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- PDB-8rrm: tripartite complex between 14-3-3 sigma, Fusicoccin-A, and a phos... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8rrm
タイトルtripartite complex between 14-3-3 sigma, Fusicoccin-A, and a phosphopeptide optimized for a Fusicoccin-mediated stabilization of the complex
要素
  • 14-3-3 protein sigma
  • Phosphopeptide designed according to the sequence preferences favouring stabilisation by Fusicoccin-A
キーワードSIGNALING PROTEIN / PROTEIN-PHOSPHOPEPTIDE COMPLEX / 14-3-3 sigma
機能・相同性
機能・相同性情報


regulation of epidermal cell division / protein kinase C inhibitor activity / positive regulation of epidermal cell differentiation / keratinocyte development / keratinization / regulation of cell-cell adhesion / establishment of skin barrier / Regulation of localization of FOXO transcription factors / keratinocyte proliferation / Activation of BAD and translocation to mitochondria ...regulation of epidermal cell division / protein kinase C inhibitor activity / positive regulation of epidermal cell differentiation / keratinocyte development / keratinization / regulation of cell-cell adhesion / establishment of skin barrier / Regulation of localization of FOXO transcription factors / keratinocyte proliferation / Activation of BAD and translocation to mitochondria / phosphoserine residue binding / negative regulation of keratinocyte proliferation / cAMP/PKA signal transduction / negative regulation of protein localization to plasma membrane / SARS-CoV-2 targets host intracellular signalling and regulatory pathways / negative regulation of protein kinase activity / negative regulation of stem cell proliferation / SARS-CoV-1 targets host intracellular signalling and regulatory pathways / RHO GTPases activate PKNs / Chk1/Chk2(Cds1) mediated inactivation of Cyclin B:Cdk1 complex / positive regulation of protein localization / protein export from nucleus / TP53 Regulates Transcription of Genes Involved in G2 Cell Cycle Arrest / positive regulation of cell adhesion / negative regulation of innate immune response / release of cytochrome c from mitochondria / positive regulation of protein export from nucleus / stem cell proliferation / TP53 Regulates Metabolic Genes / Translocation of SLC2A4 (GLUT4) to the plasma membrane / protein sequestering activity / intrinsic apoptotic signaling pathway in response to DNA damage / intracellular protein localization / regulation of protein localization / positive regulation of cell growth / sperm midpiece / regulation of cell cycle / cadherin binding / protein kinase binding / negative regulation of transcription by RNA polymerase II / signal transduction / : / extracellular exosome / identical protein binding / nucleus / cytoplasm / cytosol
類似検索 - 分子機能
14-3-3 protein sigma / 14-3-3 proteins signature 2. / 14-3-3 protein, conserved site / 14-3-3 proteins signature 1. / 14-3-3 protein / 14-3-3 homologues / 14-3-3 domain / 14-3-3 domain superfamily / 14-3-3 protein
類似検索 - ドメイン・相同性
BICARBONATE ION / FUSICOCCIN / 14-3-3 protein sigma
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
synthetic construct (人工物)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2 Å
データ登録者Cousido-Siah, A. / McEwen, A.G. / Monsellier, E. / Trave, G.
資金援助 フランス, 6件
組織認可番号国
French National Research AgencyANR-18-CE92-0017 フランス
La ligue contre le cancer フランス
French National Research AgencyANR-10-INSB-05-01 フランス
French National Research AgencyANR-10-IDEX-0002 フランス
French National Research AgencyANR 20-SFRI-0012 フランス
French National Research AgencyANR-17-EURE-0023 フランス
引用ジャーナル: J.Am.Chem.Soc. / 年: 2025
タイトル: Holdup Multiplex Assay for High-Throughput Measurement of Protein-Ligand Affinity Constants Using a Mass Spectrometry Readout.
著者: Delalande, F. / Ostergaard, S.R. / Gogl, G. / Cousido-Siah, A. / McEwen, A.G. / Men, Y. / Salimova, F. / Rohrbacher, A. / Kostmann, C. / Nomine, Y. / Vincentelli, R. / Eberling, P. / ...著者: Delalande, F. / Ostergaard, S.R. / Gogl, G. / Cousido-Siah, A. / McEwen, A.G. / Men, Y. / Salimova, F. / Rohrbacher, A. / Kostmann, C. / Nomine, Y. / Vincentelli, R. / Eberling, P. / Carapito, C. / Trave, G. / Monsellier, E.
履歴
登録2024年1月22日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02025年2月12日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12025年4月9日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.22025年4月16日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation_author.identifier_ORCID

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: 14-3-3 protein sigma
B: 14-3-3 protein sigma
C: Phosphopeptide designed according to the sequence preferences favouring stabilisation by Fusicoccin-A
D: Phosphopeptide designed according to the sequence preferences favouring stabilisation by Fusicoccin-A
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)60,6368
ポリマ－59,1784
非ポリマー1,4584
水3,711206
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: mass spectrometry
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area7430 Å2
ΔGint-60 kcal/mol
Surface area23060 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)138.330, 55.910, 82.750
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 101.71, 90.00
Int Tables number5
Space group name H-MC121
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-404-

HOH

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要素

-
タンパク質 / タンパク質・ペプチド , 2種, 4分子 ABCD

#1: タンパク質 14-3-3 protein sigma / Epithelial cell marker protein 1 / Stratifin


分子量: 28137.469 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: SFN, HME1 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: P31947
#2: タンパク質・ペプチド Phosphopeptide designed according to the sequence preferences favouring stabilisation by Fusicoccin-A


分子量: 1451.588 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)

-
非ポリマー , 4種, 210分子

#3: 化合物 ChemComp-FSC / FUSICOCCIN


分子量: 680.823 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C36H56O12 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 化合物 ChemComp-CL / CHLORIDE ION


分子量: 35.453 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#5: 化合物 ChemComp-BCT / BICARBONATE ION


分子量: 61.017 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 式: CHO3
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 206 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかY
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.64 Å3/Da / 溶媒含有率: 53.49 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8.5 / 詳細: 20% PEG 6000, 100mM Tris pH 8.5

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID23-1 / 波長: 0.8856 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2023年2月16日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.8856 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.8→47.44 Å / Num. obs: 111525 / % possible obs: 99.1 % / 冗長度: 3.56 % / CC1/2: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.072 / Rrim(I) all: 0.085 / Net I/σ(I): 7.81
反射 シェル
解像度 (Å)Rmerge(I) obsNum. unique obsCC1/2Rrim(I) allDiffraction-ID
1.8-1.913.282179590.2163.8461
1.91-2.041.665168570.4981.9581
2.04-2.20.705157730.8420.8391
2.2-2.410.347145400.9520.4071
2.41-2.70.197131780.9810.2311
2.7-3.110.099116560.9920.1181
3.11-3.810.05197610.9970.061
3.81-5.370.03676080.9980.0421
5.37-47.440.0341910.9990.0361

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(1.21rc1_5015: ???)精密化
XSCALEデータスケーリング
XDSデータ削減
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2→47.44 Å / SU ML: 0.27 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 29.17 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2186 2081 4.99 %
Rwork0.1832 --
obs0.185 41680 98.99 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2→47.44 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3839 0 101 206 4146
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0114089
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.8785540
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d13.7891533
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.051621
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.008708
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2-2.050.42771350.42062570X-RAY DIFFRACTION98
2.05-2.10.35161370.32892609X-RAY DIFFRACTION98
2.1-2.150.30081360.27212584X-RAY DIFFRACTION98
2.15-2.220.27871360.24532610X-RAY DIFFRACTION98
2.22-2.290.25031360.22432612X-RAY DIFFRACTION99
2.29-2.370.26191380.2062623X-RAY DIFFRACTION99
2.37-2.470.25681390.19942624X-RAY DIFFRACTION99
2.47-2.580.2251410.18712671X-RAY DIFFRACTION99
2.58-2.710.24541380.18722611X-RAY DIFFRACTION99
2.71-2.880.25631390.19292650X-RAY DIFFRACTION99
2.88-3.110.25611400.2112679X-RAY DIFFRACTION100
3.11-3.420.25471390.19182640X-RAY DIFFRACTION100
3.42-3.910.20681410.17172683X-RAY DIFFRACTION100
3.91-4.930.15581420.14112690X-RAY DIFFRACTION100
4.93-47.440.19051440.16362743X-RAY DIFFRACTION99
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.72530.4483-0.02631.18990.79220.7034-0.0921-0.4428-1.64490.32-0.077-0.39010.96150.1161-0.00040.73930.02720.07240.71840.08490.9559-11.3455-47.82528.3427
20.63610.9234-0.23021.84320.23470.7179-0.0717-0.9482-0.47380.2827-0.00640.15720.3327-0.2686-0.00020.57540.01430.02660.6490.07420.5677-10.8662-40.064128.9592
32.30781.2754-0.58830.8887-0.22391.23870.3234-0.16810.2131-0.3702-0.0732-0.0918-0.08030.2276-0.00010.5251-0.03940.00460.5044-0.05720.4317-14.3701-25.808823.7571
40.0182-0.01890.00870.0442-0.06070.09660.67141.11971.0982-2.08770.14020.3948-0.7569-0.4053-0.00121.16170.10320.14510.8751-0.02761.1717-31.6837-5.192329.5336
51.14330.574-0.27581.1603-0.60930.80240.0598-1.58820.02840.31580.18840.3764-0.03670.32890.02420.5757-0.07270.02290.7218-0.12780.4095-15.2294-22.435533.8897
61.39721.1674-0.06171.5223-0.98761.5720.0984-0.53780.0116-0.14750.0743-0.62690.10270.5771-0.00010.4369-0.0122-0.05730.645-0.06780.3781-0.3285-27.939726.4133
71.29430.25421.25762.1126-1.1812.1891-0.0927-0.9260.23540.26590.1485-0.1897-0.35380.79490.00030.4898-0.1478-0.0460.7447-0.12950.48132.7532-18.870727.0961
81.09440.6980.490.5853-0.17921.9257-0.0085-0.21410.15830.02070.1785-0.1105-0.27050.458100.479-0.06690.0060.5624-0.06320.38980.4022-20.869216.4675
91.8691-0.10380.3910.1461-0.28941.68830.18870.2870.0834-0.11730.0203-0.4484-0.0260.9392-00.5688-0.08660.0690.83630.01830.50564.6659-21.14376.7234
103.0670.840.52010.39330.27382.99640.11330.0765-0.14110.1656-0.09030.21140.03560.0790.00010.5509-0.0399-0.0070.6924-0.03540.3731-4.1095-22.19456.6253
111.57090.52291.33322.3747-0.30341.6847-0.0275-0.26670.2887-0.06670.13040.2382-0.1626-0.0374-00.5095-0.02470.03320.4182-0.04040.5253-37.6086-20.038931.7388
122.1221.0594-0.11370.9684-0.47232.49060.13120.4973-0.7615-0.7265-0.12250.63770.04720.21630.00020.5031-0.0695-0.01750.4388-0.10340.5438-33.3371-38.190322.2407
133.7837-0.1337-0.02341.7193-0.34781.7603-0.07680.1209-0.6806-0.03710.05580.38560.1363-0.149200.4524-0.07260.00790.427-0.04830.6668-44.4124-40.688225.307
142.05720.511-0.85290.44650.10172.44370.14431.14810.1427-0.4086-0.09870.1611-0.4724-0.12740.00010.8539-0.1467-0.04741.2065-0.0930.8726-50.9129-35.93846.8327
150.38250.31790.07050.4269-0.34530.9925-0.0231-0.18950.18020.11350.36061.2244-0.1899-1.16190.01810.5863-0.0455-0.00410.7812-0.07550.7377-12.7358-19.943814.7923
160.28250.0447-0.02160.13850.05420.26770.46130.9907-0.0551-1.8138-0.4461-1.0154-0.64540.36390.00130.9329-0.06890.1151.09990.02070.9414-37.319-40.024712.0462
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid -3 through 15 )
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 16 through 37 )
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 38 through 68 )
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'A' and (resid 69 through 79 )
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'A' and (resid 80 through 106 )
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'A' and (resid 107 through 134 )
7X-RAY DIFFRACTION7chain 'A' and (resid 135 through 161 )
8X-RAY DIFFRACTION8chain 'A' and (resid 162 through 186 )
9X-RAY DIFFRACTION9chain 'A' and (resid 187 through 209 )
10X-RAY DIFFRACTION10chain 'A' and (resid 210 through 234 )
11X-RAY DIFFRACTION11chain 'B' and (resid -3 through 37 )
12X-RAY DIFFRACTION12chain 'B' and (resid 38 through 71 )
13X-RAY DIFFRACTION13chain 'B' and (resid 72 through 186 )
14X-RAY DIFFRACTION14chain 'B' and (resid 187 through 233 )
15X-RAY DIFFRACTION15chain 'C'
16X-RAY DIFFRACTION16chain 'D'

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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