PDB-8rsu: Rap from bacteriophage Phi3T in presence of pheromone RRGHTA

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 8rsu

タイトル

Rap from bacteriophage Phi3T in presence of pheromone RRGHTA

要素

Pheromone RRGHTA
Rap3T

キーワード

SIGNALING PROTEIN / Rap / Aspartate phosphatase / Phi3T / Bacteriophage

機能・相同性

response regulator aspartate phosphatase H, N terminal / Tetratricopeptide repeat / TPR repeat profile. / Tetratricopeptide repeats / Tetratricopeptide repeat / Tetratricopeptide-like helical domain superfamily / cytoplasm / : / Uncharacterized protein

機能・相同性情報

生物種

Bacillus phage phi3T (ファージ)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.4 Å

データ登録者

Felipe-Ruiz, A. / Zamora-Caballero, S. / Marina, A.

資金援助

スペイン, 2件

引用

ジャーナル: Plos Biol. / 年: 2024
タイトル: Extracellular proteolysis of tandemly duplicated pheromone propeptides affords additional complexity to bacterial quorum sensing
著者: Felipe-Ruiz, A. / Zamora-Caballero, S. / Bendori, S.O. / Penades, J.R. / Eldar, A. / Marina, A.

履歴

登録	2024年1月25日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2024年7月24日	Provider: repository / タイプ: Initial release

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	8rsu.cif.gz	189.3 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb8rsu.ent.gz		表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	8rsu.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	8rsu_validation.pdf.gz	730.6 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	8rsu_full_validation.pdf.gz	736.1 KB	表示
XML形式データ	8rsu_validation.xml.gz	15.2 KB	表示
CIF形式データ	8rsu_validation.cif.gz	20.1 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/rs/8rsu ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/rs/8rsu	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	8rstC 8rsvC 8rtcC 8rteC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#141 - 2011年9月 O-GlcNAc転移酵素 (O-GlcNAc Transferase) 類似性 (4) #230 - 2019年2月開始因子eIF4E (Initiation Factor eIF4E) 類似性 (4) #166 - 2013年10月プロテアソーム (Proteasome) 類似性 (2)

登録構造単位

A: Rap3T

B: Pheromone RRGHTA

ヘテロ分子

46.6 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration

単位格子

Length a, b, c (Å)	61.070, 194.031, 93.534
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	20
Space group name H-M	C222₁
Space group name Hall	C2c2
Symmetry operation	#1: x,y,z #2: x,-y,-z #3: -x,y,-z+1/2 #4: -x,-y,z+1/2 #5: x+1/2,y+1/2,z #6: x+1/2,-y+1/2,-z #7: -x+1/2,y+1/2,-z+1/2 #8: -x+1/2,-y+1/2,z+1/2

#1: タンパク質	Rap3T 分子量: 45028.223 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Bacillus phage phi3T (ファージ) / 遺伝子: phi3T_14 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A1P8CWN8
#2: タンパク質・ペプチド	Pheromone RRGHTA 分子量: 699.783 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Bacillus phage phi3T (ファージ)
#3: 化合物	ChemComp-A1H22 / Glycerol ethoxylate / 2-[2-[2-[2-[2-[2-[2,3-bis[2-[2-[2-[2-[2-(2-hydroxyethyloxy)ethoxy]ethoxy]ethoxy]ethoxy]ethoxy]propoxy]ethoxy]ethoxy]ethoxy]ethoxy]ethoxy]ethanol 分子量: 885.040 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃₉H₈₀O₂₁
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 27 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	N

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 3.03 Å³/Da / 溶媒含有率: 59.4 %
結晶化	温度: 294 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8.5 詳細: 0.1M Tris pH8.5, 12.5% glycerol ethoxylate, 6% tetrahydrofuran

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: ALBA / ビームライン: XALOC / 波長: 0.9792 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2020年3月12日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9792 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.4→58.25 Å / Num. obs: 22076 / % possible obs: 99.86 % / 冗長度: 8 % / B_iso Wilson estimate: 64.2 Å² / CC_1/2: 0.996 / Net I/σ(I): 9.72
反射シェル	解像度: 2.4→2.491 Å / Num. unique obs: 2166 / CC_1/2: 0.714

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.20.1_4487	精密化
PHENIX	1.20.1_4487	精密化
MOSFLM		データ削減
Aimless		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 2.4→58.25 Å / SU ML: 0.35 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 31.1151
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2563	1142	5.18 %
R_work	0.2179	20919	-
obs	0.2199	22061	99.88 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso mean: 83.89 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.4→58.25 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	3039	0	11	27	3077

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.0069	3125
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.9971	4201
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.0543	442
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.007	533
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	18.0238	1176

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.4-2.51	0.3722	137	0.36	2576	X-RAY DIFFRACTION	99.63
2.51-2.65	0.3636	155	0.3244	2549	X-RAY DIFFRACTION	99.85
2.65-2.81	0.3103	139	0.3048	2586	X-RAY DIFFRACTION	100
2.81-3.03	0.3858	129	0.3005	2606	X-RAY DIFFRACTION	99.93
3.03-3.33	0.301	135	0.262	2598	X-RAY DIFFRACTION	99.93
3.33-3.82	0.2588	140	0.2328	2621	X-RAY DIFFRACTION	99.96
3.82-4.81	0.2464	157	0.1721	2620	X-RAY DIFFRACTION	99.93
4.81-58.25	0.1983	150	0.1835	2763	X-RAY DIFFRACTION	99.79

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	3.72944217844	-0.296366643704	1.64221116029	5.21783187691	-0.469439504379	4.28305382256	0.0300758664261	0.676296847556	0.774164830202	-0.597854477412	-0.0421337165626	0.266923260789	-0.297411540688	0.226046678906	0.128112453907	0.532531043073	0.05427414991	-0.0500471570349	0.742317630432	0.116980900559	0.709106011999	15.1514145954	239.87656864	-7.64381527911
2	0.607185902371	-0.565706147118	0.64453286904	3.51310912996	0.221698787552	3.32946769835	-0.27269681765	1.11117773456	-0.897801965241	-1.65566432342	0.531279366787	-0.952340332985	0.361199277814	0.762158667151	0.00900757941703	1.04823859483	0.00739262295688	0.0254733208814	1.08921122861	0.00308038325703	0.882635436126	25.4335929777	231.020328746	-10.5664473239
3	2.23436173305	0.576255535182	0.598411419572	4.46333672675	-1.01210394747	3.88559622863	0.140616036961	0.0922854656608	0.297123096918	-0.0196866266634	-0.167715408391	-0.182711973508	0.0850801199961	0.169184402412	0.0311431508269	0.369891838381	0.0827192950288	0.0136900267387	0.549029446977	0.0205898010301	0.546217404804	24.2995311084	230.50096759	8.02463615791
4	3.68759914668	-0.0160106012698	0.876716194125	5.2537512766	-0.345871594843	4.84862659292	0.344075092693	-0.349654626378	-0.179169783078	0.231225604364	0.0194675520595	1.03523865163	1.03231749868	-0.724382098648	-0.374782485223	0.612814999583	-0.134700461734	-0.0100247647925	0.673070281116	0.0410693288644	0.593398135632	8.68647018405	215.203979788	12.3869448161
5	2.15461625587	0.170496394629	1.24714236657	5.37525354141	-0.0678520025147	3.63864719587	0.704876023062	0.230411332418	-0.700390336961	-0.254685554024	-0.197844587088	0.144516510152	1.73582747159	-0.0106602546777	-0.522026332917	1.4653155044	0.11915268253	-0.289484153846	0.636037157806	-0.0532281757437	0.616641246265	21.2413989019	201.615768631	3.0725783679
6	1.88572834151	-0.157958026597	0.569908314794	5.67729792826	-1.63467362886	3.34774251065	0.505208151388	-0.329850883635	-0.712741207583	0.392608576504	-0.137555779174	-0.32477519562	1.65186311499	-0.0701096599434	-0.429187551491	1.61299629761	0.0526143961565	-0.329314044595	0.632307605362	0.0272883511964	0.664699172038	28.1733507362	201.301521033	17.3326808476
7	4.42747789841	-1.11381266905	2.15380541215	0.690360903768	-1.63332767806	4.05513185614	-0.18227452183	-0.403289328826	0.27649213892	-0.067679492706	-0.0635757183283	0.20598148812	0.154681177398	-0.658125990943	0.271905890148	0.798734524076	-0.00426446195655	0.0145534977286	0.583715564803	0.0404358617226	0.533779343429	16.5821478469	216.388623126	9.6382434424

精密化 TLSグループ

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	Refine TLS-ID	Selection details	Auth asym-ID	Label asym-ID	Auth seq-ID	Label seq-ID
1	1	chain 'A' and (resid 7 through 68 )	A	A	7 - 68	1 - 62
2	2	chain 'A' and (resid 69 through 95 )	A	A	69 - 95	63 - 83
3	3	chain 'A' and (resid 96 through 172 )	A	A	96 - 172	84 - 160
4	4	chain 'A' and (resid 173 through 278 )	A	A	173 - 278	161 - 266
5	5	chain 'A' and (resid 279 through 332 )	A	A	279 - 332	267 - 320
6	6	chain 'A' and (resid 333 through 372 )	A	A	333 - 372	321 - 360
7	7	chain 'B' and (resid 1 through 6 )	B	B	1 - 6	1 - 6

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

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