PDB-8rpp: Crystal structure of the JIP1-JIP2-SH3 heterodimer and the JIP2-J...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 8rpp

タイトル

Crystal structure of the JIP1-JIP2-SH3 heterodimer and the JIP2-JIP2-SH3 homodimer

要素

C-Jun-amino-terminal kinase-interacting protein 1
C-Jun-amino-terminal kinase-interacting protein 2

キーワード

SIGNALING PROTEIN / Regulation of JNK cascade

機能・相同性

機能・相同性情報

nonassociative learning / dentate gyrus mossy fiber / regulation of CD8-positive, alpha-beta T cell proliferation / positive regulation of stress-activated MAPK cascade / negative regulation of JUN kinase activity / MAP-kinase scaffold activity / regulation of AMPA receptor activity / JUN kinase binding / signal complex assembly / regulation of signaling receptor activity ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.867 Å

データ登録者

Palencia, A. / Marino-Perez, L. / Ielasi, F.I. / Jensen, M.R.

資金援助

フランス, 5件

組織	認可番号	国
Agence Nationale de la Recherche (ANR)	ScaffoldDisorder	フランス
Agence Nationale de la Recherche (ANR)	Impulscience	フランス
Agence Nationale de la Recherche (ANR)	ANR-17-EURE-0003	フランス
Agence Nationale de la Recherche (ANR)	ANR-10-INBS-0005-02	フランス
Fondation pour la Recherche Medicale (FRM)	SPF201909009258	フランス

引用

ジャーナル: Structure / 年: 2024
タイトル: Structural basis of homodimerization of the JNK scaffold protein JIP2 and its heterodimerization with JIP1.
著者: Marino Perez, L. / Ielasi, F.S. / Lee, A. / Delaforge, E. / Juyoux, P. / Tengo, M. / Davis, R.J. / Palencia, A. / Jensen, M.R.

履歴

登録	2024年1月16日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2024年7月10日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2024年7月31日	Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	8rpp.cif.gz	70.5 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb8rpp.ent.gz	50.7 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	8rpp.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	8rpp_validation.pdf.gz	433.8 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	8rpp_full_validation.pdf.gz	434.6 KB	表示
XML形式データ	8rpp_validation.xml.gz	12.5 KB	表示
CIF形式データ	8rpp_validation.cif.gz	17.8 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/rp/8rpp ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/rp/8rpp	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	7nyk
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#88 - 2007年4月クラスリン (Clathrin) 類似性 (4)

登録構造単位

A: C-Jun-amino-terminal kinase-interacting protein 2

B: C-Jun-amino-terminal kinase-interacting protein 2

C: C-Jun-amino-terminal kinase-interacting protein 2

D: C-Jun-amino-terminal kinase-interacting protein 1

29.5 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: C-Jun-amino-terminal kinase-interacting protein 2

D: C-Jun-amino-terminal kinase-interacting protein 1

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration, NMR relaxation study, assay for oligomerization
14.7 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

B: C-Jun-amino-terminal kinase-interacting protein 2

C: C-Jun-amino-terminal kinase-interacting protein 2

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: NMR relaxation study, gel filtration
14.8 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	68.470, 68.470, 177.259
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number	146
Space group name H-M	H3

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	A-745- HOH
2	1	B-756- HOH
3	1	B-757- HOH
4	1	D-637- HOH

#1: タンパク質	C-Jun-amino-terminal kinase-interacting protein 2 / JIP-2 / JNK-interacting protein 2 / Islet-brain-2 / IB-2 / JNK MAP kinase scaffold protein 2 / ...JIP-2 / JNK-interacting protein 2 / Islet-brain-2 / IB-2 / JNK MAP kinase scaffold protein 2 / Mitogen-activated protein kinase 8-interacting protein 2 分子量: 7413.202 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: GRR is part of the purification tag / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: MAPK8IP2, IB2, JIP2, PRKM8IPL / 発現宿主: Escherichia coli BL21 (大腸菌) / 参照: UniProt: Q13387
#2: タンパク質	C-Jun-amino-terminal kinase-interacting protein 1 / JIP-1 / JNK-interacting protein 1 / Islet-brain 1 / IB-1 / JNK MAP kinase scaffold protein 1 / ...JIP-1 / JNK-interacting protein 1 / Islet-brain 1 / IB-1 / JNK MAP kinase scaffold protein 1 / Mitogen-activated protein kinase 8-interacting protein 1 分子量: 7296.083 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: GHM is part of the purification tag / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: MAPK8IP1, IB1, JIP1, PRKM8IP / 発現宿主: Escherichia coli BL21 (大腸菌) / 参照: UniProt: Q9UQF2
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 182 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.8 Å³/Da / 溶媒含有率: 50 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7 / 詳細: Malonate 1.5 M

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID30B / 波長: 0.96546 Å
検出器	タイプ: DECTRIS EIGER X 9M / 検出器: PIXEL / 日付: 2021年4月29日
放射	モノクロメーター: Silicon crystal / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.96546 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.867→59.086 Å / Num. obs: 25670 / % possible obs: 99.6 % / 冗長度: 3.5 % / CC_1/2: 0.996 / R_merge(I) obs: 0.075 / R_pim(I) all: 0.062 / R_rim(I) all: 0.098 / Net I/σ(I): 10.8
反射シェル	解像度: 1.867→1.899 Å / 冗長度: 3.6 % / R_merge(I) obs: 0.55 / Mean I/σ(I) obs: 2.7 / Num. unique obs: 1340 / CC_1/2: 0.76 / R_pim(I) all: 0.332 / R_rim(I) all: 0.644 / % possible all: 100

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0352	精密化
AutoProcess	1.1.7	データ削減
STARANISO	2.3.73	データスケーリング
PHASER	2.8.3	位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 1.867→59.086 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.972 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.957 / SU B: 2.733 / SU ML: 0.08 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.108 / ESU R Free: 0.112 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.1936	1283	4.999 %
R_work	0.1482	24380	-
all	0.15	-	-
obs	-	25663	99.577 %

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT

原子変位パラメータ

B_iso mean: 23.922 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	0.255 Å²	0.128 Å²	-0 Å²
2-	-	0.255 Å²	0 Å²
3-	-	-	-0.828 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.867→59.086 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	2038	0	0	182	2220

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.009	0.012	2141
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.016	1819
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.538	1.651	2915
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	0.525	1.553	4226
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	7.896	5	249
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	13.022	10	27
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	13.729	10	312
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_6_deg	14.801	10	137
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.066	0.2	286
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.009	0.02	2575
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	509
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.222	0.2	367
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_other	0.206	0.2	1847
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.192	0.2	1020
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbtor_other	0.091	0.2	1130
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.146	0.2	149
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_refined	0.345	0.2	19
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.164	0.2	76
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_refined	0.127	0.2	28
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	2.096	2.382	984
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	2.096	2.382	984
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	3.071	3.549	1228
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	3.07	3.552	1229
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	3.478	2.763	1157
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	3.476	2.764	1158
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	5.392	4.006	1684
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	5.39	4.007	1685
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_it	6.931	37.128	2395
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_other	6.905	36.144	2370

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 20

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	R_factor all	Num. reflection all	Fsc free	Fsc work	% reflection obs (%)	WR_factor R_work
1.867-1.916	0.304	93	0.211	1830	0.215	1928	0.944	0.969	99.7407	0.2
1.916-1.968	0.206	76	0.195	1784	0.196	1865	0.973	0.976	99.7319	0.184
1.968-2.025	0.246	78	0.185	1705	0.188	1784	0.967	0.978	99.9439	0.172
2.025-2.087	0.255	57	0.169	1699	0.172	1765	0.962	0.982	99.4901	0.158
2.087-2.156	0.213	100	0.165	1608	0.168	1715	0.97	0.983	99.5918	0.15
2.156-2.231	0.177	126	0.154	1484	0.156	1617	0.98	0.983	99.5671	0.141
2.231-2.315	0.212	94	0.149	1484	0.153	1583	0.974	0.986	99.6841	0.137
2.315-2.41	0.213	69	0.165	1456	0.167	1531	0.974	0.984	99.6081	0.151
2.41-2.517	0.229	88	0.159	1357	0.163	1455	0.971	0.985	99.3127	0.146
2.517-2.639	0.236	49	0.154	1360	0.157	1415	0.963	0.985	99.576	0.145
2.639-2.782	0.226	63	0.149	1236	0.153	1303	0.972	0.986	99.693	0.143
2.782-2.95	0.195	81	0.15	1189	0.153	1274	0.978	0.986	99.686	0.147
2.95-3.153	0.204	65	0.148	1108	0.151	1177	0.975	0.987	99.6601	0.148
3.153-3.405	0.207	49	0.139	1064	0.141	1114	0.978	0.989	99.9102	0.142
3.405-3.729	0.147	42	0.127	963	0.128	1008	0.991	0.991	99.7024	0.138
3.729-4.167	0.136	28	0.112	875	0.113	913	0.992	0.993	98.9047	0.129
4.167-4.807	0.141	53	0.101	747	0.103	809	0.989	0.994	98.8875	0.12
4.807-5.878	0.198	26	0.142	656	0.144	688	0.981	0.99	99.1279	0.163
5.878-8.272	0.18	35	0.171	487	0.171	528	0.979	0.983	98.8636	0.196
8.272-59.086	0.155	11	0.196	288	0.194	300	0.982	0.979	99.6667	0.258

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関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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