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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 8rst | |||||||||
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タイトル | Rap from bacteriophage Phi3T in presence of pheromone SRGHTS | |||||||||
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![]() | SIGNALING PROTEIN / Rap / Aspartate phosphatase / Phi3T / Bacteriophage | |||||||||
機能・相同性 | ![]() | |||||||||
生物種 | ![]() | |||||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | |||||||||
![]() | Felipe-Ruiz, A. / Zamora-Caballero, S. / Marina, A. | |||||||||
資金援助 | ![]()
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![]() | ![]() タイトル: Extracellular proteolysis of tandemly duplicated pheromone propeptides affords additional complexity to bacterial quorum sensing 著者: Felipe-Ruiz, A. / Zamora-Caballero, S. / Bendori, S.O. / Penades, J.R. / Eldar, A. / Marina, A. | |||||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 199.6 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 表示 | ![]() | |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 766.1 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 767.6 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 14.4 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 18.6 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 | ![]()
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単位格子 |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 45028.223 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() ![]() ![]() | ||||
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#2: タンパク質・ペプチド | 分子量: 645.667 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) ![]() | ||||
#3: 化合物 | ChemComp-A1H22 / 分子量: 885.040 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C39H80O21 | ||||
#4: 化合物 | #5: 水 | ChemComp-HOH / | 研究の焦点であるリガンドがあるか | N | |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 3.01 Å3/Da / 溶媒含有率: 59.14 % |
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結晶化 | 温度: 294 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 詳細: 0.1M Tris pH8.5, 15% glycerol ethoxylate, 4% tetrahydrofuran |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2020年3月12日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.9792 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.56→48.89 Å / Num. obs: 18149 / % possible obs: 99.92 % / 冗長度: 8 % / Biso Wilson estimate: 82.27 Å2 / CC1/2: 1 / Net I/σ(I): 20.73 |
反射 シェル | 解像度: 2.56→2.655 Å / Num. unique obs: 1784 / CC1/2: 0.649 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]() 立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 98.03 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.56→48.89 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル |
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精密化 TLS | 手法: refined / Origin x: 18.0073944066 Å / Origin y: 222.101373534 Å / Origin z: 5.85196192956 Å
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精密化 TLSグループ | Selection details: all |