PDB-8rr9: Galectin-3 with a small molecule inhibitor

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 8rr9

タイトル

Galectin-3 with a small molecule inhibitor

要素

Galectin-3

キーワード

SUGAR BINDING PROTEIN / Inhibitor

機能・相同性

機能・相同性情報

negative regulation of NK T cell activation / negative regulation of immunological synapse formation / disaccharide binding / negative regulation of T cell activation via T cell receptor contact with antigen bound to MHC molecule on antigen presenting cell / RUNX2 regulates genes involved in differentiation of myeloid cells / regulation of T cell apoptotic process / mononuclear cell migration / receptor ligand inhibitor activity / positive regulation of mononuclear cell migration / negative regulation of endocytosis ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.25 Å

データ登録者

Mac Sweeney, A. / Sager, C.

資金援助

1件

引用

ジャーナル: To Be Published
タイトル: Galectin-3 with a small molecule inhibitor
著者: Remen, L. / Zumbrunn, C. / Sager, C.P. / Grisostomi, C. / Mac Sweeney, A. / Gatfield, J. / Huehn, E. / Vercauteren, E. / Fournier, E. / Schmidt, G. / Davenport, R. / Iglarz, M. / Nayler, O. / Bolli, M.H.

履歴

登録	2024年1月22日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2025年1月29日	Provider: repository / タイプ: Initial release

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	8rr9.cif.gz	168.6 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb8rr9.ent.gz		表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	8rr9.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	8rr9_validation.pdf.gz	666.6 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	8rr9_full_validation.pdf.gz	667.4 KB	表示
XML形式データ	8rr9_validation.xml.gz	10 KB	表示
CIF形式データ	8rr9_validation.cif.gz	13.1 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/rr/8rr9 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/rr/8rr9	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	8rr7C 8rr8C 8rraC 8rrbC 8rrcC 8rreC 8rrfC 8rrgC 8s67C C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#79 - 2006年7月アミロイドβ前駆体タンパク質 (Amyloid-beta Precursor Protein) 類似性 (1) #189 - 2015年9月アミロイド (Amyloids) 類似性 (1) #122 - 2010年2月エンハンセオソーム (Enhanceosome) 類似性 (1) #186 - 2015年6月終末糖化産物受容体 (Receptor for Advanced Glycation End Products) 類似性 (1) #266 - 2022年2月オリゴ糖転移酵素 (Oligosaccharyltransferase) 類似性 (1) #190 - 2015年10月 2つの要素で構成される検知・応答系 (Two-component Systems) 類似性 (1)

PDBのページ

PDBj /

wwPDB /

NCBI

「今月の分子」の関連する項目

#79 - 2006年7月
アミロイドβ前駆体タンパク質 (Amyloid-beta Precursor Protein)
類似性 (1)
#189 - 2015年9月
アミロイド (Amyloids)
類似性 (1)
#122 - 2010年2月
エンハンセオソーム (Enhanceosome)
類似性 (1)
#186 - 2015年6月
終末糖化産物受容体 (Receptor for Advanced Glycation End Products)
類似性 (1)
#266 - 2022年2月
オリゴ糖転移酵素 (Oligosaccharyltransferase)
類似性 (1)
#190 - 2015年10月
2つの要素で構成される検知・応答系 (Two-component Systems)
類似性 (1)

登録構造単位

A: Galectin-3

ヘテロ分子

16.3 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration

単位格子

Length a, b, c (Å)	34.470, 57.480, 62.250
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

#1: タンパク質	Galectin-3 / Gal-3 / 35 kDa lectin / Carbohydrate-binding protein 35 / CBP 35 / Galactose-specific lectin 3 / ...Gal-3 / 35 kDa lectin / Carbohydrate-binding protein 35 / CBP 35 / Galactose-specific lectin 3 / Galactoside-binding protein / GALBP / IgE-binding protein / L-31 / Laminin-binding protein / Lectin L-29 / Mac-2 antigen 分子量: 15701.049 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: LGALS3, MAC2 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P17931
#2: 化合物	ChemComp-A1H2R / (2~{R},3~{R},4~{S},5~{R},6~{R})-4-[4-[4-chloranyl-2,3-bis(fluoranyl)phenyl]-1,2,3-triazol-1-yl]-6-[[1-[(3~{S},4~{S})-4-fluoranyloxolan-3-yl]-1,2,3-triazol-4-yl]methyl]-2-(hydroxymethyl)-5-methoxy-oxan-3-ol 分子量: 544.911 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂₂H₂₄ClF₃N₆O₅ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物	ChemComp-SCN / THIOCYANATE ION / チオシアン酸アニオン分子量: 58.082 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: CNS
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 110 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y
Has protein modification	N

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 1.96 Å³/Da / 溶媒含有率: 37.37 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: 1.8 M Ammonium citrate pH 7.0

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X06DA / 波長: 1 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS 2M / 検出器: PIXEL / 日付: 2022年2月5日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.25→42.231 Å / Num. obs: 65811 / % possible obs: 99.5 % / 冗長度: 3.27 % / CC_1/2: 0.999 / R_rim(I) all: 1.78 / Net I/σ(I): 8.9
反射シェル	解像度: 1.25→1.33 Å / Mean I/σ(I) obs: 0.6 / Num. unique obs: 10647 / CC_1/2: 0.238 / R_rim(I) all: 0.066

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0419	精密化
autoPROC		データ削減
XSCALE		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 1.25→31.144 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.979 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.976 / SU B: 2.426 / SU ML: 0.043 / 交差検証法: FREE R-VALUE / ESU R: 0.048 / ESU R Free: 0.047 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.1881	1736	4.967 %
R_work	0.1567	33217	-
all	0.158	-	-
obs	-	34953	99.903 %

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT

原子変位パラメータ

B_iso mean: 18.194 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	2.017 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	-0.674 Å²	0 Å²
3-	-	-	-1.343 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.25→31.144 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	1106	0	40	110	1256

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.006	0.012	1203
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.016	1145
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.475	1.846	1640
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	0.528	1.762	2631
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	7.356	5	143
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	4.905	5	10
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	11.805	10	195
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_6_deg	14.095	10	57
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.067	0.2	175
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr_other	1.676	0.2	8
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.006	0.02	1425
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	289
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.198	0.2	160
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_other	0.194	0.2	1003
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.169	0.2	555
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbtor_other	0.081	0.2	618
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.127	0.2	65
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_refined	0.163	0.2	11
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.197	0.2	41
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_refined	0.118	0.2	10
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	3.555	1.729	567
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	3.534	1.727	566
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	5.198	3.111	711
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	5.198	3.113	712
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	5.026	2.032	636
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	5.02	2.03	636
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	7.534	3.616	929
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	7.529	3.613	929
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_it	11.737	20.829	1232
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_other	11.096	19.904	1213
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr	2.452	3	2348

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 20

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	R_factor all	Num. reflection all	Fsc free	Fsc work	% reflection obs (%)	WR_factor R_work
1.25-1.282	0.374	122	0.351	2426	0.352	2550	0.865	0.912	99.9216	0.347
1.282-1.317	0.338	119	0.314	2361	0.315	2480	0.917	0.928	100	0.305
1.317-1.356	0.292	98	0.286	2287	0.287	2385	0.934	0.947	100	0.272
1.356-1.397	0.331	96	0.267	2270	0.269	2366	0.928	0.952	100	0.247
1.397-1.443	0.268	117	0.234	2171	0.236	2288	0.932	0.963	100	0.208
1.443-1.493	0.268	123	0.193	2070	0.197	2194	0.956	0.976	99.9544	0.171
1.493-1.55	0.21	116	0.172	2017	0.174	2134	0.967	0.982	99.9531	0.146
1.55-1.613	0.189	120	0.138	1919	0.141	2040	0.974	0.99	99.951	0.117
1.613-1.684	0.172	93	0.139	1898	0.141	1991	0.984	0.988	100	0.117
1.684-1.766	0.18	101	0.144	1789	0.146	1890	0.974	0.987	100	0.123
1.766-1.862	0.173	84	0.121	1718	0.123	1803	0.982	0.991	99.9445	0.106
1.862-1.974	0.168	85	0.121	1620	0.123	1707	0.983	0.991	99.8828	0.108
1.974-2.11	0.15	89	0.115	1526	0.117	1617	0.985	0.992	99.8763	0.109
2.11-2.278	0.179	85	0.124	1425	0.126	1512	0.98	0.991	99.8677	0.122
2.278-2.494	0.184	89	0.132	1311	0.135	1400	0.981	0.989	100	0.134
2.494-2.786	0.214	44	0.158	1213	0.16	1258	0.977	0.985	99.9205	0.164
2.786-3.213	0.186	49	0.155	1087	0.156	1141	0.981	0.985	99.5618	0.17
3.213-3.924	0.174	60	0.139	907	0.141	973	0.98	0.987	99.3833	0.159
3.924-5.506	0.115	24	0.149	744	0.148	773	0.994	0.987	99.3532	0.174
5.506-31.144	0.231	22	0.206	458	0.207	480	0.967	0.973	100	0.267

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関連情報:EMDBヘッダ

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