PDB-8rmx: Transglutaminase 3 in complex with DH patient-derived Fab DH63-A02

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 8rmx

タイトル

Transglutaminase 3 in complex with DH patient-derived Fab DH63-A02

要素

(Antibody Fab fragment ...) x 2
Protein-glutamine gamma-glutamyltransferase E

キーワード

TRANSFERASE / Transglutaminase / autoantibody / dermatitis herpetiformis

機能・相同性

機能・相同性情報

protein-glutamine gamma-glutamyltransferase / protein-glutamine gamma-glutamyltransferase activity / peptide cross-linking / extrinsic component of cytoplasmic side of plasma membrane / hair follicle morphogenesis / acyltransferase activity / keratinization / catalytic activity / keratinocyte differentiation / protein modification process ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.803 Å

データ登録者

Heggelund, J.E. / Sollid, L.M.

資金援助

ノルウェー, 3件

引用

ジャーナル: Nat Commun / 年: 2025
タイトル: Enzyme-activating B-cell receptors boost antigen presentation to pathogenic T cells in gluten-sensitive autoimmunity.
著者: Iversen, R. / Heggelund, J.E. / Das, S. / Hoydahl, L.S. / Sollid, L.M.

履歴

登録	2024年1月9日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2025年3月12日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2025年3月19日	Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	8rmx.cif.gz	367.5 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb8rmx.ent.gz	286.5 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	8rmx.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/rm/8rmx ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/rm/8rmx	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	8rmyC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#209 - 2017年5月組織グルタミン転移酵素とセリアック病 (Tissue Transglutaminase and Celiac Disease) 類似性 (13) #21 - 2001年9月抗体 (Antibodies) 類似性 (1) #256 - 2021年4月 SARSコロナウイルス2型のスパイクと抗体 (SARS-CoV-2 Spike and Antibodies) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Protein-glutamine gamma-glutamyltransferase E

E: Antibody Fab fragment heavy chain IGHV2-5

F: Antibody Fab fragment light chain IGKV4-1

D: Protein-glutamine gamma-glutamyltransferase E

B: Antibody Fab fragment heavy chain IGHV2-5

C: Antibody Fab fragment light chain IGKV4-1

ヘテロ分子

199 kDa, 6 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Protein-glutamine gamma-glutamyltransferase E

B: Antibody Fab fragment heavy chain IGHV2-5

C: Antibody Fab fragment light chain IGKV4-1

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
根拠: gel filtration
99.5 kDa, 3 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

E: Antibody Fab fragment heavy chain IGHV2-5

F: Antibody Fab fragment light chain IGKV4-1

D: Protein-glutamine gamma-glutamyltransferase E

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
根拠: gel filtration
99.6 kDa, 3 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	93.031, 264.004, 148.7
Angle α, β, γ (deg.)	90, 106.289, 90
Int Tables number	5
Space group name H-M	I121

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:

ID	Ens-ID	詳細
1	1	A
2	1	D
3	2	E
4	2	B
5	3	F
6	3	C

NCSドメイン領域:

Dom-ID	Component-ID	Ens-ID	Beg auth comp-ID	Beg label comp-ID	End auth comp-ID	End label comp-ID	Auth asym-ID	Label asym-ID	Auth seq-ID	Label seq-ID
1	1	1	ALA	ALA	LYS	LYS	A	A	2 - 461	2 - 461
2	1	1	ALA	ALA	LYS	LYS	D	D	2 - 461	2 - 461
3	2	2	GLN	GLN	GLU	GLU	E	B	1 - 217	1 - 217
4	2	2	GLN	GLN	GLU	GLU	B	E	1 - 217	1 - 217
5	3	3	ASP	ASP	GLY	GLY	F	C	1 - 217	1 - 217
6	3	3	ASP	ASP	GLY	GLY	C	F	1 - 217	1 - 217

NCSアンサンブル:

ID	詳細
1	Local NCS retraints between domains: 1 2
2	Local NCS retraints between domains: 3 4
3	Local NCS retraints between domains: 5 6

-
タンパク質 , 1種, 2分子 AD

#1: タンパク質	Protein-glutamine gamma-glutamyltransferase E / Transglutaminase E / TG(E) / TGE / TGase E / Transglutaminase-3 / TGase-3 分子量: 51369.211 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: TGM3 発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ) 参照: UniProt: Q08188, protein-glutamine gamma-glutamyltransferase

#1: タンパク質

Protein-glutamine gamma-glutamyltransferase E / Transglutaminase E / TG(E) / TGE / TGase E / Transglutaminase-3 / TGase-3

分子量: 51369.211 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現)

Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: TGM3
発現宿主:

Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
参照: UniProt: Q08188, protein-glutamine gamma-glutamyltransferase

-
抗体 , 2種, 4分子 EBFC

#2: 抗体	Antibody Fab fragment heavy chain IGHV2-5 分子量: 23539.623 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 細胞株 (発現宿主): HEK293 / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト)
#3: 抗体	Antibody Fab fragment light chain IGKV4-1 分子量: 24141.746 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 細胞株 (発現宿主): HEK293 / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト)

-
非ポリマー , 3種, 86分子

#4: 化合物	ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン分子量: 40.078 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#5: 化合物	ChemComp-PO4 / PHOSPHATE ION / ホスファ-ト分子量: 94.971 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: PO₄
#6: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 72 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
詳細

研究の焦点であるリガンドがあるか	Y
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.24 Å³/Da / 溶媒含有率: 45.2 %
結晶化	温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5 詳細: 0.15 M phosphate-citrate pH 5.0, 40% ethanol and 5% PEG 400

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

MAX IV

/ ビームライン: BioMAX / 波長: 0.9762 Å

検出器

タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2023年2月16日

放射

モノクロメーター: Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 0.9762 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 2.8→132.002 Å / Num. obs: 83425 / % possible obs: 99.3 % / 冗長度: 7.1 % / CC_1/2: 0.994 / R_merge(I) obs: 0.176 / R_pim(I) all: 0.108 / R_rim(I) all: 0.207 / Net I/σ(I): 5.1

反射シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Num. unique obs	CC_1/2	R_pim(I) all	R_rim(I) all
14.57-132	6.3	0.051	623	0.987	0.032	0.06
2.8-2.86	7.1	2.831	4064	0.395	1.747	3.336

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0430 (refmacat 0.4.88)	精密化
DIALS		データ削減
Aimless	0.7.13	データスケーリング
PHASER	2.8.3	位相決定
Coot	0.9.8.92	モデル構築

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 2.803→132 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.944 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.94 / SU B: 21.004 / SU ML: 0.342 / 交差検証法: FREE R-VALUE / ESU R: 0.448 / ESU R Free: 0.299 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2503	4243	5.086 %
R_work	0.205	79174	-
all	0.207	-	-
obs	-	83417	99.314 %

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.9 Å / 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT

原子変位パラメータ

B_iso mean: 107.009 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-4.769 Å²	0 Å²	3.479 Å²
2-	-	-7.571 Å²	0 Å²
3-	-	-	8.803 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.803→132 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	13743	0	46	72	13861

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.012	0.012	14141
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.016	12953
X-RAY DIFFRACTION	r_ext_dist_refined_b	0.055	0.1	123363
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.152	1.787	19190
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	0.389	1.747	29853
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	8.019	5	1768
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	11.746	5	72
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	14.816	10	2273
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_6_deg	14.661	10	613
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.06	0.2	2126
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.011	0.02	16840
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	3340
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.207	0.2	2341
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_other	0.219	0.2	11883
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.183	0.2	6905
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbtor_other	0.086	0.2	7475
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.154	0.2	271
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_other	0.084	0.2	2
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined	0.185	0.2	1
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_refined	0.242	0.2	12
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.288	0.2	42
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_refined	0.324	0.2	9
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	14.113	10.706	7106
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	14.108	10.707	7106
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	18.081	19.235	8856
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	18.08	19.236	8857
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	15.04	10.915	7035
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	14.708	10.89	7002
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	19.375	19.944	10334
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	19.099	19.908	10287
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_it	21.858	205.266	151226
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_other	21.858	205.252	151212
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_1	0.083	0.05	15201
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_2	0.136	0.05	5654
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_3	0.119	0.05	6542

Refine LS restraints NCS

Ens-ID	Dom-ID	Auth asym-ID	Refine-ID	タイプ	Rms dev position (Å)	Weight position
1	1	A	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.08273	0.05009
1	2	D	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.08273	0.05009
2	3	E	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.13581	0.05008
2	4	B	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.13581	0.05008
3	5	F	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.11923	0.05008
3	6	C	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.11923	0.05008

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 20

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	R_factor all	Num. reflection all	Fsc free	Fsc work	% reflection obs (%)	WR_factor R_work
2.803-2.876	0.439	248	0.416	5351	0.417	6168	0.804	0.825	90.775	0.428
2.876-2.955	0.467	308	0.406	5741	0.409	6049	0.798	0.826	100	0.415
2.955-3.041	0.393	298	0.386	5606	0.387	5904	0.858	0.857	100	0.393
3.041-3.134	0.383	308	0.362	5377	0.363	5685	0.858	0.883	100	0.366
3.134-3.237	0.357	269	0.329	5284	0.33	5553	0.906	0.914	100	0.326
3.237-3.35	0.331	277	0.291	5047	0.293	5324	0.921	0.936	100	0.285
3.35-3.477	0.286	247	0.244	4935	0.246	5182	0.943	0.958	100	0.236
3.477-3.619	0.294	265	0.23	4721	0.233	4986	0.939	0.965	100	0.222
3.619-3.779	0.248	228	0.202	4523	0.204	4751	0.961	0.974	100	0.196
3.779-3.964	0.242	245	0.182	4298	0.185	4543	0.964	0.979	100	0.178
3.964-4.178	0.216	223	0.158	4128	0.16	4351	0.968	0.984	100	0.156
4.178-4.431	0.212	220	0.137	3901	0.141	4121	0.972	0.988	100	0.14
4.431-4.737	0.208	203	0.141	3656	0.145	3859	0.973	0.987	100	0.148
4.737-5.116	0.22	192	0.146	3395	0.149	3587	0.975	0.988	100	0.155
5.116-5.603	0.233	194	0.152	3127	0.156	3321	0.974	0.989	100	0.162
5.603-6.263	0.228	140	0.171	2855	0.173	2995	0.969	0.984	100	0.183
6.263-7.229	0.211	112	0.169	2543	0.171	2655	0.974	0.984	100	0.184
7.229-8.847	0.196	118	0.151	2108	0.153	2226	0.975	0.987	100	0.17
8.847-12.484	0.147	95	0.149	1655	0.149	1750	0.988	0.989	100	0.167
12.484-132	0.241	53	0.271	923	0.27	983	0.954	0.921	99.2879	0.777

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

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