PDB-8rte: Rap from bacteriophage Phi105 with peptide ERPVGT

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 8rte

タイトル

Rap from bacteriophage Phi105 with peptide ERPVGT

要素

Peptide ERPVGT
Rap105

キーワード

SIGNALING PROTEIN / Rap / Aspartate phosphatase / Phi3T / Bacteriophage

機能・相同性

response regulator aspartate phosphatase H, N terminal / Tetratricopeptide repeat / TPR repeat profile. / Tetratricopeptide repeat / Tetratricopeptide-like helical domain superfamily / Uncharacterized protein

機能・相同性情報

生物種

Bacillus phage phi105 (ファージ)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.4 Å

データ登録者

Felipe-Ruiz, A. / Zamora-Caballero, S. / Marina, A.

資金援助

スペイン, 2件

引用

ジャーナル: Plos Biol. / 年: 2024
タイトル: Extracellular proteolysis of tandemly duplicated pheromone propeptides affords additional complexity to bacterial quorum sensing
著者: Felipe-Ruiz, A. / Zamora-Caballero, S. / Bendori, S.O. / Penades, J.R. / Eldar, A. / Marina, A.

履歴

登録	2024年1月25日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2024年7月24日	Provider: repository / タイプ: Initial release

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	8rte.cif.gz	336.8 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb8rte.ent.gz	243.7 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	8rte.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	8rte_validation.pdf.gz	440.4 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	8rte_full_validation.pdf.gz	443 KB	表示
XML形式データ	8rte_validation.xml.gz	25 KB	表示
CIF形式データ	8rte_validation.cif.gz	34.8 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/rt/8rte ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/rt/8rte	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	8rstC 8rsuC 8rsvC 8rtcC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#141 - 2011年9月 O-GlcNAc転移酵素 (O-GlcNAc Transferase) 類似性 (3) #230 - 2019年2月開始因子eIF4E (Initiation Factor eIF4E) 類似性 (3) #166 - 2013年10月プロテアソーム (Proteasome) 類似性 (2)

登録構造単位

A: Rap105

B: Rap105

D: Peptide ERPVGT

E: Peptide ERPVGT

89.5 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration

単位格子

Length a, b, c (Å)	65.300, 80.307, 91.707
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 100.680, 90.000
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1
Space group name Hall	P2yb
Symmetry operation	#1: x,y,z #2: -x,y+1/2,-z

#1: タンパク質	Rap105 分子量: 44109.434 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Bacillus phage phi105 (ファージ) / 遺伝子: PHI105_00140 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: D6R410
#2: タンパク質・ペプチド	Peptide ERPVGT 分子量: 658.724 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Bacillus phage phi105 (ファージ)
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 89 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.64 Å³/Da / 溶媒含有率: 53.39 %
結晶化	温度: 294 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8 詳細: 20% glycerol ethoxylate, 10% tetrahydrofuran and 0.1M tris-HCl pH8

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I03 / 波長: 0.9792 Å
検出器	タイプ: DECTRIS EIGER2 XE 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2021年12月3日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9792 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.4→90.12 Å / Num. obs: 36368 / % possible obs: 99.37 % / 冗長度: 6.7 % / B_iso Wilson estimate: 33.85 Å² / CC_1/2: 0.978 / Net I/σ(I): 5.73
反射シェル	解像度: 2.4→2.486 Å / Num. unique obs: 3628 / CC_1/2: 0.978

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.20.1_4487	精密化
PHENIX	1.20.1_4487	精密化
iMOSFLM		データ削減
Aimless		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 2.4→90.12 Å / SU ML: 0.2853 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.89 / 位相誤差: 25.4944
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2554	1781	4.9 %
R_work	0.2187	34583	-
obs	0.2205	36364	99.36 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso mean: 40.33 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.4→90.12 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	5831	0	0	89	5920

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.0037	5966
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.6454	8042
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.0395	868
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.0047	1015
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	14.9512	2213

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.4-2.46	0.3127	134	0.2868	2629	X-RAY DIFFRACTION	99.32
2.46-2.54	0.2959	148	0.272	2665	X-RAY DIFFRACTION	99.75
2.54-2.62	0.3088	130	0.2636	2641	X-RAY DIFFRACTION	99.68
2.62-2.71	0.3134	120	0.2584	2694	X-RAY DIFFRACTION	99.68
2.71-2.82	0.3149	127	0.2492	2649	X-RAY DIFFRACTION	99.78
2.82-2.95	0.2684	151	0.2416	2648	X-RAY DIFFRACTION	99.71
2.95-3.11	0.305	159	0.2419	2645	X-RAY DIFFRACTION	99.89
3.11-3.3	0.2648	140	0.2389	2659	X-RAY DIFFRACTION	99.64
3.3-3.55	0.2512	133	0.2167	2643	X-RAY DIFFRACTION	98.97
3.56-3.91	0.2615	133	0.1965	2633	X-RAY DIFFRACTION	98.26
3.91-4.48	0.2105	150	0.1776	2643	X-RAY DIFFRACTION	98.73
4.48-5.64	0.2268	115	0.1951	2691	X-RAY DIFFRACTION	99.01
5.64-90.12	0.2146	141	0.2014	2743	X-RAY DIFFRACTION	99.28

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	1.54030538663	0.166168775025	-0.0320684133146	1.40187989558	-0.545544587719	1.96578562472	-0.0495568975697	0.315941593977	-0.1628073174	-0.426447156979	-0.15858153424	-0.203676799051	0.277205936453	0.391410762679	0.0102389755506	0.358153224523	0.0848110424974	0.080208555104	0.296179237584	0.0259157759666	0.28060322061	8.50008705737	-4.10994260979	34.1502482665
2	0.971496300258	-0.14786303898	0.391033100762	1.69315666891	-0.905386107782	1.37200802839	-0.0893986810104	-0.0154470059179	0.0990690875377	0.0240262145969	0.0806421912841	0.0813262123894	-0.0477303789316	-0.0472185874852	-0.00918097076094	0.18821473285	0.0112425360449	-0.00323030373747	0.138754363501	-0.00791410103526	0.202960534728	-9.7945595319	8.82973070562	43.0557522497
3	1.22675386601	0.170373356454	-0.117359069986	1.35577090781	-0.176197872707	2.19592883552	0.0221951373848	-0.0463777921821	-0.0741893058417	-0.113728289592	0.0881764401318	0.0749255384961	0.104728153033	-0.15577248062	-0.0926235033647	0.179572914795	0.012946635531	-0.0133058229592	0.180638741533	0.0234373338486	0.176652550875	-17.8386186686	-9.41753273249	52.57239612
4	1.74457746476	-0.214580742354	0.714487801972	1.61541125859	0.809594881439	1.5348323478	-0.0309309341181	-0.338044728959	0.250528954241	0.286213789139	0.131519948903	-0.143238211084	-0.224295571404	0.301021443674	0.0793366722503	0.345516487121	-0.0409689194334	-0.0194081256946	0.379342855505	-0.0988326650131	0.334455448004	25.4278449237	-0.428582304354	81.439357206
5	1.53689209673	-0.0963118479039	0.246091869178	1.06288495896	0.167529029813	0.650876403774	0.0191798955766	-0.0487794729974	0.13090032622	-0.0834933648308	-0.0220898834006	-0.232282572697	-0.125446244232	0.0591887785276	0.0281208964802	0.19275432257	0.00501007891111	-0.00443853408196	0.187724418033	0.0116970228828	0.232040326745	17.5630860388	-6.51826897311	65.4495424058
6	2.03853951513	0.051678969828	0.247027967651	0.819318488722	-0.478382369004	0.871999132109	-0.0146230842936	-0.225193060844	-0.13524783715	0.141477374424	0.039087054567	0.0860531020798	0.00756610235608	-0.122296690638	-0.0591994619081	0.212896132271	0.00375936063221	-0.00795100114676	0.228413972605	0.00256119704465	0.175343539606	-0.841679735769	-17.4410994467	76.461292129
7	0.256083468229	0.450707844	0.51899984134	3.1213136137	-1.8777059208	4.36824459231	0.0637005437292	0.0425551437908	-0.0672163406518	-0.30589337067	0.198113989341	-0.163998798438	-0.000899134258014	0.42524296455	0.0537058706436	0.294458799709	0.0259238434948	-0.0337174693755	0.214623540614	0.0339764754284	0.230921007872	-4.73894197872	0.942850245409	44.2520844853
8	2.16600156628	-1.9211544383	1.50728358324	1.93726465905	-0.501225128609	3.99007225195	-0.0627740437174	-0.337332100628	0.0527342879497	0.258095772794	-0.179926011364	-0.0993913053625	-0.0311759801944	0.00205564176967	-0.0105484273855	0.27424788924	0.0193316962405	-0.0343913259223	0.219585281507	0.00440587123304	0.172631162352	8.21424502912	-12.8539705979	73.1485618136

精密化 TLSグループ

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	Refine TLS-ID	Selection details	Auth asym-ID	Label asym-ID	Auth seq-ID	Label seq-ID
1	1	chain 'A' and (resid 9 through 165 )	A	A	9 - 165	1 - 145
2	2	chain 'A' and (resid 166 through 286 )	A	A	166 - 286	146 - 266
3	3	chain 'A' and (resid 287 through 370 )	A	A	287 - 370	267 - 350
4	4	chain 'B' and (resid 10 through 106 )	B	B	10 - 106	1 - 91
5	5	chain 'B' and (resid 107 through 188 )	B	B	107 - 188	92 - 173
6	6	chain 'B' and (resid 189 through 367 )	B	B	189 - 367	174 - 350
7	7	chain 'D' and (resid 601 through 606 )	D	D	601 - 606	1 - 6
8	8	chain 'E' and (resid 501 through 506 )	E	E	501 - 506	1 - 6

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

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