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- PDB-8rph: JanthE from Janthinobacterium sp. HH01,ketobutyryl-ThDP -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8rph
タイトルJanthE from Janthinobacterium sp. HH01,ketobutyryl-ThDP
要素Thiamine pyrophosphate-binding protein
キーワードTRANSFERASE / THDP / FAD
機能・相同性: / FLAVIN-ADENINE DINUCLEOTIDE / TRIETHYLENE GLYCOL
機能・相同性情報
生物種Janthinobacterium sp. HH01 (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.96 Å
データ登録者Lanza, L. / Leogrande, C. / Rabe von Pappenheim, F. / Tittmann, K. / Mueller, M.
資金援助European Union, 1件
組織認可番号国
H2020 Marie Curie Actions of the European Commission956631European Union
引用ジャーナル: Angew.Chem.Int.Ed.Engl. / 年: 2024
タイトル: Identification and Characterization of Thiamine Diphosphate-Dependent Lyases with an Unusual CDG Motif.
著者: Lanza, L. / Rabe von Pappenheim, F. / Bjarnesen, D. / Leogrande, C. / Paul, A. / Krug, L. / Tittmann, K. / Muller, M.
履歴
登録2024年1月16日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02024年6月12日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年6月19日Group: Database references / Structure summary / カテゴリ: audit_author / citation_author / Item: _audit_author.name / _citation_author.name
改定 1.22024年8月7日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.32024年8月21日Group: Database references / カテゴリ: citation / Item: _citation.journal_volume

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Thiamine pyrophosphate-binding protein
B: Thiamine pyrophosphate-binding protein
C: Thiamine pyrophosphate-binding protein
D: Thiamine pyrophosphate-binding protein
E: Thiamine pyrophosphate-binding protein
F: Thiamine pyrophosphate-binding protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)416,19725
ポリマ－408,0236
非ポリマー8,17419
水362
1
A: Thiamine pyrophosphate-binding protein
B: Thiamine pyrophosphate-binding protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)138,6828
ポリマ－136,0082
非ポリマー2,6756
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area12520 Å2
ΔGint-85 kcal/mol
Surface area38750 Å2
手法PISA
2
C: Thiamine pyrophosphate-binding protein
D: Thiamine pyrophosphate-binding protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)138,8329
ポリマ－136,0082
非ポリマー2,8257
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area12890 Å2
ΔGint-76 kcal/mol
Surface area39060 Å2
手法PISA
3
E: Thiamine pyrophosphate-binding protein
F: Thiamine pyrophosphate-binding protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)138,6828
ポリマ－136,0082
非ポリマー2,6756
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area12590 Å2
ΔGint-84 kcal/mol
Surface area38500 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)173.326, 118.189, 201.166
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 97.060, 90.000
Int Tables number5
Space group name H-MC121
Space group name HallC2y
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: -x,y,-z
#3: x+1/2,y+1/2,z
#4: -x+1/2,y+1/2,-z

-
要素

-
タンパク質 , 1種, 6分子 ABCDEF

#1: タンパク質
Thiamine pyrophosphate-binding protein


分子量: 68003.844 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Janthinobacterium sp. HH01 (バクテリア)
発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: acetolactate synthase

-
非ポリマー , 5種, 21分子

#2: 化合物
ChemComp-FAD / FLAVIN-ADENINE DINUCLEOTIDE / FAD


分子量: 785.550 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: C27H33N9O15P2 / コメント: FAD*YM
#3: 化合物
ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#4: 化合物
ChemComp-A1H2A / (2~{S})-2-[3-[(4-azanyl-2-methyl-pyrimidin-5-yl)methyl]-4-methyl-5-[2-[oxidanyl(phosphonooxy)phosphoryl]oxyethyl]-1,3-thiazol-2-yl]-2-oxidanyl-butanoic acid / Ketobutyryl-thiamine diphosphate


分子量: 527.403 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: C16H25N4O10P2S / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#5: 化合物 ChemComp-PGE / TRIETHYLENE GLYCOL / トリエチレングリコ-ル


分子量: 150.173 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H14O4
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.55 Å3/Da / 溶媒含有率: 51.78 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
詳細: Bis-Tris, Tris, Ammonium acetate, PEG 10000, Magnesium chloride, Thiamine diphosphate

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: PETRA III, EMBL c/o DESY / ビームライン: P14 (MX2) / 波長: 0.68879 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER2 X CdTe 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2023年3月13日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.68879 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.96→99.82 Å / Num. obs: 79335 / % possible obs: 94.5 % / 冗長度: 7 % / Biso Wilson estimate: 65.62 Å2 / CC1/2: 0.996 / Rrim(I) all: 0.144 / Net I/σ(I): 11.3
反射 シェル解像度: 2.96→3.014 Å / 冗長度: 7.3 % / Mean I/σ(I) obs: 2.1 / Num. unique obs: 4130 / CC1/2: 0.701 / Rrim(I) all: 1.03

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.20.1_4487精密化
XDSデータ削減
Aimlessデータスケーリング
PHENIX位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.96→99.82 Å / SU ML: 0.3789 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.33 / 位相誤差: 25.628
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2403 3859 4.87 %
Rwork0.2064 75429 -
obs0.2081 79288 94.48 %
溶媒の処理減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 71.61 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.96→99.82 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数27226 0 532 2 27760
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00328495
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.539338757
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.04344273
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.00385031
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d11.645510335
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.96-30.34061500.31532823X-RAY DIFFRACTION98.74
3-3.040.37391620.30132738X-RAY DIFFRACTION98.71
3.04-3.080.30161380.28272824X-RAY DIFFRACTION98.77
3.08-3.120.30711370.27782803X-RAY DIFFRACTION98.59
3.12-3.160.28421380.26852770X-RAY DIFFRACTION98.64
3.16-3.210.34661290.28462821X-RAY DIFFRACTION98.46
3.21-3.260.3091310.29742780X-RAY DIFFRACTION97.91
3.26-3.310.28831320.27082782X-RAY DIFFRACTION98.45
3.31-3.370.2591150.25362876X-RAY DIFFRACTION98.65
3.37-3.430.27091320.24722774X-RAY DIFFRACTION98.38
3.43-3.50.31681530.24842824X-RAY DIFFRACTION98.22
3.5-3.570.25081320.22872766X-RAY DIFFRACTION98.37
3.57-3.650.28061470.22692769X-RAY DIFFRACTION97.36
3.65-3.730.22611030.22571919X-RAY DIFFRACTION67.83
3.73-3.830.25771320.22522774X-RAY DIFFRACTION98.01
3.83-3.930.2249590.2361114X-RAY DIFFRACTION39.06
3.93-4.040.27061610.20712773X-RAY DIFFRACTION97.83
4.04-4.180.23511540.19762788X-RAY DIFFRACTION97.61
4.18-4.320.21751540.18052733X-RAY DIFFRACTION97.5
4.32-4.50.21141320.17052773X-RAY DIFFRACTION96.93
4.5-4.70.21221420.1612743X-RAY DIFFRACTION96.04
4.7-4.950.21181440.17592723X-RAY DIFFRACTION95.22
4.95-5.260.20171390.1752726X-RAY DIFFRACTION94.99
5.26-5.670.2081560.18442780X-RAY DIFFRACTION98.52
5.67-6.240.23371560.19742843X-RAY DIFFRACTION98.62
6.24-7.140.23131350.17922813X-RAY DIFFRACTION98.4
7.14-8.990.1921380.16182851X-RAY DIFFRACTION97.84
8.99-99.820.20181580.17462726X-RAY DIFFRACTION92.55
精密化 TLS手法: refined / Origin x: 40.4727206368 Å / Origin y: -14.2401914575 Å / Origin z: 49.8534235079 Å
111213212223313233
T0.427683319821 Å20.083512955971 Å2-0.000177457010164 Å2-0.553209250054 Å20.0314022233911 Å2--0.492394673582 Å2
L0.23872534433 °20.0128173375402 °20.0277897373338 °2-0.246971492931 °20.0822293347062 °2--0.406883831613 °2
S-0.0434209379517 Å °0.0197524812032 Å °-0.0144263887444 Å °0.0768737902438 Å °0.0475198093923 Å °0.0850479993259 Å °-0.0088628656713 Å °0.0659765981409 Å °-0.00214055131034 Å °
精密化 TLSグループSelection details: all

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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