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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 8rnu | ||||||
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タイトル | CryoEM structure of recombinant human Bri2 BRICHOS oligomers | ||||||
要素 | Integral membrane protein 2B | ||||||
キーワード | CHAPERONE / anti-amyloid / dementia / Bri2 | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 negative regulation of amyloid precursor protein biosynthetic process / Golgi-associated vesicle membrane / organelle membrane / nervous system development / amyloid-beta binding / endosome membrane / Amyloid fiber formation / Golgi membrane / intracellular membrane-bounded organelle / Golgi apparatus ...negative regulation of amyloid precursor protein biosynthetic process / Golgi-associated vesicle membrane / organelle membrane / nervous system development / amyloid-beta binding / endosome membrane / Amyloid fiber formation / Golgi membrane / intracellular membrane-bounded organelle / Golgi apparatus / extracellular space / extracellular exosome / extracellular region / ATP binding / membrane / plasma membrane 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Homo sapiens (ヒト) | ||||||
手法 | 電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.4 Å | ||||||
データ登録者 | Chen, G. / Johansson, J. / Hebert, H. | ||||||
資金援助 | スウェーデン, 1件
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引用 | ジャーナル: Protein Sci / 年: 2024 タイトル: Molecular basis for different substrate-binding sites and chaperone functions of the BRICHOS domain. 著者: Gefei Chen / Yu Wang / Zihan Zheng / Wangshu Jiang / Axel Leppert / Xueying Zhong / Anna Belorusova / Gregg Siegal / Caroline Jegerschöld / Philip J B Koeck / Axel Abelein / Hans Hebert / ...著者: Gefei Chen / Yu Wang / Zihan Zheng / Wangshu Jiang / Axel Leppert / Xueying Zhong / Anna Belorusova / Gregg Siegal / Caroline Jegerschöld / Philip J B Koeck / Axel Abelein / Hans Hebert / Stefan D Knight / Jan Johansson / 要旨: Proteins can misfold into fibrillar or amorphous aggregates and molecular chaperones act as crucial guardians against these undesirable processes. The BRICHOS chaperone domain, found in several ...Proteins can misfold into fibrillar or amorphous aggregates and molecular chaperones act as crucial guardians against these undesirable processes. The BRICHOS chaperone domain, found in several otherwise unrelated proproteins that contain amyloidogenic regions, effectively inhibits amyloid formation and toxicity but can in some cases also prevent non-fibrillar, amorphous protein aggregation. Here, we elucidate the molecular basis behind the multifaceted chaperone activities of the BRICHOS domain from the Bri2 proprotein. High-confidence AlphaFold2 and RoseTTAFold predictions suggest that the intramolecular amyloidogenic region (Bri23) is part of the hydrophobic core of the proprotein, where it occupies the proposed amyloid binding site, explaining the markedly reduced ability of the proprotein to prevent an exogenous amyloidogenic peptide from aggregating. However, the BRICHOS-Bri23 complex maintains its ability to form large polydisperse oligomers that prevent amorphous protein aggregation. A cryo-EM-derived model of the Bri2 BRICHOS oligomer is compatible with surface-exposed hydrophobic motifs that get exposed and come together during oligomerization, explaining its effects against amorphous aggregation. These findings provide a molecular basis for the BRICHOS chaperone domain function, where distinct surfaces are employed against different forms of protein aggregation. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 8rnu.cif.gz | 240.1 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb8rnu.ent.gz | 197.9 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 8rnu.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 8rnu_validation.pdf.gz | 1.1 MB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 8rnu_full_validation.pdf.gz | 1.1 MB | 表示 | |
XML形式データ | 8rnu_validation.xml.gz | 51.5 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 8rnu_validation.cif.gz | 76.3 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/rn/8rnu ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/rn/8rnu | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | 19395MC M: このデータのモデリングに利用したマップデータ C: 同じ文献を引用 (文献) |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索 |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 13949.985 Da / 分子数: 12 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: ITM2B, BRI, BRI2 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q9Y287 |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: 電子顕微鏡法 |
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EM実験 | 試料の集合状態: PARTICLE / 3次元再構成法: 単粒子再構成法 |
-試料調製
構成要素 | 名称: Recombinant human Bri2 BRICHOS oligomers / タイプ: COMPLEX / Entity ID: all / 由来: RECOMBINANT |
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分子量 | 値: 0.205 MDa / 実験値: YES |
由来(天然) | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
由来(組換発現) | 生物種: Escherichia coli (大腸菌) |
緩衝液 | pH: 8 |
試料 | 濃度: 0.08 mg/ml / 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES |
試料支持 | グリッドの材料: COPPER / グリッドのサイズ: 200 divisions/in. / グリッドのタイプ: Quantifoil R2/2 |
急速凍結 | 装置: FEI VITROBOT MARK II / 凍結剤: ETHANE / 湿度: 100 % / 凍結前の試料温度: 288 K |
-電子顕微鏡撮影
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
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顕微鏡 | モデル: FEI TITAN KRIOS |
電子銃 | 電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM |
電子レンズ | モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス(公称値): 3500 nm / 最小 デフォーカス(公称値): 1400 nm |
撮影 | 平均露光時間: 8 sec. / 電子線照射量: 44.8 e/Å2 / 検出モード: COUNTING フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k) |
画像スキャン | 動画フレーム数/画像: 40 |
-解析
EMソフトウェア |
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CTF補正 | タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION | ||||||||||||||||||||||||
粒子像の選択 | 選択した粒子像数: 589803 | ||||||||||||||||||||||||
対称性 | 点対称性: D3 (2回x3回 2面回転対称) | ||||||||||||||||||||||||
3次元再構成 | 解像度: 3.4 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 146177 / 対称性のタイプ: POINT | ||||||||||||||||||||||||
原子モデル構築 | B value: 420 / プロトコル: FLEXIBLE FIT / 空間: REAL | ||||||||||||||||||||||||
原子モデル構築 | Source name: AlphaFold / タイプ: in silico model | ||||||||||||||||||||||||
拘束条件 |
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