PDB-8rrb: Galectin-3 with a small molecule inhibitor

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 8rrb

タイトル

Galectin-3 with a small molecule inhibitor

要素

Galectin-3

キーワード

SUGAR BINDING PROTEIN / Inhibitor

機能・相同性

機能・相同性情報

negative regulation of NK T cell activation / mononuclear cell migration / negative regulation of immunological synapse formation / disaccharide binding / negative regulation of T cell activation via T cell receptor contact with antigen bound to MHC molecule on antigen presenting cell / RUNX2 regulates genes involved in differentiation of myeloid cells / regulation of T cell apoptotic process / receptor ligand inhibitor activity / positive regulation of mononuclear cell migration / negative regulation of endocytosis ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.2 Å

データ登録者

Mac Sweeney, A. / Sager, C.

資金援助

1件

引用

ジャーナル: To Be Published
タイトル: Galectin-3 with a small molecule inhibitor
著者: Remen, L. / Zumbrunn, C. / Sager, C.P. / Grisostomi, C. / Mac Sweeney, A. / Gatfield, J. / Huehn, E. / Vercauteren, E. / Fournier, E. / Schmidt, G. / Davenport, R. / Iglarz, M. / Nayler, O. / Bolli, M.H.

履歴

登録	2024年1月22日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2025年1月29日	Provider: repository / タイプ: Initial release

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	8rrb.cif.gz	179.1 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb8rrb.ent.gz		表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	8rrb.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/rr/8rrb ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/rr/8rrb	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	8rr7C 8rr8C 8rr9C 8rraC 8rrcC 8rreC 8rrfC 8rrgC 8s67C C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#79 - 2006年7月アミロイドβ前駆体タンパク質 (Amyloid-beta Precursor Protein) 類似性 (1) #189 - 2015年9月アミロイド (Amyloids) 類似性 (1) #122 - 2010年2月エンハンセオソーム (Enhanceosome) 類似性 (1) #186 - 2015年6月終末糖化産物受容体 (Receptor for Advanced Glycation End Products) 類似性 (1) #266 - 2022年2月オリゴ糖転移酵素 (Oligosaccharyltransferase) 類似性 (1) #190 - 2015年10月 2つの要素で構成される検知・応答系 (Two-component Systems) 類似性 (1)

PDBのページ

PDBj /

wwPDB /

NCBI

「今月の分子」の関連する項目

#79 - 2006年7月
アミロイドβ前駆体タンパク質 (Amyloid-beta Precursor Protein)
類似性 (1)
#189 - 2015年9月
アミロイド (Amyloids)
類似性 (1)
#122 - 2010年2月
エンハンセオソーム (Enhanceosome)
類似性 (1)
#186 - 2015年6月
終末糖化産物受容体 (Receptor for Advanced Glycation End Products)
類似性 (1)
#266 - 2022年2月
オリゴ糖転移酵素 (Oligosaccharyltransferase)
類似性 (1)
#190 - 2015年10月
2つの要素で構成される検知・応答系 (Two-component Systems)
類似性 (1)

登録構造単位

A: Galectin-3

ヘテロ分子

16.9 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration

単位格子

Length a, b, c (Å)	36.490, 56.900, 61.070
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

#1: タンパク質	Galectin-3 / Gal-3 / 35 kDa lectin / Carbohydrate-binding protein 35 / CBP 35 / Galactose-specific lectin 3 / ...Gal-3 / 35 kDa lectin / Carbohydrate-binding protein 35 / CBP 35 / Galactose-specific lectin 3 / Galactoside-binding protein / GALBP / IgE-binding protein / L-31 / Laminin-binding protein / Lectin L-29 / Mac-2 antigen 分子量: 15701.049 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: LGALS3, MAC2 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P17931
#2: 化合物	ChemComp-A1H2P / ~{N}-~{tert}-butyl-4-[4-[[(2~{R},3~{R},4~{S},5~{R},6~{R})-6-(hydroxymethyl)-3-methoxy-5-oxidanyl-4-[4-[3,4,5-tris(fluoranyl)phenyl]-1,2,3-triazol-1-yl]oxan-2-yl]methyl]-1,2,3-triazol-1-yl]piperidine-1-carboxamide 分子量: 622.639 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂₈H₃₇F₃N₈O₅ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物	ChemComp-2PE / NONAETHYLENE GLYCOL / 3,6,9,12,15,18,21,24-オクタオキサヘキサコサン-1,26-ジオ-ル分子量: 414.488 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₈H₃₈O₁₀ / コメント: 沈殿剤*YM
#4: 化合物	ChemComp-SCN / THIOCYANATE ION / チオシアン酸アニオン分子量: 58.082 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: CNS
#5: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 157 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y
Has protein modification	N

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.02 Å³/Da / 溶媒含有率: 39.08 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: 2.1 M DL-Malic acid pH 7.0

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X06DA / 波長: 1 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS 2M / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年8月21日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1→41.63 Å / Num. obs: 68875 / % possible obs: 99.3 % / 冗長度: 5.95 % / CC_1/2: 0.999 / R_rim(I) all: 0.057 / Net I/σ(I): 14.49
反射シェル	解像度: 1→1.06 Å / Mean I/σ(I) obs: 1.25 / Num. unique obs: 10629 / CC_1/2: 0.532 / R_rim(I) all: 1.114 / % possible all: 96.1

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0419	精密化
autoPROC		データ削減
XSCALE		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 1.2→41.603 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.969 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.966 / SU B: 1.392 / SU ML: 0.028 / 交差検証法: FREE R-VALUE / ESU R: 0.046 / ESU R Free: 0.041 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.1771	2026	5.002 %
R_work	0.1611	38480	-
all	0.162	-	-
obs	-	40506	99.931 %

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT

原子変位パラメータ

B_iso mean: 10.347 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-0.753 Å²	-0 Å²	-0 Å²
2-	-	-1.447 Å²	0 Å²
3-	-	-	2.2 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.2→41.603 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	1107	0	62	157	1326

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.004	0.012	1298
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.016	1224
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.22	1.852	1777
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	0.449	1.761	2819
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	7.854	5	158
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	3.34	5	10
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	10.593	10	204
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_6_deg	14.738	10	63
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.061	0.2	183
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr_other	0.021	0.2	6
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.005	0.02	1575
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	313
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.206	0.2	167
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_other	0.199	0.2	1055
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.165	0.2	571
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbtor_other	0.082	0.2	635
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.128	0.2	91
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_refined	0.127	0.2	7
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.171	0.2	40
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_refined	0.11	0.2	17
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	1.335	0.999	607
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	1.323	0.996	605
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	2.083	1.792	772
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	2.084	1.793	773
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	1.849	1.148	691
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	1.843	1.148	690
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	2.885	2.046	1005
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	2.876	2.044	1004
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_it	8.12	13.172	1328
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_other	8.13	13.176	1329
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr	1.333	3	2522

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 20

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	R_factor all	Num. reflection all	Fsc free	Fsc work	% reflection obs (%)	WR_factor R_work
1.2-1.231	0.194	148	0.187	2810	0.188	2959	0.981	0.98	99.9662	0.159
1.231-1.265	0.208	144	0.181	2748	0.182	2893	0.975	0.981	99.9654	0.152
1.265-1.301	0.173	141	0.166	2667	0.166	2810	0.981	0.984	99.9288	0.139
1.301-1.341	0.157	134	0.16	2558	0.16	2693	0.984	0.986	99.9629	0.135
1.341-1.385	0.189	133	0.163	2513	0.165	2646	0.981	0.985	100	0.137
1.385-1.434	0.16	127	0.161	2412	0.161	2539	0.979	0.986	100	0.136
1.434-1.488	0.186	124	0.148	2356	0.149	2480	0.986	0.988	100	0.124
1.488-1.549	0.181	118	0.146	2258	0.147	2377	0.982	0.989	99.9579	0.127
1.549-1.618	0.162	115	0.147	2177	0.148	2292	0.983	0.988	100	0.128
1.618-1.696	0.189	110	0.145	2082	0.148	2192	0.98	0.988	100	0.129
1.696-1.788	0.141	105	0.147	1998	0.147	2104	0.987	0.987	99.9525	0.134
1.788-1.896	0.158	98	0.145	1871	0.146	1969	0.986	0.988	100	0.138
1.896-2.027	0.157	94	0.139	1791	0.14	1887	0.982	0.989	99.894	0.139
2.027-2.189	0.16	87	0.144	1644	0.145	1733	0.987	0.989	99.8846	0.148
2.189-2.397	0.173	80	0.148	1530	0.149	1610	0.981	0.986	100	0.157
2.397-2.679	0.183	74	0.174	1391	0.174	1468	0.98	0.982	99.7956	0.185
2.679-3.091	0.18	66	0.169	1251	0.169	1319	0.98	0.982	99.8484	0.189
3.091-3.781	0.195	56	0.17	1065	0.171	1122	0.978	0.982	99.9109	0.198
3.781-5.325	0.163	44	0.161	842	0.161	888	0.983	0.984	99.7748	0.194
5.325-41.603	0.246	27	0.248	505	0.248	540	0.977	0.954	98.5185	0.304

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関連情報:EMDBヘッダ

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