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Yorodumi- PDB-8rtf: Crystal structure of Trypanosoma congolense pyruvate kinase in co... -
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Open data
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Basic information
| Entry | Database: PDB / ID: 8rtf | ||||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| Title | Crystal structure of Trypanosoma congolense pyruvate kinase in complex with a single-domain antibody (TcoPYK-sdAb42) | ||||||||||||
Components |
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Keywords | TRANSFERASE / pyruvate kinase / single-domain antibody | ||||||||||||
| Function / homology | Function and homology informationpyruvate kinase / pyruvate kinase activity / potassium ion binding / kinase activity / magnesium ion binding / ATP binding Similarity search - Function | ||||||||||||
| Biological species | ![]() ![]() | ||||||||||||
| Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 2.8 Å | ||||||||||||
Authors | Sterckx, Y.G.-J. | ||||||||||||
| Funding support | Belgium, 3items
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Citation | Journal: Elife / Year: 2025Title: Allosteric inhibition of trypanosomatid pyruvate kinases by a camelid single-domain antibody. Authors: Pinto Torres, J.E. / Claes, M. / Hendrickx, R. / Yuan, M. / Smiejkowska, N. / Van Wielendaele, P. / Hacisuleyman, A. / De Winter, H. / Muyldermans, S. / Michels, P.A.M. / Walkinshaw, M.D. / ...Authors: Pinto Torres, J.E. / Claes, M. / Hendrickx, R. / Yuan, M. / Smiejkowska, N. / Van Wielendaele, P. / Hacisuleyman, A. / De Winter, H. / Muyldermans, S. / Michels, P.A.M. / Walkinshaw, M.D. / Versees, W. / Caljon, G. / Magez, S. / Sterckx, Y.G. | ||||||||||||
| History |
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Structure visualization
| Structure viewer | Molecule: Molmil Jmol/JSmol |
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Downloads & links
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Download
| PDBx/mmCIF format | 8rtf.cif.gz | 1.3 MB | Display | PDBx/mmCIF format |
|---|---|---|---|---|
| PDB format | pdb8rtf.ent.gz | 1.1 MB | Display | PDB format |
| PDBx/mmJSON format | 8rtf.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
| Others | Other downloads |
-Validation report
| Summary document | 8rtf_validation.pdf.gz | 583.7 KB | Display | wwPDB validaton report |
|---|---|---|---|---|
| Full document | 8rtf_full_validation.pdf.gz | 724.1 KB | Display | |
| Data in XML | 8rtf_validation.xml.gz | 150.4 KB | Display | |
| Data in CIF | 8rtf_validation.cif.gz | 192.2 KB | Display | |
| Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/rt/8rtf ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/rt/8rtf | HTTPS FTP |
-Related structure data
| Related structure data | ![]() 8rvrC C: citing same article ( |
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| Similar structure data | Similarity search - Function & homology F&H Search |
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Links
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Assembly
| Deposited unit | ![]()
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| 1 | ![]()
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| 2 | ![]()
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| Unit cell |
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Components
| #1: Protein | Mass: 56424.305 Da / Num. of mol.: 6 Source method: isolated from a genetically manipulated source Details: GOL is glycerol / Source: (gene. exp.) ![]() ![]() #2: Antibody | Mass: 16416.826 Da / Num. of mol.: 6 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) ![]() ![]() #3: Chemical | ChemComp-GOL / #4: Water | ChemComp-HOH / | Has ligand of interest | N | Has protein modification | Y | |
|---|
-Experimental details
-Experiment
| Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
|---|
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Sample preparation
| Crystal | Density Matthews: 2.91 Å3/Da / Density % sol: 57.69 % |
|---|---|
| Crystal grow | Temperature: 293 K / Method: vapor diffusion, hanging drop / pH: 6.5 / Details: 100 mM MES pH 6.5, 200 mM MgCl2, 10% PEG 4000 |
-Data collection
| Diffraction | Mean temperature: 80 K / Serial crystal experiment: N |
|---|---|
| Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: SOLEIL / Beamline: PROXIMA 1 / Wavelength: 0.98 Å |
| Detector | Type: DECTRIS PILATUS3 S 6M / Detector: PIXEL / Date: Jul 4, 2016 |
| Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
| Radiation wavelength | Wavelength: 0.98 Å / Relative weight: 1 |
| Reflection | Resolution: 2.8→48.35 Å / Num. obs: 125473 / % possible obs: 99.8 % / Redundancy: 10.2 % / CC1/2: 0.998 / Rrim(I) all: 0.139 / Net I/σ(I): 12.53 |
| Reflection shell | Resolution: 2.8→2.97 Å / Redundancy: 10.2 % / Num. unique obs: 19843 / CC1/2: 0.612 / Rrim(I) all: 2.053 / % possible all: 99.1 |
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Processing
| Software |
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| Refinement | Method to determine structure: MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 2.8→48.35 Å / SU ML: 0.48 / Cross valid method: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / Phase error: 31.1 / Stereochemistry target values: ML
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| Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 2.8→48.35 Å
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| Refine LS restraints |
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| LS refinement shell |
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| Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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| Refinement TLS group |
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X-RAY DIFFRACTION
Belgium, 3items
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