PDB-8rvr: Crystal structure of Trypanosoma congolense pyruvate kinase in co...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 8rvr

タイトル

Crystal structure of Trypanosoma congolense pyruvate kinase in complex with a single-domain antibody (TcoPYK-sdAb42) in the presence of sulfate

要素

Camelid single-domain antibody 42 (sdAb42)
Pyruvate kinase

キーワード

TRANSFERASE / pyruvate kinase / camelid single-domain antibody

機能・相同性

機能・相同性情報

pyruvate kinase / pyruvate kinase activity / potassium ion binding / kinase activity / magnesium ion binding / ATP binding
類似検索 - 分子機能

生物種

Trypanosoma congolense (トリパノソーマ)

Vicugna pacos (アルパカ)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 3.19 Å

データ登録者

Sterckx, Y.G.-J.

資金援助

ベルギー, 3件

組織	認可番号	国
Ghent University Special Research Fund (BOF)	BOF.STG.2018.0009.01/01N01518	ベルギー
Research Foundation - Flanders (FWO)	G013518N	ベルギー
Research Foundation - Flanders (FWO)	1137622N	ベルギー

引用

ジャーナル: Elife / 年: 2025
タイトル: Allosteric inhibition of trypanosomatid pyruvate kinases by a camelid single-domain antibody.
著者: Pinto Torres, J.E. / Claes, M. / Hendrickx, R. / Yuan, M. / Smiejkowska, N. / Van Wielendaele, P. / Hacisuleyman, A. / De Winter, H. / Muyldermans, S. / Michels, P.A.M. / Walkinshaw, M.D. / ...

履歴

登録	2024年2月2日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2025年4月16日	Provider: repository / タイプ: Initial release

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	8rvr.cif.gz	1.3 MB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb8rvr.ent.gz	1.1 MB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	8rvr.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

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検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/rv/8rvr ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/rv/8rvr	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	8rtfC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

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「今月の分子」の関連する項目	#50 - 2004年2月解糖系酵素 (Glycolytic Enzymes) 類似性 (11) #21 - 2001年9月抗体 (Antibodies) 類似性 (1) #256 - 2021年4月 SARSコロナウイルス2型のスパイクと抗体 (SARS-CoV-2 Spike and Antibodies) 類似性 (1) #235 - 2019年7月 AMPA受容体 (AMPA Receptor) 類似性 (1) #191 - 2015年11月グルタミン酸開閉型塩化物イオン受容体 (Glutamate-gated Chloride Receptors) 類似性 (1)

PDBのページ

PDBj /

wwPDB /

NCBI

「今月の分子」の関連する項目

#50 - 2004年2月
解糖系酵素 (Glycolytic Enzymes)
類似性 (11)
#21 - 2001年9月
抗体 (Antibodies)
類似性 (1)
#256 - 2021年4月
SARSコロナウイルス2型のスパイクと抗体 (SARS-CoV-2 Spike and Antibodies)
類似性 (1)
#235 - 2019年7月
AMPA受容体 (AMPA Receptor)
類似性 (1)
#191 - 2015年11月
グルタミン酸開閉型塩化物イオン受容体 (Glutamate-gated Chloride Receptors)
類似性 (1)

登録構造単位

A: Pyruvate kinase

B: Pyruvate kinase

C: Pyruvate kinase

D: Pyruvate kinase

E: Pyruvate kinase

F: Pyruvate kinase

G: Camelid single-domain antibody 42 (sdAb42)

H: Camelid single-domain antibody 42 (sdAb42)

I: Camelid single-domain antibody 42 (sdAb42)

J: Camelid single-domain antibody 42 (sdAb42)

K: Camelid single-domain antibody 42 (sdAb42)

L: Camelid single-domain antibody 42 (sdAb42)

ヘテロ分子

439 kDa, 12 ポリマー
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1

A: Pyruvate kinase

G: Camelid single-domain antibody 42 (sdAb42)

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
根拠: gel filtration, Assembly in solution is a TcoPYK tetramer bound by four copies of sdAb42
73 kDa, 2 ポリマー
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2

B: Pyruvate kinase

H: Camelid single-domain antibody 42 (sdAb42)

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
73.3 kDa, 2 ポリマー
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3

C: Pyruvate kinase

I: Camelid single-domain antibody 42 (sdAb42)

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
73.5 kDa, 2 ポリマー
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4

D: Pyruvate kinase

J: Camelid single-domain antibody 42 (sdAb42)

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
73.4 kDa, 2 ポリマー
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5

E: Pyruvate kinase

K: Camelid single-domain antibody 42 (sdAb42)

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
73 kDa, 2 ポリマー
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6

F: Pyruvate kinase

L: Camelid single-domain antibody 42 (sdAb42)

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
72.9 kDa, 2 ポリマー
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単位格子

Length a, b, c (Å)	167.520, 168.420, 177.130
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	18
Space group name H-M	P2₁2₁2

-
タンパク質 / 抗体 , 2種, 12分子 ABCDEFGHIJKL

#1: タンパク質	Pyruvate kinase 分子量: 56424.305 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Trypanosoma congolense (トリパノソーマ) 遺伝子: TCIL3000_10_12020 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: G0UYF4, pyruvate kinase
#2: 抗体	Camelid single-domain antibody 42 (sdAb42) 分子量: 16416.826 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Vicugna pacos (アルパカ) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)

-
非ポリマー , 4種, 144分子

#3: 化合物	ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン分子量: 96.063 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO₄
#4: 化合物	ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル分子量: 92.094 Da / 分子数: 13 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₈O₃
#5: 化合物	ChemComp-GLU / GLUTAMIC ACID / グルタミン酸タイプ: L-peptide linking / 分子量: 147.129 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₅H₉NO₄
#6: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 123 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
詳細

研究の焦点であるリガンドがあるか	N
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.86 Å³/Da / 溶媒含有率: 56.97 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5 詳細: 100 mM Bis-Tris propane pH 7.5, 200 mM sodium sulfate, 20% PEG 3350

-
データ収集

回折	平均測定温度: 80 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: SOLEIL / ビームライン: PROXIMA 2 / 波長: 0.9801 Å
検出器	タイプ: DECTRIS EIGER X 9M / 検出器: PIXEL / 日付: 2020年6月5日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9801 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 3.19→49.32 Å / Num. obs: 83505 / % possible obs: 99.8 % / 冗長度: 13.8 % / CC_1/2: 0.995 / R_rim(I) all: 0.327 / Net I/σ(I): 9.39
反射シェル	解像度: 3.19→3.31 Å / Num. unique obs: 13176 / CC_1/2: 0.646

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	(1.20.1_4487: ???)	精密化
XDS		データ削減
XSCALE		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 3.19→49.32 Å / SU ML: 0.51 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 30.91 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2747	4168	5 %
R_work	0.2207	-	-
obs	0.2234	83419	99.7 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 3.19→49.32 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	25741	0	118	123	25982

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.011	26284
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.361	35710
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	6.815	3768
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.073	4147
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.012	4675

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
3.19-3.23	0.3973	128	0.3845	2450	X-RAY DIFFRACTION	94
3.23-3.27	0.3763	137	0.354	2614	X-RAY DIFFRACTION	100
3.27-3.31	0.3807	138	0.3501	2612	X-RAY DIFFRACTION	100
3.31-3.35	0.4036	139	0.3315	2635	X-RAY DIFFRACTION	100
3.35-3.39	0.4148	137	0.3429	2597	X-RAY DIFFRACTION	100
3.39-3.44	0.3973	138	0.3215	2647	X-RAY DIFFRACTION	100
3.44-3.49	0.3456	138	0.3013	2611	X-RAY DIFFRACTION	100
3.49-3.54	0.3116	136	0.2727	2600	X-RAY DIFFRACTION	100
3.54-3.6	0.3266	137	0.2615	2625	X-RAY DIFFRACTION	100
3.6-3.66	0.2543	138	0.2436	2622	X-RAY DIFFRACTION	100
3.66-3.72	0.2897	138	0.2441	2618	X-RAY DIFFRACTION	100
3.72-3.79	0.298	137	0.2283	2618	X-RAY DIFFRACTION	100
3.79-3.86	0.3051	138	0.2308	2608	X-RAY DIFFRACTION	100
3.86-3.94	0.3072	140	0.2361	2661	X-RAY DIFFRACTION	100
3.94-4.02	0.3249	139	0.2307	2634	X-RAY DIFFRACTION	100
4.02-4.12	0.2903	138	0.2283	2622	X-RAY DIFFRACTION	100
4.12-4.22	0.2759	140	0.1987	2659	X-RAY DIFFRACTION	100
4.22-4.33	0.2616	137	0.199	2610	X-RAY DIFFRACTION	100
4.33-4.46	0.2702	139	0.1888	2633	X-RAY DIFFRACTION	100
4.46-4.61	0.2511	137	0.179	2630	X-RAY DIFFRACTION	100
4.61-4.77	0.213	141	0.1784	2662	X-RAY DIFFRACTION	100
4.77-4.96	0.2316	138	0.1842	2651	X-RAY DIFFRACTION	100
4.96-5.19	0.2574	139	0.1923	2643	X-RAY DIFFRACTION	100
5.19-5.46	0.2259	140	0.2088	2654	X-RAY DIFFRACTION	100
5.46-5.8	0.2909	142	0.2136	2689	X-RAY DIFFRACTION	100
5.8-6.25	0.2994	140	0.2165	2671	X-RAY DIFFRACTION	100
6.25-6.87	0.2582	141	0.2151	2677	X-RAY DIFFRACTION	100
6.88-7.87	0.2487	143	0.1963	2704	X-RAY DIFFRACTION	100
7.87-9.9	0.2103	145	0.1544	2756	X-RAY DIFFRACTION	100
9.9-49.32	0.2452	150	0.2236	2838	X-RAY DIFFRACTION	100

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	1.3982	0.34	-0.4943	4.1345	-0.759	0.7005	-0.1286	-0.4147	-0.0717	0.4962	0.0324	0.1782	-0.0233	-0.2571	0.1089	0.6851	-0.1235	-0.0159	0.728	0.037	0.6393	-53.915	32.2256	-51.4025
2	5.1573	0.9509	-0.4802	2.9411	-0.5422	5.2568	0.5222	-2.0892	-0.1398	1.9653	-0.5858	-1.1795	-1.0127	1.6107	0.0125	1.8783	-0.5306	-0.3512	2.1121	0.1131	1.2268	-26.917	26.9105	-32.6087
3	0.5755	0.1728	0.3417	0.2614	0.3059	2.1671	0.0051	-0.1188	-0.1853	0.1308	-0.1029	-0.1421	0.1694	0.1229	0.0792	0.6477	-0.0512	0.0158	0.5876	0.0596	0.7579	-44.487	32.3844	-60.9766
4	4.8064	-0.5515	-1.1656	3.9733	-4.6177	7.9714	0.0408	0.5138	-0.5363	-0.4095	0.2447	0.4748	1.2271	-0.6077	-0.2164	0.7131	-0.2236	-0.0058	0.7282	-0.0276	0.6801	-62.2184	28.0379	-74.602
5	1.8397	1.3765	1.6788	1.5665	0.5723	1.3596	-0.0588	0.2089	-0.0585	0.0614	0.2626	-0.3998	-0.2444	0.3419	-0.169	0.6847	-0.1433	0.0017	0.783	-0.0625	0.8769	-25.4008	54.4548	-58.1179
6	1.805	-0.432	1.3078	5.0256	1.9046	3.3735	-0.8294	-0.2079	0.6163	0.9335	0.5082	0.0791	-0.5569	0.7541	0.3829	0.9527	-0.1001	-0.2023	0.8482	-0.0424	0.9392	-25.5444	73.9881	-47.4884
7	2.046	-2.345	0.3498	3.0026	-0.1139	2.9929	-0.1059	0.3166	1.0326	1.0128	0.1779	-0.621	-0.62	-0.2009	0.0312	1.0516	-0.1823	-0.0661	0.7066	-0.209	0.8708	-36.044	79.3632	-50.7438
8	0.7522	-0.0164	-0.7558	1.2224	-0.1348	2.0722	0.0372	-0.1097	0.2312	0.017	-0.0914	-0.1365	-0.4965	0.2331	0.0612	0.6902	-0.1374	-0.0694	0.455	0.0031	0.8255	-37.4259	62.7743	-61.403
9	1.2501	0.3721	-1.0305	0.7606	0.7359	2.5288	-0.0894	0.3067	0.1544	-0.037	0.1355	-0.1457	-0.1723	-0.0197	-0.0527	0.8077	-0.2627	-0.0541	0.7518	0.0186	0.9108	-23.9782	67.6175	-70.6214
10	2.0248	-0.6608	1.3801	0.3878	-0.0383	2.9139	-0.3215	0.2761	-0.107	-0.1678	0.3758	-0.6555	-1.0994	0.7665	0.1253	1.1798	-0.4448	-0.0722	1.2049	0.0659	1.0575	-10.9785	73.7364	-73.4427
11	9.9462	-2.1637	0.0889	5.5533	2.5007	6.1808	0.839	-0.2513	0.5811	-1.0331	0.0339	-0.8127	-0.6746	0.5426	-0.705	1.0697	-0.3839	0.0797	0.8685	-0.2372	0.8414	-16.1336	65.8114	-80.8514
12	3.2332	0.6946	0.4738	2.3127	0.6849	1.4638	0.0393	0.778	-0.1922	-0.146	-0.1334	0.1749	0.3336	-0.0204	0.0221	0.7461	-0.1819	0.0629	0.7513	-0.0515	0.5987	-52.1748	30.974	-122.1488
13	1.0991	0.4844	-0.5776	4.4767	-0.9302	4.8881	-0.4174	0.6021	0.4276	-0.833	0.1748	-0.8638	-1.7167	0.1114	0.2727	1.5705	-0.3991	0.0693	1.2122	0.0229	1.0087	-60.7692	55.6905	-142.2886
14	4.8747	3.1853	-1.8108	7.1397	-3.4282	4.0488	-0.3107	-0.3664	-0.2188	-0.2255	-0.4255	-1.5049	-0.3458	0.4668	0.4438	0.7998	-0.0022	-0.0326	0.9848	0.205	1.1825	-64.3135	50.339	-133.3663
15	1.6486	0.1037	-0.223	0.867	-0.1215	1.7029	0.0018	0.2887	0.1944	-0.0729	0.0733	0.061	0.0291	-0.2454	-0.0631	0.5586	-0.0958	-0.0398	0.6263	-0.0329	0.7161	-52.9088	42.7596	-114.0061
16	3.7971	0.3705	3.5533	5.1442	-0.8479	6.8663	0.1022	-0.2668	-0.4147	0.1292	-0.098	0.3658	0.9513	-1.252	-0.0008	0.6102	-0.2162	0.0767	0.7137	-0.0839	0.6203	-59.4731	25.769	-101.5483
17	1.9998	2.0002	2.0001	2.0002	4.0084	1.9999	-3.9994	-3.5675	-8.7014	6.7907	-3.6738	1.3673	10.9734	0.8473	7.6805	1.5808	-0.1511	-0.3189	0.4415	0.2342	0.9331	-48.2899	9.5088	-96.6841
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59	1.8069	0.1831	-2.7544	7.8616	1.935	4.8316	-0.13	0.2368	-0.0911	2.0212	0.0443	-0.9667	1.5046	0.1471	-0.1096	1.5772	-0.1847	-0.3029	2.2443	-0.0139	1.3951	-21.0977	4.4637	-12.6647
60	4.3425	-1.6195	4.2049	5.427	0.3246	4.8294	-0.1223	0.9262	-0.8574	-0.0048	-0.6083	0.7683	1.0207	1.5884	0.749	1.8888	-0.6634	-0.3799	1.5243	0.3188	1.254	-48.4079	13.2178	-18.3639
61	8.4143	-4.2159	-2.0827	4.1704	2.6752	4.1845	-0.739	0.0187	-0.2657	0.1877	0.1635	-0.2634	2.9858	0.713	0.5094	2.3234	0.5442	0.1633	1.9703	0.1884	1.1062	-36.708	0.587	-12.6368
62	2.8605	-0.6005	0.6067	1.7575	0.9568	1.6764	0.0054	-0.7372	0.3639	0.3684	0.1758	-0.4382	0.7529	0.3702	-0.0984	1.522	-0.1508	-0.2785	1.5311	0.0447	1.0886	-33.8276	3.6646	-8.6745
63	2.8637	-2.3586	0.882	2.3861	-1.6988	2.3921	0.0381	0.901	-2.4421	0.6293	-0.3325	-0.0061	-2.3422	0.5405	0.2281	1.6489	0.0503	-0.1358	1.5366	-0.016	1.6753	-4.3552	131.5181	-21.4862
64	3.9065	-0.73	1.0174	3.5529	0.6368	2.9969	0.1564	0.2876	-0.5182	-0.846	-0.1539	-1.0351	-1.8069	1.0132	-0.0517	1.5686	-0.1071	0.1658	1.7972	0.2019	0.9996	-0.6871	133.6822	-11.7001
65	4.1915	1.1078	-2.2678	4.6082	-0.5985	3.2418	0.0012	0.8855	-0.001	0.3517	1.0284	-0.5262	-1.685	-1.3712	-0.7967	1.9843	0.2048	-0.1853	1.8844	-0.1989	0.9646	-1.3152	141.2416	-8.8787
66	2.3728	1.9186	1.7824	5.6908	3.1954	2.0307	-0.3232	-0.3798	-0.3582	-0.1247	0.6971	-0.6942	-0.7179	1.0605	-0.6657	1.4482	-0.0077	0.0351	2.0395	0.2343	1.2793	2.8553	131.0861	-13.362

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid 2 through 98 )
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 99 through 183 )
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resid 184 through 404 )
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'A' and (resid 405 through 500 )
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'B' and (resid 2 through 44 )
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'B' and (resid 45 through 75 )
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'B' and (resid 76 through 204 )
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain 'B' and (resid 205 through 392 )
9	X-RAY DIFFRACTION	9	chain 'B' and (resid 393 through 442 )
10	X-RAY DIFFRACTION	10	chain 'B' and (resid 443 through 467 )
11	X-RAY DIFFRACTION	11	chain 'B' and (resid 468 through 501 )
12	X-RAY DIFFRACTION	12	chain 'C' and (resid 2 through 75 )
13	X-RAY DIFFRACTION	13	chain 'C' and (resid 76 through 166 )
14	X-RAY DIFFRACTION	14	chain 'C' and (resid 167 through 204 )
15	X-RAY DIFFRACTION	15	chain 'C' and (resid 205 through 404 )
16	X-RAY DIFFRACTION	16	chain 'C' and (resid 405 through 499 )
17	X-RAY DIFFRACTION	18	chain 'D' and (resid 2 through 99 )
18	X-RAY DIFFRACTION	19	chain 'D' and (resid 100 through 204 )
19	X-RAY DIFFRACTION	20	chain 'D' and (resid 205 through 442 )
20	X-RAY DIFFRACTION	21	chain 'D' and (resid 443 through 468 )
21	X-RAY DIFFRACTION	22	chain 'D' and (resid 469 through 499 )
22	X-RAY DIFFRACTION	24	chain 'E' and (resid 2 through 44 )
23	X-RAY DIFFRACTION	25	chain 'E' and (resid 45 through 75 )
24	X-RAY DIFFRACTION	26	chain 'E' and (resid 76 through 274 )
25	X-RAY DIFFRACTION	27	chain 'E' and (resid 275 through 425 )
26	X-RAY DIFFRACTION	28	chain 'E' and (resid 426 through 480 )
27	X-RAY DIFFRACTION	29	chain 'E' and (resid 481 through 500 )
28	X-RAY DIFFRACTION	30	chain 'F' and (resid 2 through 22 )
29	X-RAY DIFFRACTION	31	chain 'F' and (resid 23 through 248 )
30	X-RAY DIFFRACTION	32	chain 'F' and (resid 249 through 273 )
31	X-RAY DIFFRACTION	33	chain 'F' and (resid 274 through 425 )
32	X-RAY DIFFRACTION	34	chain 'F' and (resid 426 through 499 )
33	X-RAY DIFFRACTION	35	chain 'G' and (resid 1 through 17 )
34	X-RAY DIFFRACTION	36	chain 'G' and (resid 18 through 73 )
35	X-RAY DIFFRACTION	37	chain 'G' and (resid 74 through 89 )
36	X-RAY DIFFRACTION	38	chain 'G' and (resid 90 through 104 )
37	X-RAY DIFFRACTION	39	chain 'G' and (resid 105 through 113 )
38	X-RAY DIFFRACTION	40	chain 'G' and (resid 114 through 123 )
39	X-RAY DIFFRACTION	41	chain 'G' and (resid 124 through 130 )
40	X-RAY DIFFRACTION	42	chain 'H' and (resid 1 through 17 )
41	X-RAY DIFFRACTION	43	chain 'H' and (resid 18 through 70 )
42	X-RAY DIFFRACTION	44	chain 'H' and (resid 71 through 89 )
43	X-RAY DIFFRACTION	45	chain 'H' and (resid 90 through 130 )
44	X-RAY DIFFRACTION	46	chain 'I' and (resid 1 through 9 )
45	X-RAY DIFFRACTION	47	chain 'I' and (resid 10 through 73 )
46	X-RAY DIFFRACTION	48	chain 'I' and (resid 74 through 90 )
47	X-RAY DIFFRACTION	49	chain 'I' and (resid 91 through 105 )
48	X-RAY DIFFRACTION	50	chain 'I' and (resid 106 through 123 )
49	X-RAY DIFFRACTION	51	chain 'I' and (resid 124 through 130 )
50	X-RAY DIFFRACTION	52	chain 'J' and (resid 1 through 17 )
51	X-RAY DIFFRACTION	53	chain 'J' and (resid 18 through 39 )
52	X-RAY DIFFRACTION	54	chain 'J' and (resid 40 through 51 )
53	X-RAY DIFFRACTION	55	chain 'J' and (resid 52 through 104 )
54	X-RAY DIFFRACTION	56	chain 'J' and (resid 105 through 123 )
55	X-RAY DIFFRACTION	57	chain 'J' and (resid 124 through 131 )
56	X-RAY DIFFRACTION	58	chain 'K' and (resid 1 through 9 )
57	X-RAY DIFFRACTION	59	chain 'K' and (resid 10 through 23 )
58	X-RAY DIFFRACTION	60	chain 'K' and (resid 24 through 34 )
59	X-RAY DIFFRACTION	61	chain 'K' and (resid 35 through 51 )
60	X-RAY DIFFRACTION	62	chain 'K' and (resid 52 through 130 )
61	X-RAY DIFFRACTION	63	chain 'L' and (resid 1 through 7 )
62	X-RAY DIFFRACTION	64	chain 'L' and (resid 8 through 70 )
63	X-RAY DIFFRACTION	65	chain 'L' and (resid 71 through 98 )
64	X-RAY DIFFRACTION	66	chain 'L' and (resid 99 through 130 )

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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