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- PDB-8rwv: Human OCCM DNA licensing intermediate -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8rwv
タイトルHuman OCCM DNA licensing intermediate
要素
  • (DNA replication licensing factor ...) x 4
  • (DNA) x 2
  • (Isoform 2 of ...) x 2
  • (Origin recognition complex subunit ...) x 4
  • Cell division control protein 6 homolog
  • DNA replication factor Cdt1
キーワードREPLICATION / DNA Replication / MCM2-7 / DNA licensing / human / origin / ORC / pre-RC / Cdc6 / Cdt1
機能・相同性
機能・相同性情報


DNA replication preinitiation complex assembly / response to sorbitol / positive regulation of chromosome segregation / positive regulation of chromatin binding / cellular response to vasopressin / polar body extrusion after meiotic divisions / CDC6 association with the ORC:origin complex / origin recognition complex / positive regulation of DNA-templated DNA replication / regulation of nuclear cell cycle DNA replication ...DNA replication preinitiation complex assembly / response to sorbitol / positive regulation of chromosome segregation / positive regulation of chromatin binding / cellular response to vasopressin / polar body extrusion after meiotic divisions / CDC6 association with the ORC:origin complex / origin recognition complex / positive regulation of DNA-templated DNA replication / regulation of nuclear cell cycle DNA replication / E2F-enabled inhibition of pre-replication complex formation / Switching of origins to a post-replicative state / Unwinding of DNA / negative regulation of DNA-templated DNA replication / nuclear origin of replication recognition complex / traversing start control point of mitotic cell cycle / Regulation of MITF-M-dependent genes involved in DNA replication, damage repair and senescence / alpha DNA polymerase:primase complex / mitotic DNA replication / regulation of phosphorylation / DNA replication checkpoint signaling / attachment of mitotic spindle microtubules to kinetochore / CMG complex / inner kinetochore / nuclear pre-replicative complex / DNA replication preinitiation complex / MCM complex / regulation of cyclin-dependent protein serine/threonine kinase activity / mitotic DNA replication checkpoint signaling / double-strand break repair via break-induced replication / mitotic DNA replication initiation / Transcription of E2F targets under negative control by DREAM complex / neural precursor cell proliferation / regulation of mitotic metaphase/anaphase transition / regulation of DNA-templated DNA replication initiation / DNA strand elongation involved in DNA replication / positive regulation of cytokinesis / negative regulation of DNA replication / spindle midzone / G1/S-Specific Transcription / negative regulation of cell cycle / regulation of DNA replication / cellular response to angiotensin / DNA replication origin binding / cochlea development / protein polymerization / Activation of the pre-replicative complex / DNA replication initiation / glial cell proliferation / Activation of ATR in response to replication stress / heterochromatin / intercellular bridge / DNA polymerase binding / cellular response to interleukin-4 / DNA helicase activity / protein serine/threonine kinase binding / Assembly of the ORC complex at the origin of replication / cellular response to epidermal growth factor stimulus / Assembly of the pre-replicative complex / positive regulation of DNA replication / CDK-mediated phosphorylation and removal of Cdc6 / helicase activity / kinetochore / Orc1 removal from chromatin / cellular response to xenobiotic stimulus / positive regulation of fibroblast proliferation / spindle pole / mitotic spindle / mitotic cell cycle / nucleosome assembly / single-stranded DNA binding / histone binding / DNA helicase / chromosome, telomeric region / DNA replication / cell population proliferation / nuclear body / cilium / negative regulation of cell population proliferation / cell division / nucleotide binding / intracellular membrane-bounded organelle / apoptotic process / centrosome / DNA damage response / chromatin binding / chromatin / nucleolus / perinuclear region of cytoplasm / enzyme binding / negative regulation of transcription by RNA polymerase II / ATP hydrolysis activity / DNA binding / zinc ion binding / nucleoplasm / ATP binding / metal ion binding / identical protein binding / nucleus / membrane
類似検索 - 分子機能
CDT1 Geminin-binding domain-like / DNA replication factor Cdt1 / DNA replication factor CDT1 like / DNA replication factor CDT1 like / DNA replication factor Cdt1, C-terminal / DNA replication factor Cdt1, C-terminal WH domain superfamily / DNA replication factor Cdt1 C-terminal domain / Cell division protein Cdc6/18 / : / Cdc6/ORC-like, ATPase lid domain ...CDT1 Geminin-binding domain-like / DNA replication factor Cdt1 / DNA replication factor CDT1 like / DNA replication factor CDT1 like / DNA replication factor Cdt1, C-terminal / DNA replication factor Cdt1, C-terminal WH domain superfamily / DNA replication factor Cdt1 C-terminal domain / Cell division protein Cdc6/18 / : / Cdc6/ORC-like, ATPase lid domain / Origin recognition complex subunit 3, insertion domain / Origin recognition complex subunit 3 insertion domain / CDC6, C terminal / Cdc6, C-terminal / CDC6, C terminal winged helix domain / Origin recognition complex subunit 4 / Origin recognition complex, subunit 3 / Origin recognition complex, subunit 5 / Origin recognition complex subunit 4, C-terminal / Origin recognition complex subunit 3, winged helix C-terminal / Origin recognition complex subunit 3, N-terminal / : / : / Origin recognition complex (ORC) subunit 3 N-terminus / Origin recognition complex (ORC) subunit 4 C-terminus / Origin recognition complex (ORC) subunit 5 C-terminus / Origin recognition complex winged helix C-terminal / ORC5, lid domain / Orc1-like, AAA ATPase domain / : / : / Origin recognition complex subunit 2 RecA-like domain / ORC2 WHD / AAA ATPase domain / Origin recognition complex, subunit 2 / DNA replication licensing factor MCM2-like, winged-helix domain / AAA lid domain / AAA lid domain / : / DNA replication licensing factor MCM7, winged helix / MCM4, winged helix domain / DNA replication licensing factor Mcm3 / Mini-chromosome maintenance complex protein 4 / : / MCM3-like, winged helix domain / DNA replication licensing factor Mcm6 / DNA replication licensing factor Mcm7 / Mcm6, C-terminal winged-helix domain / MCM6 C-terminal winged-helix domain / DNA replication licensing factor Mcm2 / Mini-chromosome maintenance protein 2 / Mini-chromosome maintenance, conserved site / MCM family signature. / Bromo adjacent homology domain / BAH domain / Bromo adjacent homology (BAH) domain / Bromo adjacent homology (BAH) domain superfamily / BAH domain profile. / MCM N-terminal domain / MCM N-terminal domain / MCM OB domain / MCM OB domain / Mini-chromosome maintenance protein / MCM, AAA-lid domain / MCM P-loop domain / MCM AAA-lid domain / MCM family domain profile. / minichromosome maintenance proteins / MCM domain / ATPase family associated with various cellular activities (AAA) / ATPase, AAA-type, core / Winged helix DNA-binding domain superfamily / Winged helix-like DNA-binding domain superfamily / Nucleic acid-binding, OB-fold / ATPases associated with a variety of cellular activities / AAA+ ATPase domain / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase
類似検索 - ドメイン・相同性
DNA / DNA (> 10) / Origin recognition complex subunit 5 / Origin recognition complex subunit 4 / DNA replication licensing factor MCM3 / DNA replication licensing factor MCM4 / DNA replication licensing factor MCM7 / DNA replication licensing factor MCM2 / Origin recognition complex subunit 1 / Origin recognition complex subunit 2 ...DNA / DNA (> 10) / Origin recognition complex subunit 5 / Origin recognition complex subunit 4 / DNA replication licensing factor MCM3 / DNA replication licensing factor MCM4 / DNA replication licensing factor MCM7 / DNA replication licensing factor MCM2 / Origin recognition complex subunit 1 / Origin recognition complex subunit 2 / DNA replication licensing factor MCM6 / Cell division control protein 6 homolog / DNA replication factor Cdt1 / Origin recognition complex subunit 3
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 6.68 Å
データ登録者Wells, J.N. / Leber, V. / Edwards, L.V. / Allyjaun, S. / Peach, M. / Tomkins, J. / Kefala-Stavridi, A. / Faull, S.V. / Aramayo, R. / Pestana, C.M. ...Wells, J.N. / Leber, V. / Edwards, L.V. / Allyjaun, S. / Peach, M. / Tomkins, J. / Kefala-Stavridi, A. / Faull, S.V. / Aramayo, R. / Pestana, C.M. / Ranjha, L. / Speck, C.
資金援助 英国, 1件
組織認可番号国
Cancer Research UK100006 英国
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2025
タイトル: Reconstitution of human DNA licensing and the structural and functional analysis of key intermediates.
著者: Jennifer N Wells / Lucy V Edwardes / Vera Leber / Shenaz Allyjaun / Matthew Peach / Joshua Tomkins / Antonia Kefala-Stavridi / Sarah V Faull / Ricardo Aramayo / Carolina M Pestana / Lepakshi ...著者: Jennifer N Wells / Lucy V Edwardes / Vera Leber / Shenaz Allyjaun / Matthew Peach / Joshua Tomkins / Antonia Kefala-Stavridi / Sarah V Faull / Ricardo Aramayo / Carolina M Pestana / Lepakshi Ranjha / Christian Speck /
要旨: Human DNA licensing initiates replication fork assembly and DNA replication. This reaction promotes the loading of the hMCM2-7 complex on DNA, which represents the core of the replicative helicase ...Human DNA licensing initiates replication fork assembly and DNA replication. This reaction promotes the loading of the hMCM2-7 complex on DNA, which represents the core of the replicative helicase that unwinds DNA during S-phase. Here, we report the reconstitution of human DNA licensing using purified proteins. We showed that the in vitro reaction is specific and results in the assembly of high-salt resistant hMCM2-7 double-hexamers. With ATPγS, an hORC1-5-hCDC6-hCDT1-hMCM2-7 (hOCCM) assembles independent of hORC6, but hORC6 enhances double-hexamer formation. We determined the hOCCM structure, which showed that hORC-hCDC6 recruits hMCM2-7 via five hMCM winged-helix domains. The structure highlights how hORC1 activates the hCDC6 ATPase and uncovered an unexpected role for hCDC6 ATPase in complex disassembly. We identified that hCDC6 binding to hORC1-5 stabilises hORC2-DNA interactions and supports hMCM3-dependent recruitment of hMCM2-7. Finally, the structure allowed us to locate cancer-associated mutations at the hCDC6-hMCM3 interface, which showed specific helicase loading defects.
履歴
登録2024年2月5日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02025年2月5日Provider: repository / タイプ: Initial release

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
2: DNA replication licensing factor MCM2
3: Isoform 2 of DNA replication licensing factor MCM3
4: DNA replication licensing factor MCM4
6: DNA replication licensing factor MCM6
7: DNA replication licensing factor MCM7
A: Origin recognition complex subunit 1
B: Origin recognition complex subunit 2
C: Isoform 2 of Origin recognition complex subunit 3
D: Origin recognition complex subunit 4
E: Origin recognition complex subunit 5
F: Cell division control protein 6 homolog
G: DNA replication factor Cdt1
H: DNA
J: DNA


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)967,37414
ポリマ－967,37414
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: 電子顕微鏡法, not applicable
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1

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要素

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DNA replication licensing factor ... , 4種, 4分子 2467

#1: タンパク質 DNA replication licensing factor MCM2 / Minichromosome maintenance protein 2 homolog / Nuclear protein BM28


分子量: 106435.773 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: MCM2, BM28, CCNL1, CDCL1, KIAA0030 / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P49736, DNA helicase
#3: タンパク質 DNA replication licensing factor MCM4 / CDC21 homolog / P1-CDC21


分子量: 99119.461 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: MCM4, CDC21 / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P33991, DNA helicase
#4: タンパク質 DNA replication licensing factor MCM6 / p105MCM


分子量: 93010.273 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: MCM6 / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: Q14566, DNA helicase
#5: タンパク質 DNA replication licensing factor MCM7 / CDC47 homolog / P1.1-MCM3


分子量: 81411.875 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: MCM7, CDC47, MCM2 / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P33993, DNA helicase

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Isoform 2 of ... , 2種, 2分子 3C

#2: タンパク質 Isoform 2 of DNA replication licensing factor MCM3 / DNA polymerase alpha holoenzyme-associated protein P1 / P1-MCM3 / RLF subunit beta / p102


分子量: 96043.320 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: MCM3 / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P25205, DNA helicase
#8: タンパク質 Isoform 2 of Origin recognition complex subunit 3 / Origin recognition complex subunit Latheo


分子量: 82436.133 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: ORC3, LATHEO, ORC3L / 発現宿主: Saccharomyces cerevisiae S288C (パン酵母) / 参照: UniProt: Q9UBD5

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Origin recognition complex subunit ... , 4種, 4分子 ABDE

#6: タンパク質 Origin recognition complex subunit 1 / Replication control protein 1


分子量: 108813.562 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: ORC1, ORC1L, PARC1 / 発現宿主: Saccharomyces cerevisiae S288C (パン酵母) / 参照: UniProt: Q13415
#7: タンパク質 Origin recognition complex subunit 2


分子量: 66063.375 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: ORC2, ORC2L / 発現宿主: Saccharomyces cerevisiae S288C (パン酵母) / 参照: UniProt: Q13416
#9: タンパク質 Origin recognition complex subunit 4


分子量: 50443.266 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: ORC4, ORC4L / 発現宿主: Saccharomyces cerevisiae S288C (パン酵母) / 参照: UniProt: O43929
#10: タンパク質 Origin recognition complex subunit 5


分子量: 50349.934 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: ORC5, ORC5L / 発現宿主: Saccharomyces cerevisiae S288C (パン酵母) / 参照: UniProt: O43913

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タンパク質 , 2種, 2分子 FG

#11: タンパク質 Cell division control protein 6 homolog / CDC6-related protein / Cdc18-related protein / HsCdc18 / p62(cdc6) / HsCDC6


分子量: 62834.379 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: CDC6, CDC18L / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q99741
#12: タンパク質 DNA replication factor Cdt1 / Double parked homolog / DUP


分子量: 46099.020 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: CDT1 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q9H211

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DNA鎖 , 2種, 2分子 HJ

#13: DNA鎖 DNA


分子量: 11933.735 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト)
#14: DNA鎖 DNA


分子量: 12379.996 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト)

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詳細

Has protein modificationN

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実験情報

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実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

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試料調製

構成要素名称: hOCCM / タイプ: COMPLEX / Entity ID: all / 由来: RECOMBINANT
分子量値: 1.01 MDa / 実験値: NO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
由来(組換発現)生物種: Homo sapiens (ヒト)
緩衝液pH: 7.5
試料包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
試料支持グリッドの材料: COPPER / グリッドのサイズ: 300 divisions/in. / グリッドのタイプ: Quantifoil R2/2
急速凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: TFS KRIOS
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズモード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 2500 nm / 最小 デフォーカス（公称値）: 500 nm / C2レンズ絞り径: 50 µm / アライメント法: COMA FREE
試料ホルダ凍結剤: NITROGEN
撮影平均露光時間: 3 sec. / 電子線照射量: 40 e/Å2 / フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) / 撮影したグリッド数: 1 / 実像数: 18022
画像スキャン横: 5760 / 縦: 4092

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解析

EMソフトウェア名称: PHENIX / バージョン: 1.20.1_4487: / カテゴリ: モデル精密化
CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
粒子像の選択選択した粒子像数: 1598732
3次元再構成解像度: 6.68 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 8730 / クラス平均像の数: 1 / 対称性のタイプ: POINT

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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