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万見
- PDB-8ruc: ACTIVATED SPINACH RUBISCO COMPLEXED WITH 2-CARBOXYARABINITOL BISP... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8ruc
タイトルACTIVATED SPINACH RUBISCO COMPLEXED WITH 2-CARBOXYARABINITOL BISPHOSPHATE
要素(RIBULOSE-1,5-BISPHOSPHATE CARBOXYLASE/OXYGENASE) x 2
キーワードLYASE (CARBON-CARBON) / PHOTOSYNTHESIS / CARBON DIOXIDE FIXATION / PHOTORESPIRATION / LYASE / OXIDOREDUCTASE / MONOOXYGENASE / CHLOROPLAST
機能・相同性
機能・相同性情報


photorespiration / ribulose-bisphosphate carboxylase / ribulose-bisphosphate carboxylase activity / reductive pentose-phosphate cycle / monooxygenase activity / chloroplast / magnesium ion binding
類似検索 - 分子機能
Ribulose bisphosphate carboxylase, small subunit / Ribulose 1,5 Bisphosphate Carboxylase/Oxygenase / Ribulose bisphosphate carboxylase, small subunit / Ribulose bisphosphate carboxylase, large subunit, C-terminal domain / RuBisCO large subunit, N-terminal domain / Ribulose bisphosphate carboxylase small subunit, domain / Ribulose bisphosphate carboxylase, small subunit superfamily / Ribulose bisphosphate carboxylase, small chain / Ribulose bisphosphate carboxylase, small chain / Ribulose bisphosphate carboxylase large subunit, type I ...Ribulose bisphosphate carboxylase, small subunit / Ribulose 1,5 Bisphosphate Carboxylase/Oxygenase / Ribulose bisphosphate carboxylase, small subunit / Ribulose bisphosphate carboxylase, large subunit, C-terminal domain / RuBisCO large subunit, N-terminal domain / Ribulose bisphosphate carboxylase small subunit, domain / Ribulose bisphosphate carboxylase, small subunit superfamily / Ribulose bisphosphate carboxylase, small chain / Ribulose bisphosphate carboxylase, small chain / Ribulose bisphosphate carboxylase large subunit, type I / Ribulose bisphosphate carboxylase, large chain, active site / Ribulose bisphosphate carboxylase large chain active site. / Ribulose bisphosphate carboxylase, large subunit, ferrodoxin-like N-terminal / Ribulose bisphosphate carboxylase large chain, N-terminal domain / Ribulose bisphosphate carboxylase, large subunit, C-terminal / RuBisCO / Ribulose bisphosphate carboxylase, large subunit, C-terminal domain superfamily / RuBisCO large subunit, N-terminal domain superfamily / Ribulose bisphosphate carboxylase large chain, catalytic domain / Alpha-Beta Plaits / TIM Barrel / Alpha-Beta Barrel / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
2-CARBOXYARABINITOL-1,5-DIPHOSPHATE / Ribulose bisphosphate carboxylase small subunit, chloroplastic 1 / Ribulose bisphosphate carboxylase large chain
類似検索 - 構成要素
生物種Spinacia oleracea (ホウレンソウ)
手法X線回折 / シンクロトロン / MIR STARTING MODEL FOR MOLECULAR REPLACEMENT: NULL / 解像度: 1.6 Å
データ登録者Andersson, I. / Knight, S. / Branden, C.-I.
引用
ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 1996
タイトル: Large structures at high resolution: the 1.6 A crystal structure of spinach ribulose-1,5-bisphosphate carboxylase/oxygenase complexed with 2-carboxyarabinitol bisphosphate.
著者: Andersson, I.
#1: ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 1990
タイトル: Crystallographic Analysis of Ribulose 1,5-Bisphosphate Carboxylase from Spinach at 2.4 A Resolution
著者: Knight, S. / Andersson, I. / Branden, C.I.
#2: ジャーナル: Nature / 年: 1989
タイトル: Crystal Structure of the Active Site of Ribulose-Bisphosphate Carboxylase
著者: Andersson, I. / Knight, S. / Schneider, G. / Lindqvist, Y. / Lundqvist, T. / Branden, C.-I. / Lorimer, G.H.
#3: ジャーナル: Science / 年: 1989
タイトル: Reexamination of the Three-Dimensional Structure of the Small Subunit of Rubisco from Higher Plants
著者: Knight, S. / Andersson, I. / Branden, C.-I.
履歴
登録1996年2月22日処理サイト: BNL
置き換え1996年8月1日ID: 8RUB
改定 1.01996年8月1日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年3月3日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Derived calculations / Version format compliance
改定 1.32024年6月5日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.process_site / _struct_conn.conn_type_id / _struct_conn.id / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: RIBULOSE-1,5-BISPHOSPHATE CARBOXYLASE/OXYGENASE
C: RIBULOSE-1,5-BISPHOSPHATE CARBOXYLASE/OXYGENASE
E: RIBULOSE-1,5-BISPHOSPHATE CARBOXYLASE/OXYGENASE
G: RIBULOSE-1,5-BISPHOSPHATE CARBOXYLASE/OXYGENASE
I: RIBULOSE-1,5-BISPHOSPHATE CARBOXYLASE/OXYGENASE
J: RIBULOSE-1,5-BISPHOSPHATE CARBOXYLASE/OXYGENASE
K: RIBULOSE-1,5-BISPHOSPHATE CARBOXYLASE/OXYGENASE
L: RIBULOSE-1,5-BISPHOSPHATE CARBOXYLASE/OXYGENASE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)271,47516
ポリマ－269,9548
非ポリマー1,5228
水27,3831520
1
A: RIBULOSE-1,5-BISPHOSPHATE CARBOXYLASE/OXYGENASE
C: RIBULOSE-1,5-BISPHOSPHATE CARBOXYLASE/OXYGENASE
E: RIBULOSE-1,5-BISPHOSPHATE CARBOXYLASE/OXYGENASE
G: RIBULOSE-1,5-BISPHOSPHATE CARBOXYLASE/OXYGENASE
I: RIBULOSE-1,5-BISPHOSPHATE CARBOXYLASE/OXYGENASE
J: RIBULOSE-1,5-BISPHOSPHATE CARBOXYLASE/OXYGENASE
K: RIBULOSE-1,5-BISPHOSPHATE CARBOXYLASE/OXYGENASE
L: RIBULOSE-1,5-BISPHOSPHATE CARBOXYLASE/OXYGENASE
ヘテロ分子

A: RIBULOSE-1,5-BISPHOSPHATE CARBOXYLASE/OXYGENASE
C: RIBULOSE-1,5-BISPHOSPHATE CARBOXYLASE/OXYGENASE
E: RIBULOSE-1,5-BISPHOSPHATE CARBOXYLASE/OXYGENASE
G: RIBULOSE-1,5-BISPHOSPHATE CARBOXYLASE/OXYGENASE
I: RIBULOSE-1,5-BISPHOSPHATE CARBOXYLASE/OXYGENASE
J: RIBULOSE-1,5-BISPHOSPHATE CARBOXYLASE/OXYGENASE
K: RIBULOSE-1,5-BISPHOSPHATE CARBOXYLASE/OXYGENASE
L: RIBULOSE-1,5-BISPHOSPHATE CARBOXYLASE/OXYGENASE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)542,95132
ポリマ－539,90716
非ポリマー3,04316
水28816
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation3_555-x,y,-z+1/21
Buried area112250 Å2
ΔGint-537 kcal/mol
Surface area120020 Å2
手法PISA, PQS
単位格子
Length a, b, c (Å)157.200, 157.200, 201.300
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number20
Space group name H-MC2221
詳細THE ENZYME IS A HEXADECAMER L8S8 OF EIGHT L (LARGE) SUBUNIT AND 8 S (SMALL) SUBUNITS. THE L SUBUNIT HAS BEEN ASSIGNED CHAIN IDENTIFIERS A, B, C, D, E, F, G, AND H. THE S SUBUNIT HAS BEEN ASSIGNED CHAIN IDENTIFIERS I, J, K, L, M, N, O, AND P. IN THE CATALYTICALLY COMPETENT MOLECULE, DIMERS OF THE LARGE SUBUNITS FORM FUNCTIONAL UNITS. IN REFERENCE 1 THESE DIMERS ARE DESIGNATED *AB*, *CD*, *EF*, AND *GH*. THIS ENTRY PRESENTS THE CRYSTALLOGRAPHIC ASYMMETRIC UNIT WHICH CONTAINS HALF THE MOLECULE: FOUR L AND FOUR S SUBUNITS RELATED BY A FOUR-FOLD AXIS THROUGH THE MOLECULAR CENTER AT X=0, Y=1/4, Z=1/4. THE FOUR L CHAINS PRESENT ARE A, C, E, G AND THE FOUR S CHAINS PRESENT ARE I, J, K, L. ALSO INCLUDED ARE FOUR MAGNESIUM IONS, FOUR INHIBITOR MOLECULES (CAP) AND 1520 WATERS.

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要素

#1: タンパク質
RIBULOSE-1,5-BISPHOSPHATE CARBOXYLASE/OXYGENASE / RUBISCO


分子量: 52849.742 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Spinacia oleracea (ホウレンソウ) / 器官: LEAF / 参照: UniProt: P00875, ribulose-bisphosphate carboxylase
#2: タンパク質
RIBULOSE-1,5-BISPHOSPHATE CARBOXYLASE/OXYGENASE / RUBISCO


分子量: 14638.671 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Spinacia oleracea (ホウレンソウ) / 器官: LEAF / 参照: UniProt: P00870, ribulose-bisphosphate carboxylase
#3: 化合物
ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#4: 糖
ChemComp-CAP / 2-CARBOXYARABINITOL-1,5-DIPHOSPHATE / 2-カルボキシ-D-アラビニト-ル1,5-ビスりん酸


タイプ: saccharide / 分子量: 356.115 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H14O13P2
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 1520 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
構成要素の詳細RESIDUE 201 OF THE L SUBUNITS IS A MODIFIED ACTIVATOR LYSINE WHICH IS CARBAMYLATED AT THE EPSILON- ...RESIDUE 201 OF THE L SUBUNITS IS A MODIFIED ACTIVATOR LYSINE WHICH IS CARBAMYLATED AT THE EPSILON-AMINO GROUP. THE MODIFIED LYSINES WITH THEIR CARBAMYL ACTIVATOR GROUP ARE PRESENTED AS HET GROUPS *KCX* OF L CHAINS A, C, E, G.

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 2

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.3 Å3/Da / 溶媒含有率: 40 %
結晶化pH: 7.5 / 詳細: pH 7.5
結晶
*PLUS
結晶化
*PLUS
手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: Andersson, I., (1983) J. Biol. Chem., 258, 14088. / PH range low: 6 / PH range high: 5
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID化学式
20.05 M1dropKH2PO4
38-15 %PEG60001drop
40.05 M1reservoirKH2PO4
58-15 %PEG60001reservoir
60.1 M1reservoirNaCl
1protein1drop

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データ収集

回折平均測定温度: 283 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Photon Factory / ビームライン: BL-6A / 波長: 1.04
検出器タイプ: RIGAKU RAXIS IV++ / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 1990年7月7日
放射単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.04 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.5→20 Å / Num. obs: 277449 / 冗長度: 4 % / Rmerge(I) obs: 0.069
反射 シェル解像度: 1.6→1.67 Å / % possible all: 49
反射
*PLUS
Num. measured all: 1131480

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
X-PLOR3.1モデル構築
X-PLOR3.1精密化
WEISデータ削減
SCALEデータスケーリング
X-PLOR3.1位相決定
精密化構造決定の手法: MIR STARTING MODEL FOR MOLECULAR REPLACEMENT: NULL
解像度: 1.6→7 Å / σ(F): 0
詳細: NO ELECTRON DENSITY IS OBSERVED FOR THE FIRST EIGHT RESIDUES OF THE LARGE SUBUNIT. NO COORDINATES ARE PRESENTED FOR THESE RESIDUES. THE ELECTRON DENSITY FOR RESIDUES ALA 9, SER 10 AND VAL 11 ...詳細: NO ELECTRON DENSITY IS OBSERVED FOR THE FIRST EIGHT RESIDUES OF THE LARGE SUBUNIT. NO COORDINATES ARE PRESENTED FOR THESE RESIDUES. THE ELECTRON DENSITY FOR RESIDUES ALA 9, SER 10 AND VAL 11 OF THE L SUBUNITS IS WEAK.
Rfactor反射数%反射
Rwork0.211 --
obs0.211 261995 81.7 %
原子変位パラメータBiso mean: 15.2 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.6→7 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数18760 0 88 1520 20368
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d0.01
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg1.6
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg_na
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d24.1
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d1.4
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_mcbond_it13.5
X-RAY DIFFRACTIONx_mcangle_it
X-RAY DIFFRACTIONx_scbond_it15.2
X-RAY DIFFRACTIONx_scangle_it
ソフトウェア
*PLUS
名称: X-PLOR / バージョン: 3.1 / 分類: refinement
拘束条件
*PLUS
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_deg24.1
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_deg1.4

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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