ASNASNSERSERED28 - 4347 - 62
d_25ens_2GLYGLYILEILEED45 - 6264 - 81
d_26ens_2GLUGLUVALVALED64 - 8283 - 101
d_27ens_2ALAALAARGARGED84 - 94103 - 113
d_28ens_2ALAALAGLNGLNED96 - 134115 - 153
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d_216ens_2UREUREUREUREEL402
d_217ens_2NINININIEM403

NCSアンサンブル:
ID
ens_1
ens_2

NCS oper:
IDCodeMatrixベクター
1given(-0.805097868285, 0.214607599039, -0.552956599489), (0.223411809868, -0.753872714633, -0.617869802907), (-0.549458447651, -0.620982695868, 0.558995443396)68.8313433438, -18.1403293273, 16.9389608853
2given(0.880424658424, -0.193918064278, 0.432721856607), (0.285299055453, -0.512279373046, -0.810045858522), (0.378757006267, 0.836639485261, -0.395698751458)-17.7252558294, -9.9541962071, 60.0336638414
3given(-0.858781374967, -0.405283187845, -0.313432748224), (-0.266493091598, -0.169142466392, 0.948879475062), (-0.437579686616, 0.898407682354, 0.0372512301514)48.4212046343, -50.8257274565, 66.4932146403
4given(-0.80318125102, 0.220856451903, -0.553283205658), (0.219213266632, -0.75400955705, -0.619205241911), (-0.553936297549, -0.618621059721, 0.557191675034)68.8296704902, -18.0207791132, 17.2970892246

-
要素

-
タンパク質 , 2種, 6分子 CAFDBE

#1: タンパク質
Arginase family protein


分子量: 38024.281 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Aminobacter niigataensis (バクテリア)
株: MD1 / 遺伝子: N7E70_023835 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A9E9PPA5
#2: タンパク質 Agmatinase family protein


分子量: 42140.625 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Aminobacter niigataensis (バクテリア)
株: MD1 / 遺伝子: N7E70_023840 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A9E9PQ69

-
非ポリマー , 5種, 937分子

#3: 化合物 ChemComp-C5J / dicarbonimidic diamide / ビウレット


分子量: 103.080 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H5N3O2
#4: 化合物 ChemComp-URE / UREA / 尿素


分子量: 60.055 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: CH4N2O / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#5: 化合物
ChemComp-NI / NICKEL (II) ION


分子量: 58.693 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ni / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#6: 化合物 ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン


分子量: 40.078 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#7: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 928 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

-
詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかY

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.31 Å3/Da / 溶媒含有率: 46.71 %
結晶化温度: 291.15 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法
詳細: 20 % (w/v) PEG 3350, 100 mM Bis Tris Propane HCl pH 6.5, 200mM NaF

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: PETRA III, EMBL c/o DESY / ビームライン: P13 (MX1) / 波長: 0.97626 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2023年10月10日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97626 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.06→29.97 Å / Num. obs: 130397 / % possible obs: 97.9 % / 冗長度: 7.18 % / Biso Wilson estimate: 45.57 Å2 / CC1/2: 0.998 / Net I/σ(I): 10.31
反射 シェル解像度: 2.06→2.08 Å / 冗長度: 7.47 % / Num. unique obs: 3627 / CC1/2: 0.357 / % possible all: 97.8

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.20.1_4487精密化
XDSデータ削減
XSCALEデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.06→29.97 Å / SU ML: 0.2669 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 21.4251
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.1989 6573 5.04 %
Rwork0.1685 123796 -
obs0.1701 130369 98.04 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 62.53 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.06→29.97 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数15674 0 27 928 16629
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.007616246
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.924822019
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.05772359
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.00772926
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d12.90746042
Refine LS restraints NCS
Ens-IDDom-IDAsym-IDAuth asym-IDRefine-IDタイプRms dev position (Å)
ens_1d_2CAX-RAY DIFFRACTIONTorsion NCS0.465827553805
ens_1d_3CAX-RAY DIFFRACTIONTorsion NCS0.633874305975
ens_1d_4CAX-RAY DIFFRACTIONTorsion NCS0.726242887527
ens_2d_2BBX-RAY DIFFRACTIONTorsion NCS0.285642869815
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.06-2.080.38292150.36984020X-RAY DIFFRACTION97.99
2.08-2.110.3122300.33424168X-RAY DIFFRACTION98.15
2.11-2.130.34292130.29974067X-RAY DIFFRACTION98.14
2.13-2.160.30041970.27334184X-RAY DIFFRACTION98.38
2.16-2.190.28312310.25534046X-RAY DIFFRACTION98.5
2.19-2.220.2982360.25084137X-RAY DIFFRACTION98.4
2.22-2.250.26932240.24114122X-RAY DIFFRACTION98.75
2.25-2.280.2482220.23994126X-RAY DIFFRACTION98.5
2.28-2.320.27472260.23024168X-RAY DIFFRACTION98.74
2.32-2.360.26012230.23454094X-RAY DIFFRACTION98.61
2.36-2.40.25082160.22164153X-RAY DIFFRACTION98.78
2.4-2.440.27752280.21414131X-RAY DIFFRACTION98.49
2.44-2.490.24352210.20794138X-RAY DIFFRACTION98.66
2.49-2.540.24092050.19584149X-RAY DIFFRACTION98.84
2.54-2.60.23162200.19024151X-RAY DIFFRACTION98.53
2.6-2.660.24632220.19164153X-RAY DIFFRACTION98.51
2.66-2.720.23672090.18454137X-RAY DIFFRACTION98.37
2.72-2.80.21652250.18894095X-RAY DIFFRACTION97.63
2.8-2.880.25172050.19343793X-RAY DIFFRACTION89.96
2.88-2.970.21732170.18613985X-RAY DIFFRACTION95.05
2.97-3.080.21232170.174164X-RAY DIFFRACTION99.32
3.08-3.20.19492320.16674207X-RAY DIFFRACTION99.35
3.2-3.340.21292090.17384186X-RAY DIFFRACTION99.39
3.34-3.520.19012010.15944192X-RAY DIFFRACTION99.5
3.52-3.740.16762280.14524229X-RAY DIFFRACTION99.31
3.74-4.030.16512310.13914199X-RAY DIFFRACTION99.33
4.03-4.430.14242410.12394147X-RAY DIFFRACTION98.85
4.43-5.070.15922240.12554157X-RAY DIFFRACTION98.01
5.07-6.380.19041930.15473943X-RAY DIFFRACTION92.16
6.38-29.970.16952120.14994355X-RAY DIFFRACTION99.05
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.5611355684-0.1508380178940.06879125591062.13847311374-0.4044629047361.05436592345-0.022027881457-0.462830691417-0.7969344664930.2262507546220.2384321252160.7129986533710.206087119463-0.2449438273-0.1173072729640.434441090958-0.02601634398980.02917190565770.5085293730490.315656763260.9796329385519.41504162004-39.738535103623.4736257403
20.889295057683-0.493445125790.06590973947531.577079568950.07710800896820.725571297263-0.0131829236333-0.04312357141550.06287576688890.09290085273620.0723671358658-0.2216457764660.07122468405880.206979742239-0.05309589903530.3184123251130.01523553833-0.01695975375650.392969956808-0.05189869249620.36484781219947.9731400891-22.343989833420.1665112852
31.06596181163-0.37180250102-0.1808988584721.29023571820.06845025094032.11924626879-0.1444100803-0.409293253550.2934272823130.5101616251230.161805320433-0.143967430139-0.2192678346030.16025538743-0.00981416518810.5826660782330.0674435322605-0.09855872610790.491595244925-0.1779958328420.41952868282940.1366939692-0.24125001315649.4571935302
41.147382978-0.3920918897930.1823208289231.51478259885-0.1958836006940.949974733042-0.0324324779135-0.1657848259520.04241424278050.0948249477740.1306606064080.320189149176-0.192875435952-0.219351253293-0.07738461208190.3198093465440.01776690251830.01737781532650.3473040647840.05183573492740.41993189077315.0317131873-2.7171335138915.3371326595
51.22368590055-0.2126222725930.04166167809051.476056826450.2778230473231.40489700614-0.336964648066-0.964646711898-0.3153427592541.16615523710.3916360441680.7592857986640.0940426901446-0.296318962047-0.00432603356151.074786631450.3194993087710.4841136087961.280183733570.3431653795640.878400449204-1.65709930235-14.08557930850.1300182155
61.069241131080.1173487896810.1326840946733.087804758210.1140907989811.467912879510.0151498896299-0.243094432835-0.08504768739190.3558310027280.02912374582690.2137940779290.0104279334045-0.069736136228-0.04865695152050.5362885683270.113081383861-0.06868911223470.479206648174-0.004806807172060.32280267819738.9859321406-38.69462597855.0176869044
精密化 TLSグループ

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
11(chain 'C' and resid 6 through 341)CC6 - 3411 - 336
22(chain 'B' and resid 8 through 402)BD - F8 - 4021
33(chain 'A' and resid 6 through 342)AI6 - 3421 - 326
44(chain 'E' and resid -3 through 402)EJ - L-3 - 4021
55(chain 'F' and resid 6 through 345)FO6 - 3451 - 324
66(chain 'D' and resid 6 through 345)DP6 - 3451 - 332

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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