PDB-8rpk: AMP-forming Acetyl-CoA synthetase from Chloroflexota bacterium wi...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 8rpk

タイトル

AMP-forming Acetyl-CoA synthetase from Chloroflexota bacterium without bound ligand

要素

Acetate--CoA ligase

キーワード

LIGASE / AcsA / CoA / phospho histidine

機能・相同性

機能・相同性情報

acetate-CoA ligase / acetate-CoA ligase activity / acetyl-CoA biosynthetic process from acetate / AMP binding / ATP binding / metal ion binding / cytosol
類似検索 - 分子機能

生物種

Chloroflexota bacterium (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.615 Å

データ登録者

Striska, K. / Palm, G.J. / Lammers, M.

資金援助

1件

引用

ジャーナル: Nat Commun / 年: 2024
タイトル: Acetyl-CoA synthetase activity is enzymatically regulated by lysine acetylation using acetyl-CoA or acetyl-phosphate as donor molecule.
著者: Qin, C. / Graf, L.G. / Striska, K. / Janetzky, M. / Geist, N. / Specht, R. / Schulze, S. / Palm, G.J. / Girbardt, B. / Dorre, B. / Berndt, L. / Kemnitz, S. / Doerr, M. / Bornscheuer, U.T. / ...

履歴

登録	2024年1月16日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2024年6月19日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2024年7月31日	Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	8rpk.cif.gz	2.4 MB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb8rpk.ent.gz	1.6 MB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	8rpk.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

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検証レポート

文書・要旨	8rpk_validation.pdf.gz	473.7 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	8rpk_full_validation.pdf.gz	505.1 KB	表示
XML形式データ	8rpk_validation.xml.gz	83.4 KB	表示
CIF形式データ	8rpk_validation.cif.gz	113.2 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/rp/8rpk ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/rp/8rpk	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	8rplC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#78 - 2006年6月ルシフェラーゼ (Luciferase) 類似性 (6)

登録構造単位

A: Acetate--CoA ligase

B: Acetate--CoA ligase

C: Acetate--CoA ligase

D: Acetate--CoA ligase

ヘテロ分子

297 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Acetate--CoA ligase

ヘテロ分子

A: Acetate--CoA ligase

ヘテロ分子

A: Acetate--CoA ligase

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
根拠: not clasified as stable by PISA server
223 kDa, 3 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

B: Acetate--CoA ligase

C: Acetate--CoA ligase

D: Acetate--CoA ligase

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
根拠: not clasified as stable by PISA server
222 kDa, 3 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	161.352, 161.352, 814.182
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number	155
Space group name H-M	H32

#1: タンパク質	Acetate--CoA ligase 分子量: 74116.516 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Chloroflexota bacterium (バクテリア) 遺伝子: acs, E6J36_13485 / 詳細 (発現宿主): pET45(+) / 発現宿主: Escherichia coli BL21 (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A535FEC2, acetate-CoA ligase
#2: 化合物	ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン分子量: 24.305 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 天然 / 式: Mg
#3: 化合物	ChemComp-K / POTASSIUM ION / カリウムカチオン分子量: 39.098 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: K
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 45 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	N

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 3.43 Å³/Da / 溶媒含有率: 64.18 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.5 / 詳細: HEPES

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: PETRA III, EMBL c/o DESY / ビームライン: P13 (MX1) / 波長: 0.9763 Å
検出器	タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2023年9月6日 / 詳細: mirror
放射	モノクロメーター: Si111 / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9763 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.615→272 Å / Num. obs: 100973 / % possible obs: 81.5 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 2.6 % / CC_1/2: 0.999 / R_merge(I) obs: 0.119 / R_pim(I) all: 0.027 / R_rim(I) all: 0.122 / Net I/σ(I): 19.1
反射シェル	解像度: 2.62→2.82 Å / 冗長度: 20 % / R_merge(I) obs: 1.952 / Mean I/σ(I) obs: 1.7 / Num. unique obs: 5050 / CC_1/2: 0.711 / R_pim(I) all: 0.445 / R_rim(I) all: 2.002 / % possible all: 20.4

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0419	精密化
XDS	20230630	データ削減
Aimless	0.7.9	データスケーリング
PHASER	2.8.3	位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 2.615→272 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.96 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.92 / SU B: 24.464 / SU ML: 0.216 / 交差検証法: FREE R-VALUE / ESU R: 0.533 / ESU R Free: 0.289 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2213	5010	4.962 %
R_work	0.1629	95963	-
all	0.166	-	-
obs	-	100973	81.507 %

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT

原子変位パラメータ

B_iso mean: 78.727 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-0.376 Å²	-0.188 Å²	0 Å²
2-	-	-0.376 Å²	0 Å²
3-	-	-	1.22 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.615→272 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	19896	0	5	45	19946

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.008	0.012	20716
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.016	19388
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.872	1.83	28216
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	0.615	1.757	44792
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	7.689	5	2548
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	10.832	5	140
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	15.936	10	3400
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_6_deg	14.535	10	912
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.082	0.2	3032
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.007	0.02	24378
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	4714
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.216	0.2	3946
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_other	0.199	0.2	17964
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.188	0.2	9993
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbtor_other	0.085	0.2	10533
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.139	0.2	388
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_other	0.046	0.2	2
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined	0.088	0.2	1
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_refined	0.252	0.2	21
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.178	0.2	58
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_refined	0.096	0.2	5
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	4.613	5.689	10120
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	4.613	5.689	10120
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	6.459	10.234	12662
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	6.459	10.235	12663
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	5.503	6.056	10596
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	5.502	6.056	10597
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	7.903	10.957	15544
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	7.903	10.958	15545
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_it	9.127	52.984	22438
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_other	9.127	52.986	22438

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 20

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	R_factor all	Num. reflection all	Fsc free	Fsc work	% reflection obs (%)	WR_factor R_work
2.615-2.683	0.374	24	0.287	533	0.291	9107	0.937	0.951	6.1162	0.286
2.683-2.756	0.381	70	0.306	1742	0.309	8803	0.928	0.949	20.5839	0.299
2.756-2.836	0.326	168	0.306	3490	0.307	8596	0.936	0.952	42.5547	0.298
2.836-2.923	0.343	373	0.285	6813	0.288	8364	0.933	0.957	85.9158	0.274
2.923-3.019	0.293	391	0.258	7701	0.259	8107	0.944	0.962	99.815	0.241
3.019-3.125	0.322	373	0.236	7468	0.24	7841	0.936	0.967	100	0.215
3.125-3.243	0.271	380	0.21	7195	0.213	7576	0.95	0.974	99.9868	0.19
3.243-3.376	0.254	368	0.194	6939	0.197	7307	0.957	0.977	100	0.177
3.376-3.526	0.274	337	0.195	6674	0.199	7011	0.956	0.979	100	0.18
3.526-3.698	0.267	294	0.185	5539	0.189	6717	0.955	0.98	86.8394	0.169
3.698-3.898	0.237	293	0.163	5939	0.167	6389	0.966	0.985	97.5426	0.153
3.898-4.134	0.19	311	0.14	5570	0.143	6074	0.977	0.989	96.8225	0.133
4.134-4.42	0.166	276	0.125	5408	0.127	5685	0.983	0.991	99.9824	0.122
4.42-4.774	0.173	287	0.112	5054	0.115	5342	0.983	0.992	99.9813	0.111
4.774-5.229	0.16	237	0.112	4681	0.114	4918	0.985	0.993	100	0.113
5.229-5.846	0.186	212	0.123	4253	0.126	4465	0.98	0.992	100	0.124
5.846-6.75	0.211	200	0.145	3761	0.148	3961	0.974	0.988	100	0.15
6.75-8.265	0.198	170	0.138	3216	0.14	3386	0.972	0.989	100	0.15
8.265-11.684	0.153	145	0.132	2526	0.133	2671	0.984	0.99	100	0.154
11.684-271.394	0.395	101	0.315	1460	0.319	1561	0.92	0.941	100	0.454

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	1.2354	0.019	0.1618	1.2738	0.0112	0.6528	0.1186	-0.1244	-0.0501	0.2191	-0.0917	0.012	0.0606	-0.0147	-0.0269	0.1938	-0.0384	0.053	0.1609	-0.0408	0.0372	-13.7808	-60.1105	-16.7001
2	0.9162	-0.1875	0.0241	0.9179	0.0138	1.023	-0.0063	-0.0223	0.0594	0.0165	0.0327	-0.1613	-0.1578	0.0487	-0.0264	0.1337	-0.0655	0.0145	0.0354	-0.0116	0.1613	28.0896	-41.85	-52.6033
3	1.3541	0.1115	0.1654	0.8817	0.245	0.6231	0.0314	0.2607	0.3482	-0.0925	0.0295	-0.1052	-0.0984	0.0042	-0.0609	0.3232	-0.0041	0.075	0.2769	0.0972	0.128	22.0692	-61.4993	-110.8556
4	0.9467	0.1043	-0.0597	0.9519	-0.063	1.2577	-0.0224	0.1128	0.2008	-0.1042	0.063	0.1148	-0.137	-0.0114	-0.0406	0.1176	0.0475	0.0348	0.0506	0.0576	0.1132	-27.3299	-41.9166	-79.5504

精密化 TLSグループ

Selection: ALL

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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