PDB-8rrg: Galectin-3 with a small molecule inhibitor

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 8rrg

タイトル

Galectin-3 with a small molecule inhibitor

要素

Galectin-3

キーワード

SUGAR BINDING PROTEIN / Inhibitor

機能・相同性

機能・相同性情報

negative regulation of NK T cell activation / negative regulation of immunological synapse formation / disaccharide binding / negative regulation of T cell activation via T cell receptor contact with antigen bound to MHC molecule on antigen presenting cell / RUNX2 regulates genes involved in differentiation of myeloid cells / regulation of T cell apoptotic process / mononuclear cell migration / receptor ligand inhibitor activity / positive regulation of mononuclear cell migration / negative regulation of endocytosis ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.4 Å

データ登録者

Mac Sweeney, A. / Sager, C.

資金援助

1件

引用

ジャーナル: To Be Published
タイトル: Galectin-3 with a small molecule inhibitor
著者: Remen, L. / Zumbrunn, C. / Sager, C.P. / Grisostomi, C. / Mac Sweeney, A. / Gatfield, J. / Huehn, E. / Vercauteren, E. / Fournier, E. / Schmidt, G. / Davenport, R. / Iglarz, M. / Nayler, O. / Bolli, M.H.

履歴

登録	2024年1月22日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2025年1月29日	Provider: repository / タイプ: Initial release

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	8rrg.cif.gz	164.3 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb8rrg.ent.gz		表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	8rrg.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	8rrg_validation.pdf.gz	672.5 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	8rrg_full_validation.pdf.gz	673.4 KB	表示
XML形式データ	8rrg_validation.xml.gz	9.6 KB	表示
CIF形式データ	8rrg_validation.cif.gz	12.4 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/rr/8rrg ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/rr/8rrg	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	8rr7C 8rr8C 8rr9C 8rraC 8rrbC 8rrcC 8rreC 8rrfC 8s67C C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#79 - 2006年7月アミロイドβ前駆体タンパク質 (Amyloid-beta Precursor Protein) 類似性 (1) #189 - 2015年9月アミロイド (Amyloids) 類似性 (1) #122 - 2010年2月エンハンセオソーム (Enhanceosome) 類似性 (1) #186 - 2015年6月終末糖化産物受容体 (Receptor for Advanced Glycation End Products) 類似性 (1) #266 - 2022年2月オリゴ糖転移酵素 (Oligosaccharyltransferase) 類似性 (1) #190 - 2015年10月 2つの要素で構成される検知・応答系 (Two-component Systems) 類似性 (1)

PDBのページ

PDBj /

wwPDB /

NCBI

「今月の分子」の関連する項目

#79 - 2006年7月
アミロイドβ前駆体タンパク質 (Amyloid-beta Precursor Protein)
類似性 (1)
#189 - 2015年9月
アミロイド (Amyloids)
類似性 (1)
#122 - 2010年2月
エンハンセオソーム (Enhanceosome)
類似性 (1)
#186 - 2015年6月
終末糖化産物受容体 (Receptor for Advanced Glycation End Products)
類似性 (1)
#266 - 2022年2月
オリゴ糖転移酵素 (Oligosaccharyltransferase)
類似性 (1)
#190 - 2015年10月
2つの要素で構成される検知・応答系 (Two-component Systems)
類似性 (1)

登録構造単位

A: Galectin-3

ヘテロ分子

16.4 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration

単位格子

Length a, b, c (Å)	34.550, 57.570, 62.190
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

#1: タンパク質	Galectin-3 / Gal-3 / 35 kDa lectin / Carbohydrate-binding protein 35 / CBP 35 / Galactose-specific lectin 3 / ...Gal-3 / 35 kDa lectin / Carbohydrate-binding protein 35 / CBP 35 / Galactose-specific lectin 3 / Galactoside-binding protein / GALBP / IgE-binding protein / L-31 / Laminin-binding protein / Lectin L-29 / Mac-2 antigen 分子量: 15701.049 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: LGALS3, MAC2 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P17931
#2: 化合物	ChemComp-A1H2L / (2~{R},3~{R},4~{S},5~{R},6~{R})-6-[[1-[3-[bis(fluoranyl)methyl]oxetan-3-yl]-1,2,3-triazol-4-yl]methyl]-4-[4-[4-chloranyl-2,3-bis(fluoranyl)phenyl]-1,2,3-triazol-1-yl]-2-(hydroxymethyl)-5-methoxy-oxan-3-ol 分子量: 562.902 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂₂H₂₃ClF₄N₆O₅ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物	ChemComp-SCN / THIOCYANATE ION / チオシアン酸アニオン分子量: 58.082 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: CNS
#4: 化合物	ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド分子量: 35.453 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#5: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 80 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y
Has protein modification	N

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 1.97 Å³/Da / 溶媒含有率: 37.55 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: 1.8 M Ammonium citrate pH 7.0

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X06DA / 波長: 1 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS 2M / 検出器: PIXEL / 日付: 2022年12月30日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.25→42.25 Å / Num. obs: 66250 / % possible obs: 99.5 % / 冗長度: 3.38 % / CC_1/2: 0.997 / R_rim(I) all: 0.086 / Net I/σ(I): 6.79
反射シェル	解像度: 1.25→1.32 Å / Mean I/σ(I) obs: 0.57 / Num. unique obs: 10766 / CC_1/2: 0.171 / R_rim(I) all: 2.48

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0419	精密化
autoPROC		データ削減
XSCALE		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 1.4→42.247 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.967 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.969 / SU B: 3.126 / SU ML: 0.054 / 交差検証法: FREE R-VALUE / ESU R: 0.084 / ESU R Free: 0.068 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2081	1302	5.186 %
R_work	0.1875	23803	-
all	0.189	-	-
obs	-	25105	99.893 %

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT

原子変位パラメータ

B_iso mean: 19.456 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	2.009 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	0.598 Å²	-0 Å²
3-	-	-	-2.607 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.4→42.247 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	1103	0	42	80	1225

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.004	0.012	1192
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.016	1128
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.59	1.852	1626
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	0.461	1.761	2588
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	7.37	5	141
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	3.672	5	10
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	11.804	10	190
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_6_deg	13.084	10	58
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.048	0.2	173
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr_other	1.457	0.2	6
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.003	0.02	1410
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	288
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.19	0.2	149
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_other	0.184	0.2	954
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.163	0.2	541
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbtor_other	0.078	0.2	572
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.094	0.2	50
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_refined	0.156	0.2	10
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.149	0.2	61
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_refined	0.085	0.2	10
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	1.891	1.957	559
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	1.886	1.953	558
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	3.052	3.51	698
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	3.052	3.512	699
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	2.218	2.123	633
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	2.213	2.12	633
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	3.58	3.847	925
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	3.574	3.841	925
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_it	7.364	22.008	1194
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_other	6.692	21.106	1182
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr	1.067	3	2320

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 20

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	R_factor all	Num. reflection all	Fsc free	Fsc work	% reflection obs (%)	WR_factor R_work
1.4-1.436	0.272	88	0.268	1747	0.268	1835	0.94	0.966	100	0.226
1.436-1.476	0.334	91	0.251	1674	0.255	1767	0.92	0.969	99.8868	0.211
1.476-1.518	0.289	106	0.231	1637	0.234	1743	0.941	0.973	100	0.191
1.518-1.565	0.244	97	0.221	1574	0.222	1671	0.957	0.977	100	0.182
1.565-1.616	0.257	95	0.215	1523	0.218	1619	0.96	0.976	99.9382	0.187
1.616-1.673	0.225	76	0.207	1516	0.208	1592	0.977	0.977	100	0.177
1.673-1.736	0.212	75	0.19	1465	0.191	1540	0.972	0.979	100	0.164
1.736-1.807	0.212	78	0.181	1393	0.182	1472	0.975	0.981	99.9321	0.16
1.807-1.887	0.219	64	0.181	1348	0.183	1413	0.979	0.982	99.9292	0.162
1.887-1.979	0.193	70	0.17	1290	0.171	1360	0.979	0.984	100	0.162
1.979-2.086	0.206	70	0.174	1219	0.176	1289	0.972	0.983	100	0.172
2.086-2.212	0.243	76	0.176	1163	0.18	1240	0.964	0.981	99.9194	0.178
2.212-2.364	0.269	58	0.189	1089	0.193	1148	0.956	0.979	99.9129	0.198
2.364-2.553	0.23	68	0.192	1015	0.194	1086	0.974	0.979	99.7238	0.208
2.553-2.795	0.187	35	0.201	975	0.2	1012	0.984	0.976	99.8024	0.221
2.795-3.124	0.202	42	0.188	875	0.189	920	0.972	0.976	99.6739	0.216
3.124-3.604	0.19	45	0.176	762	0.176	815	0.979	0.982	99.0184	0.204
3.604-4.405	0.141	38	0.164	665	0.163	703	0.99	0.983	100	0.191
4.405-6.197	0.186	18	0.171	538	0.172	556	0.977	0.984	100	0.214
6.197-42.247	0.239	12	0.226	329	0.226	345	0.962	0.961	98.8406	0.287

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EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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