PDB-8rrc: Galectin-3 with a small molecule inhibitor

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 8rrc

タイトル

Galectin-3 with a small molecule inhibitor

要素

Galectin-3

キーワード

SUGAR BINDING PROTEIN / Inhibitor

機能・相同性

機能・相同性情報

negative regulation of NK T cell activation / negative regulation of immunological synapse formation / disaccharide binding / negative regulation of T cell activation via T cell receptor contact with antigen bound to MHC molecule on antigen presenting cell / RUNX2 regulates genes involved in differentiation of myeloid cells / regulation of T cell apoptotic process / mononuclear cell migration / receptor ligand inhibitor activity / positive regulation of mononuclear cell migration / negative regulation of endocytosis ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.5 Å

データ登録者

Mac Sweeney, A. / Sager, C.

資金援助

1件

引用

ジャーナル: To Be Published
タイトル: Galectin-3 with a small molecule inhibitor
著者: Remen, L. / Zumbrunn, C. / Sager, C.P. / Grisostomi, C. / Mac Sweeney, A. / Gatfield, J. / Huehn, E. / Vercauteren, E. / Fournier, E. / Schmidt, G. / Davenport, R. / Iglarz, M. / Nayler, O. / Bolli, M.H.

履歴

登録	2024年1月22日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2025年1月29日	Provider: repository / タイプ: Initial release

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	8rrc.cif.gz	168.1 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb8rrc.ent.gz		表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	8rrc.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	8rrc_validation.pdf.gz	679.7 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	8rrc_full_validation.pdf.gz	680 KB	表示
XML形式データ	8rrc_validation.xml.gz	9.4 KB	表示
CIF形式データ	8rrc_validation.cif.gz	11.9 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/rr/8rrc ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/rr/8rrc	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	8rr7C 8rr8C 8rr9C 8rraC 8rrbC 8rreC 8rrfC 8rrgC 8s67C C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#79 - 2006年7月アミロイドβ前駆体タンパク質 (Amyloid-beta Precursor Protein) 類似性 (1) #189 - 2015年9月アミロイド (Amyloids) 類似性 (1) #122 - 2010年2月エンハンセオソーム (Enhanceosome) 類似性 (1) #186 - 2015年6月終末糖化産物受容体 (Receptor for Advanced Glycation End Products) 類似性 (1) #266 - 2022年2月オリゴ糖転移酵素 (Oligosaccharyltransferase) 類似性 (1) #190 - 2015年10月 2つの要素で構成される検知・応答系 (Two-component Systems) 類似性 (1)

PDBのページ

PDBj /

wwPDB /

NCBI

「今月の分子」の関連する項目

#79 - 2006年7月
アミロイドβ前駆体タンパク質 (Amyloid-beta Precursor Protein)
類似性 (1)
#189 - 2015年9月
アミロイド (Amyloids)
類似性 (1)
#122 - 2010年2月
エンハンセオソーム (Enhanceosome)
類似性 (1)
#186 - 2015年6月
終末糖化産物受容体 (Receptor for Advanced Glycation End Products)
類似性 (1)
#266 - 2022年2月
オリゴ糖転移酵素 (Oligosaccharyltransferase)
類似性 (1)
#190 - 2015年10月
2つの要素で構成される検知・応答系 (Two-component Systems)
類似性 (1)

登録構造単位

A: Galectin-3

ヘテロ分子

16.3 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration

単位格子

Length a, b, c (Å)	34.804, 57.280, 61.850
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

#1: タンパク質	Galectin-3 / Gal-3 / 35 kDa lectin / Carbohydrate-binding protein 35 / CBP 35 / Galactose-specific lectin 3 / ...Gal-3 / 35 kDa lectin / Carbohydrate-binding protein 35 / CBP 35 / Galactose-specific lectin 3 / Galactoside-binding protein / GALBP / IgE-binding protein / L-31 / Laminin-binding protein / Lectin L-29 / Mac-2 antigen 分子量: 15701.049 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: LGALS3, MAC2 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P17931
#2: 化合物	ChemComp-A1H2O / (2~{R},3~{R},4~{S},5~{R},6~{R})-4-[4-[4-chloranyl-2,3-bis(fluoranyl)phenyl]-1,2,3-triazol-1-yl]-2-(hydroxymethyl)-5-methoxy-6-[[3-(3-methyloxetan-3-yl)-1,2-oxazol-5-yl]methyl]oxan-3-ol 分子量: 526.918 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂₃H₂₅ClF₂N₄O₆ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物	ChemComp-SCN / THIOCYANATE ION / チオシアン酸アニオン分子量: 58.082 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: CNS
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 61 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y
Has protein modification	N

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 1.96 Å³/Da / 溶媒含有率: 37.35 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: 60% "Tacsimate" pH 7.0 (Hampton Research)

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X06DA / 波長: 1 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS 2M / 検出器: PIXEL / 日付: 2021年6月28日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.45→42.02 Å / Num. obs: 42445 / % possible obs: 99.3 % / 冗長度: 3.37 % / CC_1/2: 0.997 / R_rim(I) all: 0.123 / Net I/σ(I): 6.59
反射シェル	解像度: 1.45→1.53 Å / Mean I/σ(I) obs: 0.74 / Num. unique obs: 6726 / CC_1/2: 0.247 / R_rim(I) all: 1.72

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0419	精密化
autoPROC		データ削減
XSCALE		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 1.5→42.004 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.956 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.941 / SU B: 5.14 / SU ML: 0.08 / 交差検証法: FREE R-VALUE / ESU R: 0.115 / ESU R Free: 0.092 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2362	1042	5.097 %
R_work	0.1916	19403	-
all	0.194	-	-
obs	-	20445	99.966 %

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT

原子変位パラメータ

B_iso mean: 18.861 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	1.832 Å²	0 Å²	-0 Å²
2-	-	-2.88 Å²	0 Å²
3-	-	-	1.048 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.5→42.004 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	1104	0	39	61	1204

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.008	0.012	1224
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.016	1165
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.612	1.822	1677
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	0.587	1.807	2674
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	7.611	5	149
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	4.473	5	10
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	11.718	10	200
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_6_deg	14.34	10	60
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.084	0.2	179
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr_other	0.011	0.2	1
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.008	0.02	1467
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	295
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.2	0.2	157
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_other	0.203	0.2	1002
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.169	0.2	562
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbtor_other	0.085	0.2	627
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.13	0.2	48
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_refined	0.114	0.2	7
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.173	0.2	41
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_refined	0.19	0.2	9
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other	0.008	0.2	1
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	4.674	1.774	576
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	4.65	1.77	575
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	6.71	3.19	725
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	6.712	3.192	726
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	5.733	2.071	648
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	5.702	2.069	648
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	8.316	3.695	948
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	8.312	3.69	948
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_it	11.147	19.752	1230
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_other	11.099	19.206	1223
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr	3.352	3	2389

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 20

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	R_factor all	Num. reflection all	Fsc free	Fsc work	% reflection obs (%)	WR_factor R_work
1.5-1.539	0.325	72	0.32	1395	0.32	1467	0.913	0.931	100	0.317
1.539-1.581	0.311	91	0.279	1371	0.281	1462	0.932	0.954	100	0.268
1.581-1.627	0.274	73	0.261	1326	0.262	1399	0.941	0.957	100	0.253
1.627-1.677	0.26	69	0.242	1295	0.243	1364	0.953	0.96	100	0.228
1.677-1.732	0.241	62	0.217	1281	0.218	1343	0.963	0.969	100	0.198
1.732-1.792	0.236	68	0.18	1211	0.183	1279	0.954	0.978	100	0.157
1.792-1.86	0.214	57	0.174	1192	0.176	1249	0.963	0.98	100	0.149
1.86-1.936	0.211	63	0.144	1131	0.147	1195	0.966	0.988	99.9163	0.124
1.936-2.022	0.194	55	0.141	1099	0.144	1154	0.969	0.988	100	0.122
2.022-2.12	0.238	64	0.152	1041	0.157	1105	0.97	0.986	100	0.132
2.12-2.234	0.213	66	0.137	984	0.142	1051	0.976	0.988	99.9049	0.119
2.234-2.369	0.277	49	0.146	946	0.151	995	0.95	0.987	100	0.126
2.369-2.532	0.248	61	0.181	892	0.185	954	0.962	0.981	99.8952	0.163
2.532-2.735	0.266	34	0.203	852	0.206	886	0.941	0.973	100	0.185
2.735-2.994	0.267	28	0.185	780	0.188	808	0.948	0.976	100	0.174
2.994-3.346	0.197	33	0.189	713	0.189	746	0.973	0.976	100	0.186
3.346-3.859	0.229	47	0.189	623	0.192	672	0.973	0.977	99.7024	0.192
3.859-4.716	0.185	23	0.191	546	0.191	570	0.983	0.978	99.8246	0.204
4.716-6.628	0.258	16	0.227	443	0.228	459	0.942	0.972	100	0.25
6.628-42.004	0.292	11	0.246	273	0.247	284	0.974	0.957	100	0.274

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関連情報:EMDBヘッダ

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