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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 8rxn | ||||||
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タイトル | REFINEMENT OF RUBREDOXIN FROM DESULFOVIBRIO VULGARIS AT 1.0 ANGSTROMS WITH AND WITHOUT RESTRAINTS | ||||||
要素 | RUBREDOXIN | ||||||
キーワード | ELECTRON TRANSPORT(IRON) | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 | ||||||
生物種 | Desulfovibrio vulgaris (バクテリア) | ||||||
手法 | X線回折 / 解像度: 1 Å | ||||||
データ登録者 | Dauter, Z. / Sieker, L. / Wilson, K. | ||||||
引用 | ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.B / 年: 1992 タイトル: Refinement of rubredoxin from Desulfovibrio vulgaris at 1.0 A with and without restraints. 著者: Dauter, Z. / Sieker, L.C. / Wilson, K.S. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 8rxn.cif.gz | 23.8 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb8rxn.ent.gz | 15 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 8rxn.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 8rxn_validation.pdf.gz | 420.2 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 8rxn_full_validation.pdf.gz | 422.3 KB | 表示 | |
XML形式データ | 8rxn_validation.xml.gz | 6.4 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 8rxn_validation.cif.gz | 8 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/rx/8rxn ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/rx/8rxn | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 5578.174 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Desulfovibrio vulgaris (バクテリア) 参照: UniProt: P00269 |
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#2: 化合物 | ChemComp-FE / |
#3: 化合物 | ChemComp-SO4 / |
#4: 水 | ChemComp-HOH / |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 1.72 Å3/Da / 溶媒含有率: 28.47 % | ||||||||||||||||||||||||||||
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結晶化 | *PLUS pH: 4 / 手法: unknown | ||||||||||||||||||||||||||||
溶液の組成 | *PLUS
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-データ収集
反射 | *PLUS 最高解像度: 1 Å / 最低解像度: 2.5 Å / Num. obs: 18545 / Num. measured all: 59492 / Rmerge(I) obs: 0.058 / Biso Wilson estimate: 5.9 Å2 |
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-解析
ソフトウェア | 名称: PROLSQ / 分類: 精密化 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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精密化 | Rfactor obs: 0.147 / 最高解像度: 1 Å | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 最高解像度: 1 Å
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拘束条件 |
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ソフトウェア | *PLUS 名称: PROLSQ / 分類: refinement | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化 | *PLUS 最高解像度: 1 Å / 最低解像度: 10 Å / Num. reflection obs: 18532 / Rfactor obs: 0.147 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | *PLUS | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | *PLUS | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
拘束条件 | *PLUS
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