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- PDB-8rqc: Crystal structure of CRBN-midi in complex with mezigdomide and IK... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8rqc
タイトルCrystal structure of CRBN-midi in complex with mezigdomide and IKZF1 ZF2
要素
  • DNA-binding protein Ikaros
  • Protein cereblon
キーワードLIGASE / E3 ligase / PROTAC / TPD / molecular glue / targeted protein degradation
機能・相同性
機能・相同性情報


negative regulation of monoatomic ion transmembrane transport / lymphocyte differentiation / NOTCH3 Intracellular Domain Regulates Transcription / Cul4A-RING E3 ubiquitin ligase complex / mesoderm development / locomotory exploration behavior / pericentric heterochromatin / positive regulation of Wnt signaling pathway / negative regulation of protein-containing complex assembly / erythrocyte differentiation ...negative regulation of monoatomic ion transmembrane transport / lymphocyte differentiation / NOTCH3 Intracellular Domain Regulates Transcription / Cul4A-RING E3 ubiquitin ligase complex / mesoderm development / locomotory exploration behavior / pericentric heterochromatin / positive regulation of Wnt signaling pathway / negative regulation of protein-containing complex assembly / erythrocyte differentiation / positive regulation of protein-containing complex assembly / chromatin organization / proteasome-mediated ubiquitin-dependent protein catabolic process / Potential therapeutics for SARS / transmembrane transporter binding / protein ubiquitination / RNA polymerase II cis-regulatory region sequence-specific DNA binding / DNA-binding transcription factor activity / protein domain specific binding / negative regulation of DNA-templated transcription / regulation of transcription by RNA polymerase II / perinuclear region of cytoplasm / protein-containing complex / DNA binding / zinc ion binding / nucleoplasm / metal ion binding / identical protein binding / nucleus / membrane / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
: / Yippee/Mis18/Cereblon / Yippee zinc-binding/DNA-binding /Mis18, centromere assembly / CULT domain / CULT domain profile. / Lon N-terminal domain profile. / Lon protease, N-terminal domain / Lon protease, N-terminal domain superfamily / ATP-dependent protease La (LON) substrate-binding domain / Found in ATP-dependent protease La (LON) ...: / Yippee/Mis18/Cereblon / Yippee zinc-binding/DNA-binding /Mis18, centromere assembly / CULT domain / CULT domain profile. / Lon N-terminal domain profile. / Lon protease, N-terminal domain / Lon protease, N-terminal domain superfamily / ATP-dependent protease La (LON) substrate-binding domain / Found in ATP-dependent protease La (LON) / PUA-like superfamily / Zinc finger, C2H2 type / zinc finger / Zinc finger C2H2 type domain profile. / Zinc finger C2H2 superfamily / Zinc finger C2H2 type domain signature. / Zinc finger C2H2-type
類似検索 - ドメイン・相同性
Mezigdomide / DNA-binding protein Ikaros / Protein cereblon
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.15 Å
データ登録者Furihata, H. / Kroupova, A. / Zollman, D. / Ciulli, A.
資金援助1件
組織認可番号国
Other private
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2024
タイトル: Design of a Cereblon construct for crystallographic and biophysical studies of protein degraders.
著者: Kroupova, A. / Spiteri, V.A. / Rutter, Z.J. / Furihata, H. / Darren, D. / Ramachandran, S. / Chakraborti, S. / Haubrich, K. / Pethe, J. / Gonzales, D. / Wijaya, A.J. / Rodriguez-Rios, M. / ...著者: Kroupova, A. / Spiteri, V.A. / Rutter, Z.J. / Furihata, H. / Darren, D. / Ramachandran, S. / Chakraborti, S. / Haubrich, K. / Pethe, J. / Gonzales, D. / Wijaya, A.J. / Rodriguez-Rios, M. / Sturbaut, M. / Lynch, D.M. / Farnaby, W. / Nakasone, M.A. / Zollman, D. / Ciulli, A.
履歴
登録2024年1月17日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02024年9月25日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年10月30日Group: Database references / Structure summary
カテゴリ: citation / citation_author / pdbx_entry_details
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _pdbx_entry_details.has_protein_modification

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Protein cereblon
B: DNA-binding protein Ikaros
D: Protein cereblon
E: DNA-binding protein Ikaros
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)84,39410
ポリマ－82,9974
非ポリマー1,3976
水3,225179
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: surface plasmon resonance
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)53.585, 142.842, 56.693
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 112.341, 90.000
Int Tables number4
Space group name H-MP1211
Space group name HallP2yb
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: -x,y+1/2,-z
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
d_1ens_1(chain "A" and (resid 64 through 70 or (resid 71...
d_2ens_1(chain "D" and (resid 64 through 67 or (resid 70...
d_1ens_2(chain "B" and (resid 144 through 155 or (resid 156...
d_2ens_2(chain "E" and (resid 144 through 164 or (resid 165...
d_1ens_3chain "C"
d_2ens_3chain "F"

NCSドメイン領域:
Dom-IDComponent-IDEns-IDBeg auth comp-IDBeg label comp-IDEnd auth comp-IDEnd label comp-IDAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
d_11ens_1METMETVALVALAA64 - 12825 - 89
d_12ens_1GLUGLULYSLYSAA132 - 31793 - 220
d_13ens_1THRTHRTHRTHRAA319 - 425222 - 328
d_21ens_1METMETPHEPHEDC64 - 6725 - 28
d_22ens_1ARGARGVALVALDC70 - 12831 - 89
d_23ens_1GLUGLULYSLYSDC132 - 31793 - 220
d_24ens_1THRTHRTHRTHRDC319 - 425222 - 328
d_11ens_2PROPROGLUGLUBB144 - 1706 - 32
d_21ens_2PROPROGLUGLUED144 - 1706 - 32
d_11ens_3QFCQFCQFCQFCAF602
d_21ens_3QFCQFCQFCQFCDI602

NCSアンサンブル:
ID
ens_1
ens_2
ens_3

NCS oper:
IDCodeMatrixベクター
1given(0.999938374876, 0.0074499040083, 0.0082307581618), (-0.00870572470389, 0.0661441204367, 0.997772101078), (0.00688889011604, -0.997782267963, 0.0662049011105)4.05952435032, 27.1920133249, 10.0610537214
2given(0.996011917047, -0.0886125562329, -0.0103959596902), (0.0113944885167, 0.010770082646, 0.999877077921), (-0.0884896984482, -0.996007941835, 0.0117368254175)2.39352961466, 26.6777646986, 9.28221081231
3given(0.996651582245, -0.0706976093748, 0.0410788465999), (-0.0374941749046, 0.0513057497306, 0.997978911046), (-0.0726623042403, -0.9961774782, 0.048483208116)3.00178193825, 26.9990169492, 10.1637717186

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要素

#1: タンパク質 Protein cereblon


分子量: 37478.805 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: CRBN, AD-006 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q96SW2
#2: タンパク質・ペプチド DNA-binding protein Ikaros / Ikaros family zinc finger protein 1 / Lymphoid transcription factor LyF-1


分子量: 4019.614 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: IKZF1, IK1, IKAROS, LYF1, ZNFN1A1 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q13422
#3: 化合物
ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#4: 化合物 ChemComp-QFC / Mezigdomide


分子量: 567.610 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C32H30FN5O4 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 179 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY
Has protein modificationN

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.48 Å3/Da / 溶媒含有率: 50.36 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法
詳細: 0.2 M ammonium sulphate, 25% (w/v) PEG 3350, and 0.1 M HEPES pH 7.5

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I24 / 波長: 0.957 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 9M / 検出器: PIXEL / 日付: 2023年9月23日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.957 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.15→52.44 Å / Num. obs: 42776 / % possible obs: 97.56 % / 冗長度: 7.1 % / Biso Wilson estimate: 50.06 Å2 / CC1/2: 0.996 / CC star: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.2004 / Rpim(I) all: 0.08074 / Rrim(I) all: 0.2162 / Net I/σ(I): 6.12
反射 シェル解像度: 2.15→2.227 Å / 冗長度: 7.2 % / Rmerge(I) obs: 3.696 / Mean I/σ(I) obs: 0.32 / Num. unique obs: 4266 / CC1/2: 0.343 / CC star: 0.715 / Rpim(I) all: 1.477 / Rrim(I) all: 3.984 / % possible all: 80.1

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.19.2_4158精密化
xia2データスケーリング
PHASER位相決定
Cootモデル構築
xia2データ削減
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.15→52.44 Å / SU ML: 0.4658 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.33 / 位相誤差: 40.4494
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2859 1974 4.73 %
Rwork0.2607 39801 -
obs0.2619 41775 97.45 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 62.45 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.15→52.44 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数5033 0 88 179 5300
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.01035237
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.46127135
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0881805
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0073919
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d17.03351849
Refine LS restraints NCS
Ens-IDDom-IDAsym-IDAuth asym-IDRefine-IDタイプRms dev position (Å)
ens_1d_2AAX-RAY DIFFRACTIONTorsion NCS1.30461395183
ens_2d_2BBX-RAY DIFFRACTIONTorsion NCS1.55217381539
ens_3d_2FAX-RAY DIFFRACTIONTorsion NCS1.14823804695
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.15-2.20.4419920.48042069X-RAY DIFFRACTION71.2
2.2-2.260.47211410.46232874X-RAY DIFFRACTION97.67
2.26-2.330.43191440.44362845X-RAY DIFFRACTION98.78
2.33-2.40.44021410.41422885X-RAY DIFFRACTION99.47
2.4-2.490.36421700.37932860X-RAY DIFFRACTION99.57
2.49-2.590.41011560.34462920X-RAY DIFFRACTION99.45
2.59-2.710.35031300.32152910X-RAY DIFFRACTION99.48
2.71-2.850.32521360.28892899X-RAY DIFFRACTION99.57
2.85-3.030.32841360.28572912X-RAY DIFFRACTION99.74
3.03-3.260.29681380.27072911X-RAY DIFFRACTION99.74
3.26-3.590.27651290.24432934X-RAY DIFFRACTION99.74
3.59-4.110.2741560.21442915X-RAY DIFFRACTION100
4.11-5.180.20961650.19642907X-RAY DIFFRACTION99.93
5.18-52.440.24911400.23022960X-RAY DIFFRACTION99.68

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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