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万見
- PDB-8rvf: CRYSTAL STRUCTURE OF HUMAN MONOGLYCERIDE LIPASE IN COMPLEX WITH C... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8rvf
タイトルCRYSTAL STRUCTURE OF HUMAN MONOGLYCERIDE LIPASE IN COMPLEX WITH COMPOUND 5
要素Monoglyceride lipase
キーワードHYDROLASE / ALPHA/BETA HYDROLASE / SERINE ESTERASE
機能・相同性
機能・相同性情報


Arachidonate production from DAG / Acyl chain remodeling of DAG and TAG / acylglycerol catabolic process / acylglycerol lipase / monoacylglycerol catabolic process / regulation of endocannabinoid signaling pathway / triglyceride catabolic process / monoacylglycerol lipase activity / arachidonate metabolic process / regulation of sensory perception of pain ...Arachidonate production from DAG / Acyl chain remodeling of DAG and TAG / acylglycerol catabolic process / acylglycerol lipase / monoacylglycerol catabolic process / regulation of endocannabinoid signaling pathway / triglyceride catabolic process / monoacylglycerol lipase activity / arachidonate metabolic process / regulation of sensory perception of pain / phosphatidylcholine lysophospholipase activity / Triglyceride catabolism / regulation of signal transduction / lipid metabolic process / fatty acid biosynthetic process / MLL4 and MLL3 complexes regulate expression of PPARG target genes in adipogenesis and hepatic steatosis / regulation of inflammatory response / inflammatory response / endoplasmic reticulum membrane / protein homodimerization activity / membrane / plasma membrane / cytosol
類似検索 - 分子機能
: / Serine aminopeptidase, S33 / Serine aminopeptidase, S33 / Lipases, serine active site. / Alpha/beta hydrolase fold-1 / Alpha/Beta hydrolase fold
類似検索 - ドメイン・相同性
: / Monoglyceride lipase
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.43 Å
データ登録者Leibrock, L. / Hentsch, A. / Nazare, M. / Grether, U. / Kuhn, B. / Blaising, J. / Benz, J.
資金援助1件
組織認可番号国
Not funded
引用ジャーナル: J.Am.Chem.Soc. / 年: 2025
タイトル: Highly Specific Miniaturized Fluorescent Monoacylglycerol Lipase Probes Enable Translational Research.
著者: Hentsch, A. / Guberman, M. / Radetzki, S. / Kaushik, S. / Huizenga, M. / He, Y. / Contzen, J. / Kuhn, B. / Benz, J. / Schippers, M. / Paul, J. / Leibrock, L. / Collin, L. / Wittwer, M. / ...著者: Hentsch, A. / Guberman, M. / Radetzki, S. / Kaushik, S. / Huizenga, M. / He, Y. / Contzen, J. / Kuhn, B. / Benz, J. / Schippers, M. / Paul, J. / Leibrock, L. / Collin, L. / Wittwer, M. / Topp, A. / O'Hara, F. / Heer, D. / Hochstrasser, R. / Blaising, J. / von Kries, J.P. / Mu, L. / van der Stelt, M. / Mergenthaler, P. / Lipstein, N. / Grether, U. / Nazare, M.
履歴
登録2024年2月1日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02025年2月12日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12025年4月2日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.22025年4月9日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation_author.identifier_ORCID

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Monoglyceride lipase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)36,1835
ポリマ－35,4661
非ポリマー7184
水5,531307
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)90.446, 127.312, 62.845
Angle α, β, γ (deg.)90, 90, 90
Int Tables number20
Space group name H-MC2221

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要素

#1: タンパク質 Monoglyceride lipase / MGL / HU-K5 / Lysophospholipase homolog / Lysophospholipase-like / Monoacylglycerol lipase / MAGL


分子量: 35465.512 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: MGLL / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q99685, acylglycerol lipase
#2: 化合物 ChemComp-A1H35 / [6-[[2,2-bis(fluoranyl)-1$l^{4},3-diaza-2$l^{4}-boratricyclo[7.3.0.0^{3,7}]dodeca-1(12),4,6,8,10-pentaen-8-yl]methyl]-2-azaspiro[3.3]heptan-2-yl]-[6-(3-cyclopropyl-1,2,4-triazol-1-yl)-2-azaspiro[3.3]heptan-2-yl]methanone


分子量: 531.408 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C28H32BF2N7O / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物 ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル


分子量: 62.068 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 307 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY
Has protein modificationN

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.55 Å3/Da / 溶媒含有率: 51.78 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: 0.1M MES pH 6.5, 11% PEG MME5K, 12% isopropanol

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X10SA / 波長: 1 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER2 S 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2021年12月17日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.43→20.18 Å / Num. obs: 67210 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 7.47 % / CC1/2: 0.99 / Rmerge(I) obs: 0.078 / Net I/σ(I): 8.34
反射 シェル解像度: 1.43→1.53 Å / Rmerge(I) obs: 1 / Num. unique obs: 12202 / CC1/2: 0.661

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
BUSTER2.11.8精密化
XDSデータ削減
SADABSデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 1.43→63.66 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.967 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.961 / SU R Cruickshank DPI: 0.06 / 交差検証法: THROUGHOUT / SU R Blow DPI: 0.063 / SU Rfree Blow DPI: 0.066 / SU Rfree Cruickshank DPI: 0.063
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.222 3354 -RANDOM
Rwork0.1935 ---
obs0.1948 67130 99.9 %-
原子変位パラメータBiso mean: 36.25 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--5.9126 Å20 Å20 Å2
2--4.1436 Å20 Å2
3---1.7691 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error obs: 0.25 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.43→63.66 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2244 0 51 307 2602
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数Restraint functionWeight
X-RAY DIFFRACTIONt_bond_d0.0112448HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_angle_deg1.073358HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_dihedral_angle_d869SINUSOIDAL2
X-RAY DIFFRACTIONt_gen_planes445HARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_it2448HARMONIC10
X-RAY DIFFRACTIONt_chiral_improper_torsion308SEMIHARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_ideal_dist_contact2501SEMIHARMONIC4
X-RAY DIFFRACTIONt_omega_torsion3.66
X-RAY DIFFRACTIONt_other_torsion15.85
LS精密化 シェル解像度: 1.43→1.44 Å
Rfactor反射数%反射
Rfree0.466 74 -
Rwork0.4831 --
obs0.4822 1343 99.85 %
精密化 TLSOrigin x: 118.849 Å / Origin y: 20.4231 Å / Origin z: -0.0518 Å
111213212223313233
T0.1273 Å20.0068 Å2-0.0047 Å2--0.0813 Å2-0.0008 Å2---0.0493 Å2
L0 °2-0.2754 °20.0141 °2-1.6555 °2-0.0423 °2--0.2839 °2
S-0.0324 Å °0.079 Å °-0.017 Å °0.079 Å °0.0054 Å °-0.0117 Å °-0.017 Å °-0.0117 Å °0.0271 Å °
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1{ A|* }A6 - 295
2X-RAY DIFFRACTION1{ A|* }A301

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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