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- PDB-8rwf: Domains 1 and 2 of Bacillus anthracis Sap S-layer in complex with... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8rwf
タイトルDomains 1 and 2 of Bacillus anthracis Sap S-layer in complex with Nb692
要素
  • S-layer protein sap
  • Sap binding Nanobody 692
キーワードSTRUCTURAL PROTEIN / S-layer / nanobody / anthrax
機能・相同性
機能・相同性情報


S-layer / extracellular region
類似検索 - 分子機能
SbsA, Ig-like domain / Bacterial Ig-like domain / : / S-layer homology domain / S-layer homology domain / S-layer homology (SLH) domain profile. / Copper resistance protein CopC/internalin, immunoglobulin-like / Bacterial Ig-like domain (group 2) / Bacterial Ig-like domain 2 / Invasin/intimin cell-adhesion fragments / Bacterial Ig-like domain, group 2
類似検索 - ドメイン・相同性
S-layer protein sap
類似検索 - 構成要素
生物種Bacillus anthracis (炭疽菌)
Lama glama (ラマ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.11 Å
データ登録者Sogues, A. / Remaut, H.
資金援助European Union, 1件
組織認可番号国
European Molecular Biology Organization (EMBO)ALTF 709-2021European Union
引用ジャーナル: Pnas Nexus / 年: 2024
タイトル: Molecular dynamics and machine learning stratify motion-dependent activity profiles of S-layer destabilizing nanobodies.
著者: Cecil, A.J. / Sogues, A. / Gurumurthi, M. / Lane, K.S. / Remaut, H. / Pak, A.J.
履歴
登録2024年2月4日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02024年11月20日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年12月25日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: S-layer protein sap
B: S-layer protein sap
C: Sap binding Nanobody 692
D: S-layer protein sap
E: Sap binding Nanobody 692
G: Sap binding Nanobody 692


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)98,3666
ポリマ－98,3666
非ポリマー00
水1,838102
1
A: S-layer protein sap
G: Sap binding Nanobody 692


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)32,7892
ポリマ－32,7892
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: S-layer protein sap
C: Sap binding Nanobody 692


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)32,7892
ポリマ－32,7892
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
3
D: S-layer protein sap
E: Sap binding Nanobody 692


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)32,7892
ポリマ－32,7892
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)213.264, 213.264, 53.267
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number96
Space group name H-MP43212
Space group name HallP4nw2abw
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: -y+1/2,x+1/2,z+3/4
#3: y+1/2,-x+1/2,z+1/4
#4: x+1/2,-y+1/2,-z+1/4
#5: -x+1/2,y+1/2,-z+3/4
#6: -x,-y,z+1/2
#7: y,x,-z
#8: -y,-x,-z+1/2
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
d_1ens_1chain "A"
d_2ens_1(chain "B" and (resid 216 through 285 or (resid 286...
d_3ens_1(chain "D" and (resid 216 through 285 or (resid 286...
d_1ens_2(chain "C" and (resid 1 through 18 or (resid 19...
d_2ens_2(chain "E" and (resid 1 through 42 or (resid 43...
d_3ens_2(chain "G" and (resid 1 through 18 or (resid 19...

NCSドメイン領域:

Component-ID: 1

Dom-IDEns-IDBeg auth comp-IDBeg label comp-IDEnd auth comp-IDEnd label comp-IDAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
d_1ens_1SERSERGLYGLYAA216 - 3849 - 177
d_2ens_1SERSERGLYGLYBB216 - 3849 - 177
d_3ens_1SERSERGLYGLYDD216 - 3849 - 177
d_1ens_2GLNGLNSERSERCC1 - 1181 - 118
d_2ens_2GLNGLNSERSEREE1 - 1181 - 118
d_3ens_2GLNGLNSERSERGF1 - 1181 - 118

NCSアンサンブル:
ID
ens_1
ens_2

NCS oper:
IDCodeMatrixベクター
1given(0.539816683576, -0.841500328795, 0.0217978157569), (-0.841777165408, -0.539725244828, 0.0103857543157), (0.00302521577464, -0.023955307011, -0.999708453168)-49.34417437, -90.6271569876, -2.93585126656
2given(0.196390118649, -0.504671223181, 0.840677035365), (-0.384856713888, 0.74889674046, 0.539480288707), (-0.901840468748, -0.42948879918, -0.0471501888325)-28.5909596121, 12.1355737297, -89.4974760012
3given(0.621875014606, 0.122814864115, -0.773426127928), (-0.771337441571, -0.0745909489712, -0.632040142366), (-0.135314513041, 0.989622503525, 0.0483454555924)11.2728929071, -32.2719279075, -6.54214958609
4given(0.540387524514, -0.841413809381, -0.00203094374468), (-0.841399198126, -0.540359620949, -0.0076726423716), (0.00535842725386, 0.00585503465588, -0.999968502417)-49.5336715189, -90.6522676785, -1.75887844138

-
要素

#1: タンパク質 S-layer protein sap / Surface array protein / Surface layer protein


分子量: 19245.465 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Bacillus anthracis (炭疽菌) / 遺伝子: sap, BA_0885, GBAA_0885, BAS0841 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P49051
#2: 抗体 Sap binding Nanobody 692


分子量: 13543.049 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Lama glama (ラマ) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 102 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.09 Å3/Da / 溶媒含有率: 60.16 %
結晶化温度: 294 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法
詳細: 0.2 M Ammonium chloride, 0.1 M Hepes (pH 7.5) and 25% v/v Glycerol ethoxylate

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I04 / 波長: 0.9179 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER2 XE 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2022年1月26日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9179 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.11→106.63 Å / Num. obs: 22681 / % possible obs: 99.92 % / 冗長度: 26.6 % / Biso Wilson estimate: 46.99 Å2 / Rpim(I) all: 0.265 / Net I/σ(I): 4.5
反射 シェル解像度: 3.22→3.22 Å / Num. unique obs: 2213 / Rpim(I) all: 1.08

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.21_5207精密化
XDSデータ削減
autoPROCデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 3.11→106.63 Å / SU ML: 0.4959 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 27.1709
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2846 1143 5.04 %
Rwork0.2207 21538 -
obs0.2239 22681 99.93 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 44.02 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3.11→106.63 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数6451 0 0 102 6553
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00916517
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.17118795
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.06291050
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0071120
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d15.07742391
Refine LS restraints NCS
Ens-IDDom-IDAsym-IDAuth asym-IDRefine-IDタイプRms dev position (Å)
ens_1d_2AAX-RAY DIFFRACTIONTorsion NCS0.906020139684
ens_1d_3AAX-RAY DIFFRACTIONTorsion NCS1.22100278016
ens_2d_2CCX-RAY DIFFRACTIONTorsion NCS0.686320023804
ens_2d_3CCX-RAY DIFFRACTIONTorsion NCS0.765891447816
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
3.11-3.260.37941170.31882652X-RAY DIFFRACTION99.93
3.26-3.430.37541360.29662629X-RAY DIFFRACTION99.96
3.43-3.640.31751410.25832656X-RAY DIFFRACTION99.79
3.64-3.920.33551430.242649X-RAY DIFFRACTION99.82
3.92-4.320.24991550.2022652X-RAY DIFFRACTION100
4.32-4.940.22471480.17172690X-RAY DIFFRACTION100
4.94-6.230.25791360.19172724X-RAY DIFFRACTION100
6.23-106.630.26151670.18972886X-RAY DIFFRACTION99.93

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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