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- PDB-8rsv: Rap from bacteriophage Phi3T in presence of pheromone RRGHTAS -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8rsv
タイトルRap from bacteriophage Phi3T in presence of pheromone RRGHTAS
要素
  • Pheromone RRGHTAS
  • Rap3T
キーワードSIGNALING PROTEIN / Rap / Aspartate phosphatase / Phi3T / Bacteriophage
機能・相同性response regulator aspartate phosphatase H, N terminal / : / Tetratricopeptide repeat / TPR repeat profile. / Tetratricopeptide repeats / Tetratricopeptide repeat / Tetratricopeptide-like helical domain superfamily / : / Uncharacterized protein
機能・相同性情報
生物種Bacillus phage phi3T (ファージ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.19 Å
データ登録者Felipe-Ruiz, A. / Zamora-Caballero, S. / Marina, A.
資金援助 スペイン, 2件
組織認可番号国
Spanish Ministry of Science, Innovation, and UniversitiesPID2022-137201NB-I00 スペイン
Spanish Ministry of Science, Innovation, and UniversitiesFPU19/00433 スペイン
引用ジャーナル: Plos Biol. / 年: 2024
タイトル: Extracellular proteolysis of tandemly duplicated pheromone propeptides affords additional complexity to bacterial quorum sensing.
著者: Felipe-Ruiz, A. / Zamora-Caballero, S. / Bendori, S.O. / Penades, J.R. / Eldar, A. / Marina, A.
履歴
登録2024年1月25日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02024年7月24日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年8月28日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation_author.identifier_ORCID

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Rap3T
B: Rap3T
C: Pheromone RRGHTAS
E: Pheromone RRGHTAS
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)93,4006
ポリマ－91,6304
非ポリマー1,7702
水1,63991
1
A: Rap3T
C: Pheromone RRGHTAS
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)46,7003
ポリマ－45,8152
非ポリマー8851
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1450 Å2
ΔGint-0 kcal/mol
Surface area16610 Å2
手法PISA
2
B: Rap3T
E: Pheromone RRGHTAS
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)46,7003
ポリマ－45,8152
非ポリマー8851
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1290 Å2
ΔGint-0 kcal/mol
Surface area16540 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)60.490, 92.332, 100.670
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 106.230, 90.000
Int Tables number4
Space group name H-MP1211
Space group name HallP2yb

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要素

#1: タンパク質 Rap3T


分子量: 45028.223 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Bacillus phage phi3T (ファージ) / 遺伝子: phi3T_14 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A1P8CWN8
#2: タンパク質・ペプチド Pheromone RRGHTAS


分子量: 786.861 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Bacillus phage phi3T (ファージ)
#3: 化合物 ChemComp-A1H22 / Glycerol ethoxylate / 2-[2-[2-[2-[2-[2-[2,3-bis[2-[2-[2-[2-[2-(2-hydroxyethyloxy)ethoxy]ethoxy]ethoxy]ethoxy]ethoxy]propoxy]ethoxy]ethoxy]ethoxy]ethoxy]ethoxy]ethanol


分子量: 885.040 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 式: C39H80O21
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 91 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかN

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.98 Å3/Da / 溶媒含有率: 58.78 %
結晶化温度: 294 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8 / 詳細: 25% glycerol ethoxylate, 0.2M NH4Cl

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ALBA / ビームライン: XALOC / 波長: 0.979 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2020年9月10日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.979 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.19→58.08 Å / Num. obs: 53486 / % possible obs: 97.64 % / 冗長度: 17.8 % / Biso Wilson estimate: 37.37 Å2 / CC1/2: 0.838 / Net I/σ(I): 24.44
反射 シェル解像度: 2.19→2.23 Å / Num. unique obs: 5389 / CC1/2: 0.63

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.20.1_4487精密化
PHENIX1.20.1_4487精密化
MOSFLMデータ削減
Aimlessデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.19→58.08 Å / SU ML: 0.3004 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 26.2098
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2379 2543 4.76 %
Rwork0.2099 50875 -
obs0.2112 53418 97.52 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 42.52 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.19→58.08 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数6052 0 27 91 6170
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00946275
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.97518447
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0512892
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.00771077
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d18.45822339
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.19-2.230.39961420.32932785X-RAY DIFFRACTION96.47
2.23-2.280.28931400.29862773X-RAY DIFFRACTION97.33
2.28-2.330.32911400.27682854X-RAY DIFFRACTION97.65
2.33-2.380.29331560.26232763X-RAY DIFFRACTION97.49
2.38-2.440.25431390.25622819X-RAY DIFFRACTION97.37
2.44-2.510.32381250.24182814X-RAY DIFFRACTION96.46
2.51-2.580.26981410.24732789X-RAY DIFFRACTION97.05
2.58-2.660.25571460.24472785X-RAY DIFFRACTION96.99
2.66-2.760.31430.24212848X-RAY DIFFRACTION97.65
2.76-2.870.3271400.24292816X-RAY DIFFRACTION97.69
2.87-30.26051500.23352807X-RAY DIFFRACTION97.72
3-3.160.24491260.22722859X-RAY DIFFRACTION97.9
3.16-3.360.2621730.21562835X-RAY DIFFRACTION98.36
3.36-3.620.23821490.19812802X-RAY DIFFRACTION97.84
3.62-3.980.19461230.17922910X-RAY DIFFRACTION98.73
3.98-4.550.20021260.16792872X-RAY DIFFRACTION98.42
4.56-5.740.19891450.1862862X-RAY DIFFRACTION97.79
5.74-58.080.17431390.1812882X-RAY DIFFRACTION96.46
精密化 TLS手法: refined / Origin x: 31.4253989875 Å / Origin y: -17.0795627982 Å / Origin z: 25.6847356258 Å
111213212223313233
T0.237604581657 Å2-0.0868101390159 Å20.00377225286786 Å2-0.253138942008 Å20.000225530187541 Å2--0.211707046236 Å2
L0.663126750264 °2-0.634479387818 °20.00814690156335 °2-1.07284012859 °20.0223762705554 °2--0.386203152278 °2
S0.0306626243121 Å °-0.127197512824 Å °-0.00698483161047 Å °-0.0746929695323 Å °0.0631162524326 Å °-0.000442964496033 Å °-0.0188096218764 Å °0.00947002581014 Å °-0.0907418685658 Å °
精密化 TLSグループSelection details: all

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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