PDB-8rw9: Domains 1 and 2 of Bacillus anthracis Sap S-layer in complex with...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 8rw9

タイトル

Domains 1 and 2 of Bacillus anthracis Sap S-layer in complex with Nb694

要素

Nanobody694
S-layer protein sap

キーワード

STRUCTURAL PROTEIN / S-layer / anthracis / nanobodies

機能・相同性

機能・相同性情報

S-layer / extracellular region
類似検索 - 分子機能

生物種

Lama glama (ラマ)

Bacillus anthracis (炭疽菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.99 Å

データ登録者

Sogues, A. / Remaut, H.

資金援助

European Union, 1件

引用

ジャーナル: Pnas Nexus / 年: 2024
タイトル: Molecular dynamics and machine learning stratify motion-dependent activity profiles of S-layer destabilizing nanobodies.
著者: Cecil, A.J. / Sogues, A. / Gurumurthi, M. / Lane, K.S. / Remaut, H. / Pak, A.J.

履歴

登録	2024年2月2日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2024年11月20日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2024年12月25日	Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	8rw9.cif.gz	307.3 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb8rw9.ent.gz	198.6 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	8rw9.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	8rw9_validation.pdf.gz	486.7 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	8rw9_full_validation.pdf.gz	498.5 KB	表示
XML形式データ	8rw9_validation.xml.gz	59.3 KB	表示
CIF形式データ	8rw9_validation.cif.gz	80.6 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/rw/8rw9 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/rw/8rw9	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	8rwfC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#136 - 2011年4月ナノボディ (Nanobodies) 類似性 (1) #21 - 2001年9月抗体 (Antibodies) 類似性 (1) #256 - 2021年4月 SARSコロナウイルス2型のスパイクと抗体 (SARS-CoV-2 Spike and Antibodies) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Nanobody694

B: Nanobody694

C: Nanobody694

D: Nanobody694

E: S-layer protein sap

F: S-layer protein sap

G: S-layer protein sap

H: S-layer protein sap

134 kDa, 8 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Nanobody694

F: S-layer protein sap

登録者が定義した集合体
根拠: gel filtration
33.6 kDa, 2 ポリマー
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2

B: Nanobody694

G: S-layer protein sap

登録者が定義した集合体
33.6 kDa, 2 ポリマー
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3

C: Nanobody694

H: S-layer protein sap

登録者が定義した集合体
33.6 kDa, 2 ポリマー
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4

D: Nanobody694

E: S-layer protein sap

登録者が定義した集合体
33.6 kDa, 2 ポリマー
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単位格子

Length a, b, c (Å)	33.410, 113.970, 122.700
Angle α, β, γ (deg.)	90.710, 96.010, 97.050
Int Tables number	1
Space group name H-M	P1
Space group name Hall	P1
Symmetry operation	#1: x,y,z

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:

ID	Ens-ID	詳細
d_1	ens_1	(chain "A" and resid 1 through 123)
d_2	ens_1	(chain "B" and resid 1 through 123)
d_3	ens_1	(chain "C" and (resid 1 through 115 or (resid 116...
d_4	ens_1	chain "D"
d_1	ens_2	(chain "E" and (resid 216 through 260 or (resid 261...
d_2	ens_2	(chain "F" and (resid 216 through 217 or (resid 218...
d_3	ens_2	(chain "G" and (resid 216 through 312 or (resid 313...
d_4	ens_2	(chain "H" and (resid 216 through 217 or (resid 218...

NCSドメイン領域:

Dom-ID	Component-ID	Ens-ID	Beg auth comp-ID	Beg label comp-ID	End auth comp-ID	End label comp-ID	Auth asym-ID	Label asym-ID	Auth seq-ID	Label seq-ID
d_1	1	ens_1	GLN	GLN	SER	SER	A	A	1 - 123	1 - 123
d_2	1	ens_1	GLN	GLN	SER	SER	B	B	1 - 123	1 - 123
d_3	1	ens_1	GLN	GLN	SER	SER	C	C	1 - 123	1 - 123
d_4	1	ens_1	GLN	GLN	SER	SER	D	D	1 - 123	1 - 123
d_1	1	ens_2	SER	SER	LYS	LYS	E	E	216 - 366	9 - 159
d_1	2	ens_2	GLY	GLY	SER	SER	E	E	369 - 381	162 - 174
d_2	1	ens_2	SER	SER	SER	SER	F	F	216 - 381	9 - 174
d_3	1	ens_2	SER	SER	LYS	LYS	G	G	216 - 366	9 - 159
d_3	2	ens_2	GLY	GLY	SER	SER	G	G	369 - 381	162 - 174
d_4	1	ens_2	SER	SER	LYS	LYS	H	H	216 - 366	9 - 159
d_4	2	ens_2	GLY	GLY	SER	SER	H	H	369 - 381	162 - 174

NCSアンサンブル:

ID
ens_1
ens_2

NCS oper:

ID	Code	Matrix	ベクター
1	given	(0.997774231779, -0.0404476833317, -0.0530147838963), (-0.0404774554862, -0.999180320562, 0.000512444704576), (-0.0529920559692, 0.00163459943384, -0.998593596058)	3.68753300981, 97.2270024711, 67.789522241
2	given	(-0.975000520177, 0.186393274873, 0.120960872752), (0.123907879386, 0.00419868312776, 0.992284842415), (0.184447345009, 0.982466242749, -0.0271893136549)	-10.5521446557, 18.7108271926, -17.5780867923
3	given	(-0.991537938729, 0.0920374158713, 0.0915512432502), (-0.0935926499585, -0.0181051345838, -0.995445940258), (-0.0899607244005, -0.995590939182, 0.0265659534723)	-5.41526555849, 79.1533113639, 85.8821356246
4	given	(-0.99990810647, -0.01353224748, 0.000810489634417), (-0.00142184771906, 0.0452295663616, -0.998975607648), (0.0134817270545, -0.998884960646, -0.0452446508523)	51.4810294784, 196.603973787, 82.1802489141
5	given	(-0.99977648515, 0.0188784982506, -0.00951746005436), (-0.0102955584457, -0.0415564643751, 0.999083110529), (0.0184656767647, 0.998957788183, 0.0417415405703)	46.8811752818, -99.4981777709, -14.9881681608
6	given	(0.988549820064, -0.0377268985459, -0.146102479027), (-0.0379508853845, -0.999278817662, 0.00125493869862), (-0.146044457445, 0.00430414901125, -0.989268664596)	-3.07076487941, 95.8355025091, 193.193828319

#1: 抗体	Nanobody694 分子量: 14528.984 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Lama glama (ラマ) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
#2: タンパク質	S-layer protein sap / Surface array protein / Surface layer protein 分子量: 19094.625 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Bacillus anthracis (炭疽菌) / 遺伝子: sap, BA_0885, GBAA_0885, BAS0841 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P49051
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 893 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 3.43 Å³/Da / 溶媒含有率: 64.11 %
結晶化	温度: 293.15 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法詳細: 0.2 M Ammonium chloride, 0.1 M Hepes (pH 7.5) and 25% v/v Glycerol ethoxylate

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: SOLEIL / ビームライン: PROXIMA 2 / 波長: 0.9786 Å
検出器	タイプ: DECTRIS EIGER X 9M / 検出器: PIXEL / 日付: 2021年12月16日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9786 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.99→42 Å / Num. obs: 118902 / % possible obs: 97.5 % / 冗長度: 3.6 % / B_iso Wilson estimate: 48.37 Å² / R_pim(I) all: 0.03 / Net I/σ(I): 9.5
反射シェル	解像度: 1.99→42 Å / Num. unique obs: 10826 / R_pim(I) all: 1.53

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.21_5207	精密化
XDS		データ削減
Aimless		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 1.99→42 Å / SU ML: 0.3766 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.96 / 位相誤差: 32.941
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2492	5944	5 %
R_work	0.2092	112958	-
obs	0.2112	118902	96.9 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso mean: 55.35 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.99→42 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	8773	0	0	893	9666

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.0077	8904
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.046	12065
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.063	1427
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.0066	1519
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	17.5258	3203

Refine LS restraints NCS

Ens-ID	Dom-ID	Asym-ID	Auth asym-ID	Refine-ID	タイプ	Rms dev position (Å)
ens_1	d_2	A	A	X-RAY DIFFRACTION	Torsion NCS	0.638328490135
ens_1	d_3	A	A	X-RAY DIFFRACTION	Torsion NCS	0.555507577012
ens_1	d_4	A	A	X-RAY DIFFRACTION	Torsion NCS	0.633732575953
ens_2	d_2	E	E	X-RAY DIFFRACTION	Torsion NCS	1.42038517011
ens_2	d_3	E	E	X-RAY DIFFRACTION	Torsion NCS	1.30678757286
ens_2	d_4	E	E	X-RAY DIFFRACTION	Torsion NCS	1.35321193236

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.99-2.01	0.5616	136	0.5194	2637	X-RAY DIFFRACTION	67.87
2.01-2.04	0.4784	197	0.4487	3720	X-RAY DIFFRACTION	96.08
2.04-2.06	0.4099	199	0.4328	3772	X-RAY DIFFRACTION	96.76
2.06-2.09	0.4885	204	0.4104	3888	X-RAY DIFFRACTION	96.99
2.09-2.11	0.4129	197	0.3705	3726	X-RAY DIFFRACTION	96.89
2.11-2.14	0.404	194	0.3488	3693	X-RAY DIFFRACTION	97.39
2.14-2.17	0.3489	199	0.3331	3785	X-RAY DIFFRACTION	97.36
2.17-2.21	0.408	203	0.3258	3843	X-RAY DIFFRACTION	97.4
2.21-2.24	0.3409	201	0.3066	3821	X-RAY DIFFRACTION	97.5
2.24-2.28	0.3175	196	0.2872	3717	X-RAY DIFFRACTION	97.51
2.28-2.32	0.3219	198	0.2898	3768	X-RAY DIFFRACTION	97.47
2.32-2.36	0.3258	202	0.2812	3836	X-RAY DIFFRACTION	97.89
2.36-2.4	0.2881	201	0.2761	3808	X-RAY DIFFRACTION	97.66
2.4-2.45	0.2992	197	0.2623	3751	X-RAY DIFFRACTION	97.6
2.45-2.51	0.3196	201	0.265	3817	X-RAY DIFFRACTION	98.02
2.51-2.56	0.3196	203	0.2638	3869	X-RAY DIFFRACTION	97.74
2.56-2.63	0.3209	196	0.2516	3725	X-RAY DIFFRACTION	98.07
2.63-2.7	0.3167	199	0.2449	3786	X-RAY DIFFRACTION	97.94
2.7-2.78	0.2662	208	0.2269	3952	X-RAY DIFFRACTION	98.39
2.78-2.87	0.2693	195	0.2246	3706	X-RAY DIFFRACTION	98.16
2.87-2.97	0.2699	201	0.2127	3835	X-RAY DIFFRACTION	98.27
2.97-3.09	0.2654	202	0.2196	3832	X-RAY DIFFRACTION	98.49
3.09-3.23	0.2771	201	0.2266	3807	X-RAY DIFFRACTION	98.21
3.23-3.4	0.2805	201	0.213	3830	X-RAY DIFFRACTION	98.27
3.4-3.61	0.24	200	0.1893	3797	X-RAY DIFFRACTION	98.3
3.61-3.89	0.2348	200	0.1806	3803	X-RAY DIFFRACTION	98.35
3.89-4.28	0.1901	205	0.1673	3887	X-RAY DIFFRACTION	99.08
4.28-4.9	0.1709	203	0.1447	3858	X-RAY DIFFRACTION	99.15
4.9-6.17	0.2028	201	0.169	3825	X-RAY DIFFRACTION	99.19
6.17-42	0.2061	204	0.182	3864	X-RAY DIFFRACTION	99.03

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EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

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