[日本語] English
万見
- PDB-8rtn: Human thrombin in complex with a trivalent inhibitor -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8rtn
タイトルHuman thrombin in complex with a trivalent inhibitor
要素
  • Prothrombin
  • Synthetic trivalent inhibitor
キーワードBLOOD CLOTTING / inhibitor / tyrosine-o-sulfate
機能・相同性
機能・相同性情報


cytolysis by host of symbiont cells / positive regulation of phospholipase C-activating G protein-coupled receptor signaling pathway / thrombospondin receptor activity / Defective factor XII causes hereditary angioedema / thrombin-activated receptor signaling pathway / thrombin / neutrophil-mediated killing of gram-negative bacterium / regulation of blood coagulation / Defective F8 cleavage by thrombin / ligand-gated ion channel signaling pathway ...cytolysis by host of symbiont cells / positive regulation of phospholipase C-activating G protein-coupled receptor signaling pathway / thrombospondin receptor activity / Defective factor XII causes hereditary angioedema / thrombin-activated receptor signaling pathway / thrombin / neutrophil-mediated killing of gram-negative bacterium / regulation of blood coagulation / Defective F8 cleavage by thrombin / ligand-gated ion channel signaling pathway / Platelet Aggregation (Plug Formation) / negative regulation of astrocyte differentiation / positive regulation of collagen biosynthetic process / negative regulation of platelet activation / negative regulation of blood coagulation / positive regulation of blood coagulation / negative regulation of fibrinolysis / regulation of cytosolic calcium ion concentration / Transport of gamma-carboxylated protein precursors from the endoplasmic reticulum to the Golgi apparatus / Gamma-carboxylation of protein precursors / Common Pathway of Fibrin Clot Formation / Removal of aminoterminal propeptides from gamma-carboxylated proteins / fibrinolysis / negative regulation of proteolysis / Intrinsic Pathway of Fibrin Clot Formation / negative regulation of cytokine production involved in inflammatory response / positive regulation of release of sequestered calcium ion into cytosol / Peptide ligand-binding receptors / Regulation of Complement cascade / acute-phase response / positive regulation of receptor signaling pathway via JAK-STAT / Cell surface interactions at the vascular wall / lipopolysaccharide binding / growth factor activity / positive regulation of insulin secretion / platelet activation / positive regulation of protein localization to nucleus / response to wounding / Golgi lumen / antimicrobial humoral immune response mediated by antimicrobial peptide / Regulation of Insulin-like Growth Factor (IGF) transport and uptake by Insulin-like Growth Factor Binding Proteins (IGFBPs) / positive regulation of reactive oxygen species metabolic process / blood coagulation / heparin binding / regulation of cell shape / Thrombin signalling through proteinase activated receptors (PARs) / positive regulation of protein phosphorylation / positive regulation of cell growth / : / G alpha (q) signalling events / blood microparticle / positive regulation of phosphatidylinositol 3-kinase/protein kinase B signal transduction / cell surface receptor signaling pathway / receptor ligand activity / endoplasmic reticulum lumen / signaling receptor binding / serine-type endopeptidase activity / positive regulation of cell population proliferation / calcium ion binding / proteolysis / extracellular space / extracellular exosome / extracellular region / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Prothrombin/thrombin / Thrombin light chain / Thrombin light chain domain superfamily / : / Thrombin light chain / Kringle domain / Kringle / Kringle, conserved site / Kringle superfamily / Kringle domain signature. ...Prothrombin/thrombin / Thrombin light chain / Thrombin light chain domain superfamily / : / Thrombin light chain / Kringle domain / Kringle / Kringle, conserved site / Kringle superfamily / Kringle domain signature. / Kringle domain profile. / Kringle domain / Vitamin K-dependent carboxylation/gamma-carboxyglutamic (GLA) domain / Gamma-carboxyglutamic acid-rich (GLA) domain / Gamma-carboxyglutamic acid-rich (GLA) domain superfamily / Vitamin K-dependent carboxylation domain. / Gla domain profile. / Domain containing Gla (gamma-carboxyglutamate) residues. / Kringle-like fold / Serine proteases, trypsin family, histidine active site / Serine proteases, trypsin family, serine active site / Serine proteases, trypsin family, histidine active site. / Peptidase S1A, chymotrypsin family / Serine proteases, trypsin family, serine active site. / Serine proteases, trypsin domain profile. / Trypsin-like serine protease / Serine proteases, trypsin domain / Trypsin / Peptidase S1, PA clan, chymotrypsin-like fold / Peptidase S1, PA clan
類似検索 - ドメイン・相同性
生物種Homo sapiens (ヒト)
Glossina morsitans morsitans (ハエ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.51 Å
データ登録者Ripoll-Rozada, J. / Maxwell, J. / Payne, R.J. / Pereira, P.J.B.
資金援助 ポルトガル, 1件
組織認可番号国
Foundation for Science and Technology (FCT)PTDC/BIA-BQM/2494/2020 ポルトガル
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: Human thrombin in complex with a trivalent inhibitor
著者: Ripoll-Rozada, J. / Maxwell, J. / Payne, R.J. / Pereira, P.J.B.
履歴
登録2024年1月26日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02025年2月12日Provider: repository / タイプ: Initial release

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
L: Prothrombin
H: Prothrombin
I: Synthetic trivalent inhibitor
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)145,8475
ポリマ－145,6033
非ポリマー2442
水2,108117
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area8190 Å2
ΔGint-39 kcal/mol
Surface area13070 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)82.188, 82.188, 271.964
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number155
Space group name H-MH32
Space group name HallR32"
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: -y,x-y,z
#3: -x+y,-x,z
#4: x-y,-y,-z
#5: -x,-x+y,-z
#6: y,x,-z
#7: x+1/3,y+2/3,z+2/3
#8: -y+1/3,x-y+2/3,z+2/3
#9: -x+y+1/3,-x+2/3,z+2/3
#10: x-y+1/3,-y+2/3,-z+2/3
#11: -x+1/3,-x+y+2/3,-z+2/3
#12: y+1/3,x+2/3,-z+2/3
#13: x+2/3,y+1/3,z+1/3
#14: -y+2/3,x-y+1/3,z+1/3
#15: -x+y+2/3,-x+1/3,z+1/3
#16: x-y+2/3,-y+1/3,-z+1/3
#17: -x+2/3,-x+y+1/3,-z+1/3
#18: y+2/3,x+1/3,-z+1/3

-
要素

#1: タンパク質 Prothrombin / Coagulation factor II


分子量: 70122.820 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P00734, thrombin
#2: タンパク質・ペプチド Synthetic trivalent inhibitor


分子量: 5357.540 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Glossina morsitans morsitans (ハエ)
#3: 糖 ChemComp-NAG / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-acetyl-beta-D-glucosamine / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-glucose / N-ACETYL-D-GLUCOSAMINE / N-アセチル-β-D-グルコサミン


タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 221.208 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C8H15NO6 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
識別子タイププログラム
DGlcpNAcbCONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
N-acetyl-b-D-glucopyranosamineCOMMON NAMEGMML 1.0
b-D-GlcpNAcIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
GlcNAcSNFG CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
#4: 化合物 ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン


分子量: 22.990 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 117 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY
Has protein modificationY

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法
詳細: 0.2 M lithium citrate tribasic tetrahydrate 20% (w/v) PEG 3350

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ALBA / ビームライン: XALOC / 波長: 0.97926 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2023年7月16日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97926 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.509→68.86 Å / Num. obs: 12545 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 19.6 % / Biso Wilson estimate: 43.94 Å2 / CC1/2: 0.997 / Rpim(I) all: 0.068 / Net I/σ(I): 16.9
反射 シェル解像度: 2.509→2.552 Å / 冗長度: 2.2 % / Mean I/σ(I) obs: 2.2 / Num. unique obs: 615 / CC1/2: 0.7 / Rpim(I) all: 0.457 / % possible all: 100

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.20.1_4487精密化
PHENIX1.20.1_4487精密化
XDSデータ削減
Aimlessデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.51→68.86 Å / SU ML: 0.2597 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 21.8144
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2135 665 5.3 %
Rwork0.1684 11876 -
obs0.1708 12541 99.94 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 52.54 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.51→68.86 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2612 0 15 117 2744
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00432688
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.70013631
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0481371
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0065477
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d14.68071041
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.51-2.70.28451120.22522343X-RAY DIFFRACTION100
2.7-2.970.29391350.21462342X-RAY DIFFRACTION99.96
2.97-3.410.24011360.19692347X-RAY DIFFRACTION100
3.41-4.290.20361460.14712357X-RAY DIFFRACTION99.96
4.29-68.860.17261360.14532487X-RAY DIFFRACTION99.81
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
16.69523348327-0.441641910877-5.162876650683.23638874881.73889950415.279046293330.8234465577330.8621395191880.798717641612-0.423538425463-0.3305011435571.02671768408-1.10765083037-0.7892344069-0.2971970619640.8738119582880.136269467383-0.02036980396080.267940395437-0.1042462445060.652675048113-14.599713494137.5124351553-15.9467055785
25.98032050127-5.467416848-0.836470940288.347950266321.368694847045.93257518108-0.1580026844720.07131972563180.1171640033440.3226439668560.154631034008-1.09241747658-0.1648409403180.03099616726050.06464380780250.6749755257110.003512233150780.00545255962110.307235582699-0.1315231391060.520809628782-4.8479153507236.8301311283-7.48832014396
34.65946489173.22447672044-3.502834779274.08457701824-4.275279210914.472121511020.4613099732950.7565357309850.495383220676-0.201800227742-0.608013441552-0.802020865651-0.6645583705160.1117783848190.415525177710.574664388347-0.06160552993040.01599804072430.440071177070.04487032083850.6896003476715.2489816243135.2066779326-18.4325592288
41.17055842513-0.07485160980410.06303009359312.97258807420.2606995748722.373566276580.001468154582960.09062425752050.02393726270770.201912738049-0.1703238329150.550804446892-0.155619784783-0.4026843651330.1979916309540.3134815663040.094599934985-0.01292635375280.321517581882-0.03660765157010.447518647859-16.493800637618.2121036459-19.1088398583
52.75038948131-0.260666849093-0.4616511018574.185524897031.08550078962.94030030510.171810346774-0.5143969798380.1310506798220.682237654065-0.2995742806790.9118152332440.330847421251-0.7531218168220.2967532727060.4136533916510.0555783018030.1121349957910.429305756678-0.06009688194830.592789676891-20.952743640118.7908765084-9.11115844854
62.924273683670.2448707847870.1527981622634.226969100010.5339155628743.05547626471-0.1337256885470.4758879111860.419955780726-0.4643631658520.02941983444190.3808631823340.041599101634-0.666791788470.180728023860.3980610484650.0976144252082-0.1353953207840.3437492456670.005925346882230.430774436629-19.160123842218.9135639149-30.6690813796
73.22314976996-0.007413995997780.6259344564452.815893599661.083219622621.80341821404-0.202233924514-0.009368234128860.654154526629-0.210458525628-0.06738680722840.367545142354-0.6092681736-0.2462890396670.1196639562770.5388147674060.106587502761-0.08246716364820.248513452434-0.001903595027950.442716148861-12.562673127331.5725014928-20.7712535949
83.40209557420.511825022577-0.9341683137653.007640282240.1884037409044.37856548178-0.0987955783635-0.0934952284536-0.3034670919450.2082850436380.0259716556721-0.1747507170760.0604149564216-0.02529292982270.0312267597320.2743922338420.0364766519342-0.07792972031170.1807254178040.00142689787790.338090338703-2.4637173645717.325071891-15.6890597237
98.344127914710.2517971937290.02762282051615.95215023164-0.6049221358795.073351932940.4314253166721.432701927390.0326202844714-1.2062054767-0.157799911646-0.140083934933-0.546561873567-0.170622218059-0.2059936266180.4616875653360.02603189164430.06464042965790.433017120772-0.02292852977670.3075857150240.9362434753718.5730932786-37.0141826438
102.26802289069-0.1994668675970.09160181016694.032087677420.2752737322511.847904740690.1240919180940.2667974727680.2363784501-0.380779792045-0.150151962652-0.0166671184284-0.4465611978610.01922494785740.01961400138830.4118308933770.0299594560652-0.004711897598880.2160899254810.01784166875590.279692353824-5.7974537690325.0095318173-25.6642468325
111.301506034460.269823170698-1.896200886741.66379379872-0.4703521955072.766194008910.167462716830.2025002128010.859482436515-0.4392599321760.0442960118027-1.0213655241-1.496623250431.306122926810.1604890856570.878860670117-0.329368876740.3118850393381.065782686680.1803749809570.6964572534063.7533247606531.3615809533-33.9035266864
122.8859173710.7684494571033.201166656433.960637075910.1554951436597.21904953269-0.2967916389420.09579001426770.862415478536-0.5587122335570.05067958903770.527197923718-1.57623744592-0.3750453892340.3189585740471.270546508030.218078629098-0.02654515886990.8820703535220.04179746329310.746140158469-10.15527240832.8489039055-38.4173611213
137.21697557854-0.199152686819-2.867629855547.045353613344.076384238113.40619905303-0.7022264596180.235808419668-1.114516999-0.5272930664860.0173373718899-0.846081473740.338280527981.759335462770.6791752723370.509659847070.0483744850460.02145171949970.407138911465-0.07126023484560.441350174734-5.044251246987.97298711723-34.8656540121
143.326337537670.1467234184290.1208341253472.536325716940.1317289323042.661170534520.1555134051890.204469031759-0.6088605658660.118757774353-0.1213291309810.9897320602750.3010524335350.04229729154630.1002727823310.3099569890830.05419930540780.02573867524450.2161618498610.04242946289320.303792410435-11.27067224797.18645971788-20.0090947248
153.21596941095-1.427340288830.1515743907616.075630175982.829074136583.671038992720.447950874182-0.7170426739810.08277782130340.315934415625-0.5590093987951.424711676060.259270162182-1.202881967770.3487640303210.5421793413020.03230344683460.3057329238820.5899008920220.01967797866380.706737011564-26.12961190613.0932048271-7.71303684958
精密化 TLSグループ

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
11chain 'L' and (resid 286 through 299 )LA286 - 2991 - 14
22chain 'L' and (resid 300 through 308 )LA300 - 30815 - 23
33chain 'L' and (resid 309 through 319 )LA309 - 31924 - 34
44chain 'H' and (resid 321 through 375 )HB321 - 3751 - 55
55chain 'H' and (resid 376 through 396 )HB376 - 39656 - 76
66chain 'H' and (resid 397 through 420 )HB397 - 42077 - 100
77chain 'H' and (resid 421 through 460 )HB421 - 460101 - 140
88chain 'H' and (resid 461 through 489 )HB461 - 489141 - 162
99chain 'H' and (resid 490 through 504 )HB490 - 504163 - 177
1010chain 'H' and (resid 505 through 578 )HB505 - 578178 - 251
1111chain 'I' and (resid 1 through 5 )ID1 - 51 - 5
1212chain 'I' and (resid 6 through 11 )ID6 - 116 - 11
1313chain 'I' and (resid 22 through 26 )ID22 - 2613 - 17
1414chain 'I' and (resid 27 through 36 )ID27 - 3618 - 27
1515chain 'I' and (resid 37 through 48 )ID37 - 4828 - 39

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る