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- PDB-8rxh: CRYO-EM STRUCTURE OF LEISHMANIA MAJOR 80S RIBOSOME WITH A/P/E-sit... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8rxh
タイトルCRYO-EM STRUCTURE OF LEISHMANIA MAJOR 80S RIBOSOME WITH A/P/E-site tRNA AND mRNA : PARENTAL STRAIN
要素
  • (40S ribosomal protein ...) x 15
  • (60S ribosomal protein ...) x 10
  • (Putative 40S ribosomal protein ...) x 14
  • (Putative 60S ...) x 23
  • (Putative ribosomal protein ...) x 7
  • (Ribosomal protein ...) x 3
  • (Ubiquitin-60S ribosomal protein ...) x 2
  • 5.8S_rRNA_chain_7
  • 5S_rRNA_chain_8
  • A-site_tRNA_chain_S2
  • E-site_tRNA_chain_S4
  • Guanine nucleotide-binding protein subunit beta-like protein
  • LSUa_rRNA_chain_1
  • LSUb_rRNA_chain_2
  • P-site_tRNA_chain_S3
  • Putative RNA binding protein
  • SR1_chain_3
  • SR2_chain_4
  • SR4_chain_5
  • SR6_chain_6
  • SSU_rRNA_chain_S1
  • mRNA_chain_S5
キーワードRIBOSOME / CRYO-EM / LEISHMANIA MAJOR / 80S
機能・相同性
機能・相同性情報


ciliary transition zone / nuclear lumen / ciliary plasm / endonucleolytic cleavage to generate mature 3'-end of SSU-rRNA from (SSU-rRNA, 5.8S rRNA, LSU-rRNA) / protein-RNA complex assembly / translation regulator activity / endonucleolytic cleavage in ITS1 to separate SSU-rRNA from 5.8S rRNA and LSU-rRNA from tricistronic rRNA transcript (SSU-rRNA, 5.8S rRNA, LSU-rRNA) / maturation of LSU-rRNA / maturation of LSU-rRNA from tricistronic rRNA transcript (SSU-rRNA, 5.8S rRNA, LSU-rRNA) / rescue of stalled ribosome ...ciliary transition zone / nuclear lumen / ciliary plasm / endonucleolytic cleavage to generate mature 3'-end of SSU-rRNA from (SSU-rRNA, 5.8S rRNA, LSU-rRNA) / protein-RNA complex assembly / translation regulator activity / endonucleolytic cleavage in ITS1 to separate SSU-rRNA from 5.8S rRNA and LSU-rRNA from tricistronic rRNA transcript (SSU-rRNA, 5.8S rRNA, LSU-rRNA) / maturation of LSU-rRNA / maturation of LSU-rRNA from tricistronic rRNA transcript (SSU-rRNA, 5.8S rRNA, LSU-rRNA) / rescue of stalled ribosome / ribosomal large subunit biogenesis / maturation of SSU-rRNA from tricistronic rRNA transcript (SSU-rRNA, 5.8S rRNA, LSU-rRNA) / maturation of SSU-rRNA / small-subunit processome / protein kinase C binding / maintenance of translational fidelity / modification-dependent protein catabolic process / protein tag activity / rRNA processing / ribosomal small subunit biogenesis / small ribosomal subunit rRNA binding / ribosome biogenesis / ribosome binding / kinase activity / ribosomal small subunit assembly / small ribosomal subunit / 5S rRNA binding / large ribosomal subunit rRNA binding / cytosolic small ribosomal subunit / ribosomal large subunit assembly / cytoplasmic translation / cytosolic large ribosomal subunit / negative regulation of translation / rRNA binding / ribosome / protein ubiquitination / structural constituent of ribosome / positive regulation of protein phosphorylation / ribonucleoprotein complex / translation / mRNA binding / ubiquitin protein ligase binding / nucleolus / RNA binding / zinc ion binding / nucleoplasm / nucleus / metal ion binding / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
: / Ribosomal protein L28e / Ribosomal protein L23 / : / Ribosomal L28e/Mak16 / Ribosomal L28e protein family / Ribosomal protein L18e / Ribosomal protein 60S L18 and 50S L18e / Ribosomal protein S26e / Ribosomal protein S26e superfamily ...: / Ribosomal protein L28e / Ribosomal protein L23 / : / Ribosomal L28e/Mak16 / Ribosomal L28e protein family / Ribosomal protein L18e / Ribosomal protein 60S L18 and 50S L18e / Ribosomal protein S26e / Ribosomal protein S26e superfamily / Ribosomal protein S26e / Ribosomal protein S12e / Ribosomal protein S5, eukaryotic/archaeal / Ribosomal protein L29e / Ribosomal L29e protein family / Ribosomal protein S21e / Ribosomal protein S21e superfamily / Ribosomal protein S21e / Ribosomal protein S2, eukaryotic / Small (40S) ribosomal subunit Asc1/RACK1 / S27a-like superfamily / Ribosomal protein L22e / Ribosomal protein L22e superfamily / Ribosomal L22e protein family / Ribosomal protein L38e / Ribosomal protein L38e superfamily / Ribosomal L38e protein family / 40S Ribosomal protein S10 / Ribosomal protein S10, eukaryotic/archaeal / Ribosomal protein L44e signature. / Plectin/S10, N-terminal / Plectin/S10 domain / Ribosomal protein L10e, conserved site / Ribosomal protein L10e signature. / Ribosomal protein S25 / S25 ribosomal protein / Ribosomal protein L10e / Ribosomal protein L13e / Ribosomal protein S27a / Ribosomal protein L13e / Ribosomal protein S27a / Ribosomal protein S27a / Ribosomal protein L19, eukaryotic / Ribosomal protein S2, eukaryotic/archaeal / Ribosomal protein S8e subdomain, eukaryotes / 60S ribosomal protein L18a/ L20, eukaryotes / Ribosomal protein S30 / Ribosomal protein S30 / 40S ribosomal protein S29/30S ribosomal protein S14 type Z / : / Ribosomal protein S3, eukaryotic/archaeal / Ribosomal protein L44e / Ribosomal protein L44 / Ribosomal protein L5 eukaryotic, C-terminal / Ribosomal L18 C-terminal region / Ribosomal protein S19e / Ribosomal protein S19e / Ribosomal protein L30e signature 1. / Ribosomal_S19e / 50S ribosomal protein L18Ae/60S ribosomal protein L20 and L18a / Ribosomal protein 50S-L18Ae/60S-L20/60S-L18A / Ribosomal L40e family / Ribosomal proteins 50S-L18Ae/60S-L20/60S-L18A / 40S ribosomal protein S4, C-terminal domain / 40S ribosomal protein S4 C-terminus / Ribosomal_L40e / Ribosomal protein L40e / Ribosomal protein L40e superfamily / Ribosomal protein S8e, conserved site / Ribosomal protein S8e signature. / Ribosomal protein L30e signature 2. / Ribosomal protein S19A/S15e / Eukaryotic Ribosomal Protein L27, KOW domain / Ribosomal protein L30e, conserved site / Ribosomal protein L27e / Ribosomal protein L27e superfamily / Ribosomal L27e protein family / Ribosomal protein L39e, conserved site / Ribosomal protein L39e signature. / Ribosomal protein S17e / Ribosomal protein S17e-like superfamily / Ribosomal S17 / : / Ribosomal protein S6, eukaryotic / Ribosomal S24e conserved site / Ribosomal protein S24e signature. / Ribosomal protein L34Ae / Ribosomal protein L34e / 40S ribosomal protein S1/3, eukaryotes / Ribosomal protein L14e domain / Ribosomal protein S4e, N-terminal / 60S ribosomal protein L19 / Ribosomal protein L14 / RS4NT (NUC023) domain / Ribosomal protein L30/YlxQ / Ribosomal Protein L6, KOW domain / Ribosomal protein S7e / Ribosomal protein L7A/L8 / Ribosomal protein S7e / Ribosomal protein L13, eukaryotic/archaeal
類似検索 - ドメイン・相同性
: / : / : / : / RNA / RNA (> 10) / RNA (> 100) / RNA (> 1000) / 40S ribosomal protein S7 / Putative ribosomal protein L1a ...: / : / : / : / RNA / RNA (> 10) / RNA (> 100) / RNA (> 1000) / 40S ribosomal protein S7 / Putative ribosomal protein L1a / Putative 60S ribosomal protein L13 / 40S ribosomal protein S19-like protein / Ribosomal protein L37 / 60S ribosomal protein L30 / Putative 60S ribosomal protein L5 / Putative 60S ribosomal subunit protein L31 / Putative 60S ribosomal protein L27A/L29 / Putative 60S ribosomal protein L23 / Putative 60S ribosomal protein L10 / Small ribosomal subunit protein eS8 / Large ribosomal subunit protein uL5 / Ubiquitin-ribosomal protein eL40 fusion protein / Putative 60S ribosomal protein L2 / Small ribosomal subunit protein eS1 / Small ribosomal subunit protein uS2 / Large ribosomal subunit protein eL22 / Putative 40S ribosomal protein S27-1 / 60S ribosomal protein L29 / 40S ribosomal protein S24 / Putative ribosomal protein L24 / Putative 40S ribosomal protein S10 / Ribosomal protein S18 / Ribosomal protein L3 / Putative 60S ribosomal protein L44 / Putative 40S ribosomal protein S13 / 40S ribosomal protein S3 / Putative 60S ribosomal protein L6 / Putative ribosomal protein L27 / 60S ribosomal protein L18a / Putative RNA binding protein / Ribosomal protein L15 / 40S ribosomal protein S30 / Activated protein kinase c receptor / Putative 40S ribosomal protein S17 / Putative ribosomal protein S29 / Putative ribosomal protein S20 / 40S ribosomal protein S14 / 40S ribosomal protein S26 / Putative 60S ribosomal protein L35 / Putative ribosomal protein L38 / Putative 40S ribosomal protein S33 / Ribosomal protein S16 / Putative 60S ribosomal protein L7 / 40S ribosomal protein S25 / Putative 60S ribosomal protein L26 / Putative 60S ribosomal protein L17 / Putative 40S ribosomal protein L14 / Putative 40S ribosomal protein S15 / 60S ribosomal protein L37a / 60S ribosomal protein L32 / Putative 40S ribosomal protein S23 / Putative 60S ribosomal protein L9 / Putative 60S Ribosomal protein L36 / 40S ribosomal protein S2 / Large ribosomal subunit protein eL34 / Putative 60S ribosomal protein L39 / Putative 60S ribosomal protein L21 / Putative 60S ribosomal protein L13a / Ubiquitin-ribosomal protein eL40 fusion protein / 40S ribosomal protein S4 / 40S ribosomal protein S12 / Large ribosomal subunit protein eL18 / Putative 40S ribosomal protein S15A / Large ribosomal subunit protein eL28 / Putative 40S ribosomal protein S21 / Putative ribosomal protein l35a / Putative 40S ribosomal protein S9 / 60S ribosomal protein L7a / Putative 60S ribosomal protein L23a / Putative 60S ribosomal protein L19 / 40S ribosomal protein S5 / Small ribosomal subunit protein eS6
類似検索 - 構成要素
生物種Leishmania major strain Friedlin (大形リーシュマニア)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.93 Å
データ登録者Rajan, K.S. / Yonath, A.
資金援助European Union, 1件
組織認可番号国
European Research Council (ERC)European Union
引用ジャーナル: Cell Rep / 年: 2024
タイトル: Structural and mechanistic insights into the function of Leishmania ribosome lacking a single pseudouridine modification.
著者: K Shanmugha Rajan / Saurav Aryal / Disha-Gajanan Hiregange / Anat Bashan / Hava Madmoni / Mika Olami / Tirza Doniger / Smadar Cohen-Chalamish / Pascal Pescher / Masato Taoka / Yuko Nobe / ...著者: K Shanmugha Rajan / Saurav Aryal / Disha-Gajanan Hiregange / Anat Bashan / Hava Madmoni / Mika Olami / Tirza Doniger / Smadar Cohen-Chalamish / Pascal Pescher / Masato Taoka / Yuko Nobe / Aliza Fedorenko / Tanaya Bose / Ella Zimermann / Eric Prina / Noa Aharon-Hefetz / Yitzhak Pilpel / Toshiaki Isobe / Ron Unger / Gerald F Späth / Ada Yonath / Shulamit Michaeli /
要旨: Leishmania is the causative agent of cutaneous and visceral diseases affecting millions of individuals worldwide. Pseudouridine (Ψ), the most abundant modification on rRNA, changes during the ...Leishmania is the causative agent of cutaneous and visceral diseases affecting millions of individuals worldwide. Pseudouridine (Ψ), the most abundant modification on rRNA, changes during the parasite life cycle. Alterations in the level of a specific Ψ in helix 69 (H69) affected ribosome function. To decipher the molecular mechanism of this phenotype, we determine the structure of ribosomes lacking the single Ψ and its parental strain at ∼2.4-3 Å resolution using cryo-EM. Our findings demonstrate the significance of a single Ψ on H69 to its structure and the importance for its interactions with helix 44 and specific tRNAs. Our study suggests that rRNA modification affects translation of mRNAs carrying codon bias due to selective accommodation of tRNAs by the ribosome. Based on the high-resolution structures, we propose a mechanism explaining how the ribosome selects specific tRNAs.
履歴
登録2024年2月7日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02024年5月15日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年5月22日Group: Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.page_first / _citation.page_last ..._citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
L1: LSUa_rRNA_chain_1
L2: LSUb_rRNA_chain_2
L3: SR1_chain_3
L4: SR2_chain_4
L5: SR4_chain_5
L6: SR6_chain_6
L7: 5.8S_rRNA_chain_7
L8: 5S_rRNA_chain_8
LA: Putative 60S ribosomal protein L2
LB: Putative ribosomal protein L3
LC: Putative ribosomal protein L1a
LD: 60S ribosomal protein L11
LE: Putative 60S ribosomal protein L9
LF: Putative 60S ribosomal protein L6
LG: 60S ribosomal protein L7a
LH: Putative 60S ribosomal protein L13a
LI: Putative 60S ribosomal protein L13
LJ: Putative 60S ribosomal protein L23
LK: Putative 40S ribosomal protein L14
LL: Putative 60S ribosomal protein L27A/L29
LM: Ribosomal protein L15
LN: Putative 60S ribosomal protein L10
LO: Putative 60S ribosomal protein L5
LP: 60S ribosomal protein L18
LQ: Putative 60S ribosomal protein L19
LR: 60S ribosomal protein L18a
LS: Putative 60S ribosomal protein L21
LT: Putative 60S ribosomal protein L17
LU: Putative 60S ribosomal protein L22
LV: Putative 60S ribosomal protein L23a
LW: Putative 60S ribosomal protein L26
LX: Putative ribosomal protein L24
LY: 60S ribosomal protein L27
LZ: Putative 60S ribosomal protein L28
La: Putative 60S ribosomal protein L35
Lb: 60S ribosomal protein L29
Lc: Putative 60S ribosomal protein L7
Ld: 60S ribosomal protein L30
Le: Putative 60S ribosomal subunit protein L31
Lf: 60S ribosomal protein L32
Lg: Putative ribosomal protein l35a
Lh: Putative 60S ribosomal protein L34
Li: Putative 60S Ribosomal protein L36
Lj: Ribosomal protein L37
Lk: Putative ribosomal protein L38
Ll: Putative 60S ribosomal protein L39
Lm: Ubiquitin-60S ribosomal protein L40
Ln: 60S ribosomal protein L41
Lo: 60S ribosomal protein L37a
Lp: Putative 60S ribosomal protein L44
S1: SSU_rRNA_chain_S1
S2: A-site_tRNA_chain_S2
S3: P-site_tRNA_chain_S3
S4: E-site_tRNA_chain_S4
S5: mRNA_chain_S5
SA: 40S ribosomal protein S3a
SB: 40S ribosomal protein SA
SC: Putative 40S ribosomal protein S3
SD: Putative 40S ribosomal protein S9
SE: 40S ribosomal protein S4
SF: 40S ribosomal protein S2
SG: 40S ribosomal protein S6
SH: 40S ribosomal protein S5
SI: 40S ribosomal protein S7
SJ: Putative 40S ribosomal protein S15A
SK: 40S ribosomal protein S8
SL: Putative 40S ribosomal protein S16
SM: Putative ribosomal protein S20
SN: Putative 40S ribosomal protein S10
SO: 40S ribosomal protein S14
SP: Putative 40S ribosomal protein S23
SQ: 40S ribosomal protein S12
SR: Putative 40S ribosomal protein S18
SS: Putative ribosomal protein S29
ST: Putative 40S ribosomal protein S13
SU: Ribosomal protein S17 family protein
SV: Putative 40S ribosomal protein S17
SW: Putative 40S ribosomal protein S15
SX: 40S ribosomal protein S19-like protein
SY: Putative 40S ribosomal protein S21
SZ: 40S ribosomal protein S24
Sa: 40S ribosomal protein S25
Sb: 40S ribosomal protein S26
Sc: Putative 40S ribosomal protein S27-1
Sd: Putative 40S ribosomal protein S33
Se: 40S ribosomal protein S30
Sf: Ubiquitin-60S ribosomal protein L40
Sg: Guanine nucleotide-binding protein subunit beta-like protein
Sh: Putative RNA binding protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)3,627,045609
ポリマ－3,611,94989
非ポリマー15,095520
水7,440413
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: 電子顕微鏡法, not applicable
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551

-
要素

+
RNA鎖 , 13種, 13分子 L1L2L3L4L5L6L7L8S1S2S3S4S5

#1: RNA鎖 LSUa_rRNA_chain_1


分子量: 577073.562 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Leishmania major strain Friedlin (大形リーシュマニア)
#2: RNA鎖 LSUb_rRNA_chain_2


分子量: 492585.969 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Leishmania major strain Friedlin (大形リーシュマニア)
#3: RNA鎖 SR1_chain_3


分子量: 69146.633 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Leishmania major strain Friedlin (大形リーシュマニア)
参照: GenBank: 321438308
#4: RNA鎖 SR2_chain_4


分子量: 59466.293 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Leishmania major strain Friedlin (大形リーシュマニア)
#5: RNA鎖 SR4_chain_5


分子量: 43503.828 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Leishmania major strain Friedlin (大形リーシュマニア)
#6: RNA鎖 SR6_chain_6


分子量: 23336.938 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Leishmania major strain Friedlin (大形リーシュマニア)
参照: GenBank: 321438308
#7: RNA鎖 5.8S_rRNA_chain_7


分子量: 54975.543 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Leishmania major strain Friedlin (大形リーシュマニア)
参照: GenBank: 2105481105
#8: RNA鎖 5S_rRNA_chain_8


分子量: 39756.562 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Leishmania major strain Friedlin (大形リーシュマニア)
#51: RNA鎖 SSU_rRNA_chain_S1


分子量: 710670.812 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Leishmania major strain Friedlin (大形リーシュマニア)
#52: RNA鎖 A-site_tRNA_chain_S2


分子量: 24599.748 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Leishmania major strain Friedlin (大形リーシュマニア)
#53: RNA鎖 P-site_tRNA_chain_S3


分子量: 24786.785 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Leishmania major strain Friedlin (大形リーシュマニア)
#54: RNA鎖 E-site_tRNA_chain_S4


分子量: 24485.539 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Leishmania major strain Friedlin (大形リーシュマニア)
#55: RNA鎖 mRNA_chain_S5


分子量: 4085.501 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Leishmania major strain Friedlin (大形リーシュマニア)

+
Putative 60S ... , 23種, 23分子 LALELFLHLILJLLLNLOLQLSLTLULVLWLZLaLcLeLhLiLlLp

#9: タンパク質 Putative 60S ribosomal protein L2


分子量: 28331.891 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Leishmania major strain Friedlin (大形リーシュマニア)
参照: UniProt: Q4FWX5
#13: タンパク質 Putative 60S ribosomal protein L9


分子量: 21594.295 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Leishmania major strain Friedlin (大形リーシュマニア)
参照: UniProt: Q4QC91
#14: タンパク質 Putative 60S ribosomal protein L6


分子量: 21126.740 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Leishmania major strain Friedlin (大形リーシュマニア)
参照: UniProt: Q4Q4D3
#16: タンパク質 Putative 60S ribosomal protein L13a


分子量: 25509.248 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Leishmania major strain Friedlin (大形リーシュマニア)
参照: UniProt: Q4QFG2
#17: タンパク質 Putative 60S ribosomal protein L13


分子量: 24848.982 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Leishmania major strain Friedlin (大形リーシュマニア)
参照: UniProt: E9AEA8
#18: タンパク質 Putative 60S ribosomal protein L23


分子量: 14982.617 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Leishmania major strain Friedlin (大形リーシュマニア)
参照: UniProt: E9AFK3
#20: タンパク質 Putative 60S ribosomal protein L27A/L29


分子量: 16135.853 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Leishmania major strain Friedlin (大形リーシュマニア)
参照: UniProt: E9AFK0
#22: タンパク質 Putative 60S ribosomal protein L10


分子量: 24607.186 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Leishmania major strain Friedlin (大形リーシュマニア)
参照: UniProt: O97213
#23: タンパク質 Putative 60S ribosomal protein L5


分子量: 34058.594 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Leishmania major strain Friedlin (大形リーシュマニア)
参照: UniProt: E9AF09
#25: タンパク質 Putative 60S ribosomal protein L19


分子量: 28896.115 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Leishmania major strain Friedlin (大形リーシュマニア)
参照: UniProt: Q4QJ37
#27: タンパク質 Putative 60S ribosomal protein L21


分子量: 18068.223 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Leishmania major strain Friedlin (大形リーシュマニア)
参照: UniProt: Q4QEX4
#28: タンパク質 Putative 60S ribosomal protein L17


分子量: 19124.547 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Leishmania major strain Friedlin (大形リーシュマニア)
参照: UniProt: Q4QAX6
#29: タンパク質 Putative 60S ribosomal protein L22


分子量: 15030.535 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Leishmania major strain Friedlin (大形リーシュマニア)
参照: UniProt: Q4Q0X2
#30: タンパク質 Putative 60S ribosomal protein L23a


分子量: 16372.358 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Leishmania major strain Friedlin (大形リーシュマニア)
参照: UniProt: Q4QJ20
#31: タンパク質 Putative 60S ribosomal protein L26


分子量: 16217.150 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Leishmania major strain Friedlin (大形リーシュマニア)
参照: UniProt: Q4QAC5
#34: タンパク質 Putative 60S ribosomal protein L28


分子量: 16314.906 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Leishmania major strain Friedlin (大形リーシュマニア)
参照: UniProt: Q4QGW7
#35: タンパク質 Putative 60S ribosomal protein L35


分子量: 15262.208 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Leishmania major strain Friedlin (大形リーシュマニア)
参照: UniProt: Q4Q8V7
#37: タンパク質 Putative 60S ribosomal protein L7


分子量: 28900.037 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Leishmania major strain Friedlin (大形リーシュマニア)
参照: UniProt: Q4Q9H4
#39: タンパク質 Putative 60S ribosomal subunit protein L31


分子量: 21316.254 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Leishmania major strain Friedlin (大形リーシュマニア)
参照: UniProt: E9AFF2
#42: タンパク質 Putative 60S ribosomal protein L34


分子量: 19335.119 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Leishmania major strain Friedlin (大形リーシュマニア)
参照: UniProt: Q4QDP9
#43: タンパク質 Putative 60S Ribosomal protein L36


分子量: 11975.200 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Leishmania major strain Friedlin (大形リーシュマニア)
参照: UniProt: Q4QCE1
#46: タンパク質 Putative 60S ribosomal protein L39


分子量: 6504.845 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Leishmania major strain Friedlin (大形リーシュマニア)
参照: UniProt: Q4QEQ0
#50: タンパク質 Putative 60S ribosomal protein L44


分子量: 12302.685 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Leishmania major strain Friedlin (大形リーシュマニア)
参照: UniProt: Q4Q3L3

+
Putative ribosomal protein ... , 7種, 7分子 LBLCLXLgLkSMSS

#10: タンパク質 Putative ribosomal protein L3


分子量: 47593.660 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Leishmania major strain Friedlin (大形リーシュマニア)
参照: UniProt: Q4Q2Q6
#11: タンパク質 Putative ribosomal protein L1a


分子量: 41096.855 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Leishmania major strain Friedlin (大形リーシュマニア)
参照: UniProt: E9ADW5
#32: タンパク質 Putative ribosomal protein L24


分子量: 14608.168 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Leishmania major strain Friedlin (大形リーシュマニア)
参照: UniProt: Q4Q1W6
#41: タンパク質 Putative ribosomal protein l35a


分子量: 16492.312 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Leishmania major strain Friedlin (大形リーシュマニア)
参照: UniProt: Q4QHL3
#45: タンパク質 Putative ribosomal protein L38


分子量: 9479.287 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Leishmania major strain Friedlin (大形リーシュマニア)
参照: UniProt: Q4Q8X0
#68: タンパク質 Putative ribosomal protein S20


分子量: 13031.983 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Leishmania major strain Friedlin (大形リーシュマニア)
参照: UniProt: Q4Q8G4
#74: タンパク質 Putative ribosomal protein S29


分子量: 6696.929 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Leishmania major strain Friedlin (大形リーシュマニア)
参照: UniProt: Q4Q817

+
60S ribosomal protein ... , 10種, 10分子 LDLGLPLRLYLbLdLfLnLo

#12: タンパク質 60S ribosomal protein L11


分子量: 21694.502 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Leishmania major strain Friedlin (大形リーシュマニア)
参照: UniProt: P48157
#15: タンパク質 60S ribosomal protein L7a


分子量: 29824.182 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Leishmania major strain Friedlin (大形リーシュマニア)
参照: UniProt: Q4QIP1
#24: タンパク質 60S ribosomal protein L18


分子量: 22071.080 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Leishmania major strain Friedlin (大形リーシュマニア)
参照: UniProt: Q4QG98
#26: タンパク質 60S ribosomal protein L18a


分子量: 20852.338 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Leishmania major strain Friedlin (大形リーシュマニア)
参照: UniProt: Q4Q5J4
#33: タンパク質 60S ribosomal protein L27


分子量: 15469.330 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Leishmania major strain Friedlin (大形リーシュマニア)
参照: UniProt: Q4Q504
#36: タンパク質 60S ribosomal protein L29


分子量: 8001.308 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Leishmania major strain Friedlin (大形リーシュマニア)
参照: UniProt: Q4Q178
#38: タンパク質 60S ribosomal protein L30


分子量: 11370.224 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Leishmania major strain Friedlin (大形リーシュマニア)
参照: UniProt: E9AEK1
#40: タンパク質 60S ribosomal protein L32


分子量: 15458.153 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Leishmania major strain Friedlin (大形リーシュマニア)
参照: UniProt: Q4QC11
#48: タンパク質・ペプチド 60S ribosomal protein L41


分子量: 4390.496 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Leishmania major strain Friedlin (大形リーシュマニア)
#49: タンパク質 60S ribosomal protein L37a / Putative 60S ribosomal protein L37a


分子量: 10337.223 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Leishmania major strain Friedlin (大形リーシュマニア)
参照: UniProt: Q4QC01

+
Putative 40S ribosomal protein ... , 14種, 14分子 LKSCSDSJSLSNSPSRSTSVSWSYScSd

#19: タンパク質 Putative 40S ribosomal protein L14


分子量: 19948.615 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Leishmania major strain Friedlin (大形リーシュマニア)
参照: UniProt: Q4QBJ1
#58: タンパク質 Putative 40S ribosomal protein S3


分子量: 24511.762 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Leishmania major strain Friedlin (大形リーシュマニア)
参照: UniProt: Q4Q4A0
#59: タンパク質 Putative 40S ribosomal protein S9


分子量: 22188.902 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Leishmania major strain Friedlin (大形リーシュマニア)
参照: UniProt: Q4QIM3
#65: タンパク質 Putative 40S ribosomal protein S15A


分子量: 14719.258 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Leishmania major strain Friedlin (大形リーシュマニア)
参照: UniProt: Q4QGW3
#67: タンパク質 Putative 40S ribosomal protein S16 / Ribosomal protein S16


分子量: 16718.586 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Leishmania major strain Friedlin (大形リーシュマニア)
参照: UniProt: Q4Q9A5
#69: タンパク質 Putative 40S ribosomal protein S10


分子量: 18681.125 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Leishmania major strain Friedlin (大形リーシュマニア)
参照: UniProt: Q4Q1X7
#71: タンパク質 Putative 40S ribosomal protein S23


分子量: 15969.643 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Leishmania major strain Friedlin (大形リーシュマニア)
参照: UniProt: Q4QC89
#73: タンパク質 Putative 40S ribosomal protein S18 / Ribosomal protein S18


分子量: 17433.422 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Leishmania major strain Friedlin (大形リーシュマニア)
参照: UniProt: Q4Q1Y3
#75: タンパク質 Putative 40S ribosomal protein S13


分子量: 17482.764 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Leishmania major strain Friedlin (大形リーシュマニア)
参照: UniProt: Q4Q3M1
#77: タンパク質 Putative 40S ribosomal protein S17


分子量: 16551.529 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Leishmania major strain Friedlin (大形リーシュマニア)
参照: UniProt: Q4Q806
#78: タンパク質 Putative 40S ribosomal protein S15


分子量: 17472.395 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Leishmania major strain Friedlin (大形リーシュマニア)
参照: UniProt: Q4QBV0
#80: タンパク質 Putative 40S ribosomal protein S21


分子量: 17035.592 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Leishmania major strain Friedlin (大形リーシュマニア)
参照: UniProt: Q4QH01
#84: タンパク質 Putative 40S ribosomal protein S27-1


分子量: 9819.463 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Leishmania major strain Friedlin (大形リーシュマニア)
参照: UniProt: Q4Q140
#85: タンパク質 Putative 40S ribosomal protein S33


分子量: 9763.191 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Leishmania major strain Friedlin (大形リーシュマニア)
参照: UniProt: Q4Q931

+
Ribosomal protein ... , 3種, 3分子 LMLjSU

#21: タンパク質 Ribosomal protein L15


分子量: 24497.971 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Leishmania major strain Friedlin (大形リーシュマニア)
参照: UniProt: Q4Q6S3
#44: タンパク質 Ribosomal protein L37


分子量: 9862.590 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Leishmania major strain Friedlin (大形リーシュマニア)
参照: UniProt: E9AEH2
#76: タンパク質 Ribosomal protein S17 family protein


分子量: 20023.457 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Leishmania major strain Friedlin (大形リーシュマニア)

+
Ubiquitin-60S ribosomal protein ... , 2種, 2分子 LmSf

#47: タンパク質 Ubiquitin-60S ribosomal protein L40


分子量: 14711.425 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Leishmania major strain Friedlin (大形リーシュマニア)
参照: UniProt: P69201
#87: タンパク質 Ubiquitin-60S ribosomal protein L40


分子量: 17062.781 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Leishmania major strain Friedlin (大形リーシュマニア)
参照: UniProt: Q4QFK7

+
40S ribosomal protein ... , 15種, 15分子 SASBSESFSGSHSISKSOSQSXSZSaSbSe

#56: タンパク質 40S ribosomal protein S3a / LmS3a-related protein / LmS3arp


分子量: 30062.037 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Leishmania major strain Friedlin (大形リーシュマニア)
参照: UniProt: Q4FX73
#57: タンパク質 40S ribosomal protein SA


分子量: 27536.629 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Leishmania major strain Friedlin (大形リーシュマニア)
参照: UniProt: Q4Q0Q0
#60: タンパク質 40S ribosomal protein S4


分子量: 30742.084 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Leishmania major strain Friedlin (大形リーシュマニア)
参照: UniProt: Q4QG31
#61: タンパク質 40S ribosomal protein S2


分子量: 28791.135 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Leishmania major strain Friedlin (大形リーシュマニア)
参照: UniProt: Q4QDL5
#62: タンパク質 40S ribosomal protein S6


分子量: 28370.227 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Leishmania major strain Friedlin (大形リーシュマニア)
参照: UniProt: Q9NE83
#63: タンパク質 40S ribosomal protein S5 / 40S ribosomal protein S5A / 40S ribosomal protein S5B


分子量: 21336.623 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Leishmania major strain Friedlin (大形リーシュマニア)
参照: UniProt: Q868B1
#64: タンパク質 40S ribosomal protein S7


分子量: 23765.207 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Leishmania major strain Friedlin (大形リーシュマニア)
参照: UniProt: E9AC32
#66: タンパク質 40S ribosomal protein S8


分子量: 24984.250 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Leishmania major strain Friedlin (大形リーシュマニア)
参照: UniProt: P25204
#70: タンパク質 40S ribosomal protein S14


分子量: 15623.180 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Leishmania major strain Friedlin (大形リーシュマニア)
参照: UniProt: Q4Q8H1
#72: タンパク質 40S ribosomal protein S12


分子量: 15627.837 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Leishmania major strain Friedlin (大形リーシュマニア)
参照: UniProt: Q4QG97
#79: タンパク質 40S ribosomal protein S19-like protein


分子量: 18158.078 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Leishmania major strain Friedlin (大形リーシュマニア)
参照: UniProt: E9AEE8
#81: タンパク質 40S ribosomal protein S24


分子量: 15808.882 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Leishmania major strain Friedlin (大形リーシュマニア)
参照: UniProt: Q4Q1D2
#82: タンパク質 40S ribosomal protein S25


分子量: 13071.399 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Leishmania major strain Friedlin (大形リーシュマニア)
参照: UniProt: Q4Q9X4
#83: タンパク質 40S ribosomal protein S26


分子量: 12794.251 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Leishmania major strain Friedlin (大形リーシュマニア)
参照: UniProt: Q4Q8L6
#86: タンパク質 40S ribosomal protein S30


分子量: 7394.894 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Leishmania major strain Friedlin (大形リーシュマニア)
参照: UniProt: Q4Q7P0

+
タンパク質 , 2種, 2分子 SgSh

#88: タンパク質 Guanine nucleotide-binding protein subunit beta-like protein


分子量: 34441.516 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Leishmania major strain Friedlin (大形リーシュマニア)
参照: UniProt: Q4Q7Y7
#89: タンパク質 Putative RNA binding protein


分子量: 25229.275 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Leishmania major strain Friedlin (大形リーシュマニア)
参照: UniProt: Q4Q5K7

+
非ポリマー , 6種, 933分子

#90: 化合物...
ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 289 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#91: 化合物...
ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン


分子量: 22.990 Da / 分子数: 86 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#92: 化合物...
ChemComp-K / POTASSIUM ION / カリウムカチオン


分子量: 39.098 Da / 分子数: 143 / 由来タイプ: 合成 / 式: K
#93: 化合物 ChemComp-A1H4F / (2S)-2-[2-[4-[[(2R,3S,4S)-3-acetyloxy-4-oxidanyl-pyrrolidin-2-yl]methyl]phenoxy]ethanoylamino]-6-azanyl-hexanoic acid


分子量: 437.487 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C21H31N3O7
#94: 化合物 ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#95: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 413 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

+
詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかN

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実験情報

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実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

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試料調製

構成要素名称: CRYO-EM STRUCTURE OF LEISHMANIA MAJOR 80S RIBOSOME WITH A/P/E-site tRNA AND mRNA
タイプ: RIBOSOME / Entity ID: #1-#7, #9-#50, #52-#89 / 由来: NATURAL
由来(天然)生物種: Leishmania major strain Friedlin (大形リーシュマニア)
緩衝液pH: 7.6
試料包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
詳細: CRYO-EM STRUCTURE OF LEISHMANIA MAJOR 80S RIBOSOME WITH A/P/E-site tRNA AND mRNA
試料支持グリッドの材料: COPPER / グリッドのタイプ: Quantifoil R2/2
急速凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: FEI TITAN KRIOS
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズモード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 1700 nm / 最小 デフォーカス（公称値）: 600 nm
撮影電子線照射量: 0.93403907986206 e/Å2
フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 BIOQUANTUM (6k x 4k)

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解析

EMソフトウェア名称: PHENIX / バージョン: 1.20.1_4487 / カテゴリ: モデル精密化
CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
3次元再構成解像度: 2.93 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 419524 / 対称性のタイプ: POINT

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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