PDB-8rpl: AMP-forming acetyl-CoA synthetase from Chloroflexota bacterium wi...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 8rpl

タイトル

AMP-forming acetyl-CoA synthetase from Chloroflexota bacterium with bound acetyl AMP

要素

Acetate--CoA ligase

キーワード

LIGASE / Acetate / Acetyl-AMP / CoA / phospho histidine / AcsA

機能・相同性

機能・相同性情報

acetate-CoA ligase / acetate-CoA ligase activity / acetyl-CoA biosynthetic process from acetate / AMP binding / ATP binding
類似検索 - 分子機能

生物種

Chloroflexota bacterium (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.37 Å

データ登録者

Striska, K. / Palm, G.J. / Lammers, M.

資金援助

1件

引用

ジャーナル: Nat Commun / 年: 2024
タイトル: Acetyl-CoA synthetase activity is enzymatically regulated by lysine acetylation using acetyl-CoA or acetyl-phosphate as donor molecule.
著者: Qin, C. / Graf, L.G. / Striska, K. / Janetzky, M. / Geist, N. / Specht, R. / Schulze, S. / Palm, G.J. / Girbardt, B. / Dorre, B. / Berndt, L. / Kemnitz, S. / Doerr, M. / Bornscheuer, U.T. / ...

履歴

登録	2024年1月16日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2024年6月19日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2024年7月31日	Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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PDB形式	pdb8rpl.ent.gz	1.6 MB	表示	PDB形式
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その他	その他のダウンロード

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検証レポート

文書・要旨	8rpl_validation.pdf.gz	1.8 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	8rpl_full_validation.pdf.gz	1.8 MB	表示
XML形式データ	8rpl_validation.xml.gz	85.5 KB	表示
CIF形式データ	8rpl_validation.cif.gz	116.8 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/rp/8rpl ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/rp/8rpl	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	8rpkC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#78 - 2006年6月ルシフェラーゼ (Luciferase) 類似性 (6)

登録構造単位

A: Acetate--CoA ligase

B: Acetate--CoA ligase

C: Acetate--CoA ligase

D: Acetate--CoA ligase

ヘテロ分子

299 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Acetate--CoA ligase

ヘテロ分子

A: Acetate--CoA ligase

ヘテロ分子

A: Acetate--CoA ligase

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
根拠: not clasified as stable by PISA server
224 kDa, 3 ポリマー
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2

B: Acetate--CoA ligase

C: Acetate--CoA ligase

D: Acetate--CoA ligase

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
根拠: not clasified as stable by PISA server
224 kDa, 3 ポリマー
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単位格子

Length a, b, c (Å)	161.909, 161.909, 817.234
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number	155
Space group name H-M	H32

-
タンパク質 , 1種, 4分子 ABCD

#1: タンパク質	Acetate--CoA ligase 分子量: 74116.516 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Chloroflexota bacterium (バクテリア) 遺伝子: acs, E6J36_13485 / 詳細 (発現宿主): pET45(+) / 発現宿主: Escherichia coli BL21 (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A535FEC2, acetate-CoA ligase

-
非ポリマー , 5種, 193分子

#2: 化合物	ChemComp-6R9 / [[(2~{R},3~{S},4~{R},5~{R})-5-(6-aminopurin-9-yl)-3,4-bis(oxidanyl)oxolan-2-yl]methoxy-oxidanyl-phosphoryl] ethanoate / アデニル酸アセチル分子量: 389.258 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₂H₁₆N₅O₈P / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物	ChemComp-EPE / 4-(2-HYDROXYETHYL)-1-PIPERAZINE ETHANESULFONIC ACID / HEPES / HEPES 分子量: 238.305 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₈H₁₈N₂O₄S / コメント: pH緩衝剤*YM
#4: 化合物	ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン分子量: 24.305 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#5: 化合物	ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン分子量: 22.990 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#6: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 181 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
詳細

研究の焦点であるリガンドがあるか	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 4 Å³/Da / 溶媒含有率: 64.62 % / 解説: trigonal bipyramids
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.5 詳細: 2 uL (protein in 50 mM HEPES pH 7.5, 100 mM KCl) + 2 uL (25% PEG 400, 0.1 M Na-MES, pH 6.5, 0.05 M MnCl2 or MgCl2)

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: PETRA III, EMBL c/o DESY / ビームライン: P13 (MX1) / 波長: 0.9763 Å
検出器	タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2023年9月5日 / 詳細: Si111
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9763 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.37→50 Å / Num. obs: 167479 / % possible obs: 99.9 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 20.4 % / B_iso Wilson estimate: 70 Å² / CC_1/2: 0.999 / R_rim(I) all: 0.146 / R_sym value: 0.142 / Net I/σ(I): 16
反射シェル	解像度: 2.37→2.56 Å / 冗長度: 21.6 % / Mean I/σ(I) obs: 1.13 / Num. unique obs: 34212 / CC_1/2: 0.502 / R_rim(I) all: 2.97 / R_sym value: 2.9 / % possible all: 100

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0419	精密化
XDS	20230630	データ削減
Aimless	0.7.9	データスケーリング
PHASER	2.8.3	位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 2.37→48.304 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.975 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.96 / WR_factor R_free: 0.186 / WR_factor R_work: 0.149 / SU B: 16.314 / SU ML: 0.163 / Average fsc free: 0.9592 / Average fsc work: 0.97 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.201 / ESU R Free: 0.174 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2007	8378	5.006 %
R_work	0.1613	158976	-
all	0.163	-	-
obs	-	167354	99.868 %

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT

原子変位パラメータ

B_iso mean: 76.265 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	0.658 Å²	0.329 Å²	-0 Å²
2-	-	0.658 Å²	-0 Å²
3-	-	-	-2.134 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.37→48.304 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	19931	0	168	181	20280

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.007	0.012	20968
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.016	19589
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.698	1.833	28582
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	0.571	1.756	45285
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	7.046	5	2566
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	9.946	5	144
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_other_2_deg	9.47	20	8
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	14.905	10	3410
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_6_deg	14.338	10	913
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.079	0.2	3081
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.006	0.02	24552
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	4740
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.209	0.2	3503
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_other	0.19	0.2	17016
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.182	0.2	10025
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbtor_other	0.081	0.2	10445
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.136	0.2	410
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_other	0.055	0.2	3
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined	0.26	0.2	4
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_refined	0.276	0.2	14
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.206	0.2	48
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_refined	0.089	0.2	8
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	3.748	4.969	10159
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	3.745	4.969	10159
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	5.312	8.94	12709
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	5.312	8.941	12710
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	5.092	5.462	10809
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	5.091	5.462	10807
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	7.511	9.798	15856
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	7.511	9.799	15857
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_it	9.01	46.301	22156
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_other	9.01	46.159	22140

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 20

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	R_factor all	Num. reflection all	Fsc free	Fsc work	% reflection obs (%)	WR_factor R_work
2.37-2.431	0.331	590	0.327	11494	0.327	12229	0.907	0.913	98.8143	0.33
2.431-2.498	0.345	598	0.313	11331	0.314	11954	0.919	0.932	99.7909	0.314
2.498-2.57	0.316	614	0.286	11071	0.288	11688	0.936	0.95	99.9743	0.284
2.57-2.649	0.299	555	0.264	10707	0.266	11264	0.946	0.959	99.9822	0.257
2.649-2.736	0.281	559	0.238	10365	0.24	10924	0.957	0.969	100	0.226
2.736-2.831	0.249	544	0.216	10066	0.218	10614	0.963	0.975	99.9623	0.198
2.831-2.938	0.24	503	0.199	9729	0.201	10233	0.965	0.978	99.9902	0.179
2.938-3.057	0.241	440	0.188	9450	0.19	9891	0.964	0.979	99.9899	0.168
3.057-3.193	0.236	484	0.186	8972	0.189	9457	0.965	0.979	99.9894	0.167
3.193-3.348	0.223	453	0.175	8604	0.177	9057	0.967	0.982	100	0.16
3.348-3.528	0.214	433	0.177	8212	0.179	8647	0.972	0.982	99.9769	0.165
3.528-3.741	0.199	443	0.163	7752	0.166	8195	0.979	0.986	100	0.154
3.741-3.997	0.184	384	0.142	7324	0.144	7708	0.98	0.989	100	0.136
3.997-4.315	0.163	346	0.128	6843	0.129	7189	0.984	0.991	100	0.125
4.315-4.723	0.142	354	0.113	6318	0.115	6672	0.988	0.993	100	0.113
4.723-5.274	0.152	301	0.106	5730	0.109	6031	0.988	0.993	100	0.107
5.274-6.078	0.181	272	0.131	5093	0.133	5365	0.984	0.991	100	0.131
6.078-7.415	0.173	229	0.133	4367	0.135	4597	0.981	0.99	99.9782	0.135
7.415-10.365	0.168	169	0.13	3457	0.132	3626	0.982	0.99	100	0.138
10.365-48.304	0.264	107	0.212	2091	0.215	2202	0.94	0.97	99.8184	0.229

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	1.134	-0.0058	0.0767	1.2915	0.0442	1.0981	-0.0146	0.0929	-0.0419	-0.0103	0.0336	-0.045	0.009	0.0343	-0.019	0.051	0.0215	0.0193	0.0498	0.0457	0.069	59.313	-18.0305	16.6639
2	1.0219	-0.0906	-0.1131	1.2512	0.1714	1.3732	0.0374	-0.0782	-0.1451	0.0487	-0.0406	0.0875	-0.042	-0.2453	0.0032	0.0097	0.0154	0.0272	0.2354	0.0194	0.2301	22.2511	-45.6222	52.5099
3	1.2077	-0.0327	-0.0487	1.025	0.1748	1.5509	0.0217	-0.1037	0.0854	0.0271	0.0492	0.0089	-0.1611	-0.1151	-0.0709	0.2196	0.1124	0.0471	0.0713	0.0081	0.1592	50.3768	2.9517	79.3279
4	0.9896	0.2388	0.2862	1.6932	-0.0363	0.591	0.041	-0.0413	0.0963	0.3674	-0.0125	0.4198	-0.0822	-0.2479	-0.0285	0.4606	0.0201	0.1755	0.3538	0.0043	0.224	42.593	-49.8141	111.1104

精密化 TLSグループ

Selection: ALL

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

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