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- PDB-8rsx: TRYPTOPHAN SYNTHASE measured via serial crystallography from a si... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8rsx
タイトルTRYPTOPHAN SYNTHASE measured via serial crystallography from a silicon HARE-chip
要素
  • Tryptophan synthase alpha chain
  • Tryptophan synthase beta chain
キーワードLYASE / TRYPTOPHAN SYNTHASE
機能・相同性
機能・相同性情報


tryptophan synthase / tryptophan synthase activity / L-tryptophan biosynthetic process / identical protein binding / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Tryptophan synthase, alpha chain / Tryptophan synthase, alpha chain, active site / Tryptophan synthase alpha chain / Tryptophan synthase alpha chain signature. / Tryptophan synthase, beta chain, conserved site / Tryptophan synthase, beta chain / Tryptophan synthase beta chain/beta chain-like / Tryptophan synthase beta chain pyridoxal-phosphate attachment site. / Pyridoxal-phosphate dependent enzyme / Pyridoxal-phosphate dependent enzyme ...Tryptophan synthase, alpha chain / Tryptophan synthase, alpha chain, active site / Tryptophan synthase alpha chain / Tryptophan synthase alpha chain signature. / Tryptophan synthase, beta chain, conserved site / Tryptophan synthase, beta chain / Tryptophan synthase beta chain/beta chain-like / Tryptophan synthase beta chain pyridoxal-phosphate attachment site. / Pyridoxal-phosphate dependent enzyme / Pyridoxal-phosphate dependent enzyme / Tryptophan synthase beta subunit-like PLP-dependent enzyme / Ribulose-phosphate binding barrel / Aldolase-type TIM barrel
類似検索 - ドメイン・相同性
: / Tryptophan synthase alpha chain / Tryptophan synthase beta chain
類似検索 - 構成要素
生物種Salmonella enterica subsp. enterica serovar Typhimurium (サルモネラ菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2 Å
データ登録者Sung, S. / Bosman, R. / Prester, A. / von Soosten, L. / Dibenedetto, S. / Bartels, K. / von Stetten, D. / Mehrabi, P. / Schulz, E.C. / Wilmanns, M.
資金援助 ドイツ, 4件
組織認可番号国
German Research Foundation (DFG)458246365 ドイツ
German Research Foundation (DFG)451079909 ドイツ
German Federal Ministry for Economic Affairs and Energy01KI2114 ドイツ
German Research Foundation (DFG)508072649 ドイツ
引用ジャーナル: Cell Rep Phys Sci / 年: 2024
タイトル: A systematic comparison of Kapton-based HARE chips for fixed-target serial crystallography
著者: Bosman, R. / Prester, A. / Sung, S. / von Soosten, L. / Dibenedetto, S. / Bartels, K. / von Stetten, D. / Mehrabi, P. / Blatter, M. / Lu, G. / Suer, B. / Wilmanns, M. / Osbild, M. / Schulz, E.C.
履歴
登録2024年1月25日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02024年12月4日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12025年7月30日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.title / _citation.year

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Tryptophan synthase alpha chain
E: Tryptophan synthase beta chain
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)71,6414
ポリマ－71,4722
非ポリマー1682
水3,063170
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2870 Å2
ΔGint-56 kcal/mol
Surface area24030 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)183.600, 61.500, 67.600
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 94.55, 90.00
Int Tables number5
Space group name H-MC121
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11E-402-

CL

21E-617-

HOH

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要素

#1: タンパク質 Tryptophan synthase alpha chain


分子量: 28698.797 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: 1. residues from 179 to 189 are missing.
由来: (組換発現) Salmonella enterica subsp. enterica serovar Typhimurium (サルモネラ菌)
遺伝子: trpA, STM1727 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: P00929, tryptophan synthase
#2: タンパク質 Tryptophan synthase beta chain


分子量: 42773.535 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
詳細: 1. PLP (501) - A substrate for Tryptophan synthase beta chain 2. CS (401) - A metal ion for Tryptophan synthase beta chain
由来: (組換発現) Salmonella enterica subsp. enterica serovar Typhimurium (サルモネラ菌)
遺伝子: trpB, STM1726 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: P0A2K1, tryptophan synthase
#3: 化合物 ChemComp-CS / CESIUM ION / セシウムカチオン


分子量: 132.905 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cs
#4: 化合物 ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 170 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.67 Å3/Da / 溶媒含有率: 54 %
結晶化温度: 293 K / 手法: batch mode / pH: 7.5 / 詳細: PEG 300, Tris-HCl, Cesium chloirde

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データ収集

回折平均測定温度: 293.15 K / Serial crystal experiment: Y
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: PETRA III, EMBL c/o DESY / ビームライン: P14 (MX2) / 波長: 0.976 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 4M / 検出器: PIXEL / 日付: 2023年6月27日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.976 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2→91.51 Å / Num. obs: 51012 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 49.8 % / CC1/2: 0.943 / R split: 0.23 / Net I/σ(I): 3.33
反射 シェル解像度: 2→2.07 Å / Mean I/σ(I) obs: 1.01 / Num. unique obs: 5064 / CC1/2: 0.505 / R split: 1.07 / % possible all: 100
Serial crystallography sample delivery手法: fixed target
Serial crystallography sample delivery fixed targetSample holding: HARE-chip, silicon

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(1.17.1_3660: ???)精密化
CrystFEL0.10.2データ削減
CrystFEL0.10.2データスケーリング
PHASER2.8.3位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2→91.51 Å / SU ML: 0.21 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 23.23 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2204 2077 4.96 %
Rwork0.1792 --
obs0.1813 41916 82.17 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2→91.51 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4911 0 26 170 5107
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0075061
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.9066859
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d7.466708
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.052763
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.006908
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2-2.050.2572450.25471092X-RAY DIFFRACTION34
2.05-2.10.2885970.24051565X-RAY DIFFRACTION49
2.1-2.150.30641180.24481859X-RAY DIFFRACTION59
2.15-2.220.2805930.23182099X-RAY DIFFRACTION65
2.22-2.290.29791230.2252318X-RAY DIFFRACTION72
2.29-2.370.28981260.22832517X-RAY DIFFRACTION78
2.37-2.470.25611440.22572720X-RAY DIFFRACTION85
2.47-2.580.26111530.2182913X-RAY DIFFRACTION91
2.58-2.710.27291410.2043213X-RAY DIFFRACTION99
2.71-2.880.24171510.19443228X-RAY DIFFRACTION100
2.88-3.110.23691600.18853241X-RAY DIFFRACTION100
3.11-3.420.20961740.16973256X-RAY DIFFRACTION100
3.42-3.910.17331730.15123240X-RAY DIFFRACTION100
3.92-4.930.17831890.13063240X-RAY DIFFRACTION100
4.93-91.510.19561900.1623338X-RAY DIFFRACTION100

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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