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- PDB-8rtw: Crystal Structure of the Anti-testosterone Fab in Complex with Te... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8rtw
タイトルCrystal Structure of the Anti-testosterone Fab in Complex with Testosterone
要素
  • Anti-testosterone Fab 220 heavy chain
  • Anti-testosterone Fab 220 light chain
キーワードIMMUNE SYSTEM / Fab / Testosterone
機能・相同性TESTOSTERONE
機能・相同性情報
生物種Mus musculus (ハツカネズミ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.99 Å
データ登録者Eronen, V. / Parkkinen, T. / Hakulinen, N. / Rouvinen, J.
資金援助 フィンランド, 1件
組織認可番号国
Academy of Finland フィンランド
引用ジャーナル: Febs J. / 年: 2024
タイトル: Structural insights into ternary immunocomplex formation and cross-reactivity: binding of an anti-immunocomplex FabB12 to Fab220-testosterone complex.
著者: Eronen, V. / Takkinen, K. / Torni, A. / Peng, K. / Janis, J. / Parkkinen, T. / Hakulinen, N. / Rouvinen, J.
履歴
登録2024年1月29日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02024年9月18日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年10月16日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification
改定 1.22024年11月13日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation_author.identifier_ORCID

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Anti-testosterone Fab 220 light chain
B: Anti-testosterone Fab 220 heavy chain
C: Anti-testosterone Fab 220 light chain
D: Anti-testosterone Fab 220 heavy chain
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)97,8176
ポリマ－97,2404
非ポリマー5772
水7,206400
1
A: Anti-testosterone Fab 220 light chain
B: Anti-testosterone Fab 220 heavy chain
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)48,9083
ポリマ－48,6202
非ポリマー2881
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4210 Å2
ΔGint-31 kcal/mol
Surface area19700 Å2
手法PISA
2
C: Anti-testosterone Fab 220 light chain
D: Anti-testosterone Fab 220 heavy chain
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)48,9083
ポリマ－48,6202
非ポリマー2881
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4270 Å2
ΔGint-30 kcal/mol
Surface area19410 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)158.376, 53.159, 111.947
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 96.400, 90.000
Int Tables number5
Space group name H-MC121
Space group name HallC2y
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: -x,y,-z
#3: x+1/2,y+1/2,z
#4: -x+1/2,y+1/2,-z

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要素

#1: 抗体 Anti-testosterone Fab 220 light chain


分子量: 23938.398 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
#2: 抗体 Anti-testosterone Fab 220 heavy chain


分子量: 24681.631 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
#3: 化合物 ChemComp-TES / TESTOSTERONE / テストステロン


分子量: 288.424 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C19H28O2 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION / コメント: ホルモン*YM
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 400 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.42 Å3/Da / 溶媒含有率: 49.18 %
結晶化温度: 293.15 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: PEG 3350, ammonium sulfate, Tris

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: MASSIF-1 / 波長: 0.9655 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 2M / 検出器: PIXEL / 日付: 2023年10月5日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9655 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.99→48.02 Å / Num. obs: 60707 / % possible obs: 95.43 % / 冗長度: 2.67 % / Biso Wilson estimate: 43.1 Å2 / CC1/2: 0.995 / Net I/σ(I): 7.65
反射 シェル解像度: 1.99→2.05 Å / Num. unique obs: 5889 / CC1/2: 0.459

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.20.1_4487精密化
PHASER位相決定
Cootモデル構築
XDSデータ削減
XDSデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 1.99→48.02 Å / SU ML: 0.3105 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 26.1161
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2208 1998 3.29 %
Rwork0.1895 58676 -
obs0.1905 60674 95.44 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 55.08 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.99→48.02 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数6636 0 42 400 7078
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00886858
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.10049358
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.06591044
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.01111186
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d16.85182432
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.99-2.040.37421390.3434072X-RAY DIFFRACTION92.88
2.04-2.10.3161390.31734108X-RAY DIFFRACTION95.1
2.1-2.160.30511450.29364247X-RAY DIFFRACTION97.71
2.16-2.230.3091440.25814247X-RAY DIFFRACTION97.04
2.23-2.310.32261450.24494252X-RAY DIFFRACTION97.15
2.31-2.40.31361440.23474247X-RAY DIFFRACTION97.69
2.4-2.510.28521430.22934187X-RAY DIFFRACTION96.05
2.51-2.650.2641450.22134248X-RAY DIFFRACTION96.59
2.65-2.810.26551430.21584215X-RAY DIFFRACTION95.78
2.81-3.030.24921440.1974208X-RAY DIFFRACTION96.5
3.03-3.330.20631410.19514157X-RAY DIFFRACTION94.54
3.33-3.810.211420.16854164X-RAY DIFFRACTION94.33
3.81-4.80.17891420.14514153X-RAY DIFFRACTION93.7
4.81-48.020.1621420.16044171X-RAY DIFFRACTION91.42

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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