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Yorodumi- PDB-8rpl: AMP-forming acetyl-CoA synthetase from Chloroflexota bacterium wi... -
+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 8rpl | ||||||
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Title | AMP-forming acetyl-CoA synthetase from Chloroflexota bacterium with bound acetyl AMP | ||||||
Components | Acetate--CoA ligase | ||||||
Keywords | LIGASE / Acetate / Acetyl-AMP / CoA / phospho histidine / AcsA | ||||||
Function / homology | Function and homology information acetate-CoA ligase / acetate-CoA ligase activity / acetyl-CoA biosynthetic process from acetate / AMP binding / ATP binding / cytosol Similarity search - Function | ||||||
Biological species | Chloroflexota bacterium (bacteria) | ||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 2.37 Å | ||||||
Authors | Striska, K. / Palm, G.J. / Lammers, M. | ||||||
Funding support | 1items
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Citation | Journal: Nat Commun / Year: 2024 Title: Acetyl-CoA synthetase activity is enzymatically regulated by lysine acetylation using acetyl-CoA or acetyl-phosphate as donor molecule. Authors: Qin, C. / Graf, L.G. / Striska, K. / Janetzky, M. / Geist, N. / Specht, R. / Schulze, S. / Palm, G.J. / Girbardt, B. / Dorre, B. / Berndt, L. / Kemnitz, S. / Doerr, M. / Bornscheuer, U.T. / ...Authors: Qin, C. / Graf, L.G. / Striska, K. / Janetzky, M. / Geist, N. / Specht, R. / Schulze, S. / Palm, G.J. / Girbardt, B. / Dorre, B. / Berndt, L. / Kemnitz, S. / Doerr, M. / Bornscheuer, U.T. / Delcea, M. / Lammers, M. | ||||||
History |
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-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
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-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 8rpl.cif.gz | 2.5 MB | Display | PDBx/mmCIF format |
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PDB format | pdb8rpl.ent.gz | 1.6 MB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 8rpl.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Summary document | 8rpl_validation.pdf.gz | 1.8 MB | Display | wwPDB validaton report |
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Full document | 8rpl_full_validation.pdf.gz | 1.8 MB | Display | |
Data in XML | 8rpl_validation.xml.gz | 85.5 KB | Display | |
Data in CIF | 8rpl_validation.cif.gz | 116.8 KB | Display | |
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/rp/8rpl ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/rp/8rpl | HTTPS FTP |
-Related structure data
Related structure data | 8rpkC C: citing same article (ref.) |
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Similar structure data | Similarity search - Function & homologyF&H Search |
-Links
-Assembly
Deposited unit |
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1 |
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2 |
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Unit cell |
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-Components
-Protein , 1 types, 4 molecules ABCD
#1: Protein | Mass: 74116.516 Da / Num. of mol.: 4 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Chloroflexota bacterium (bacteria) / Gene: acs, E6J36_13485 / Details (production host): pET45(+) / Production host: Escherichia coli BL21 (bacteria) / References: UniProt: A0A535FEC2, acetate-CoA ligase |
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-Non-polymers , 5 types, 193 molecules
#2: Chemical | ChemComp-6R9 / [[( #3: Chemical | ChemComp-EPE / #4: Chemical | #5: Chemical | ChemComp-NA / | #6: Water | ChemComp-HOH / | |
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-Details
Has ligand of interest | Y |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
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-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 4 Å3/Da / Density % sol: 64.62 % / Description: trigonal bipyramids |
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Crystal grow | Temperature: 293 K / Method: vapor diffusion, hanging drop / pH: 6.5 Details: 2 uL (protein in 50 mM HEPES pH 7.5, 100 mM KCl) + 2 uL (25% PEG 400, 0.1 M Na-MES, pH 6.5, 0.05 M MnCl2 or MgCl2) |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: PETRA III, EMBL c/o DESY / Beamline: P13 (MX1) / Wavelength: 0.9763 Å |
Detector | Type: DECTRIS EIGER X 16M / Detector: PIXEL / Date: Sep 5, 2023 / Details: Si111 |
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength: 0.9763 Å / Relative weight: 1 |
Reflection | Resolution: 2.37→50 Å / Num. obs: 167479 / % possible obs: 99.9 % / Observed criterion σ(I): -3 / Redundancy: 20.4 % / Biso Wilson estimate: 70 Å2 / CC1/2: 0.999 / Rrim(I) all: 0.146 / Rsym value: 0.142 / Net I/σ(I): 16 |
Reflection shell | Resolution: 2.37→2.56 Å / Redundancy: 21.6 % / Mean I/σ(I) obs: 1.13 / Num. unique obs: 34212 / CC1/2: 0.502 / Rrim(I) all: 2.97 / Rsym value: 2.9 / % possible all: 100 |
-Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 2.37→48.304 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.975 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.96 / WRfactor Rfree: 0.186 / WRfactor Rwork: 0.149 / SU B: 16.314 / SU ML: 0.163 / Average fsc free: 0.9592 / Average fsc work: 0.97 / Cross valid method: THROUGHOUT / ESU R: 0.201 / ESU R Free: 0.174 Details: Hydrogens have been added in their riding positions
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Solvent computation | Ion probe radii: 0.8 Å / Shrinkage radii: 0.8 Å / VDW probe radii: 1.2 Å / Solvent model: MASK BULK SOLVENT | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso mean: 76.265 Å2
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Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 2.37→48.304 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 20
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group | Selection: ALL |