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- EMDB-19566: Human OCCM DNA licensing intermediate -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-19566
タイトルHuman OCCM DNA licensing intermediate
マップデータ
試料
  • 複合体: hOCCM
    • タンパク質・ペプチド: x 12種
    • DNA: x 2種
キーワードDNA Replication / MCM2-7 / DNA licensing / human / origin / ORC / pre-RC / Cdc6 / Cdt1 / REPLICATION
機能・相同性
機能・相同性情報


DNA replication preinitiation complex assembly / response to sorbitol / positive regulation of chromosome segregation / cellular response to vasopressin / polar body extrusion after meiotic divisions / CDC6 association with the ORC:origin complex / origin recognition complex / positive regulation of DNA-templated DNA replication / regulation of nuclear cell cycle DNA replication / E2F-enabled inhibition of pre-replication complex formation ...DNA replication preinitiation complex assembly / response to sorbitol / positive regulation of chromosome segregation / cellular response to vasopressin / polar body extrusion after meiotic divisions / CDC6 association with the ORC:origin complex / origin recognition complex / positive regulation of DNA-templated DNA replication / regulation of nuclear cell cycle DNA replication / E2F-enabled inhibition of pre-replication complex formation / Switching of origins to a post-replicative state / Unwinding of DNA / negative regulation of DNA-templated DNA replication / nuclear origin of replication recognition complex / traversing start control point of mitotic cell cycle / Regulation of MITF-M-dependent genes involved in DNA replication, damage repair and senescence / alpha DNA polymerase:primase complex / mitotic DNA replication / DNA replication checkpoint signaling / attachment of mitotic spindle microtubules to kinetochore / CMG complex / inner kinetochore / regulation of phosphorylation / nuclear pre-replicative complex / DNA replication preinitiation complex / MCM complex / mitotic DNA replication checkpoint signaling / double-strand break repair via break-induced replication / mitotic DNA replication initiation / Transcription of E2F targets under negative control by DREAM complex / positive regulation of chromatin binding / neural precursor cell proliferation / regulation of mitotic metaphase/anaphase transition / regulation of cyclin-dependent protein serine/threonine kinase activity / regulation of DNA-templated DNA replication initiation / DNA strand elongation involved in DNA replication / cochlea development / negative regulation of DNA replication / G1/S-Specific Transcription / positive regulation of cytokinesis / regulation of DNA replication / negative regulation of cell cycle / DNA replication origin binding / cellular response to angiotensin / protein polymerization / Activation of the pre-replicative complex / DNA replication initiation / spindle midzone / glial cell proliferation / heterochromatin / Activation of ATR in response to replication stress / intercellular bridge / DNA polymerase binding / protein serine/threonine kinase binding / cellular response to epidermal growth factor stimulus / Assembly of the ORC complex at the origin of replication / cellular response to interleukin-4 / positive regulation of DNA replication / Assembly of the pre-replicative complex / kinetochore / CDK-mediated phosphorylation and removal of Cdc6 / Orc1 removal from chromatin / positive regulation of fibroblast proliferation / spindle pole / mitotic spindle / cellular response to xenobiotic stimulus / nucleosome assembly / mitotic cell cycle / single-stranded DNA binding / DNA helicase / histone binding / forked DNA-dependent helicase activity / single-stranded 3'-5' DNA helicase activity / four-way junction helicase activity / double-stranded DNA helicase activity / chromosome, telomeric region / cell population proliferation / DNA replication / nuclear body / cilium / negative regulation of cell population proliferation / cell division / nucleotide binding / intracellular membrane-bounded organelle / apoptotic process / centrosome / DNA damage response / chromatin binding / chromatin / nucleolus / perinuclear region of cytoplasm / enzyme binding / negative regulation of transcription by RNA polymerase II / ATP hydrolysis activity / DNA binding / zinc ion binding / nucleoplasm / ATP binding / metal ion binding / identical protein binding
類似検索 - 分子機能
CDT1 Geminin-binding domain-like / DNA replication factor Cdt1 / DNA replication factor CDT1 like / DNA replication factor CDT1 like / DNA replication factor Cdt1, C-terminal / DNA replication factor Cdt1, C-terminal WH domain superfamily / DNA replication factor Cdt1 C-terminal domain / Cell division protein Cdc6/18 / : / Cdc6/ORC-like, ATPase lid domain ...CDT1 Geminin-binding domain-like / DNA replication factor Cdt1 / DNA replication factor CDT1 like / DNA replication factor CDT1 like / DNA replication factor Cdt1, C-terminal / DNA replication factor Cdt1, C-terminal WH domain superfamily / DNA replication factor Cdt1 C-terminal domain / Cell division protein Cdc6/18 / : / Cdc6/ORC-like, ATPase lid domain / Origin recognition complex subunit 3, insertion domain / Origin recognition complex subunit 3 insertion domain / CDC6, C terminal / Cdc6, C-terminal / CDC6, C terminal winged helix domain / Origin recognition complex subunit 4 / Origin recognition complex, subunit 3 / Origin recognition complex, subunit 5 / Origin recognition complex subunit 4, C-terminal / Origin recognition complex subunit 3, winged helix C-terminal / Origin recognition complex subunit 3, N-terminal / : / : / Origin recognition complex (ORC) subunit 3 N-terminus / Origin recognition complex (ORC) subunit 4 C-terminus / Origin recognition complex (ORC) subunit 5 C-terminus / Origin recognition complex winged helix C-terminal / ORC5, lid domain / Orc1-like, AAA ATPase domain / Origin recognition complex subunit 2 RecA-like domain / AAA ATPase domain / Origin recognition complex, subunit 2 / DNA replication licensing factor MCM2-like, winged-helix domain / AAA lid domain / AAA lid domain / : / MCM3-like, winged helix domain / DNA replication licensing factor Mcm3 / Mini-chromosome maintenance complex protein 4 / DNA replication licensing factor Mcm6 / DNA replication licensing factor Mcm7 / Mcm6, C-terminal winged-helix domain / MCM6 C-terminal winged-helix domain / DNA replication licensing factor Mcm2 / Mini-chromosome maintenance protein 2 / Mini-chromosome maintenance, conserved site / MCM family signature. / Bromo adjacent homology domain / BAH domain / Bromo adjacent homology (BAH) domain / Bromo adjacent homology (BAH) domain superfamily / BAH domain profile. / MCM N-terminal domain / MCM N-terminal domain / MCM OB domain / MCM OB domain / Mini-chromosome maintenance protein / MCM, AAA-lid domain / MCM P-loop domain / MCM AAA-lid domain / MCM family domain profile. / minichromosome maintenance proteins / MCM domain / ATPase family associated with various cellular activities (AAA) / ATPase, AAA-type, core / Winged helix DNA-binding domain superfamily / Winged helix-like DNA-binding domain superfamily / Nucleic acid-binding, OB-fold / ATPases associated with a variety of cellular activities / AAA+ ATPase domain / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase
類似検索 - ドメイン・相同性
Origin recognition complex subunit 5 / Origin recognition complex subunit 4 / DNA replication licensing factor MCM3 / DNA replication licensing factor MCM4 / DNA replication licensing factor MCM7 / DNA replication licensing factor MCM2 / Origin recognition complex subunit 1 / Origin recognition complex subunit 2 / DNA replication licensing factor MCM6 / Cell division control protein 6 homolog ...Origin recognition complex subunit 5 / Origin recognition complex subunit 4 / DNA replication licensing factor MCM3 / DNA replication licensing factor MCM4 / DNA replication licensing factor MCM7 / DNA replication licensing factor MCM2 / Origin recognition complex subunit 1 / Origin recognition complex subunit 2 / DNA replication licensing factor MCM6 / Cell division control protein 6 homolog / DNA replication factor Cdt1 / Origin recognition complex subunit 3
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 6.68 Å
データ登録者Wells JN / Leber V / Edwards LV / Allyjaun S / Peach M / Tomkins J / Kefala-Stavridi A / Faull SV / Aramayo R / Pestana CM ...Wells JN / Leber V / Edwards LV / Allyjaun S / Peach M / Tomkins J / Kefala-Stavridi A / Faull SV / Aramayo R / Pestana CM / Ranjha L / Speck C
資金援助 英国, 1件
OrganizationGrant number国
Cancer Research UK100006 英国
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2025
タイトル: Reconstitution of human DNA licensing and the structural and functional analysis of key intermediates.
著者: Jennifer N Wells / Lucy V Edwardes / Vera Leber / Shenaz Allyjaun / Matthew Peach / Joshua Tomkins / Antonia Kefala-Stavridi / Sarah V Faull / Ricardo Aramayo / Carolina M Pestana / Lepakshi ...著者: Jennifer N Wells / Lucy V Edwardes / Vera Leber / Shenaz Allyjaun / Matthew Peach / Joshua Tomkins / Antonia Kefala-Stavridi / Sarah V Faull / Ricardo Aramayo / Carolina M Pestana / Lepakshi Ranjha / Christian Speck /
要旨: Human DNA licensing initiates replication fork assembly and DNA replication. This reaction promotes the loading of the hMCM2-7 complex on DNA, which represents the core of the replicative helicase ...Human DNA licensing initiates replication fork assembly and DNA replication. This reaction promotes the loading of the hMCM2-7 complex on DNA, which represents the core of the replicative helicase that unwinds DNA during S-phase. Here, we report the reconstitution of human DNA licensing using purified proteins. We showed that the in vitro reaction is specific and results in the assembly of high-salt resistant hMCM2-7 double-hexamers. With ATPγS, an hORC1-5-hCDC6-hCDT1-hMCM2-7 (hOCCM) assembles independent of hORC6, but hORC6 enhances double-hexamer formation. We determined the hOCCM structure, which showed that hORC-hCDC6 recruits hMCM2-7 via five hMCM winged-helix domains. The structure highlights how hORC1 activates the hCDC6 ATPase and uncovered an unexpected role for hCDC6 ATPase in complex disassembly. We identified that hCDC6 binding to hORC1-5 stabilises hORC2-DNA interactions and supports hMCM3-dependent recruitment of hMCM2-7. Finally, the structure allowed us to locate cancer-associated mutations at the hCDC6-hMCM3 interface, which showed specific helicase loading defects.
履歴
登録2024年2月5日-
ヘッダ(付随情報) 公開2025年2月5日-
マップ公開2025年2月5日-
更新2025年2月5日-
現状2025年2月5日処理サイト: PDBe / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_19566.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_19566.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 103 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
1.1 Å/pix.
x 300 pix.
= 330. Å		1.1 Å/pix.
x 300 pix.
= 330. Å		1.1 Å/pix.
x 300 pix.
= 330. Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.1 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.2
最小 - 最大-0.43658993 - 1.0455133
平均 (標準偏差)0.0060549886 (±0.05182058)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ300300300
Spacing300300300
セルA=B=C: 330.0 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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マスク #1

ファイルemd_19566_msk_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

-
ハーフマップ: #2

ファイルemd_19566_half_map_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

-
ハーフマップ: #1

ファイルemd_19566_half_map_2.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

+
全体 : hOCCM

全体名称: hOCCM
要素
  • 複合体: hOCCM
    • タンパク質・ペプチド: DNA replication licensing factor MCM2
    • タンパク質・ペプチド: Isoform 2 of DNA replication licensing factor MCM3
    • タンパク質・ペプチド: DNA replication licensing factor MCM4
    • タンパク質・ペプチド: DNA replication licensing factor MCM6
    • タンパク質・ペプチド: DNA replication licensing factor MCM7
    • タンパク質・ペプチド: Origin recognition complex subunit 1
    • タンパク質・ペプチド: Origin recognition complex subunit 2
    • タンパク質・ペプチド: Isoform 2 of Origin recognition complex subunit 3
    • タンパク質・ペプチド: Origin recognition complex subunit 4
    • タンパク質・ペプチド: Origin recognition complex subunit 5
    • タンパク質・ペプチド: Cell division control protein 6 homolog
    • タンパク質・ペプチド: DNA replication factor Cdt1
    • DNA: DNA
    • DNA: DNA

+
超分子 #1: hOCCM

超分子名称: hOCCM / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 1.01 MDa

+
分子 #1: DNA replication licensing factor MCM2

分子名称: DNA replication licensing factor MCM2 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO / EC番号: DNA helicase
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 106.435773 KDa
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列: MSAWSHPQFE KGGGSGGGSG GSAWSHPQFE KENLYFQGAG SATMAESSES FTMASSPAQR RRGNDPLTSS PGRSSRRTDA LTSSPGRDL PPFEDESEGL LGTEGPLEEE EDGEELIGDG MERDYRAIPE LDAYEAEGLA LDDEDVEELT ASQREAAERA M RQRDREAG ...文字列:
MSAWSHPQFE KGGGSGGGSG GSAWSHPQFE KENLYFQGAG SATMAESSES FTMASSPAQR RRGNDPLTSS PGRSSRRTDA LTSSPGRDL PPFEDESEGL LGTEGPLEEE EDGEELIGDG MERDYRAIPE LDAYEAEGLA LDDEDVEELT ASQREAAERA M RQRDREAG RGLGRMRRGL LYDSDEEDEE RPARKRRQVE RATEDGEEDE EMIESIENLE DLKGHSVREW VSMAGPRLEI HH RFKNFLR THVDSHGHNV FKERISDMCK ENRESLVVNY EDLAAREHVL AYFLPEAPAE LLQIFDEAAL EVVLAMYPKY DRI TNHIHV RISHLPLVEE LRSLRQLHLN QLIRTSGVVT SCTGVLPQLS MVKYNCNKCN FVLGPFCQSQ NQEVKPGSCP ECQS AGPFE VNMEETIYQN YQRIRIQESP GKVAAGRLPR SKDAILLADL VDSCKPGDEI ELTGIYHNNY DGSLNTANGF PVFAT VILA NHVAKKDNKV AVGELTDEDV KMITSLSKDQ QIGEKIFASI APSIYGHEDI KRGLALALFG GEPKNPGGKH KVRGDI NVL LCGDPGTAKS QFLKYIEKVS SRAIFTTGQG ASAVGLTAYV QRHPVSREWT LEAGALVLAD RGVCLIDEFD KMNDQDR TS IHEAMEQQSI SISKAGIVTS LQARCTVIAA ANPIGGRYDP SLTFSENVDL TEPIISRFDI LCVVRDTVDP VQDEMLAR F VVGSHVRHHP SNKEEEGLAN GSAAEPAMPN TYGVEPLPQE VLKKYIIYAK ERVHPKLNQM DQDKVAKMYS DLRKESMAT GSIPITVRHI ESMIRMAEAH ARIHLRDYVI EDDVNMAIRV MLESFIDTQK FSVMRSMRKT FARYLSFRRD NNELLLFILK QLVAEQVTY QRNRFGAQQD TIEVPEKDLV DKARQINIHN LSAFYDSELF RMNKFSHDLK RKMILQQF

UniProtKB: DNA replication licensing factor MCM2

+
分子 #2: Isoform 2 of DNA replication licensing factor MCM3

分子名称: Isoform 2 of DNA replication licensing factor MCM3 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO / EC番号: DNA helicase
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 96.04332 KDa
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列: MLPRSPPLPR GNLWWREEFG SFRAGVESSW EPPRDFGGGS SLAAGMAGTV VLDDVELREA QRDYLDFLDD EEDQGIYQSK VRELISDNQ YRLIVNVNDL RRKNEKRANR LLNNAFEELV AFQRALKDFV ASIDATYAKQ YEEFYVGLEG SFGSKHVSPR T LTSCFLSC ...文字列:
MLPRSPPLPR GNLWWREEFG SFRAGVESSW EPPRDFGGGS SLAAGMAGTV VLDDVELREA QRDYLDFLDD EEDQGIYQSK VRELISDNQ YRLIVNVNDL RRKNEKRANR LLNNAFEELV AFQRALKDFV ASIDATYAKQ YEEFYVGLEG SFGSKHVSPR T LTSCFLSC VVCVEGIVTK CSLVRPKVVR SVHYCPATKK TIERRYSDLT TLVAFPSSSV YPTKDEENNP LETEYGLSVY KD HQTITIQ EMPEKAPAGQ LPRSVDVILD DDLVDKAKPG DRVQVVGTYR CLPGKKGGYT SGTFRTVLIA CNVKQMSKDA QPS FSAEDI AKIKKFSKTR SKDIFDQLAK SLAPSIHGHD YVKKAILCLL LGGVERDLEN GSHIRGDINI LLIGDPSVAK SQLL RYVLC TAPRAIPTTG RGSSGVGLTA AVTTDQETGE RRLEAGAMVL ADRGVVCIDE FDKMSDMDRT AIHEVMEQGR VTIAK AGIH ARLNARCSVL AAANPVYGRY DQYKTPMENI GLQDSLLSRF DLLFIMLDQM DPEQDREISD HVLRMHRYRA PGEQDG DAM PLGSAVDILA TDDPNFSQED QQDTQIYEKH DNLLHGTKKK KEKMVSAAFM KKYIHVAKII KPVLTQESAT YIAEEYS RL RSQDSMSSDT ARTSPVTART LETLIRLATA HAKARMSKTV DLQDAEEAVE LVQYAYFKKV LEKEKKRKKR SEDESETE D EEEKSQEDQE QKRKRRKTRQ PDAKDGDSYD PYDFSDTEEE MPQVHTPKTA DSQETKESQK VELSESRLKA FKVALLDVF REAHAQSIGM NRLTESINRD SEEPFSSVEI QAALSKMQDD NQVMVSEGII FLI

UniProtKB: DNA replication licensing factor MCM3

+
分子 #3: DNA replication licensing factor MCM4

分子名称: DNA replication licensing factor MCM4 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO / EC番号: DNA helicase
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 99.119461 KDa
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列: MHHHHHHHHE NLYFQGSSAT MSSPASTPSR RGSRRGRATP AQTPRSEDAR SSPSQRRRGE DSTSTGELQP MPTSPGVDLQ SPAAQDVLF SSPPQMHSSA IPLDFDVSSP LTYGTPSSRV EGTPRSGVRG TPVRQRPDLG SAQKGLQVDL QSDGAAAEDI V ASEQSLGQ ...文字列:
MHHHHHHHHE NLYFQGSSAT MSSPASTPSR RGSRRGRATP AQTPRSEDAR SSPSQRRRGE DSTSTGELQP MPTSPGVDLQ SPAAQDVLF SSPPQMHSSA IPLDFDVSSP LTYGTPSSRV EGTPRSGVRG TPVRQRPDLG SAQKGLQVDL QSDGAAAEDI V ASEQSLGQ KLVIWGTDVN VAACKENFQR FLQRFIDPLA KEEENVGIDI TEPLYMQRLG EINVIGEPFL NVNCEHIKSF DK NLYRQLI SYPQEVIPTF DMAVNEIFFD RYPDSILEHQ IQVRPFNALK TKNMRNLNPE DIDQLITISG MVIRTSQLIP EMQ EAFFQC QVCAHTTRVE MDRGRIAEPS VCGRCHTTHS MALIHNRSLF SDKQMIKLQE SPEDMPAGQT PHTVILFAHN DLVD KVQPG DRVNVTGIYR AVPIRVNPRV SNVKSVYKTH IDVIHYRKTD AKRLHGLDEE AEQKLFSEKR VELLKELSRK PDIYE RLAS ALAPSIYEHE DIKKGILLQL FGGTRKDFSH TGRGKFRAEI NILLCGDPGT SKSQLLQYVY NLVPRGQYTS GKGSSA VGL TAYVMKDPET RQLVLQTGAL VLSDNGICCI DEFDKMNEST RSVLHEVMEQ QTLSIAKAGI ICQLNARTSV LAAANPI ES QWNPKKTTIE NIQLPHTLLS RFDLIFLLLD PQDEAYDRRL AHHLVALYYQ SEEQAEEELL DMAVLKDYIA YAHSTIMP R LSEEASQALI EAYVDMRKIG SSRGMVSAYP RQLESLIRLA EAHAKVRLSN KVEAIDVEEA KRLHREALKQ SATDPRTGI VDISILTTGM SATSRKRKEE LAEALKKLIL SKGKTPALKY QQLFEDIRGQ SDIAITKDMF EEALRALADD DFLTVTGKTV RLL

UniProtKB: DNA replication licensing factor MCM4

+
分子 #4: DNA replication licensing factor MCM6

分子名称: DNA replication licensing factor MCM6 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 4 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO / EC番号: DNA helicase
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 93.010273 KDa
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列: MDLAAAAEPG AGSQHLEVRD EVAEKCQKLF LDFLEEFQSS DGEIKYLQLA EELIRPERNT LVVSFVDLEQ FNQQLSTTIQ EEFYRVYPY LCRALKTFVK DRKEIPLAKD FYVAFQDLPT RHKIRELTSS RIGLLTRISG QVVRTHPVHP ELVSGTFLCL D CQTVIRDV ...文字列:
MDLAAAAEPG AGSQHLEVRD EVAEKCQKLF LDFLEEFQSS DGEIKYLQLA EELIRPERNT LVVSFVDLEQ FNQQLSTTIQ EEFYRVYPY LCRALKTFVK DRKEIPLAKD FYVAFQDLPT RHKIRELTSS RIGLLTRISG QVVRTHPVHP ELVSGTFLCL D CQTVIRDV EQQFKYTQPN ICRNPVCANR RRFLLDTNKS RFVDFQKVRI QETQAELPRG SIPRSLEVIL RAEAVESAQA GD KCDFTGT LIVVPDVSKL STPGARAETN SRVSGVDGYE TEGIRGLRAL GVRDLSYRLV FLACCVAPTN PRFGGKELRD EEQ TAESIK NQMTVKEWEK VFEMSQDKNL YHNLCTSLFP TIHGNDEVKR GVLLMLFGGV PKTTGEGTSL RGDINVCIVG DPST AKSQF LKHVEEFSPR AVYTSGKASS AAGLTAAVVR DEESHEFVIE AGALMLADNG VCCIDEFDKM DVRDQVAIHE AMEQQ TISI TKAGVKATLN ARTSILAAAN PISGHYDRSK SLKQNINLSA PIMSRFDLFF ILVDECNEVT DYAIARRIVD LHSRIE ESI DRVYSLDDIR RYLLFARQFK PKISKESEDF IVEQYKHLRQ RDGSGVTKSS WRITVRQLES MIRLSEAMAR MHCCDEV QP KHVKEAFRLL NKSIIRVETP DVNLDQEEEI QMEVDEGAGG INGHADSPAP VNGINGYNED INQESAPKAS LRLGFSEY C RISNLIVLHL RKVEEEEDES ALKRSELVNW YLKEIESEID SEEELINKKR IIEKVIHRLT HYDHVLIELT QAGLKGSTE GSESYEEDPY LVVNPNYLLE D

UniProtKB: DNA replication licensing factor MCM6

+
分子 #5: DNA replication licensing factor MCM7

分子名称: DNA replication licensing factor MCM7 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 5 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO / EC番号: DNA helicase
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 81.411875 KDa
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列: MALKDYALEK EKVKKFLQEF YQDDELGKKQ FKYGNQLVRL AHREQVALYV DLDDVAEDDP ELVDSICENA RRYAKLFADA VQELLPQYK EREVVNKDVL DVYIEHRLMM EQRSRDPGMV RSPQNQYPAE LMRRFELYFQ GPSSNKPRVI REVRADSVGK L VTVRGIVT ...文字列:
MALKDYALEK EKVKKFLQEF YQDDELGKKQ FKYGNQLVRL AHREQVALYV DLDDVAEDDP ELVDSICENA RRYAKLFADA VQELLPQYK EREVVNKDVL DVYIEHRLMM EQRSRDPGMV RSPQNQYPAE LMRRFELYFQ GPSSNKPRVI REVRADSVGK L VTVRGIVT RVSEVKPKMV VATYTCDQCG AETYQPIQSP TFMPLIMCPS QECQTNRSGG RLYLQTRGSR FIKFQEMKMQ EH SDQVPVG NIPRSITVLV EGENTRIAQP GDHVSVTGIF LPILRTGFRQ VVQGLLSETY LEAHRIVKMN KSEDDESGAG ELT REELRQ IAEEDFYEKL AASIAPEIYG HEDVKKALLL LLVGGVDQSP RGMKIRGNIN ICLMGDPGVA KSQLLSYIDR LAPR SQYTT GRGSSGVGLT AAVLRDSVSG ELTLEGGALV LADQGVCCID EFDKMAEADR TAIHEVMEQQ TISIAKAGIL TTLNA RCSI LAAANPAYGR YNPRRSLEQN IQLPAALLSR FDLLWLIQDR PDRDNDLRLA QHITYVHQHS RQPPSQFEPL DMKLMR RYI AMCREKQPMV PESLADYITA AYVEMRREAW ASKDATYTSA RTLLAILRLS TALARLRMVD VVEKEDVNEA IRLMEMS KD SLLGDKGQTA RTQRPADVIF ATVRELVSGG RSVRFSEAEQ RCVSRGFTPA QFQAALDEYE ELNVWQVNAS RTRITFV

UniProtKB: DNA replication licensing factor MCM7

+
分子 #6: Origin recognition complex subunit 1

分子名称: Origin recognition complex subunit 1 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 6 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 108.813562 KDa
組換発現生物種: Saccharomyces cerevisiae S288C (パン酵母)
配列文字列: MGSLQDSEVN QEAKPEVKPE VKPETHINLK VSDGSSEIFF KIKKTTPLRR LMEAFAKRQG KEMDSLTFLY DGIEIQADQA PEDLDMEDN DIIEAHREQI GGAHYPTRLK TRKTYSWVGR PLLDRKLHYQ TYREMCVKTE GCSTEIHIQI GQFVLIEGDD D ENPYVAKL ...文字列:
MGSLQDSEVN QEAKPEVKPE VKPETHINLK VSDGSSEIFF KIKKTTPLRR LMEAFAKRQG KEMDSLTFLY DGIEIQADQA PEDLDMEDN DIIEAHREQI GGAHYPTRLK TRKTYSWVGR PLLDRKLHYQ TYREMCVKTE GCSTEIHIQI GQFVLIEGDD D ENPYVAKL LELFEDDSDP PPKKRARVQW FVRFCEVPAC KRHLLGRKPG AQEIFWYDYP ACDSNINAET IIGLVRVIPL AP KDVVPTN LKNEKTLFVK LSWNEKKFRP LSSELFAELN KPQESAAKCQ KPVRAKSKSA ESPSWTPAEH VAKRIESRHS ASK SRQTPT HPLTPRARKR LELGNLGNPQ MSQQTSCASL DSPGRIKRKV AFSEITSPSK RSQPDKLQTL SPALKAPEKT RETG LSYTE DDKKASPEHR IILRTRIAAS KTIDIREERT LTPISGGQRS SVVPSVILKP ENIKKRDAKE AKAQNEATST PHRIR RKSS VLTMNRIRQQ LRFLGNSKSD QEEKEILPAA EISDSSSDEE EASTPPLPRR APRTVSRNLR SSLKSSLHTL TKVPKK SLK PRTPRCAAPQ IRSRSLAAQE PASVLEEARL RLHVSAVPES LPCREQEFQD IYNFVESKLL DHTGGCMYIS GVPGTGK TA TVHEVIRCLQ QAAQANDVPP FQYIEVNGMK LTEPHQVYVQ ILQKLTGQKA TANHAAELLA KQFCTRGSPQ ETTVLLVD E LDLLWTHKQD IMYNLFDWPT HKEARLVVLA IANTMDLPER IMMNRVSSRL GLTRMCFQPY TYSQLQQILR SRLKHLKAF EDDAIQLVAR KVAALSGDAR RCLDICRRAT EICEFSQQKP DSPGLVTIAH SMEAVDEMFS SSYITAIKNS SVLEQSFLRA ILAEFRRSG LEEATFQQIY SQHVALCRME GLPYPTMSET MAVCSHLGSC RLLLVEPSRN DLLLRVRLNV SQDDVLYALK D E

UniProtKB: Origin recognition complex subunit 1

+
分子 #7: Origin recognition complex subunit 2

分子名称: Origin recognition complex subunit 2 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 7 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 66.063375 KDa
組換発現生物種: Saccharomyces cerevisiae S288C (パン酵母)
配列文字列: MSKPELKEDK MLEVHFVGDD DVLNHILDRE GGAKLKKERA QLLVNPKKII KKPEYDLEED DQEVLKDQNY VEIMGRDVQE SLKNGSATG GGNKVYSFQN RKHSEKMAKL ASELAKTPQK SVSFSLKNDP EITINVPQSS KGHSASDKVQ PKNNDKSEFL S TAPRSLRK ...文字列:
MSKPELKEDK MLEVHFVGDD DVLNHILDRE GGAKLKKERA QLLVNPKKII KKPEYDLEED DQEVLKDQNY VEIMGRDVQE SLKNGSATG GGNKVYSFQN RKHSEKMAKL ASELAKTPQK SVSFSLKNDP EITINVPQSS KGHSASDKVQ PKNNDKSEFL S TAPRSLRK RLIVPRSHSD SESEYSASNS EDDEGVAQEH EEDTNAVIFS QKIQAQNRVV SAPVGKETPS KRMKRDKTSD LV EEYFEAH SSSKVLTSDR TLQKLKRAKL DQQTLRNLLS KVSPSFSAEL KQLNQQYEKL FHKWMLQLHL GFNIVLYGLG SKR DLLERF RTTMLQDSIH VVINGFFPGI SVKSVLNSIT EEVLDHMGTF RSILDQLDWI VNKFKEDSSL ELFLLIHNLD SQML RGEKS QQIIGQLSSL HNIYLIASID HLNAPLMWDH AKQSLFNWLW YETTTYSPYT EETSYENSLL VKQSGSLPLS SLTHV LRSL TPNARGIFRL LIKYQLDNQD NPSYIGLSFQ DFYQQCREAF LVNSDLTLRA QLTEFRDHKL IRTKKGTDGV EYLLIP VDN GTLTDFLEKE EEEA

UniProtKB: Origin recognition complex subunit 2

+
分子 #8: Isoform 2 of Origin recognition complex subunit 3

分子名称: Isoform 2 of Origin recognition complex subunit 3 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 8 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 82.436133 KDa
組換発現生物種: Saccharomyces cerevisiae S288C (パン酵母)
配列文字列: MATSSMSKGC FVFKPNSKKR KISLPIEDYF NKGKNEPEDS KLRFETYQLI WQQMKSENER LQEELNKNLF DNLIEFLQKS HSGFQKNSR DLGGQIKLRE IPTAALVLGV NVTDHDLTFG SLTEALQNNV TPYVVSLQAK DCPDMKHFLQ KLISQLMDCC V DIKSKEEE ...文字列:
MATSSMSKGC FVFKPNSKKR KISLPIEDYF NKGKNEPEDS KLRFETYQLI WQQMKSENER LQEELNKNLF DNLIEFLQKS HSGFQKNSR DLGGQIKLRE IPTAALVLGV NVTDHDLTFG SLTEALQNNV TPYVVSLQAK DCPDMKHFLQ KLISQLMDCC V DIKSKEEE SVHVTQRKTH YSMDSLSSWY MTVTQKTDPK MLSKKRTTSS QWQSPPVVVI LKDMESFATK VLQDFIIISS QH LHEFPLI LIFGIATSPI IIHRLLPHAV SSLLCIELFQ SLSCKEHLTT VLDKLLLTTQ FPFKINEKVL QVLTNIFLYH DFS VQNFIK GLQLSLLEHF YSQPLSVLCC NLPEAKRRIN FLSNNQCENI RRLPSFRRYV EKQASEKQVA LLTNERYLKE ETQL LLENL HVYHMNYFLV LRCLHKFTSS LPKYPLGRQI RELYCTCLEK NIWDSEEYAS VLQLLRMLAK DELMTILEKC FKVFK SYCE NHLGSTAKRI EEFLAQFQSL DAETKEEEDA SGSQPKGLQK TDLYHLQKSL LEMKELRRSK KQTKFEVLRE NVVNFI DCL VREYLLPPET QPLHEVVYFS AAHALREHLN AAPRIALHTA LNNPYYYLKN EALKSEEGCI PNIAPDICIA YKLHLEC SR LINLVDWSEA FATVVTAAEK MDANSATSEE MNEIIHARFI RAVSELELLG FIKPTKQKTD HVARLTWGGC

UniProtKB: Origin recognition complex subunit 3

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分子 #9: Origin recognition complex subunit 4

分子名称: Origin recognition complex subunit 4 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 9 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 50.443266 KDa
組換発現生物種: Saccharomyces cerevisiae S288C (パン酵母)
配列文字列: MSSRKSKSNS LIHTECLSQV QRILRERFCR QSPHSNLFGV QVQYKHLSEL LKRTALHGES NSVLIIGPRG SGKTMLINHA LKELMEIEE VSENVLQVHL NGLLQINDKI ALKEITRQLN LENVVGDKVF GSFAENLSFL LEALKKGDRT SSCPVIFILD E FDLFAHHK ...文字列:
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UniProtKB: Origin recognition complex subunit 4

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分子 #10: Origin recognition complex subunit 5

分子名称: Origin recognition complex subunit 5 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 10 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 50.349934 KDa
組換発現生物種: Saccharomyces cerevisiae S288C (パン酵母)
配列文字列: MPHLENVVLC RESQVSILQS LFGERHHFSF PSIFIYGHTA SGKTYVTQTL LKTLELPHVF VNCVECFTLR LLLEQILNKL NHLSSSEDG CSTEITCETF NDFVRLFKQV TTAENLKDQT VYIVLDKAEY LRDMEANLLP GFLRLQELAD RNVTVLFLSE I VWEKFRPN ...文字列:
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UniProtKB: Origin recognition complex subunit 5

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分子 #11: Cell division control protein 6 homolog

分子名称: Cell division control protein 6 homolog / タイプ: protein_or_peptide / ID: 11 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 62.834379 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli (大腸菌)
配列文字列: MPQTRSQAQA TISFPKRKLS RALNKAKNSS DAKLEPTNVQ TVTCSPRVKA LPLSPRKRLG DDNLCNTPHL PPCSPPKQGK KENGPPHSH TLKGRRLVFD NQLTIKSPSK RELAKVHQNK ILSSVRKSQE ITTNSEQRCP LKKESACVRL FKQEGTCYQQ A KLVLNTAV ...文字列:
MPQTRSQAQA TISFPKRKLS RALNKAKNSS DAKLEPTNVQ TVTCSPRVKA LPLSPRKRLG DDNLCNTPHL PPCSPPKQGK KENGPPHSH TLKGRRLVFD NQLTIKSPSK RELAKVHQNK ILSSVRKSQE ITTNSEQRCP LKKESACVRL FKQEGTCYQQ A KLVLNTAV PDRLPARERE MDVIRNFLRE HICGKKAGSL YLSGAPGTGK TACLSRILQD LKKELKGFKT IMLNCMSLRT AQ AVFPAIA QEICQEEVSR PAGKDMMRKL EKHMTAEKGP MIVLVLDEMD QLDSKGQDVL YTLFEWPWLS NSHLVLIGIA NTL DLTDRI LPRLQAREKC KPQLLNFPPY TRNQIVTILQ DRLNQVSRDQ VLDNAAVQFC ARKVSAVSGD VRKALDVCRR AIEI VESDV KSQTILKPLS ECKSPSEPLI PKRVGLIHIS QVISEIDGNR MTLSQEGAQD SFPLQQKILV CSLMLLIRQL KIKEV TLGK LYEAYSKVCR KQQVAAVDQS ECLSLSGLLE ARGILGLKRN KETRLTKVFF KIEEKEIEHA LKDKALIGNI LATGLP

UniProtKB: Cell division control protein 6 homolog

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分子 #12: DNA replication factor Cdt1

分子名称: DNA replication factor Cdt1 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 12 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 46.09902 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli (大腸菌)
配列文字列: MGSSHHHHHH SSGLEVLFQG PRPEEPCGEK APAYQRFHAL AQPGLPGLVL PYKYQVLAEM FRSMDTIVGM LHNRSETPTF AKVQRGVQD MMRRRFEECN VGQIKTVYPA SYRFRQERSV PTFKDGTRRS DYQLTIEPLL EQEADGAAPQ LTASRLLQRR Q IFSQKLVE ...文字列:
MGSSHHHHHH SSGLEVLFQG PRPEEPCGEK APAYQRFHAL AQPGLPGLVL PYKYQVLAEM FRSMDTIVGM LHNRSETPTF AKVQRGVQD MMRRRFEECN VGQIKTVYPA SYRFRQERSV PTFKDGTRRS DYQLTIEPLL EQEADGAAPQ LTASRLLQRR Q IFSQKLVE HVKEHHKAFL ASLSPAMVVP EDQLTRWHPR FNVDEVPDIE PAALPQPPAT EKLTTAQEVL ARARNLISPR ME KALSQLA LRSAAPSSPG SPRPALPATP PATPPAASPS ALKGVSQDLL ERIRAKEAQK QLAQMTRCPE QEQRLQRLER LPE LARVLR SVFVSERKPA LSMEVACARM VGSCCTIMSP GEMEKHLLLL SELLPDWLSL HRIRTDTYVK LDKAADLAHI TARL AHQTR AEEGL

UniProtKB: DNA replication factor Cdt1

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分子 #13: DNA

分子名称: DNA / タイプ: dna / ID: 13 / コピー数: 1 / 分類: DNA
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 11.933735 KDa
配列文字列:
(DA)(DT)(DG)(DA)(DC)(DT)(DG)(DG)(DA)(DA) (DA)(DC)(DT)(DT)(DT)(DT)(DT)(DT)(DG)(DT) (DA)(DC)(DA)(DA)(DC)(DA)(DC)(DT)(DC) (DC)(DA)(DA)(DT)(DA)(DA)(DA)(DC)(DA)(DT)

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分子 #14: DNA

分子名称: DNA / タイプ: dna / ID: 14 / コピー数: 1 / 分類: DNA
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 12.379996 KDa
配列文字列:
(DA)(DA)(DT)(DG)(DT)(DT)(DT)(DA)(DT)(DT) (DG)(DG)(DA)(DG)(DT)(DG)(DT)(DT)(DG)(DT) (DA)(DC)(DA)(DA)(DA)(DA)(DA)(DA)(DG) (DT)(DT)(DT)(DC)(DC)(DA)(DG)(DT)(DC)(DA) (DT)

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

緩衝液pH: 7.5
グリッドモデル: Quantifoil R2/2 / 材質: COPPER / メッシュ: 300
凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡法

顕微鏡TFS KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) / デジタル化 - サイズ - 横: 5760 pixel / デジタル化 - サイズ - 縦: 4092 pixel / 撮影したグリッド数: 1 / 実像数: 18022 / 平均露光時間: 3.0 sec. / 平均電子線量: 40.0 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系C2レンズ絞り径: 50.0 µm / 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 2.5 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 0.5 µm
試料ステージホルダー冷却材: NITROGEN
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

粒子像選択選択した数: 1598732
初期モデルモデルのタイプ: OTHER
詳細: AlphaFold models from each individual subunit were rigid body docked into the experimental map before model building in COOT.
最終 再構成使用したクラス数: 1 / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 6.68 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 8730
初期 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
FSC曲線 (解像度の算出)

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る