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万見
- PDB-8rrk: 14-3-3 sigma complexed with an optimized phosphopeptide -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8rrk
タイトル14-3-3 sigma complexed with an optimized phosphopeptide
要素
  • 14-3-3 protein sigma
  • phosphopeptide designed according to the 14-3-3 binding consensus
キーワードSIGNALING PROTEIN / PROTEIN-PHOSPHOPEPTIDE COMPLEX / 14-3-3 sigma
機能・相同性
機能・相同性情報


regulation of epidermal cell division / protein kinase C inhibitor activity / positive regulation of epidermal cell differentiation / keratinocyte development / keratinization / regulation of cell-cell adhesion / cAMP/PKA signal transduction / Regulation of localization of FOXO transcription factors / keratinocyte proliferation / phosphoserine residue binding ...regulation of epidermal cell division / protein kinase C inhibitor activity / positive regulation of epidermal cell differentiation / keratinocyte development / keratinization / regulation of cell-cell adhesion / cAMP/PKA signal transduction / Regulation of localization of FOXO transcription factors / keratinocyte proliferation / phosphoserine residue binding / Activation of BAD and translocation to mitochondria / negative regulation of keratinocyte proliferation / establishment of skin barrier / negative regulation of protein localization to plasma membrane / Chk1/Chk2(Cds1) mediated inactivation of Cyclin B:Cdk1 complex / SARS-CoV-2 targets host intracellular signalling and regulatory pathways / negative regulation of stem cell proliferation / SARS-CoV-1 targets host intracellular signalling and regulatory pathways / RHO GTPases activate PKNs / negative regulation of protein kinase activity / positive regulation of protein localization / positive regulation of cell adhesion / protein sequestering activity / negative regulation of innate immune response / protein export from nucleus / TP53 Regulates Transcription of Genes Involved in G2 Cell Cycle Arrest / release of cytochrome c from mitochondria / positive regulation of protein export from nucleus / stem cell proliferation / Translocation of SLC2A4 (GLUT4) to the plasma membrane / TP53 Regulates Metabolic Genes / intrinsic apoptotic signaling pathway in response to DNA damage / intracellular protein localization / regulation of protein localization / positive regulation of cell growth / regulation of cell cycle / cadherin binding / protein kinase binding / negative regulation of transcription by RNA polymerase II / signal transduction / extracellular space / extracellular exosome / identical protein binding / nucleus / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
14-3-3 protein sigma / 14-3-3 proteins signature 2. / 14-3-3 protein, conserved site / 14-3-3 proteins signature 1. / 14-3-3 protein / 14-3-3 homologues / 14-3-3 domain / 14-3-3 domain superfamily / 14-3-3 protein
類似検索 - ドメイン・相同性
14-3-3 protein sigma
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
synthetic construct (人工物)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.93 Å
データ登録者Cousido-Siah, A. / McEwen, A.G. / Monsellier, E. / Trave, G.
資金援助 フランス, 6件
組織認可番号国
French National Research AgencyANR-18-CE92-0017 フランス
La ligue contre le cancer フランス
French National Research AgencyANR-10-INSB-05-01 フランス
French National Research AgencyANR-10-IDEX-0002 フランス
French National Research AgencyANR 20-SFRI-0012 フランス
French National Research AgencyANR-17-EURE-0023 フランス
引用ジャーナル: J.Am.Chem.Soc. / 年: 2025
タイトル: Holdup Multiplex Assay for High-Throughput Measurement of Protein-Ligand Affinity Constants Using a Mass Spectrometry Readout.
著者: Delalande, F. / Ostergaard, S.R. / Gogl, G. / Cousido-Siah, A. / McEwen, A.G. / Men, Y. / Salimova, F. / Rohrbacher, A. / Kostmann, C. / Nomine, Y. / Vincentelli, R. / Eberling, P. / ...著者: Delalande, F. / Ostergaard, S.R. / Gogl, G. / Cousido-Siah, A. / McEwen, A.G. / Men, Y. / Salimova, F. / Rohrbacher, A. / Kostmann, C. / Nomine, Y. / Vincentelli, R. / Eberling, P. / Carapito, C. / Trave, G. / Monsellier, E.
履歴
登録2024年1月22日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02025年2月12日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12025年4月9日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.22025年4月16日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation_author.identifier_ORCID

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: 14-3-3 protein sigma
B: 14-3-3 protein sigma
C: phosphopeptide designed according to the 14-3-3 binding consensus
D: phosphopeptide designed according to the 14-3-3 binding consensus
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)59,00110
ポリマ－58,5014
非ポリマー5006
水5,008278
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: mass spectrometry
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area5870 Å2
ΔGint-46 kcal/mol
Surface area23440 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)138.250, 54.880, 82.120
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 101.27, 90.00
Int Tables number5
Space group name H-MC121
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11B-301-

SO4

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要素

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タンパク質 / タンパク質・ペプチド , 2種, 4分子 ABCD

#1: タンパク質 14-3-3 protein sigma / Epithelial cell marker protein 1 / Stratifin


分子量: 28137.469 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: SFN, HME1 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: P31947
#2: タンパク質・ペプチド phosphopeptide designed according to the 14-3-3 binding consensus


分子量: 1113.225 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成
詳細: phosphopeptide designed according to the 14-3-3 binding consensus
由来: (合成) synthetic construct (人工物)

-
非ポリマー , 4種, 284分子

#3: 化合物 ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#4: 化合物
ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 天然 / 式: C3H8O3
#5: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 278 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかY
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.61 Å3/Da / 溶媒含有率: 52.9 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.5 / 詳細: 25% PEG 3350, 100mM Bis-Tris pH 6.5, 200mM LiSO4

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID23-1 / 波長: 0.8856 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2023年2月16日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.8856 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.85→50 Å / Num. obs: 51006 / % possible obs: 97.7 % / 冗長度: 6.76 % / CC1/2: 0.998 / Rmerge(I) obs: 0.082 / Rrim(I) all: 0.09 / Net I/σ(I): 11.01
反射 シェル
解像度 (Å)Rmerge(I) obsNum. unique obsCC1/2Rrim(I) allDiffraction-ID
1.85-1.962.08681290.9732.2641
1.96-2.090.89376060.9510.9671
2.09-2.260.38571700.9790.4191
2.26-2.480.20866390.9880.2241
2.48-2.770.14160100.9920.1531
2.77-3.20.08853540.9950.0961
3.2-3.910.06445480.9960.071
3.91-5.520.05635520.9970.0611
5.52-500.04819980.9980.0521

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(1.20rc2_4400: ???)精密化
XSCALEデータスケーリング
XDSデータ削減
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 1.93→47.49 Å / SU ML: 0.26 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 24.75 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2178 2233 5 %
Rwork0.1802 --
obs0.182 44657 97.7 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.93→47.49 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3805 0 30 278 4113
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0083975
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.6865364
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d13.3171543
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.042594
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.007696
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.93-1.970.34271390.3462631X-RAY DIFFRACTION96
1.97-2.020.31631380.28592601X-RAY DIFFRACTION97
2.02-2.070.34041360.29452578X-RAY DIFFRACTION95
2.07-2.120.27181370.22192615X-RAY DIFFRACTION97
2.12-2.190.2651390.21622635X-RAY DIFFRACTION97
2.19-2.260.27851350.22872581X-RAY DIFFRACTION96
2.26-2.340.19481400.17772650X-RAY DIFFRACTION98
2.34-2.430.22371380.17822635X-RAY DIFFRACTION98
2.43-2.540.22081390.17732654X-RAY DIFFRACTION98
2.54-2.680.22631400.19052649X-RAY DIFFRACTION98
2.68-2.840.26281410.19482684X-RAY DIFFRACTION99
2.84-3.060.23071410.20292673X-RAY DIFFRACTION99
3.06-3.370.2331400.18782669X-RAY DIFFRACTION98
3.37-3.860.21451420.16072694X-RAY DIFFRACTION99
3.86-4.860.17521430.14572708X-RAY DIFFRACTION99
4.86-47.490.18871450.16692767X-RAY DIFFRACTION98
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.7362-0.41260.42611.308-0.09421.37250.0970.19840.3170.08620.1214-0.1099-0.25330.10140.00010.40150.02150.0390.32830.04080.41229.06059.92178.6398
22.0763-1.31020.20660.98350.37011.8489-0.076-0.2668-0.66540.71140.2395-0.1885-0.0732-0.15730.00010.41170.07550.04360.42390.0810.500825.4994-7.292417.8776
33.8692-0.85970.26551.3824-0.20472.1629-0.1967-0.4933-0.21790.22610.1754-0.10850.00790.20840.00510.42280.11740.03070.38960.03160.423638.3411-9.269220.4153
40.03180.00310.01130.017-0.01210.0101-0.22380.2153-0.1010.099-0.4186-0.0640.2425-0.3313-0.00161.18340.12920.26791.45230.41091.116733.8815-23.284338.3776
51.0506-0.7765-0.14971.2655-0.72530.9239-0.19290.2476-0.9279-0.3345-0.05070.16220.5282-0.032200.5589-0.01870.06450.5715-0.05230.72972.9867-13.649411.7302
61.6085-1.0485-0.02470.7597-0.08441.61290.06510.20160.21550.34110.19090.1882-0.0807-0.1724-0.00010.37770.04880.06510.39140.05110.40326.40684.579416.6375
7-0.00380.00860.0070.03570.0390.03980.2143-0.63990.78710.7345-0.26980.2052-0.5720.2408-0.00330.7242-0.0870.15680.9530.07721.208722.37324.9311.9933
81.9905-1.24290.66451.74850.29921.82170.09610.6692-0.2181-0.15210.02020.09710.0331-0.41970.00270.41490.053-0.00190.460.0420.3328-0.66345.07910.2929
90.7611-0.27070.44561.18340.83471.25130.05830.7450.3633-0.31270.18580.437-0.1526-0.69790.00080.45570.1273-0.02160.61410.10370.4573-12.179310.264813.9507
100.9405-0.42720.53380.2323-0.02131.30150.0090.02780.1386-0.05130.15190.2283-0.0677-0.19530.00010.41190.06820.02720.47130.06430.3488-8.95478.924324.0559
110.89750.00690.36060.24020.33310.83420.18770.0012-0.0590.32410.03960.9357-0.2717-0.59510.00060.49970.06940.07220.7436-0.0370.5106-12.65869.075933.5031
121.5444-0.61390.25210.343-0.26221.83880.1913-0.1882-0.3290.6296-0.147-0.11050.15620.3417-0.00030.53580.0871-0.02190.67960.02490.4728-3.90426.775733.4811
130.4857-0.13890.16090.09810.06520.61540.2062-0.914-0.38350.4368-0.07241.00980.2294-0.0121-0.0010.55790.11170.03350.73680.00810.721431.2855-8.951926.949
140.5387-0.25370.06230.1975-0.06190.6355-0.16270.0003-0.2850.66530.3483-0.3691-0.07220.3578-0.00030.4570.03640.04350.63720.12490.51161.81437.990225.2698
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid -3 through 37 )
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 38 through 70 )
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 71 through 230 )
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'A' and (resid 231 through 235 )
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'B' and (resid -3 through 37 )
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'B' and (resid 38 through 68 )
7X-RAY DIFFRACTION7chain 'B' and (resid 69 through 79 )
8X-RAY DIFFRACTION8chain 'B' and (resid 80 through 137 )
9X-RAY DIFFRACTION9chain 'B' and (resid 138 through 161 )
10X-RAY DIFFRACTION10chain 'B' and (resid 162 through 186 )
11X-RAY DIFFRACTION11chain 'B' and (resid 187 through 209 )
12X-RAY DIFFRACTION12chain 'B' and (resid 210 through 233 )
13X-RAY DIFFRACTION13chain 'C'
14X-RAY DIFFRACTION14chain 'D'

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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