PDB-8rmy: Transglutaminase 3 in complex with inhibitor Z-don and DH patient...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 8rmy

タイトル

Transglutaminase 3 in complex with inhibitor Z-don and DH patient-derived Fab DH63-A02

要素

(Antibody Fab fragment ...) x 2
P6S-ONL-VAL-PRO-MLL
Protein-glutamine gamma-glutamyltransferase E

キーワード

TRANSFERASE / transglutaminase / tg3 / tgm3 / inhibitor / antibody / calcium

機能・相同性

機能・相同性情報

protein-glutamine gamma-glutamyltransferase / protein-glutamine gamma-glutamyltransferase activity / peptide cross-linking / extrinsic component of cytoplasmic side of plasma membrane / hair follicle morphogenesis / acyltransferase activity / keratinization / catalytic activity / keratinocyte differentiation / protein modification process ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Homo sapiens (ヒト)
synthetic construct (人工物)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.9 Å

データ登録者

Heggelund, J.E. / Sollid, L.M.

資金援助

ノルウェー, 3件

組織	認可番号	国
Other government	south eastern norway regional health authority (project 2020027)	ノルウェー
Other private	Stiftelsen KG Jebsen (project SKGJ-MED-017)	ノルウェー
Other government	University of Oslo World-leading research program on human immunology (WL-IMMUNOLOGY).	ノルウェー

引用

ジャーナル: Nat Commun / 年: 2025
タイトル: Enzyme-activating B-cell receptors boost antigen presentation to pathogenic T cells in gluten-sensitive autoimmunity.
著者: Iversen, R. / Heggelund, J.E. / Das, S. / Hoydahl, L.S. / Sollid, L.M.

履歴

登録	2024年1月9日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2025年3月12日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2025年3月19日	Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

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PDB形式	pdb8rmy.ent.gz	288.2 KB	表示	PDB形式
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その他	その他のダウンロード

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検証レポート

文書・要旨	8rmy_validation.pdf.gz	1.6 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	8rmy_full_validation.pdf.gz	1.7 MB	表示
XML形式データ	8rmy_validation.xml.gz	72.1 KB	表示
CIF形式データ	8rmy_validation.cif.gz	91.7 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/rm/8rmy ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/rm/8rmy	HTTPS FTP

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関連構造データ

関連構造データ	8rmxC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索
実験データセット #1	データ参照: 10.15151/ESRF-ES-1022934233 / データの種類: other data

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#209 - 2017年5月組織グルタミン転移酵素とセリアック病 (Tissue Transglutaminase and Celiac Disease) 類似性 (13) #21 - 2001年9月抗体 (Antibodies) 類似性 (1) #256 - 2021年4月 SARSコロナウイルス2型のスパイクと抗体 (SARS-CoV-2 Spike and Antibodies) 類似性 (1) #129 - 2010年9月イソクエン酸脱水素酵素 (Isocitrate Dehydrogenase) 類似性 (1) #154 - 2012年10月クエン酸回路 (Citric Acid Cycle) 類似性 (1) #191 - 2015年11月グルタミン酸開閉型塩化物イオン受容体 (Glutamate-gated Chloride Receptors) 類似性 (1) #215 - 2017年11月アスパラギン酸カルバモイル転移酵素 (Aspartate Transcarbamoylase) 類似性 (1) #258 - 2021年6月糖質コルチコイド受容体とデキサメタゾン (Glucocorticoid Receptor and Dexamethasone) 類似性 (1) #89 - 2007年5月アコニターゼと鉄調節タンパク質１ (Aconitase and Iron Regulatory Protein 1) 類似性 (1)

PDBのページ

PDBj /

wwPDB /

NCBI

「今月の分子」の関連する項目

#209 - 2017年5月
組織グルタミン転移酵素とセリアック病 (Tissue Transglutaminase and Celiac Disease)
類似性 (13)
#21 - 2001年9月
抗体 (Antibodies)
類似性 (1)
#256 - 2021年4月
SARSコロナウイルス2型のスパイクと抗体 (SARS-CoV-2 Spike and Antibodies)
類似性 (1)
#129 - 2010年9月
イソクエン酸脱水素酵素 (Isocitrate Dehydrogenase)
類似性 (1)
#154 - 2012年10月
クエン酸回路 (Citric Acid Cycle)
類似性 (1)
#191 - 2015年11月
グルタミン酸開閉型塩化物イオン受容体 (Glutamate-gated Chloride Receptors)
類似性 (1)
#215 - 2017年11月
アスパラギン酸カルバモイル転移酵素 (Aspartate Transcarbamoylase)
類似性 (1)
#258 - 2021年6月
糖質コルチコイド受容体とデキサメタゾン (Glucocorticoid Receptor and Dexamethasone)
類似性 (1)
#89 - 2007年5月
アコニターゼと鉄調節タンパク質１ (Aconitase and Iron Regulatory Protein 1)
類似性 (1)

登録構造単位

F: Antibody Fab fragment light chain IGKV4-1

C: Antibody Fab fragment light chain IGKV4-1

A: Protein-glutamine gamma-glutamyltransferase E

D: Protein-glutamine gamma-glutamyltransferase E

E: Antibody Fab fragment heavy chain IGHV2-5

B: Antibody Fab fragment heavy chain IGHV2-5

J: P6S-ONL-VAL-PRO-MLL

K: P6S-ONL-VAL-PRO-MLL

ヘテロ分子

200 kDa, 8 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

F: Antibody Fab fragment light chain IGKV4-1

D: Protein-glutamine gamma-glutamyltransferase E

E: Antibody Fab fragment heavy chain IGHV2-5

K: P6S-ONL-VAL-PRO-MLL

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
100 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

C: Antibody Fab fragment light chain IGKV4-1

A: Protein-glutamine gamma-glutamyltransferase E

B: Antibody Fab fragment heavy chain IGHV2-5

J: P6S-ONL-VAL-PRO-MLL

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
100 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	94.184, 260.191, 139.024
Angle α, β, γ (deg.)	90, 95.1, 90
Int Tables number	5
Space group name H-M	I121

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:

ID	Ens-ID	詳細
1	1	F
2	1	C
3	2	A
4	2	D
5	3	E
6	3	B

NCSドメイン領域:

Dom-ID	Component-ID	Ens-ID	Beg auth comp-ID	Beg label comp-ID	End auth comp-ID	End label comp-ID	Auth asym-ID	Label asym-ID	Auth seq-ID	Label seq-ID
1	1	1	ILE	ILE	ARG	ARG	F	A	2 - 216	2 - 216
2	1	1	ILE	ILE	ARG	ARG	C	B	2 - 216	2 - 216
3	2	2	ALA	ALA	LYS	LYS	A	C	2 - 459	2 - 459
4	2	2	ALA	ALA	LYS	LYS	D	D	2 - 459	2 - 459
5	3	3	ILE	ILE	VAL	VAL	E	E	2 - 216	2 - 216
6	3	3	ILE	ILE	VAL	VAL	B	F	2 - 216	2 - 216

NCSアンサンブル:

ID	詳細
1	Local NCS retraints between domains: 1 2
2	Local NCS retraints between domains: 3 4
3	Local NCS retraints between domains: 5 6

-
抗体 , 2種, 4分子 FCEB

#1: 抗体	Antibody Fab fragment light chain IGKV4-1 分子量: 24141.746 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 細胞株 (発現宿主): HEK293 / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト)
#3: 抗体	Antibody Fab fragment heavy chain IGHV2-5 分子量: 23642.766 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 細胞株 (発現宿主): HEK293 / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト)

-
タンパク質 / タンパク質・ペプチド , 2種, 4分子 ADJK

#2: タンパク質	Protein-glutamine gamma-glutamyltransferase E / Transglutaminase E / TG(E) / TGE / TGase E / Transglutaminase-3 / TGase-3 分子量: 51369.211 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: TGM3 / 細胞株 (発現宿主): Sf9 発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ) 参照: UniProt: Q08188, protein-glutamine gamma-glutamyltransferase
#4: タンパク質・ペプチド	P6S-ONL-VAL-PRO-MLL 分子量: 602.717 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)

#2: タンパク質

Protein-glutamine gamma-glutamyltransferase E / Transglutaminase E / TG(E) / TGE / TGase E / Transglutaminase-3 / TGase-3

分子量: 51369.211 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現)

Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: TGM3 / 細胞株 (発現宿主): Sf9
発現宿主:

Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
参照: UniProt: Q08188, protein-glutamine gamma-glutamyltransferase

#4: タンパク質・ペプチド

P6S-ONL-VAL-PRO-MLL

分子量: 602.717 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)

-
非ポリマー , 5種, 57分子

#5: 化合物	ChemComp-FLC / CITRATE ANION 分子量: 189.100 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₆H₅O₇
#6: 化合物	ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL 分子量: 62.068 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₆O₂
#7: 化合物	ChemComp-CA / CALCIUM ION 分子量: 40.078 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#8: 化合物	ChemComp-PO4 / PHOSPHATE ION 分子量: 94.971 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: PO₄
#9: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 46 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
詳細

研究の焦点であるリガンドがあるか	Y
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 4.33 Å³/Da / 溶媒含有率: 71.56 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5 詳細: 0.15 M phosphate-citrate pH 5.0, 40% ethanol and 5% PEG 400

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID23-1 / 波長: 0.8856 Å
検出器	タイプ: DECTRIS EIGER2 X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2023年1月24日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.8856 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.9→69.2 Å / Num. obs: 73407 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 5.5 % / CC_1/2: 0.983 / R_merge(I) obs: 0.122 / R_pim(I) all: 0.09 / R_rim(I) all: 0.153 / Χ²: 0.99 / Net I/σ(I): 5.9
反射シェル	解像度: 2.9→2.96 Å / 冗長度: 5.3 % / R_merge(I) obs: 1.857 / Mean I/σ(I) obs: 0.6 / Num. unique obs: 4520 / CC_1/2: 0.185 / R_pim(I) all: 1.41 / R_rim(I) all: 2.345 / Χ²: 0.93 / % possible all: 99.9

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0430 (refmacat 0.4.88)	精密化
DIALS	3.12.1	データ削減
Aimless	0.7.13	データスケーリング
PHASER	2.8.3	位相決定
Coot	0.9.8.92	モデル構築

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 2.9→69.2 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.935 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.945 / SU B: 21.279 / SU ML: 0.348 / 交差検証法: FREE R-VALUE / ESU R: 0.573 / ESU R Free: 0.32 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2425	3722	5.078 %
R_work	0.1947	69572	-
all	0.197	-	-
obs	-	73294	99.678 %

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.7 Å / 減衰半径: 0.7 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT

原子変位パラメータ

B_iso mean: 111.633 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	0.018 Å²	-0 Å²	2.423 Å²
2-	-	-4.602 Å²	-0 Å²
3-	-	-	4.086 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.9→69.2 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	13713	0	131	46	13890

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.01	0.012	14205
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.016	13030
X-RAY DIFFRACTION	r_ext_dist_refined_b	0.037	0.1	115249
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.012	1.789	19263
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	0.349	1.746	30027
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	8.733	5	1765
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	14.043	5	84
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	15.74	10	2265
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_6_deg	14.176	10	610
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.054	0.2	2131
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.01	0.02	16918
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	3354
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.213	0.2	2479
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_other	0.231	0.2	11948
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.185	0.2	6856
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbtor_other	0.084	0.2	7514
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.171	0.2	265
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_other	0.017	0.2	2
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_refined	0.169	0.2	16
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.204	0.2	45
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_refined	0.191	0.2	5
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	15.888	11.248	7097
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	15.877	11.249	7094
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	21.249	20.227	8841
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	21.251	20.228	8842
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	15.231	11.332	7108
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	15.217	11.328	7105
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	21.04	20.773	10422
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	21.022	20.766	10417
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_it	23.648	209.177	144857
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_other	23.649	209.181	144853
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_1	0.17	0.05	6043
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_2	0.083	0.05	14902
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_3	0.173	0.05	5270

Refine LS restraints NCS

Ens-ID	Dom-ID	Auth asym-ID	Refine-ID	タイプ	Rms dev position (Å)	Weight position
1	1	F	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.16984	0.05007
1	2	C	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.16984	0.05007
2	3	A	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.08325	0.05009
2	4	D	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.08325	0.05009
3	5	E	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.17333	0.05007
3	6	B	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.17333	0.05007

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 20

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	R_factor all	Num. reflection all	Fsc free	Fsc work	% reflection obs (%)	WR_factor R_work
2.9-2.975	0.393	275	0.382	5095	0.383	5449	0.883	0.889	98.5502	0.396
2.975-3.056	0.376	264	0.376	4948	0.376	5243	0.889	0.891	99.4087	0.388
3.056-3.144	0.397	275	0.356	4851	0.358	5150	0.888	0.908	99.534	0.365
3.144-3.241	0.362	269	0.339	4712	0.34	4996	0.906	0.925	99.6998	0.35
3.241-3.347	0.341	263	0.312	4562	0.314	4834	0.912	0.935	99.8138	0.319
3.347-3.464	0.341	243	0.282	4440	0.285	4688	0.92	0.947	99.8933	0.279
3.464-3.595	0.338	196	0.25	4289	0.254	4487	0.925	0.96	99.9554	0.246
3.595-3.741	0.31	207	0.232	4160	0.235	4372	0.937	0.968	99.8856	0.23
3.741-3.907	0.29	214	0.211	3957	0.215	4178	0.946	0.975	99.8325	0.206
3.907-4.097	0.255	197	0.187	3796	0.19	3996	0.959	0.979	99.9249	0.183
4.097-4.318	0.208	178	0.166	3581	0.168	3763	0.971	0.984	99.8937	0.166
4.318-4.578	0.194	170	0.147	3397	0.149	3582	0.974	0.987	99.5812	0.15
4.578-4.893	0.193	183	0.123	3210	0.126	3395	0.976	0.991	99.9411	0.124
4.893-5.283	0.189	166	0.133	2990	0.136	3158	0.979	0.989	99.9367	0.136
5.283-5.784	0.238	145	0.149	2746	0.153	2892	0.968	0.987	99.9654	0.152
5.784-6.461	0.196	134	0.155	2477	0.157	2615	0.974	0.986	99.847	0.159
6.461-7.449	0.284	118	0.167	2210	0.173	2330	0.962	0.984	99.9142	0.174
7.449-9.097	0.159	106	0.143	1859	0.144	1973	0.985	0.987	99.5945	0.155
9.097-12.756	0.144	78	0.137	1460	0.138	1541	0.987	0.989	99.8053	0.155
12.756-69.2	0.244	41	0.27	832	0.269	883	0.967	0.898	98.8675	1.057

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

すべてのお知らせ

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
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関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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