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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 8rph | ||||||
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タイトル | JanthE from Janthinobacterium sp. HH01,ketobutyryl-ThDP | ||||||
要素 | Thiamine pyrophosphate-binding protein | ||||||
キーワード | TRANSFERASE / THDP / FAD | ||||||
機能・相同性 | : / FLAVIN-ADENINE DINUCLEOTIDE / TRIETHYLENE GLYCOL 機能・相同性情報 | ||||||
生物種 | Janthinobacterium sp. HH01 (バクテリア) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.96 Å | ||||||
データ登録者 | Lanza, L. / Leogrande, C. / Rabe von Pappenheim, F. / Tittmann, K. / Mueller, M. | ||||||
資金援助 | European Union, 1件
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引用 | ジャーナル: To Be Published タイトル: JhE from Janthinobacterium sp. HH01 著者: Lanza, L. / Leogrande, C. / Rabe von Pappenheim, F. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 8rph.cif.gz | 2.1 MB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb8rph.ent.gz | 表示 | PDB形式 | |
PDBx/mmJSON形式 | 8rph.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 8rph_validation.pdf.gz | 3.3 MB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 8rph_full_validation.pdf.gz | 3.4 MB | 表示 | |
XML形式データ | 8rph_validation.xml.gz | 114.5 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 8rph_validation.cif.gz | 151.9 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/rp/8rph ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/rp/8rph | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | 8rpiC 8rpjC C: 同じ文献を引用 (文献) |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索 |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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単位格子 |
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-要素
-タンパク質 , 1種, 6分子 ABCDEF
#1: タンパク質 | 分子量: 68003.844 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Janthinobacterium sp. HH01 (バクテリア) 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: acetolactate synthase |
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-非ポリマー , 5種, 21分子
#2: 化合物 | ChemComp-FAD / #3: 化合物 | ChemComp-MG / #4: 化合物 | ChemComp-A1H2A / ( 分子量: 527.403 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: C16H25N4O10P2S / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION #5: 化合物 | ChemComp-PGE / | #6: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-詳細
研究の焦点であるリガンドがあるか | Y |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.55 Å3/Da / 溶媒含有率: 51.78 % |
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結晶化 | 温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 詳細: Bis-Tris, Tris, Ammonium acetate, PEG 10000, Magnesium chloride, Thiamine diphosphate |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: PETRA III, EMBL c/o DESY / ビームライン: P14 (MX2) / 波長: 0.68879 Å |
検出器 | タイプ: DECTRIS EIGER2 X CdTe 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2023年3月13日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.68879 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.96→99.82 Å / Num. obs: 79335 / % possible obs: 94.5 % / 冗長度: 7 % / Biso Wilson estimate: 65.62 Å2 / CC1/2: 0.996 / Rrim(I) all: 0.144 / Net I/σ(I): 11.3 |
反射 シェル | 解像度: 2.96→3.014 Å / 冗長度: 7.3 % / Mean I/σ(I) obs: 2.1 / Num. unique obs: 4130 / CC1/2: 0.701 / Rrim(I) all: 1.03 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.96→99.82 Å / SU ML: 0.3789 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.33 / 位相誤差: 25.628 立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 71.61 Å2 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.96→99.82 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル |
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精密化 TLS | 手法: refined / Origin x: 40.4727206368 Å / Origin y: -14.2401914575 Å / Origin z: 49.8534235079 Å
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精密化 TLSグループ | Selection details: all |