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- PDB-8rp8: Structure of K2 Fab in complex with human CD47 ECD -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8rp8
タイトルStructure of K2 Fab in complex with human CD47 ECD
要素
  • K2 Fab heavy chain
  • K2 Fab light chain
  • Leukocyte surface antigen CD47
キーワードIMMUNE SYSTEM / Fab / glycoprotein
機能・相同性
機能・相同性情報


cellular response to interleukin-12 / regulation of Fc receptor mediated stimulatory signaling pathway / protein binding involved in heterotypic cell-cell adhesion / positive regulation of monocyte extravasation / regulation of type II interferon production / ATP export / positive regulation of cell-cell adhesion / regulation of interleukin-10 production / cell-cell adhesion mediator activity / regulation of tumor necrosis factor production ...cellular response to interleukin-12 / regulation of Fc receptor mediated stimulatory signaling pathway / protein binding involved in heterotypic cell-cell adhesion / positive regulation of monocyte extravasation / regulation of type II interferon production / ATP export / positive regulation of cell-cell adhesion / regulation of interleukin-10 production / cell-cell adhesion mediator activity / regulation of tumor necrosis factor production / regulation of interleukin-12 production / regulation of nitric oxide biosynthetic process / negative regulation of phagocytosis / regulation of interleukin-6 production / Signal regulatory protein family interactions / thrombospondin receptor activity / tertiary granule membrane / cellular response to interleukin-1 / Integrin cell surface interactions / specific granule membrane / positive regulation of phagocytosis / positive regulation of stress fiber assembly / integrin-mediated signaling pathway / Cell surface interactions at the vascular wall / cellular response to type II interferon / positive regulation of inflammatory response / cell migration / positive regulation of T cell activation / angiogenesis / inflammatory response / apoptotic process / positive regulation of cell population proliferation / Neutrophil degranulation / cell surface / extracellular exosome / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Leukocyte surface antigen CD47 / CD47-like, transmembrane / CD47 immunoglobulin-like / Leukocyte surface antigen CD47, IgV / CD47 transmembrane region / CD47 immunoglobulin-like domain / Ig-like domain profile. / Immunoglobulin-like domain / Immunoglobulin-like domain superfamily / Immunoglobulin-like fold
類似検索 - ドメイン・相同性
DI(HYDROXYETHYL)ETHER / Leukocyte surface antigen CD47
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2 Å
データ登録者Laursen, M. / Kelpsas, V. / Rose, N.
資金援助 スイス, 1件
組織認可番号国
Other private スイス
引用ジャーナル: Mabs / 年: 2024
タイトル: Structural analysis of light chain-driven bispecific antibodies targeting CD47 and PD-L1.
著者: Malinge, P. / Chauchet, X. / Bourguignon, J. / Bosson, N. / Calloud, S. / Bautzova, T. / Borlet, M. / Laursen, M. / Kelpsas, V. / Rose, N. / Gueneau, F. / Ravn, U. / Magistrelli, G. / Fischer, N.
履歴
登録2024年1月12日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02024年6月19日Provider: repository / タイプ: Initial release

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: K2 Fab heavy chain
B: K2 Fab light chain
C: Leukocyte surface antigen CD47
D: Leukocyte surface antigen CD47
H: K2 Fab heavy chain
L: K2 Fab light chain
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)125,09916
ポリマ－123,3766
非ポリマー1,72410
水14,736818
1
A: K2 Fab heavy chain
B: K2 Fab light chain
C: Leukocyte surface antigen CD47
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)62,5508
ポリマ－61,6883
非ポリマー8625
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
D: Leukocyte surface antigen CD47
H: K2 Fab heavy chain
L: K2 Fab light chain
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)62,5508
ポリマ－61,6883
非ポリマー8625
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)69.415, 71.812, 78.379
Angle α, β, γ (deg.)109.45, 95.55, 118.9
Int Tables number1
Space group name H-MP1

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要素

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抗体 , 2種, 4分子 AHBL

#1: 抗体 K2 Fab heavy chain


分子量: 23468.174 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト)
#2: 抗体 K2 Fab light chain


分子量: 23472.129 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト)

-
タンパク質 / 糖 , 2種, 8分子 CD

#3: タンパク質 Leukocyte surface antigen CD47 / Antigenic surface determinant protein OA3 / Integrin-associated protein / IAP / Protein MER6


分子量: 14747.510 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: CD47, MER6 / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: Q08722
#6: 糖
ChemComp-NAG / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-acetyl-beta-D-glucosamine / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-glucose / N-ACETYL-D-GLUCOSAMINE / N-アセチル-β-D-グルコサミン


タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 221.208 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 天然 / 式: C8H15NO6
識別子タイププログラム
DGlcpNAcbCONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
N-acetyl-b-D-glucopyranosamineCOMMON NAMEGMML 1.0
b-D-GlcpNAcIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
GlcNAcSNFG CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0

-
非ポリマー , 3種, 822分子

#4: 化合物 ChemComp-PEG / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / ジエチレングリコ-ル


分子量: 106.120 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H10O3
#5: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 式: C3H8O3
#7: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 818 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかN

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.61 Å3/Da / 溶媒含有率: 52.9 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 5 / 詳細: 0.1 M sodium citrate, 20% PEG 8000

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: MAX IV / ビームライン: BioMAX / 波長: 0.9763 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2021年11月18日
放射モノクロメーター: Si(111) HDCM / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9763 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2→70.22 Å / Num. obs: 78163 / % possible obs: 97.4 % / 冗長度: 3.6 % / CC1/2: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.036 / Rpim(I) all: 0.022 / Rrim(I) all: 0.043 / Χ2: 0.97 / Net I/σ(I): 19.2
反射 シェル解像度: 2→2.04 Å / 冗長度: 3.7 % / Rmerge(I) obs: 0.145 / Mean I/σ(I) obs: 7.5 / Num. unique obs: 4427 / CC1/2: 0.981 / Rpim(I) all: 0.089 / Rrim(I) all: 0.171 / Χ2: 1.07 / % possible all: 96.8

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
BUSTER2.11.8精密化
REFMAC5.8.0419精密化
XDSデータ削減
XDSデータスケーリング
PHASER2.8.3位相決定
Coot0.9.8.8モデル構築
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2→20.06 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.951 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.932 / SU R Cruickshank DPI: 0.173 / 交差検証法: THROUGHOUT / SU R Blow DPI: 0.177 / SU Rfree Blow DPI: 0.149 / SU Rfree Cruickshank DPI: 0.149
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2144 3862 -RANDOM
Rwork0.1803 ---
obs0.182 78096 97.4 %-
原子変位パラメータBiso mean: 37.02 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-3.665 Å22.0127 Å2-0.0078 Å2
2--2.7906 Å2-2.6098 Å2
3----6.4555 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error obs: 0.23 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2→20.06 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数8294 0 110 818 9222
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数Restraint functionWeight
X-RAY DIFFRACTIONt_bond_d0.0088688HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_angle_deg111825HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_dihedral_angle_d2953SINUSOIDAL2
X-RAY DIFFRACTIONt_gen_planes1472HARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_it8688HARMONIC10
X-RAY DIFFRACTIONt_chiral_improper_torsion1174SEMIHARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_ideal_dist_contact7759SEMIHARMONIC4
X-RAY DIFFRACTIONt_omega_torsion3.91
X-RAY DIFFRACTIONt_other_torsion14.31
LS精密化 シェル解像度: 2→2.01 Å
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2226 73 -
Rwork0.1918 --
obs0.1932 1562 96.31 %
精密化 TLS

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
12.23350.8448-0.02770.57620.01320.23590.02990.15420.15040.1542-0.03420.03390.15040.03390.0043-0.01850.0511-0.0433-0.00580.0271-0.049419.9396-47.344833.1741
21.071-0.28840.11840.3745-0.04260.0711-0.05640.00510.10640.00510.0182-0.03540.1064-0.03540.0383-0.03760.0076-0.008-0.02670.00790.034620.1452-34.380220.3934
31.24722.13850.24116.08780.66280.5250.0590.1733-0.05020.1733-0.0127-0.0241-0.0502-0.0241-0.0464-0.0505-0.03320.0032-0.06160.01320.0023-18.9697-65.934726.0913
40.9561-1.479-0.13784.90280.31640.42570.0319-0.19530.0552-0.1953-0.01180.00580.05520.0058-0.0202-0.02830.0341-0.0139-0.04280.0041-0.026-18.91581.3737-7.2431
51.8218-0.30330.04610.320.05330.2525-0.0626-0.1017-0.169-0.10170.07880.0225-0.1690.0225-0.0163-0.0095-0.07550.03730.00050.0029-0.065320.0303-16.9747-14.2
60.83560.318-0.06610.4335-0.0443-0.0096-0.04850.0112-0.11940.01120.0202-0.0479-0.1194-0.04790.0283-0.0454-0.0090.0081-0.02180.00640.041620.0576-30.086-1.5116
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1{ A|* }A1 - 217
2X-RAY DIFFRACTION2{ B|* }B1 - 214
3X-RAY DIFFRACTION2{ B|* }B301 - 302
4X-RAY DIFFRACTION3{ C|* }C1 - 118
5X-RAY DIFFRACTION3{ C|* }C201 - 203
6X-RAY DIFFRACTION4{ D|* }D1 - 118
7X-RAY DIFFRACTION4{ D|* }D201 - 203
8X-RAY DIFFRACTION5{ H|* }H1 - 217
9X-RAY DIFFRACTION6{ L|* }L1 - 214
10X-RAY DIFFRACTION6{ L|* }L301 - 302

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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