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万見
- PDB-8rr3: Human mitochondrial RNase Z complex with ELAC2-D550N catalytic mu... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8rr3
タイトルHuman mitochondrial RNase Z complex with ELAC2-D550N catalytic mutant and tRNA-Gln precursor (Composite model)
要素
  • 3-hydroxyacyl-CoA dehydrogenase type-2
  • Human mitochondrial tRNA-Gln precursor with 3' trailer RNA
  • Zinc phosphodiesterase ELAC protein 2
  • tRNA methyltransferase 10 homolog C
キーワードRNA BINDING PROTEIN / tRNA processing / RNase Z / endonuclease / mitochondrial
機能・相同性
機能・相同性情報


tRNase Z / brexanolone metabolic process / isoursodeoxycholate 7-beta-dehydrogenase (NAD+) activity / ursodeoxycholate 7-beta-dehydrogenase (NAD+) activity / 3-hydroxy-2-methylbutyryl-CoA dehydrogenase / 3-hydroxy-2-methylbutyryl-CoA dehydrogenase activity / mitochondrial tRNA methylation / tRNA (adenine9-N1)-methyltransferase / mitochondrial RNA 5'-end processing / mitochondrial tRNA processing ...tRNase Z / brexanolone metabolic process / isoursodeoxycholate 7-beta-dehydrogenase (NAD+) activity / ursodeoxycholate 7-beta-dehydrogenase (NAD+) activity / 3-hydroxy-2-methylbutyryl-CoA dehydrogenase / 3-hydroxy-2-methylbutyryl-CoA dehydrogenase activity / mitochondrial tRNA methylation / tRNA (adenine9-N1)-methyltransferase / mitochondrial RNA 5'-end processing / mitochondrial tRNA processing / tRNA (adenine(9)-N1)-methyltransferase activity / tRNA (guanine9-N1)-methyltransferase / mitochondrial ribonuclease P complex / tRNA (guanosine(9)-N1)-methyltransferase activity / mitochondrial tRNA 5'-end processing / chenodeoxycholate 7-alpha-dehydrogenase (NAD+) activity / tRNA modification in the mitochondrion / rRNA processing in the mitochondrion / tRNA processing in the mitochondrion / mitochondrial tRNA 3'-end processing / 7alpha-hydroxysteroid dehydrogenase / 17-beta-hydroxysteroid dehydrogenase (NAD+) activity / cholate 7-alpha-dehydrogenase (NAD+) activity / C21-steroid hormone metabolic process / 3'-tRNA processing endoribonuclease activity / tRNA methyltransferase complex / tRNA 3'-end processing / 3-hydroxyacyl-CoA dehydrogenase / tRNA-specific ribonuclease activity / L-isoleucine catabolic process / 3alpha(17beta)-hydroxysteroid dehydrogenase (NAD+) / tRNA-derived small RNA (tsRNA or tRNA-related fragment, tRF) biogenesis / (3S)-3-hydroxyacyl-CoA dehydrogenase (NAD+) activity / tRNA decay / : / 3alpha(or 20beta)-hydroxysteroid dehydrogenase / androstan-3-alpha,17-beta-diol dehydrogenase (NAD+) activity / bile acid biosynthetic process / testosterone dehydrogenase (NAD+) activity / positive regulation of mitochondrial translation / 17beta-estradiol 17-dehydrogenase / estradiol 17-beta-dehydrogenase [NAD(P)+] activity / Branched-chain amino acid catabolism / tRNA processing in the nucleus / estrogen metabolic process / fatty acid beta-oxidation / androgen metabolic process / mitochondrial nucleoid / RNA endonuclease activity / Mitochondrial protein degradation / 転移酵素; 一炭素原子の基を移すもの; メチル基を移すもの / mitochondrion organization / fatty acid metabolic process / lipid metabolic process / mRNA processing / protein homotetramerization / tRNA binding / mitochondrial matrix / mitochondrion / RNA binding / nucleoplasm / metal ion binding / identical protein binding / nucleus / plasma membrane / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
tRNase Z endonuclease / : / tRNase Z endonuclease / tRNA methyltransferase 10 homologue C / tRNA (guanine-N1-)-methyltransferase, eukaryotic / tRNA methyltransferase TRM10-type domain / tRNA methyltransferase TRM10-type domain superfamily / SAM-dependent methyltransferase TRM10-type domain profile. / Beta-lactamase superfamily domain / tRNA methyltransferase TRMD/TRM10-type domain ...tRNase Z endonuclease / : / tRNase Z endonuclease / tRNA methyltransferase 10 homologue C / tRNA (guanine-N1-)-methyltransferase, eukaryotic / tRNA methyltransferase TRM10-type domain / tRNA methyltransferase TRM10-type domain superfamily / SAM-dependent methyltransferase TRM10-type domain profile. / Beta-lactamase superfamily domain / tRNA methyltransferase TRMD/TRM10-type domain / tRNA (Guanine-1)-methyltransferase TrmD / short chain dehydrogenase / Short-chain dehydrogenase/reductase, conserved site / Short-chain dehydrogenases/reductases family signature. / Metallo-beta-lactamase / Ribonuclease Z/Hydroxyacylglutathione hydrolase-like / Short-chain dehydrogenase/reductase SDR / NAD(P)-binding domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
S-ADENOSYL-L-HOMOCYSTEINE / RNA / RNA (> 10) / tRNA methyltransferase 10 homolog C / 3-hydroxyacyl-CoA dehydrogenase type-2 / Zinc phosphodiesterase ELAC protein 2
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.4 Å
データ登録者Bhatta, A. / Yu, R.D. / Kuhle, B. / Hillen, H.S.
資金援助 ドイツ, European Union, 5件
組織認可番号国
German Research Foundation (DFG)SFB1190 ドイツ
German Research Foundation (DFG)FOR2848 ドイツ
German Research Foundation (DFG)SFB1565 ドイツ
German Research Foundation (DFG)EXC 2067/1 390729940 ドイツ
European Research Council (ERC)101116869European Union
引用ジャーナル: Nat Struct Mol Biol / 年: 2025
タイトル: Molecular basis of human nuclear and mitochondrial tRNA 3' processing.
著者: Arjun Bhatta / Bernhard Kuhle / Ryan D Yu / Lucas Spanaus / Katja Ditter / Katherine E Bohnsack / Hauke S Hillen /
要旨: Eukaryotic transfer RNA (tRNA) precursors undergo sequential processing steps to become mature tRNAs. In humans, ELAC2 carries out 3' end processing of both nucleus-encoded (nu-tRNAs) and ...Eukaryotic transfer RNA (tRNA) precursors undergo sequential processing steps to become mature tRNAs. In humans, ELAC2 carries out 3' end processing of both nucleus-encoded (nu-tRNAs) and mitochondria-encoded (mt-tRNAs) tRNAs. ELAC2 is self-sufficient for processing of nu-tRNAs but requires TRMT10C and SDR5C1 to process most mt-tRNAs. Here we show that TRMT10C and SDR5C1 specifically facilitate processing of structurally degenerate mt-tRNAs lacking the canonical elbow. Structures of ELAC2 in complex with TRMT10C, SDR5C1 and two divergent mt-tRNA substrates reveal two distinct mechanisms of pre-tRNA recognition. While canonical nu-tRNAs and mt-tRNAs are recognized by direct ELAC2-RNA interactions, processing of noncanonical mt-tRNAs depends on protein-protein interactions between ELAC2 and TRMT10C. These results provide the molecular basis for tRNA 3' processing in both the nucleus and the mitochondria and explain the organelle-specific requirement for additional factors. Moreover, they suggest that TRMT10C-SDR5C1 evolved as a mitochondrial tRNA maturation platform to compensate for the structural erosion of mt-tRNAs in bilaterian animals.
履歴
登録2024年1月22日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02025年1月8日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12025年1月15日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / citation_author / em_admin
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _em_admin.last_update
改定 1.22025年1月22日Group: Data collection / カテゴリ: em_admin / Item: _em_admin.last_update
改定 1.32025年4月23日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / em_admin
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _em_admin.last_update

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: 3-hydroxyacyl-CoA dehydrogenase type-2
B: 3-hydroxyacyl-CoA dehydrogenase type-2
C: 3-hydroxyacyl-CoA dehydrogenase type-2
D: 3-hydroxyacyl-CoA dehydrogenase type-2
E: Zinc phosphodiesterase ELAC protein 2
F: tRNA methyltransferase 10 homolog C
T: Human mitochondrial tRNA-Gln precursor with 3' trailer RNA
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)265,69610
ポリマ－265,1817
非ポリマー5153
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: 電子顕微鏡法, not applicable
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551

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要素

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タンパク質 , 3種, 6分子 ABCDEF

#1: タンパク質
3-hydroxyacyl-CoA dehydrogenase type-2 / 17-beta-estradiol 17-dehydrogenase / 2-methyl-3-hydroxybutyryl-CoA dehydrogenase / MHBD / 3-alpha- ...17-beta-estradiol 17-dehydrogenase / 2-methyl-3-hydroxybutyryl-CoA dehydrogenase / MHBD / 3-alpha-(17-beta)-hydroxysteroid dehydrogenase (NAD(+)) / 3-hydroxy-2-methylbutyryl-CoA dehydrogenase / 3-hydroxyacyl-CoA dehydrogenase type II / 3alpha(or 20beta)-hydroxysteroid dehydrogenase / 7-alpha-hydroxysteroid dehydrogenase / Endoplasmic reticulum-associated amyloid beta-peptide-binding protein / Mitochondrial ribonuclease P protein 2 / Mitochondrial RNase P protein 2 / Short chain dehydrogenase/reductase family 5C member 1 / Short-chain type dehydrogenase/reductase XH98G2 / Type II HADH


分子量: 26947.021 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト)
遺伝子: HSD17B10, ERAB, HADH2, MRPP2, SCHAD, SDR5C1, XH98G2
発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌)
参照: UniProt: Q99714, 3-hydroxyacyl-CoA dehydrogenase, 17beta-estradiol 17-dehydrogenase, 3alpha(17beta)-hydroxysteroid dehydrogenase (NAD+), 3-hydroxy-2-methylbutyryl-CoA dehydrogenase, 3alpha(or ...参照: UniProt: Q99714, 3-hydroxyacyl-CoA dehydrogenase, 17beta-estradiol 17-dehydrogenase, 3alpha(17beta)-hydroxysteroid dehydrogenase (NAD+), 3-hydroxy-2-methylbutyryl-CoA dehydrogenase, 3alpha(or 20beta)-hydroxysteroid dehydrogenase, 7alpha-hydroxysteroid dehydrogenase
#2: タンパク質 Zinc phosphodiesterase ELAC protein 2 / ElaC homolog protein 2 / Heredity prostate cancer protein 2 / Ribonuclease Z 2 / RNase Z 2 / tRNA 3 ...ElaC homolog protein 2 / Heredity prostate cancer protein 2 / Ribonuclease Z 2 / RNase Z 2 / tRNA 3 endonuclease 2 / tRNase Z 2


分子量: 89169.336 Da / 分子数: 1 / Mutation: D550N / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: ELAC2, HPC2 / 細胞株 (発現宿主): Hi-FIVE (BTI-TN-5B1-4) / 発現宿主: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ) / 参照: UniProt: Q9BQ52, tRNase Z
#3: タンパク質 tRNA methyltransferase 10 homolog C / HBV pre-S2 trans-regulated protein 2 / Mitochondrial ribonuclease P protein 1 / Mitochondrial RNase ...HBV pre-S2 trans-regulated protein 2 / Mitochondrial ribonuclease P protein 1 / Mitochondrial RNase P protein 1 / RNA (guanine-9-)-methyltransferase domain-containing protein 1 / Renal carcinoma antigen NY-REN-49 / mRNA methyladenosine-N(1)-methyltransferase / tRNA (adenine(9)-N(1))-methyltransferase / tRNA (guanine(9)-N(1))-methyltransferase


分子量: 37165.094 Da / 分子数: 1 / Mutation: Deletion of first 91 residues / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: TRMT10C, MRPP1, RG9MTD1 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌)
参照: UniProt: Q7L0Y3, 転移酵素; 一炭素原子の基を移すもの; メチル基を移すもの, tRNA (adenine9-N1)-methyltransferase, tRNA (guanine9-N1)-methyltransferase

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RNA鎖 , 1種, 1分子 T

#4: RNA鎖 Human mitochondrial tRNA-Gln precursor with 3' trailer RNA


分子量: 31058.283 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Homo sapiens (ヒト)

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非ポリマー , 2種, 3分子

#5: 化合物 ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#6: 化合物 ChemComp-SAH / S-ADENOSYL-L-HOMOCYSTEINE


分子量: 384.411 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C14H20N6O5S / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかY
Has protein modificationN

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実験情報

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実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

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試料調製

構成要素名称: Human mitochondrial RNase Z complex with tRNA-Gln precursor
タイプ: COMPLEX / Entity ID: #1-#4 / 由来: RECOMBINANT
分子量
IDEntity assembly-ID実験値
11NO
21NO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
由来(組換発現)生物種: Escherichia coli (大腸菌) / 株: BL21(DE3)
緩衝液pH: 7.5
緩衝液成分
ID濃度名称式Buffer-ID
125 mMHEPES sodium saltC8H18N2O4SNa1
220 mMsodium chlorideNaCl1
320 uMZinc chlorideZnCl21
42 mMDithiothreitolC4H10O2S21
試料包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
試料支持グリッドの材料: COPPER / グリッドのサイズ: 200 divisions/in. / グリッドのタイプ: Quantifoil R2/1
急速凍結装置: FEI VITROBOT MARK IV / 凍結剤: ETHANE / 湿度: 95 % / 凍結前の試料温度: 277 K

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電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: FEI TITAN KRIOS
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズモード: BRIGHT FIELD / 倍率（公称値）: 105000 X / 最大 デフォーカス（公称値）: 2500 nm / 最小 デフォーカス（公称値）: 500 nm
撮影電子線照射量: 40 e/Å2 / フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k)
画像スキャン横: 5760 / 縦: 4092

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解析

EMソフトウェア
ID名称バージョンカテゴリ
1Warp1.09粒子像選択
2SerialEM画像取得
3DigitalMicrograph画像取得
5Warp1.09CTF補正
8UCSF ChimeraX1.6.1モデルフィッティング
9Coot0.9.8.92 ELモデルフィッティング
11ISOLDEモデル精密化
12PHENIX1.20.1-4487モデル精密化
13cryoSPARC初期オイラー角割当
14cryoSPARC最終オイラー角割当
16cryoSPARC３次元再構成
CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
粒子像の選択選択した粒子像数: 12168828 / 詳細: Particles picked by neural net based picker in Warp
3次元再構成解像度: 3.4 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 75812 / アルゴリズム: FOURIER SPACE / 対称性のタイプ: POINT
原子モデル構築空間: REAL
原子モデル構築

3D fitting-ID: 1

IDPDB-IDAccession codeInitial refinement model-IDSource nameタイプChain-ID
17ONU

7onu

7ONU1PDBexperimental model
2Q9BQ522AlphaFoldin silico modelE

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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