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Open data
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Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 8rtc | ||||||
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Title | Rap from bacteriophage Phi3T in presence of pheromone RGHTS | ||||||
![]() |
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![]() | SIGNALING PROTEIN / Rap / Aspartate phosphatase / Phi3T / Bacteriophage | ||||||
Function / homology | ![]() | ||||||
Biological species | ![]() | ||||||
Method | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Felipe-Ruiz, A. / Zamora-Caballero, S. / Marina, A. | ||||||
Funding support | ![]()
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![]() | ![]() Title: Extracellular proteolysis of tandemly duplicated pheromone propeptides affords additional complexity to bacterial quorum sensing Authors: Felipe-Ruiz, A. / Zamora-Caballero, S. / Bendori, S.O. / Penades, J.R. / Eldar, A. / Marina, A. | ||||||
History |
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Structure visualization
Structure viewer | Molecule: ![]() ![]() |
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Downloads & links
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Download
PDBx/mmCIF format | ![]() | 354.4 KB | Display | ![]() |
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PDB format | ![]() | Display | ![]() | |
PDBx/mmJSON format | ![]() | Tree view | ![]() | |
Others | ![]() |
-Validation report
Arichive directory | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
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-Related structure data
Related structure data | ![]() 8rstC ![]() 8rsuC ![]() 8rsvC ![]() 8rteC C: citing same article ( |
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Similar structure data | Similarity search - Function & homology ![]() |
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Links
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Assembly
Deposited unit | ![]()
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1 | ![]()
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2 | ![]()
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Unit cell |
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Noncrystallographic symmetry (NCS) | NCS oper:
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Components
#1: Protein | Mass: 45028.223 Da / Num. of mol.: 2 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) ![]() ![]() ![]() #2: Protein/peptide | Mass: 558.589 Da / Num. of mol.: 2 / Source method: obtained synthetically / Source: (synth.) ![]() #3: Chemical | ChemComp-A1H22 / Mass: 885.040 Da / Num. of mol.: 4 / Source method: obtained synthetically / Formula: C39H80O21 #4: Water | ChemComp-HOH / | Has ligand of interest | N | |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: ![]() |
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Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 3 Å3/Da / Density % sol: 59.02 % |
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Crystal grow | Temperature: 294 K / Method: vapor diffusion, sitting drop / pH: 8 / Details: 25% glycerol ethoxylate, 0.2M NH4Cl |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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Diffraction source | Source: ![]() ![]() ![]() |
Detector | Type: DECTRIS PILATUS3 X 6M / Detector: PIXEL / Date: Sep 24, 2020 |
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength: 0.9793 Å / Relative weight: 1 |
Reflection | Resolution: 2.83→97.48 Å / Num. obs: 24531 / % possible obs: 91.48 % / Redundancy: 21.6 % / Biso Wilson estimate: 72.33 Å2 / CC1/2: 0.898 / Net I/σ(I): 23.93 |
Reflection shell | Resolution: 2.83→2.931 Å / Num. unique obs: 2392 / CC1/2: 0.574 |
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Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: ![]() Stereochemistry target values: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.1 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso mean: 84.53 Å2 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 2.83→97.48 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell |
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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