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- PDB-8rro: G12V-TCR complex with HLA-A3 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8rro
タイトルG12V-TCR complex with HLA-A3
要素
  • Beta-2-microglobulin
  • G12V-TCR alpha chain
  • G12V-TCR beta chain
  • GTPase KRas, N-terminally processed
  • HLA class I histocompatibility antigen, A alpha chain
キーワードIMMUNE SYSTEM / HLA-A*03:01 with KRAS-G12V-10mer
機能・相同性
機能・相同性情報


forebrain astrocyte development / positive regulation of memory T cell activation / T cell mediated cytotoxicity directed against tumor cell target / TAP complex binding / Golgi medial cisterna / positive regulation of CD8-positive, alpha-beta T cell activation / CD8-positive, alpha-beta T cell activation / positive regulation of CD8-positive, alpha-beta T cell proliferation / negative regulation of epithelial cell differentiation / CD8 receptor binding ...forebrain astrocyte development / positive regulation of memory T cell activation / T cell mediated cytotoxicity directed against tumor cell target / TAP complex binding / Golgi medial cisterna / positive regulation of CD8-positive, alpha-beta T cell activation / CD8-positive, alpha-beta T cell activation / positive regulation of CD8-positive, alpha-beta T cell proliferation / negative regulation of epithelial cell differentiation / CD8 receptor binding / type I pneumocyte differentiation / regulation of synaptic transmission, GABAergic / epithelial tube branching involved in lung morphogenesis / Rac protein signal transduction / antigen processing and presentation of exogenous peptide antigen via MHC class I / beta-2-microglobulin binding / positive regulation of Rac protein signal transduction / skeletal muscle cell differentiation / endoplasmic reticulum exit site / Signaling by RAS GAP mutants / Signaling by RAS GTPase mutants / Activation of RAS in B cells / antigen processing and presentation of endogenous peptide antigen via MHC class I via ER pathway, TAP-dependent / TAP binding / RAS signaling downstream of NF1 loss-of-function variants / protection from natural killer cell mediated cytotoxicity / RUNX3 regulates p14-ARF / SOS-mediated signalling / Activated NTRK3 signals through RAS / Activated NTRK2 signals through RAS / SHC1 events in ERBB4 signaling / antigen processing and presentation of endogenous peptide antigen via MHC class I via ER pathway, TAP-independent / antigen processing and presentation of endogenous peptide antigen via MHC class Ib / Signalling to RAS / Activated NTRK2 signals through FRS2 and FRS3 / SHC-related events triggered by IGF1R / glial cell proliferation / Estrogen-stimulated signaling through PRKCZ / SHC-mediated cascade:FGFR3 / detection of bacterium / MET activates RAS signaling / T cell receptor binding / SHC-mediated cascade:FGFR2 / Signaling by PDGFRA transmembrane, juxtamembrane and kinase domain mutants / Signaling by PDGFRA extracellular domain mutants / PTK6 Regulates RHO GTPases, RAS GTPase and MAP kinases / SHC-mediated cascade:FGFR4 / Signaling by CSF3 (G-CSF) / Signaling by FGFR4 in disease / Erythropoietin activates RAS / SHC-mediated cascade:FGFR1 / FRS-mediated FGFR3 signaling / Signaling by FLT3 ITD and TKD mutants / protein-membrane adaptor activity / FRS-mediated FGFR2 signaling / FRS-mediated FGFR4 signaling / Signaling by FGFR3 in disease / p38MAPK events / Tie2 Signaling / positive regulation of glial cell proliferation / FRS-mediated FGFR1 signaling / homeostasis of number of cells within a tissue / Signaling by FGFR2 in disease / striated muscle cell differentiation / GRB2 events in EGFR signaling / SHC1 events in EGFR signaling / Signaling by FLT3 fusion proteins / FLT3 Signaling / Signaling by FGFR1 in disease / EGFR Transactivation by Gastrin / NCAM signaling for neurite out-growth / CD209 (DC-SIGN) signaling / GRB2 events in ERBB2 signaling / Downstream signal transduction / Ras activation upon Ca2+ influx through NMDA receptor / SHC1 events in ERBB2 signaling / Insulin receptor signalling cascade / Constitutive Signaling by Overexpressed ERBB2 / Signaling by phosphorylated juxtamembrane, extracellular and kinase domain KIT mutants / : / : / positive regulation of receptor binding / early endosome lumen / VEGFR2 mediated cell proliferation / Nef mediated downregulation of MHC class I complex cell surface expression / negative regulation of receptor binding / DAP12 interactions / small monomeric GTPase / cellular response to iron ion / lumenal side of endoplasmic reticulum membrane / Endosomal/Vacuolar pathway / Antigen Presentation: Folding, assembly and peptide loading of class I MHC / FCERI mediated MAPK activation / peptide antigen assembly with MHC class II protein complex / cellular response to iron(III) ion / RAF activation / antigen processing and presentation of exogenous protein antigen via MHC class Ib, TAP-dependent / MHC class II protein complex / negative regulation of forebrain neuron differentiation / regulation of long-term neuronal synaptic plasticity
類似検索 - 分子機能
Small GTPase, Ras-type / small GTPase Ras family profile. / Ran (Ras-related nuclear proteins) /TC4 subfamily of small GTPases / MHC class I, alpha chain, C-terminal / MHC_I C-terminus / MHC class I alpha chain, alpha1 alpha2 domains / Rho (Ras homology) subfamily of Ras-like small GTPases / Ras subfamily of RAS small GTPases / Class I Histocompatibility antigen, domains alpha 1 and 2 / Small GTPase ...Small GTPase, Ras-type / small GTPase Ras family profile. / Ran (Ras-related nuclear proteins) /TC4 subfamily of small GTPases / MHC class I, alpha chain, C-terminal / MHC_I C-terminus / MHC class I alpha chain, alpha1 alpha2 domains / Rho (Ras homology) subfamily of Ras-like small GTPases / Ras subfamily of RAS small GTPases / Class I Histocompatibility antigen, domains alpha 1 and 2 / Small GTPase / Ras family / Beta-2-Microglobulin / : / MHC class I-like antigen recognition-like / MHC class I-like antigen recognition-like superfamily / Rab subfamily of small GTPases / MHC classes I/II-like antigen recognition protein / : / Small GTP-binding protein domain / Immunoglobulin/major histocompatibility complex, conserved site / Immunoglobulins and major histocompatibility complex proteins signature. / Immunoglobulin C-Type / Immunoglobulin C1-set / Immunoglobulin C1-set domain / Ig-like domain profile. / Immunoglobulin-like domain / Immunoglobulin-like domain superfamily / Immunoglobulin-like fold / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase
類似検索 - ドメイン・相同性
GTPase KRas / HLA class I histocompatibility antigen, A alpha chain / Beta-2-microglobulin
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.5 Å
データ登録者Sim, M.J.W. / Sun, P.D.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute Of Allergy and Infectious Diseases (NIH/NIAID) 米国
引用
ジャーナル: Eur.J.Immunol. / 年: 2024
タイトル: Identification and structural characterization of a mutant KRAS-G12V specific TCR restricted by HLA-A3.
著者: Sim, M.J.W. / Hanada, K.I. / Stotz, Z. / Yu, Z. / Lu, J. / Brennan, P. / Quastel, M. / Gillespie, G.M. / Long, E.O. / Yang, J.C. / Sun, P.D.
#1: ジャーナル: Acta Crystallogr D Biol Crystallogr / 年: 2012
タイトル: Towards automated crystallographic structure refinement with phenix.refine.
著者: Afonine, P.V. / Grosse-Kunstleve, R.W. / Echols, N. / Headd, J.J. / Moriarty, N.W. / Mustyakimov, M. / Terwilliger, T.C. / Urzhumtsev, A. / Zwart, P.H. / Adams, P.D.
履歴
登録2024年1月23日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02024年11月20日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年11月27日Group: Database references / カテゴリ: citation / Item: _citation.journal_volume

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: G12V-TCR alpha chain
B: G12V-TCR beta chain
C: HLA class I histocompatibility antigen, A alpha chain
D: Beta-2-microglobulin
E: GTPase KRas, N-terminally processed
F: G12V-TCR alpha chain
G: G12V-TCR beta chain
H: HLA class I histocompatibility antigen, A alpha chain
I: Beta-2-microglobulin
J: GTPase KRas, N-terminally processed
K: G12V-TCR alpha chain
L: G12V-TCR beta chain
M: HLA class I histocompatibility antigen, A alpha chain
N: Beta-2-microglobulin
O: GTPase KRas, N-terminally processed
P: G12V-TCR alpha chain
Q: G12V-TCR beta chain
R: HLA class I histocompatibility antigen, A alpha chain
S: Beta-2-microglobulin
T: GTPase KRas, N-terminally processed
U: G12V-TCR alpha chain
V: G12V-TCR beta chain
W: HLA class I histocompatibility antigen, A alpha chain
X: Beta-2-microglobulin
Y: GTPase KRas, N-terminally processed
Z: G12V-TCR alpha chain
a: G12V-TCR beta chain
b: HLA class I histocompatibility antigen, A alpha chain
c: Beta-2-microglobulin
d: GTPase KRas, N-terminally processed
e: G12V-TCR alpha chain
f: G12V-TCR beta chain
g: HLA class I histocompatibility antigen, A alpha chain
h: Beta-2-microglobulin
i: GTPase KRas, N-terminally processed
j: G12V-TCR alpha chain
k: G12V-TCR beta chain
l: HLA class I histocompatibility antigen, A alpha chain
m: Beta-2-microglobulin
n: GTPase KRas, N-terminally processed


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)768,82640
ポリマ－768,82640
非ポリマー00
水181
1
A: G12V-TCR alpha chain
B: G12V-TCR beta chain
C: HLA class I histocompatibility antigen, A alpha chain
D: Beta-2-microglobulin
E: GTPase KRas, N-terminally processed


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)96,1035
ポリマ－96,1035
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
F: G12V-TCR alpha chain
G: G12V-TCR beta chain
H: HLA class I histocompatibility antigen, A alpha chain
I: Beta-2-microglobulin
J: GTPase KRas, N-terminally processed


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)96,1035
ポリマ－96,1035
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
3
K: G12V-TCR alpha chain
L: G12V-TCR beta chain
M: HLA class I histocompatibility antigen, A alpha chain
N: Beta-2-microglobulin
O: GTPase KRas, N-terminally processed


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)96,1035
ポリマ－96,1035
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
4
P: G12V-TCR alpha chain
Q: G12V-TCR beta chain
R: HLA class I histocompatibility antigen, A alpha chain
S: Beta-2-microglobulin
T: GTPase KRas, N-terminally processed


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)96,1035
ポリマ－96,1035
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
5
U: G12V-TCR alpha chain
V: G12V-TCR beta chain
W: HLA class I histocompatibility antigen, A alpha chain
X: Beta-2-microglobulin
Y: GTPase KRas, N-terminally processed


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)96,1035
ポリマ－96,1035
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
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6
Z: G12V-TCR alpha chain
a: G12V-TCR beta chain
b: HLA class I histocompatibility antigen, A alpha chain
c: Beta-2-microglobulin
d: GTPase KRas, N-terminally processed


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)96,1035
ポリマ－96,1035
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
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7
e: G12V-TCR alpha chain
f: G12V-TCR beta chain
g: HLA class I histocompatibility antigen, A alpha chain
h: Beta-2-microglobulin
i: GTPase KRas, N-terminally processed


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)96,1035
ポリマ－96,1035
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
8
j: G12V-TCR alpha chain
k: G12V-TCR beta chain
l: HLA class I histocompatibility antigen, A alpha chain
m: Beta-2-microglobulin
n: GTPase KRas, N-terminally processed


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)96,1035
ポリマ－96,1035
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)131.477, 195.787, 442.856
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

-
要素

-
タンパク質 , 4種, 32分子 AFKPUZejBGLQVafkCHMRWbglDINSXchm

#1: タンパク質
G12V-TCR alpha chain


分子量: 23022.637 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
#2: タンパク質
G12V-TCR beta chain


分子量: 28139.695 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
#3: タンパク質
HLA class I histocompatibility antigen, A alpha chain / Human leukocyte antigen A / HLA-A


分子量: 32176.463 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: HLA-A, HLAA / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P04439
#4: タンパク質
Beta-2-microglobulin


分子量: 11879.356 Da / 分子数: 8 / Fragment: UNP residues 21-119 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: B2M, CDABP0092, HDCMA22P / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P61769

-
タンパク質・ペプチド / 非ポリマー , 2種, 9分子 EJOTYdin

#5: タンパク質・ペプチド
GTPase KRas, N-terminally processed


分子量: 885.082 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P01116
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

-
詳細

Has protein modificationY

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 3.77 Å3/Da / 溶媒含有率: 67.34 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法
詳細: 0.1M Bis-Tris Propane (pH 6.5), 0.2M Na2SO4, 14-20% PEG 3350

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 22-ID / 波長: 2.1 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年12月14日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 2.1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.5→46.46 Å / Num. obs: 137380 / % possible obs: 84.39 % / 冗長度: 1.1 % / CC1/2: 1 / CC star: 1 / Net I/σ(I): 3.46
反射 シェル解像度: 3.5→3.626 Å / Mean I/σ(I) obs: 0.25 / Num. unique obs: 11066 / CC1/2: 1

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(1.20.1_4487: ???)精密化
HKL-2000データ削減
SCALEPACKデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 3.5→46.46 Å / SU ML: 0.56 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.33 / 位相誤差: 31.61 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2859 6098 5 %
Rwork0.2378 --
obs0.2402 122022 84.41 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3.5→46.46 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数53223 0 0 1 53224
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d6.7077307
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0747855
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0129699
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
3.5-3.540.3672720.38431350X-RAY DIFFRACTION30
3.54-3.580.405870.37381603X-RAY DIFFRACTION35
3.58-3.620.37441040.37762300X-RAY DIFFRACTION50
3.63-3.670.38041480.37882762X-RAY DIFFRACTION61
3.67-3.720.42271420.34852800X-RAY DIFFRACTION62
3.72-3.770.39321470.3532880X-RAY DIFFRACTION64
3.77-3.820.39621590.34493147X-RAY DIFFRACTION69
3.82-3.880.37371660.35133051X-RAY DIFFRACTION67
3.88-3.940.35871650.3413124X-RAY DIFFRACTION69
3.94-4.010.36391790.33263747X-RAY DIFFRACTION82
4.01-4.080.34531960.33083871X-RAY DIFFRACTION85
4.08-4.150.3562010.3284024X-RAY DIFFRACTION88
4.15-4.230.35712410.30494166X-RAY DIFFRACTION93
4.23-4.320.30752440.29394272X-RAY DIFFRACTION95
4.32-4.410.3382240.27494483X-RAY DIFFRACTION98
4.41-4.510.30652610.26424415X-RAY DIFFRACTION98
4.51-4.620.29952450.25744512X-RAY DIFFRACTION99
4.62-4.750.28052420.24684527X-RAY DIFFRACTION99
4.75-4.890.27972570.23014533X-RAY DIFFRACTION99
4.89-5.050.29162520.22184545X-RAY DIFFRACTION100
5.05-5.230.28432310.22644545X-RAY DIFFRACTION99
5.23-5.440.26642470.22134485X-RAY DIFFRACTION98
5.44-5.680.26992140.22134420X-RAY DIFFRACTION96
5.68-5.980.27372510.21224586X-RAY DIFFRACTION99
5.98-6.360.2832190.21594578X-RAY DIFFRACTION99
6.36-6.840.27922050.21154623X-RAY DIFFRACTION99
6.84-7.530.27912530.19784611X-RAY DIFFRACTION100
7.53-8.610.22982320.16534666X-RAY DIFFRACTION100
8.61-10.830.20032620.1414583X-RAY DIFFRACTION97
10.83-46.460.23952520.20754715X-RAY DIFFRACTION96

+
万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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