+データを開く
-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 8rsv | |||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
タイトル | Rap from bacteriophage Phi3T in presence of pheromone RRGHTAS | |||||||||
要素 |
| |||||||||
キーワード | SIGNALING PROTEIN / Rap / Aspartate phosphatase / Phi3T / Bacteriophage | |||||||||
機能・相同性 | response regulator aspartate phosphatase H, N terminal / Tetratricopeptide repeat / TPR repeat profile. / Tetratricopeptide repeats / Tetratricopeptide repeat / Tetratricopeptide-like helical domain superfamily / cytoplasm / : / Uncharacterized protein 機能・相同性情報 | |||||||||
生物種 | Bacillus phage phi3T (ファージ) | |||||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.19 Å | |||||||||
データ登録者 | Felipe-Ruiz, A. / Zamora-Caballero, S. / Marina, A. | |||||||||
資金援助 | スペイン, 2件
| |||||||||
引用 | ジャーナル: Plos Biol. / 年: 2024 タイトル: Extracellular proteolysis of tandemly duplicated pheromone propeptides affords additional complexity to bacterial quorum sensing 著者: Felipe-Ruiz, A. / Zamora-Caballero, S. / Bendori, S.O. / Penades, J.R. / Eldar, A. / Marina, A. | |||||||||
履歴 |
|
-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
---|
-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 8rsv.cif.gz | 351.5 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
---|---|---|---|---|
PDB形式 | pdb8rsv.ent.gz | 表示 | PDB形式 | |
PDBx/mmJSON形式 | 8rsv.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 8rsv_validation.pdf.gz | 1.2 MB | 表示 | wwPDB検証レポート |
---|---|---|---|---|
文書・詳細版 | 8rsv_full_validation.pdf.gz | 1.2 MB | 表示 | |
XML形式データ | 8rsv_validation.xml.gz | 27.3 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 8rsv_validation.cif.gz | 37.7 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/rs/8rsv ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/rs/8rsv | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
| ||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
1 |
| ||||||||||
2 |
| ||||||||||
単位格子 |
|
-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 45028.223 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Bacillus phage phi3T (ファージ) / 遺伝子: phi3T_14 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A1P8CWN8 #2: タンパク質・ペプチド | 分子量: 786.861 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Bacillus phage phi3T (ファージ) #3: 化合物 | 分子量: 885.040 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 式: C39H80O21 #4: 水 | ChemComp-HOH / | 研究の焦点であるリガンドがあるか | N | |
---|
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
---|
-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.98 Å3/Da / 溶媒含有率: 58.78 % |
---|---|
結晶化 | 温度: 294 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8 / 詳細: 25% glycerol ethoxylate, 0.2M NH4Cl |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N |
---|---|
放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: ALBA / ビームライン: XALOC / 波長: 0.979 Å |
検出器 | タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2020年9月10日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.979 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.19→58.08 Å / Num. obs: 53486 / % possible obs: 97.64 % / 冗長度: 17.8 % / Biso Wilson estimate: 37.37 Å2 / CC1/2: 0.838 / Net I/σ(I): 24.44 |
反射 シェル | 解像度: 2.19→2.23 Å / Num. unique obs: 5389 / CC1/2: 0.63 |
-解析
ソフトウェア |
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.19→58.08 Å / SU ML: 0.3004 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 26.2098 立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 42.52 Å2 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.19→58.08 Å
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
拘束条件 |
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
LS精密化 シェル |
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化 TLS | 手法: refined / Origin x: 31.4253989875 Å / Origin y: -17.0795627982 Å / Origin z: 25.6847356258 Å
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化 TLSグループ | Selection details: all |