+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 8rph | ||||||
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Title | JanthE from Janthinobacterium sp. HH01,ketobutyryl-ThDP | ||||||
Components | Thiamine pyrophosphate-binding protein | ||||||
Keywords | TRANSFERASE / THDP / FAD | ||||||
Function / homology | : / FLAVIN-ADENINE DINUCLEOTIDE / TRIETHYLENE GLYCOL Function and homology information | ||||||
Biological species | Janthinobacterium sp. HH01 (bacteria) | ||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 2.96 Å | ||||||
Authors | Lanza, L. / Leogrande, C. / Rabe von Pappenheim, F. / Tittmann, K. / Mueller, M. | ||||||
Funding support | European Union, 1items
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Citation | Journal: To Be Published Title: JhE from Janthinobacterium sp. HH01 Authors: Lanza, L. / Leogrande, C. / Rabe von Pappenheim, F. | ||||||
History |
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-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
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-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 8rph.cif.gz | 2.1 MB | Display | PDBx/mmCIF format |
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PDB format | pdb8rph.ent.gz | Display | PDB format | |
PDBx/mmJSON format | 8rph.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Summary document | 8rph_validation.pdf.gz | 3.3 MB | Display | wwPDB validaton report |
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Full document | 8rph_full_validation.pdf.gz | 3.4 MB | Display | |
Data in XML | 8rph_validation.xml.gz | 114.5 KB | Display | |
Data in CIF | 8rph_validation.cif.gz | 151.9 KB | Display | |
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/rp/8rph ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/rp/8rph | HTTPS FTP |
-Related structure data
Related structure data | 8rpiC 8rpjC C: citing same article (ref.) |
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Similar structure data | Similarity search - Function & homologyF&H Search |
-Links
-Assembly
Deposited unit |
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1 |
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2 |
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3 |
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Unit cell |
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-Components
-Protein , 1 types, 6 molecules ABCDEF
#1: Protein | Mass: 68003.844 Da / Num. of mol.: 6 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Janthinobacterium sp. HH01 (bacteria) / Production host: Escherichia coli BL21(DE3) (bacteria) / References: acetolactate synthase |
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-Non-polymers , 5 types, 21 molecules
#2: Chemical | ChemComp-FAD / #3: Chemical | ChemComp-MG / #4: Chemical | ChemComp-A1H2A / ( Mass: 527.403 Da / Num. of mol.: 6 / Source method: obtained synthetically / Formula: C16H25N4O10P2S / Feature type: SUBJECT OF INVESTIGATION #5: Chemical | ChemComp-PGE / | #6: Water | ChemComp-HOH / | |
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-Details
Has ligand of interest | Y |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
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-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.55 Å3/Da / Density % sol: 51.78 % |
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Crystal grow | Temperature: 293 K / Method: vapor diffusion, hanging drop Details: Bis-Tris, Tris, Ammonium acetate, PEG 10000, Magnesium chloride, Thiamine diphosphate |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: PETRA III, EMBL c/o DESY / Beamline: P14 (MX2) / Wavelength: 0.68879 Å |
Detector | Type: DECTRIS EIGER2 X CdTe 16M / Detector: PIXEL / Date: Mar 13, 2023 |
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength: 0.68879 Å / Relative weight: 1 |
Reflection | Resolution: 2.96→99.82 Å / Num. obs: 79335 / % possible obs: 94.5 % / Redundancy: 7 % / Biso Wilson estimate: 65.62 Å2 / CC1/2: 0.996 / Rrim(I) all: 0.144 / Net I/σ(I): 11.3 |
Reflection shell | Resolution: 2.96→3.014 Å / Redundancy: 7.3 % / Mean I/σ(I) obs: 2.1 / Num. unique obs: 4130 / CC1/2: 0.701 / Rrim(I) all: 1.03 |
-Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 2.96→99.82 Å / SU ML: 0.3789 / Cross valid method: FREE R-VALUE / σ(F): 1.33 / Phase error: 25.628 Stereochemistry target values: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.8 Å / VDW probe radii: 1 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso mean: 71.61 Å2 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 2.96→99.82 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell |
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Refinement TLS params. | Method: refined / Origin x: 40.4727206368 Å / Origin y: -14.2401914575 Å / Origin z: 49.8534235079 Å
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Refinement TLS group | Selection details: all |