PDB-8rrf: Galectin-3 with a small molecule inhibitor

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 8rrf

タイトル

Galectin-3 with a small molecule inhibitor

要素

Galectin-3

キーワード

SUGAR BINDING PROTEIN / Inhibitor

機能・相同性

機能・相同性情報

negative regulation of NK T cell activation / mononuclear cell migration / negative regulation of immunological synapse formation / disaccharide binding / negative regulation of T cell activation via T cell receptor contact with antigen bound to MHC molecule on antigen presenting cell / RUNX2 regulates genes involved in differentiation of myeloid cells / regulation of T cell apoptotic process / receptor ligand inhibitor activity / positive regulation of mononuclear cell migration / negative regulation of endocytosis ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.25 Å

データ登録者

Mac Sweeney, A. / Sager, C.

資金援助

1件

引用

ジャーナル: To Be Published
タイトル: Galectin-3 with a small molecule inhibitor
著者: Remen, L. / Zumbrunn, C. / Sager, C.P. / Grisostomi, C. / Mac Sweeney, A. / Gatfield, J. / Huehn, E. / Vercauteren, E. / Fournier, E. / Schmidt, G. / Davenport, R. / Iglarz, M. / Nayler, O. / Bolli, M.H.

履歴

登録	2024年1月22日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2025年1月29日	Provider: repository / タイプ: Initial release

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	8rrf.cif.gz	172.3 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb8rrf.ent.gz		表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	8rrf.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/rr/8rrf ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/rr/8rrf	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	8rr7C 8rr8C 8rr9C 8rraC 8rrbC 8rrcC 8rreC 8rrgC 8s67C C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#79 - 2006年7月アミロイドβ前駆体タンパク質 (Amyloid-beta Precursor Protein) 類似性 (1) #189 - 2015年9月アミロイド (Amyloids) 類似性 (1) #122 - 2010年2月エンハンセオソーム (Enhanceosome) 類似性 (1) #186 - 2015年6月終末糖化産物受容体 (Receptor for Advanced Glycation End Products) 類似性 (1) #266 - 2022年2月オリゴ糖転移酵素 (Oligosaccharyltransferase) 類似性 (1) #190 - 2015年10月 2つの要素で構成される検知・応答系 (Two-component Systems) 類似性 (1)

PDBのページ

PDBj /

wwPDB /

NCBI

「今月の分子」の関連する項目

#79 - 2006年7月
アミロイドβ前駆体タンパク質 (Amyloid-beta Precursor Protein)
類似性 (1)
#189 - 2015年9月
アミロイド (Amyloids)
類似性 (1)
#122 - 2010年2月
エンハンセオソーム (Enhanceosome)
類似性 (1)
#186 - 2015年6月
終末糖化産物受容体 (Receptor for Advanced Glycation End Products)
類似性 (1)
#266 - 2022年2月
オリゴ糖転移酵素 (Oligosaccharyltransferase)
類似性 (1)
#190 - 2015年10月
2つの要素で構成される検知・応答系 (Two-component Systems)
類似性 (1)

登録構造単位

A: Galectin-3

ヘテロ分子

16.4 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration

単位格子

Length a, b, c (Å)	34.480, 57.320, 61.640
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

#1: タンパク質	Galectin-3 / Gal-3 / 35 kDa lectin / Carbohydrate-binding protein 35 / CBP 35 / Galactose-specific lectin 3 / ...Gal-3 / 35 kDa lectin / Carbohydrate-binding protein 35 / CBP 35 / Galactose-specific lectin 3 / Galactoside-binding protein / GALBP / IgE-binding protein / L-31 / Laminin-binding protein / Lectin L-29 / Mac-2 antigen 分子量: 15701.049 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: LGALS3, MAC2 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P17931
#2: 化合物	ChemComp-SCN / THIOCYANATE ION / チオシアン酸アニオン分子量: 58.082 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: CNS
#3: 化合物	ChemComp-A1H2M / (2~{R},3~{R},4~{S},5~{R},6~{R})-4-[4-[4-chloranyl-2,3-bis(fluoranyl)phenyl]-1,2,3-triazol-1-yl]-6-[[1-[3-(fluoranylmethyl)oxetan-3-yl]-1,2,3-triazol-4-yl]methyl]-2-(hydroxymethyl)-5-methoxy-oxan-3-ol 分子量: 544.911 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂₂H₂₄ClF₃N₆O₅ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 化合物	ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド分子量: 35.453 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#5: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 102 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y
Has protein modification	N

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 1.94 Å³/Da / 溶媒含有率: 36.59 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: 1.8 M Ammonium citrate pH 7.0

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X06DA / 波長: 1 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS 2M / 検出器: PIXEL / 日付: 2022年12月30日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.15→30.092 Å / Num. obs: 82842 / % possible obs: 98.8 % / 冗長度: 3.37 % / CC_1/2: 0.999 / R_rim(I) all: 0.061 / Net I/σ(I): 9.73
反射シェル	解像度: 1.15→1.22 Å / Mean I/σ(I) obs: 0.77 / Num. unique obs: 13022 / CC_1/2: 0.26 / R_rim(I) all: 1.7 / % possible all: 95.9

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0419	精密化
autoPROC		データ削減
XSCALE		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 1.25→30.092 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.972 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.971 / SU B: 2.793 / SU ML: 0.05 / 交差検証法: FREE R-VALUE / ESU R: 0.056 / ESU R Free: 0.051 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.1979	1720	4.988 %
R_work	0.1745	32760	-
all	0.176	-	-
obs	-	34480	99.748 %

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT

原子変位パラメータ

B_iso mean: 15.699 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	2.733 Å²	0 Å²	-0 Å²
2-	-	-2.705 Å²	0 Å²
3-	-	-	-0.027 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.25→30.092 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	1103	0	44	102	1249

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.004	0.012	1275
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.016	1191
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.625	1.848	1750
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	0.5	1.765	2741
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	7.476	5	158
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	5.304	5	11
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	13.003	10	201
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_6_deg	13.761	10	64
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.059	0.2	182
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr_other	1.466	0.2	6
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.004	0.02	1570
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.002	0.02	316
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.183	0.2	165
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_other	0.193	0.2	991
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.161	0.2	553
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbtor_other	0.078	0.2	600
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.095	0.2	71
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_refined	0.102	0.2	14
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.15	0.2	63
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_refined	0.165	0.2	20
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	1.809	1.556	604
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	1.801	1.551	602
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	2.857	2.795	767
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	2.857	2.796	768
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	2.185	1.724	671
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	2.181	1.722	671
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	3.504	3.108	980
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	3.501	3.104	980
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_it	8.525	20.202	1295
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_other	7.893	17.859	1276
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr	1.409	3	2466

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.25-1.282	0.259	129	0.284	2415	X-RAY DIFFRACTION	99.4527
1.282-1.317	0.31	112	0.26	2301	X-RAY DIFFRACTION	99.5462
1.317-1.356	0.378	102	0.265	2254	X-RAY DIFFRACTION	99.6616
1.356-1.397	0.296	85	0.236	2233	X-RAY DIFFRACTION	99.7848
1.397-1.443	0.264	119	0.207	2127	X-RAY DIFFRACTION	99.6893
1.443-1.494	0.21	128	0.197	2045	X-RAY DIFFRACTION	99.9081
1.494-1.55	0.207	106	0.195	2002	X-RAY DIFFRACTION	99.9526
1.55-1.613	0.212	121	0.182	1888	X-RAY DIFFRACTION	100
1.613-1.684	0.177	92	0.172	1884	X-RAY DIFFRACTION	100
1.684-1.766	0.179	100	0.172	1744	X-RAY DIFFRACTION	99.9458
1.766-1.862	0.184	86	0.168	1706	X-RAY DIFFRACTION	99.7773
1.862-1.974	0.183	84	0.154	1605	X-RAY DIFFRACTION	99.8817
1.974-2.11	0.183	87	0.15	1497	X-RAY DIFFRACTION	99.8739
2.11-2.278	0.202	83	0.153	1417	X-RAY DIFFRACTION	99.8668
2.278-2.494	0.218	89	0.162	1283	X-RAY DIFFRACTION	100
2.494-2.786	0.215	44	0.18	1208	X-RAY DIFFRACTION	99.8405
2.786-3.213	0.21	48	0.164	1073	X-RAY DIFFRACTION	99.4676
3.213-3.924	0.18	59	0.153	891	X-RAY DIFFRACTION	99.1649
3.924-5.505	0.134	24	0.155	738	X-RAY DIFFRACTION	99.8689
5.505-30.092	0.172	22	0.22	443	X-RAY DIFFRACTION	98.1013

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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