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- PDB-8rxb: Human UPF1 CH domain in complex with SMG6 peptide -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8rxb
タイトルHuman UPF1 CH domain in complex with SMG6 peptide
要素
  • Regulator of nonsense transcripts 1
  • Telomerase-binding protein EST1A
キーワードRNA BINDING PROTEIN / UPF1 Nonsense-mediated mRNA decay mRNA surveillance and turnover
機能・相同性
機能・相同性情報


regulation of dephosphorylation / : / double-stranded DNA helicase activity / supraspliceosomal complex / negative regulation of telomere capping / positive regulation of mRNA cis splicing, via spliceosome / exon-exon junction complex / telomere maintenance via semi-conservative replication / positive regulation of mRNA catabolic process / cell cycle phase transition ...regulation of dephosphorylation / : / double-stranded DNA helicase activity / supraspliceosomal complex / negative regulation of telomere capping / positive regulation of mRNA cis splicing, via spliceosome / exon-exon junction complex / telomere maintenance via semi-conservative replication / positive regulation of mRNA catabolic process / cell cycle phase transition / regulation of translational termination / histone mRNA catabolic process / regulation of telomere maintenance via telomerase / 3'-UTR-mediated mRNA destabilization / telomerase RNA binding / telomerase holoenzyme complex / regulation of telomere maintenance / nuclear-transcribed mRNA catabolic process, nonsense-mediated decay / DNA duplex unwinding / telomeric DNA binding / nuclear-transcribed mRNA catabolic process / cellular response to interleukin-1 / Nonsense Mediated Decay (NMD) independent of the Exon Junction Complex (EJC) / mRNA export from nucleus / Nonsense Mediated Decay (NMD) enhanced by the Exon Junction Complex (EJC) / ribonucleoprotein complex binding / DNA polymerase binding / RNA endonuclease activity / helicase activity / P-body / cellular response to lipopolysaccharide / DNA helicase / DNA replication / chromosome, telomeric region / 加水分解酵素; エステル加水分解酵素 / RNA helicase activity / RNA helicase / DNA repair / chromatin binding / protein-containing complex binding / chromatin / nucleolus / perinuclear region of cytoplasm / ATP hydrolysis activity / RNA binding / zinc ion binding / nucleoplasm / ATP binding / nucleus / metal ion binding / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Telomerase activating protein Est1-like, N-terminal / Telomerase activating protein Est1 / DNA/RNA-binding domain, Est1-type / Est1/Ebs1-like / Est1 DNA/RNA binding domain / RNA helicase UPF1, 1B domain / RNA helicase (UPF2 interacting domain) / RNA helicase UPF1, 1B domain / Upf1 cysteine-histidine-rich (CH-rich) domain profile. / RNA helicase UPF1, Cys/His rich zinc-binding domain ...Telomerase activating protein Est1-like, N-terminal / Telomerase activating protein Est1 / DNA/RNA-binding domain, Est1-type / Est1/Ebs1-like / Est1 DNA/RNA binding domain / RNA helicase UPF1, 1B domain / RNA helicase (UPF2 interacting domain) / RNA helicase UPF1, 1B domain / Upf1 cysteine-histidine-rich (CH-rich) domain profile. / RNA helicase UPF1, Cys/His rich zinc-binding domain / PIN domain / DNA2/NAM7 helicase, helicase domain / AAA domain / : / Large family of predicted nucleotide-binding domains / DNA2/NAM7-like helicase / PIN domain / Helicase/UvrB, N-terminal / Type III restriction enzyme, res subunit / PIN-like domain superfamily / DNA2/NAM7 helicase-like, C-terminal / AAA domain / Tetratricopeptide-like helical domain superfamily / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase
類似検索 - ドメイン・相同性
Telomerase-binding protein EST1A / Regulator of nonsense transcripts 1
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.6 Å
データ登録者Langer, L. / Basquin, J. / Conti, E.
資金援助European Union, ドイツ, 2件
組織認可番号国
European Research Council (ERC)101054447European Union
German Research Foundation (DFG)SFB1035) ドイツ
引用ジャーナル: Nucleic Acids Res / 年: 2024
タイトル: UPF1 helicase orchestrates mutually exclusive interactions with the SMG6 endonuclease and UPF2.
著者: Lukas M Langer / Katharina Kurscheidt / Jérôme Basquin / Fabien Bonneau / Iuliia Iermak / Claire Basquin / Elena Conti /
要旨: Nonsense-mediated mRNA decay (NMD) is a conserved co-translational mRNA surveillance and turnover pathway across eukaryotes. NMD has a central role in degrading defective mRNAs and also regulates the ...Nonsense-mediated mRNA decay (NMD) is a conserved co-translational mRNA surveillance and turnover pathway across eukaryotes. NMD has a central role in degrading defective mRNAs and also regulates the stability of a significant portion of the transcriptome. The pathway is organized around UPF1, an RNA helicase that can interact with several NMD-specific factors. In human cells, degradation of the targeted mRNAs begins with a cleavage event that requires the recruitment of the SMG6 endonuclease to UPF1. Previous studies have identified functional links between SMG6 and UPF1, but the underlying molecular mechanisms have remained elusive. Here, we used mass spectrometry, structural biology and biochemical approaches to identify and characterize a conserved short linear motif in SMG6 that interacts with the cysteine/histidine-rich (CH) domain of UPF1. Unexpectedly, we found that the UPF1-SMG6 interaction is precluded when the UPF1 CH domain is engaged with another NMD factor, UPF2. Based on cryo-EM data, we propose that the formation of distinct SMG6-containing and UPF2-containing NMD complexes may be dictated by different conformational states connected to the RNA-binding status of UPF1. Our findings rationalize a key event in metazoan NMD and advance our understanding of mechanisms regulating activity and guiding substrate recognition by the SMG6 endonuclease.
履歴
登録2024年2月6日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02024年5月15日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年6月19日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation_author.identifier_ORCID

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構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
E: Regulator of nonsense transcripts 1
F: Telomerase-binding protein EST1A
A: Regulator of nonsense transcripts 1
B: Telomerase-binding protein EST1A
D: Regulator of nonsense transcripts 1
G: Telomerase-binding protein EST1A
I: Regulator of nonsense transcripts 1
J: Telomerase-binding protein EST1A
L: Regulator of nonsense transcripts 1
N: Telomerase-binding protein EST1A
P: Regulator of nonsense transcripts 1
Q: Telomerase-binding protein EST1A
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)127,39125
ポリマ－126,54112
非ポリマー85013
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)87.165, 90.677, 92.291
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 113.361, 90.000
Int Tables number4
Space group name H-MP1211
Space group name HallP2yb
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: -x,y+1/2,-z
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
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NCSドメイン領域:
Dom-IDComponent-IDEns-IDBeg auth comp-IDBeg label comp-IDEnd auth comp-IDEnd label comp-IDAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
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NCSアンサンブル:
ID
ens_1
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NCS oper:
IDCodeMatrixベクター
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4given(-0.999654100052, 0.0228645153599, -0.0129959296522), (-0.0233157955503, -0.999090366305, 0.0357045324178), (-0.0121677412868, 0.0359951926607, 0.999277885364)7.29170612429, -4.03265378048, -0.00315383137411
5given(-0.752599452283, 0.0755293749741, -0.654132538511), (-0.0578855692606, -0.997142681189, -0.0485359065333), (-0.655929359988, 0.00133673769061, 0.754821096577)55.74287582, 15.8650553711, 73.4222568258
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7given(0.151483464419, -0.0281763628957, -0.988058122066), (0.040400005198, 0.998934871762, -0.0222926346275), (0.987633838823, -0.036540587743, 0.152460440311)16.9933649486, 13.2899286376, 6.06845754344
8given(0.630679470348, -0.0469018704022, 0.77462482547), (-0.0558438031529, 0.992841438955, 0.105580996123), (-0.774031572567, -0.109845762984, 0.623545534042)-46.6725983128, -14.9519986951, 78.0844928022
9given(-0.999142190399, -0.0402804251916, -0.00961096828793), (0.0388465834999, -0.992079025883, 0.119457730403), (-0.01434664823, 0.118981905133, 0.99279276787)6.84005432673, -8.32985961908, 0.723155267491
10given(-0.7997076155, 0.0796377690952, -0.595084494374), (-0.0647884379121, -0.99682273954, -0.04633448229), (-0.596883730742, 0.0015005564687, 0.802326342772)56.1048555815, 15.5992144252, 70.3440741638

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要素

#1: タンパク質
Regulator of nonsense transcripts 1 / ATP-dependent helicase RENT1 / Nonsense mRNA reducing factor 1 / NORF1 / Up-frameshift suppressor 1 ...ATP-dependent helicase RENT1 / Nonsense mRNA reducing factor 1 / NORF1 / Up-frameshift suppressor 1 homolog / hUpf1


分子量: 19482.277 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: UPF1, KIAA0221, RENT1 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): E.Coli pRare / 参照: UniProt: Q92900, DNA helicase, RNA helicase
#2: タンパク質・ペプチド
Telomerase-binding protein EST1A / Ever shorter telomeres 1A / hEST1A / Nonsense mediated mRNA decay factor SMG6 / Smg-6 homolog / hSmg5/7a


分子量: 1607.920 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Homo sapiens (ヒト)
参照: UniProt: Q86US8, 加水分解酵素; エステル加水分解酵素
#3: 化合物
ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 13 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.65 Å3/Da / 溶媒含有率: 53.51 %
結晶化温度: 277.15 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法
詳細: solution (28% (w/v) PEG 3500, 0.2M Lithium sulfate and 0.1 M Tris pH 7.8)
PH範囲: 7.8

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X10SA / 波長: 1 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2023年3月31日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.597→43.44 Å / Num. obs: 75047 / % possible obs: 93.69 % / 冗長度: 2 % / Biso Wilson estimate: 54.01 Å2 / CC1/2: 0.99 / Net I/σ(I): 6.91
反射 シェル解像度: 2.6→2.63 Å / Num. unique obs: 2523 / CC1/2: 0.84

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.21rc1_5109精密化
XDSデータスケーリング
XSCALEデータスケーリング
PHASER位相決定
XDSデータ削減
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.6→43.44 Å / SU ML: 0.3872 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.05 / 位相誤差: 33.2292
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2947 3750 5 %
Rwork0.2811 71280 -
obs0.2818 75030 93.69 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 61.08 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.6→43.44 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数7182 0 13 0 7195
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00757332
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.10519944
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.06351130
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X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d14.4762662
Refine LS restraints NCS
Ens-IDDom-IDAsym-IDAuth asym-IDRefine-IDタイプRms dev position (Å)
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ens_1d_5CAX-RAY DIFFRACTIONTorsion NCS1.00097848596
ens_1d_6CAX-RAY DIFFRACTIONTorsion NCS1.02442561245
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ens_2d_6DBX-RAY DIFFRACTIONTorsion NCS1.01410998668
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.6-2.630.35181280.31362395X-RAY DIFFRACTION83.21
2.63-2.660.3851450.30612773X-RAY DIFFRACTION99.18
2.66-2.70.31331440.31272737X-RAY DIFFRACTION98.36
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2.82-2.870.34821420.33632732X-RAY DIFFRACTION98.16
2.87-2.920.37361500.32332804X-RAY DIFFRACTION98.07
2.92-2.970.30151450.31922697X-RAY DIFFRACTION97.33
2.97-3.030.36421430.3152706X-RAY DIFFRACTION96.71
3.03-3.090.2841430.32242743X-RAY DIFFRACTION96.75
3.09-3.160.32941400.30772700X-RAY DIFFRACTION95.85
3.16-3.230.38391400.31712714X-RAY DIFFRACTION95.45
3.23-3.310.33321410.32852653X-RAY DIFFRACTION94.23
3.31-3.40.3431360.30882621X-RAY DIFFRACTION92.95
3.4-3.50.31491370.28952568X-RAY DIFFRACTION90.99
3.5-3.620.32551330.2862527X-RAY DIFFRACTION90.11
3.62-3.750.2891350.28212531X-RAY DIFFRACTION91.08
3.75-3.90.27751320.27392550X-RAY DIFFRACTION90.46
3.9-4.070.25751360.25622555X-RAY DIFFRACTION90.7
4.07-4.290.2461340.2542581X-RAY DIFFRACTION90.14
4.29-4.560.2451370.24642495X-RAY DIFFRACTION89.95
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6.18-7.780.31861300.28342553X-RAY DIFFRACTION90.64
7.78-43.440.29491330.26572583X-RAY DIFFRACTION91.36

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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