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万見
- PDB-8rxj: Nitratidesulfovibrio vulgaris [FeFe] hydrogenase C178A mutant in ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8rxj
タイトルNitratidesulfovibrio vulgaris [FeFe] hydrogenase C178A mutant in Hinact-like state derivatized with krypton
要素(Periplasmic [Fe] hydrogenase ...) x 2
キーワードOXIDOREDUCTASE / [FeFe] hydrogenase / inhibitor / iron-sulfur cluster / gas channel / krypton
機能・相同性
機能・相同性情報


ferredoxin hydrogenase / ferredoxin hydrogenase activity / iron-sulfur cluster binding / 4 iron, 4 sulfur cluster binding / periplasmic space / electron transfer activity / iron ion binding
類似検索 - 分子機能
Iron hydrogenase, small subunit HydB-type / Iron hydrogenase, small subunit superfamily / Iron hydrogenase, subset / Iron hydrogenase, small subunit / : / Iron hydrogenase small subunit / Iron hydrogenase small subunit / Iron hydrogenase, large subunit, C-terminal / Iron hydrogenase / Iron only hydrogenase large subunit, C-terminal domain ...Iron hydrogenase, small subunit HydB-type / Iron hydrogenase, small subunit superfamily / Iron hydrogenase, subset / Iron hydrogenase, small subunit / : / Iron hydrogenase small subunit / Iron hydrogenase small subunit / Iron hydrogenase, large subunit, C-terminal / Iron hydrogenase / Iron only hydrogenase large subunit, C-terminal domain / 4Fe-4S dicluster domain / Twin-arginine translocation pathway, signal sequence, bacterial/archaeal / Twin arginine translocation (Tat) signal profile. / Twin-arginine translocation pathway, signal sequence / 4Fe-4S ferredoxin, iron-sulphur binding, conserved site / 4Fe-4S ferredoxin-type iron-sulfur binding region signature. / 4Fe-4S ferredoxin-type iron-sulfur binding domain profile. / 4Fe-4S ferredoxin-type, iron-sulphur binding domain
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-402 / CYANIDE ION / KRYPTON / IRON/SULFUR CLUSTER / 2-[2-(2-METHOXY-ETHOXY)-ETHOXY]-ETHOXYL / Periplasmic [Fe] hydrogenase large subunit / Periplasmic [Fe] hydrogenase small subunit
類似検索 - 構成要素
生物種Nitratidesulfovibrio vulgaris (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.507 Å
データ登録者Bikbaev, K. / Harand, T. / Scheuenstuhl, L. / Carpentier, P. / Span, I.
資金援助 ドイツ, 1件
組織認可番号国
German Research Foundation (DFG)SP 1476/4-1 ドイツ
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: Krypton Derivatization of [FeFe] Hydrogenase from Desulfovibrio desulfuricans Reveals its Gas Channel
著者: Bikbaev, K. / Harand, T. / Scheuenstuhl, L. / Carpentier, P. / Martini, M.A. / Birrell, J.A. / Span, I.
履歴
登録2024年2月7日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02025年2月19日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12026年2月25日Group: Source and taxonomy / Structure summary / カテゴリ: entity_src_gen / struct
Item: _entity_src_gen.pdbx_gene_src_ncbi_taxonomy_id / _entity_src_gen.pdbx_gene_src_scientific_name / _struct.title

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Periplasmic [Fe] hydrogenase large subunit
B: Periplasmic [Fe] hydrogenase small subunit
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)56,88618
ポリマ－54,4472
非ポリマー2,43816
水3,963220
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area10320 Å2
ΔGint-117 kcal/mol
Surface area17270 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)49.376, 86.931, 88.889
Angle α, β, γ (deg.)90, 90, 90
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

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Periplasmic [Fe] hydrogenase ... , 2種, 2分子 AB

#1: タンパク質 Periplasmic [Fe] hydrogenase large subunit / Fe hydrogenlyase


分子量: 44365.035 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Nitratidesulfovibrio vulgaris (バクテリア)
遺伝子: hydA, DVU_1769 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / Variant (発現宿主): (delta)iscR / 参照: UniProt: P07598, ferredoxin hydrogenase
#2: タンパク質 Periplasmic [Fe] hydrogenase small subunit / Fe hydrogenlyase small chain


分子量: 10082.425 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Nitratidesulfovibrio vulgaris (バクテリア)
遺伝子: hydB, DVU_1770 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / Variant (発現宿主): (delta)iscR / 参照: UniProt: P07603, ferredoxin hydrogenase

-
非ポリマー , 6種, 236分子

#3: 化合物
ChemComp-KR / KRYPTON


分子量: 83.798 Da / 分子数: 10 / 由来タイプ: 合成 / 式: Kr / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 化合物 ChemComp-402 / dicarbonyl[bis(cyanide-kappaC)]-mu-(iminodimethanethiolatato-1kappaS:2kappaS)-mu-(oxomethylidene)diiron(2+)


分子量: 354.953 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C7H5Fe2N3O3S2 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#5: 化合物 ChemComp-SF4 / IRON/SULFUR CLUSTER


分子量: 351.640 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: Fe4S4 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#6: 化合物 ChemComp-CYN / CYANIDE ION


分子量: 26.017 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: CN / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#7: 化合物 ChemComp-TOE / 2-[2-(2-METHOXY-ETHOXY)-ETHOXY]-ETHOXYL


分子量: 164.200 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 式: C7H16O4
#8: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 220 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかY
Has protein modificationN

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.6
詳細: 1 M Lithium chloride, 0.1 M Sodium acetate, 35 % Polyethylene glycol 4000

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID23-1 / 波長: 0.861 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER2 X CdTe 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2023年9月29日
放射モノクロメーター: Silicon (1 1 1) channel-cut / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.861 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.507→43.503 Å / Num. obs: 60747 / % possible obs: 99.2 % / 冗長度: 10.9 % / CC1/2: 0.998 / Rmerge(I) obs: 0.126 / Rpim(I) all: 0.057 / Rrim(I) all: 0.138 / Χ2: 0.99 / Net I/σ(I): 11.2
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. unique obsCC1/2Rpim(I) allRrim(I) allΧ2% possible all
8.25-43.478.30.05831.74350.9960.0280.0651.197.9
1.51-1.5311.41.8511.525140.6040.8172.0270.9684.1

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0425精密化
REFMAC5.8.0425精密化
PHASER位相決定
Cootモデル構築
XDSデータ削減
Aimlessデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 1.507→43.503 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.975 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.961 / WRfactor Rfree: 0.19 / WRfactor Rwork: 0.156 / SU B: 1.644 / SU ML: 0.058 / Average fsc free: 0.9695 / Average fsc work: 0.9763 / 交差検証法: NONE / ESU R: 0.075 / ESU R Free: 0.075 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions
Rfactor反射数%反射
Rfree0.186 3160 5.208 %
Rwork0.1583 57516 -
all0.16 --
obs-60676 99.178 %
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT
原子変位パラメータBiso mean: 21.261 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-1.535 Å2-0 Å20 Å2
2---0.47 Å2-0 Å2
3----1.065 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.507→43.503 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3712 0 64 220 3996
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.010.0123847
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.0163512
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg2.0081.8395250
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.6281.7438137
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.3525490
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg8.281515
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg13.10210607
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_6_deg15.10710148
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.130.2565
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0090.024415
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.02797
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2450.2859
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_nbd_other0.2050.23249
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.1810.21904
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_nbtor_other0.080.21885
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.120.2152
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined0.0930.212
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_nbd_refined0.3820.221
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other0.2670.262
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_xyhbond_nbd_refined0.150.214
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.7132.0541944
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other1.7132.0541943
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it2.4173.6882430
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other2.4173.6882431
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it2.5032.2421903
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other2.5022.2431904
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it3.6574.0232776
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other3.6564.0242777
X-RAY DIFFRACTIONr_lrange_it4.59421.8454357
X-RAY DIFFRACTIONr_lrange_other4.59421.8474358
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 20

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRfactor allNum. reflection allFsc freeFsc work% reflection obs (%)WRfactor Rwork
1.507-1.5460.2921910.26938300.2744730.9320.93789.89490.265
1.546-1.5890.2642060.2441620.24143700.9490.95399.95420.234
1.589-1.6350.2352230.2239750.22141980.9550.961000.209
1.635-1.6850.232120.20738840.20840960.9580.9661000.192
1.685-1.740.2122340.18537630.18639970.9680.9741000.169
1.74-1.8010.1872260.16836180.1738500.9740.9899.84420.151
1.801-1.8690.1871720.1535540.15237260.9760.9841000.133
1.869-1.9450.1951660.14134570.14336230.9770.9871000.125
1.945-2.0310.1731530.13933070.14134600.9810.9871000.125
2.031-2.130.1851830.13831210.1433040.980.9881000.126
2.13-2.2450.1751980.13429610.13631600.9820.98999.96840.123
2.245-2.3810.1761620.14328300.14429920.9830.9881000.133
2.381-2.5450.1881390.15826840.15928240.9810.98699.96460.15
2.545-2.7480.181460.15524820.15626310.9810.98699.8860.151
2.748-3.0090.1931340.17222900.17324250.9750.98299.95880.173
3.009-3.3620.1841090.17121150.17222240.9790.9811000.177
3.362-3.8780.1781100.14718560.14919680.9830.98899.89840.161
3.878-4.740.147910.12615930.12716870.9880.99199.82220.144
4.74-6.6650.132580.13912860.13813450.990.98999.92570.159
6.665-43.5030.237470.1667480.1698060.8990.98298.63520.212

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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