PDB-8rky: X-ray structure of the drug binding domain of AlbA in complex wit...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 8rky

タイトル

X-ray structure of the drug binding domain of AlbA in complex with the KMR-14-14 compound of the pyrrolobenzodiazepines class

要素

Albicidin resistance protein

キーワード

DNA BINDING PROTEIN / DRUG BINDING / BACTERIAL RESISTANCE / PYRROLOBENZODIAZEPINES

機能・相同性

TipAS antibiotic-recognition domain / TipAS antibiotic-recognition domain / : / : / (2S,3S)-1,4-DIMERCAPTOBUTANE-2,3-DIOL / Albicidin resistance protein

機能・相同性情報

生物種

Klebsiella oxytoca (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.17 Å

データ登録者

Di Palma, M. / Surani, Y.M. / Rahman, K.M. / Steiner, R.A.

資金援助

英国,

イタリア, 2件

引用

ジャーナル: To Be Published
タイトル: X-ray structure of the drug binding domain of AlbA in complex with the KMR-14-14 compound of the pyrrolobenzodiazepines class
著者: Di Palma, M. / Surani, Y.M. / Rahman, K.M. / Steiner, R.A.

履歴

登録	2024年1月1日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2025年1月15日	Provider: repository / タイプ: Initial release

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	8rky.cif.gz	289.6 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb8rky.ent.gz		表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	8rky.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

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検証レポート

文書・要旨	8rky_validation.pdf.gz	1.6 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	8rky_full_validation.pdf.gz	1.6 MB	表示
XML形式データ	8rky_validation.xml.gz	33.8 KB	表示
CIF形式データ	8rky_validation.cif.gz	43.2 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/rk/8rky ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/rk/8rky	HTTPS FTP

-
関連構造データ

類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

BBB: Albicidin resistance protein

CCC: Albicidin resistance protein

AAA: Albicidin resistance protein

ヘテロ分子

83.6 kDa, 3 ポリマー
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1

BBB: Albicidin resistance protein

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
根拠: gel filtration
27.9 kDa, 1 ポリマー
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2

CCC: Albicidin resistance protein

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
27.8 kDa, 1 ポリマー
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3

AAA: Albicidin resistance protein

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
28 kDa, 1 ポリマー
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単位格子

Length a, b, c (Å)	182.631, 118.950, 57.702
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 92.073, 90.000
Int Tables number	5
Space group name H-M	C121

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:

ID	Ens-ID	詳細
1	1	BBB
2	1	CCC
3	2	BBB
4	2	AAA
5	3	CCC
6	3	AAA

NCSドメイン領域:

Beg auth comp-ID: GLY / Beg label comp-ID: GLY / End auth comp-ID: GLN / End label comp-ID: GLN

Dom-ID	Component-ID	Ens-ID	Auth asym-ID	Label asym-ID	Auth seq-ID	Label seq-ID
1	1	1	BBB	A	0 - 216	1 - 217
2	2	1	CCC	B	0 - 216	1 - 217
3	1	2	BBB	A	0 - 214	1 - 215
4	2	2	AAA	C	0 - 214	1 - 215
5	1	3	CCC	B	0 - 214	1 - 215
6	2	3	AAA	C	0 - 214	1 - 215

NCSアンサンブル:

ID	詳細
1	Local NCS retraints between domains: 1 2
2	Local NCS retraints between domains: 3 4
3	Local NCS retraints between domains: 5 6

#1: タンパク質	Albicidin resistance protein 分子量: 26081.402 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Klebsiella oxytoca (バクテリア) / 遺伝子: albA / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q8KRS7
#2: 化合物	ChemComp-A1H1R / ethyl 4-[[5-[[4-[4-[[(6~{a}~{S})-2-methoxy-11-oxidanylidene-6~{a},7,8,9-tetrahydropyrrolo[2,1-c][1,4]benzodiazepin-3-yl]oxy]butanoylamino]-1-methyl-pyrrol-2-yl]carbonylamino]-1-benzothiophen-2-yl]carbonylamino]-1-methyl-imidazole-2-carboxylate 分子量: 780.849 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃₉H₄₀N₈O₈S / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物	ChemComp-A1H1Q / ~{S}-[(2~{S},3~{S})-2,3-bis(oxidanyl)-4-sulfanyl-butyl] 4-[[5-[[4-[4-[[(6~{a}~{S})-2-methoxy-11-oxidanylidene-6~{a},7,8,9-tetrahydropyrrolo[2,1-c][1,4]benzodiazepin-3-yl]oxy]butanoylamino]-1-methyl-pyrrol-2-yl]carbonylamino]-1-benzothiophen-2-yl]carbonylamino]-1-methyl-imidazole-2-carbothioate 分子量: 889.031 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₄₁H₄₄N₈O₉S₃ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 化合物	ChemComp-DTV / (2S,3S)-1,4-DIMERCAPTOBUTANE-2,3-DIOL / D-DTT 分子量: 154.251 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₄H₁₀O₂S₂
#5: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 226 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y
Has protein modification	N

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 4 Å³/Da / 溶媒含有率: 69.27 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.5 / 詳細: 1.2M Ammonium sulphate

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID30B / 波長: 0.87313 Å
検出器	タイプ: DECTRIS EIGER2 X 9M / 検出器: PIXEL / 日付: 2023年6月14日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.87313 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.17→49.49 Å / Num. obs: 64940 / % possible obs: 99.8 % / 冗長度: 4.2 % / CC_1/2: 0.999 / R_merge(I) obs: 0.055 / R_pim(I) all: 0.03 / Net I/σ(I): 12.3
反射シェル	解像度: 2.17→2.25 Å / 冗長度: 4.4 % / R_merge(I) obs: 1.435 / Mean I/σ(I) obs: 0.9 / Num. unique obs: 6345 / CC_1/2: 0.365 / R_pim(I) all: 0.764 / % possible all: 100

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0267	精密化
XDS		データ削減
Aimless		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 2.17→49.49 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.963 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.955 / SU B: 12.301 / SU ML: 0.154 / 交差検証法: FREE R-VALUE / ESU R: 0.186 / ESU R Free: 0.162 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2337	3278	5.05 %
R_work	0.2084	61627	-
all	0.21	-	-
obs	-	64905	99.745 %

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT

原子変位パラメータ

B_iso mean: 68.747 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	0.489 Å²	-0 Å²	-0.421 Å²
2-	-	-0.365 Å²	-0 Å²
3-	-	-	-0.093 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.17→49.49 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	5358	0	370	226	5954

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.005	0.013	6040
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.002	0.015	5453
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.273	1.656	8211
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	1.187	1.638	12487
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	4.692	5	674
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	31.335	21.763	380
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	15.23	15	993
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	20.761	15	58
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.055	0.2	701
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.012	0.021	7633
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	1549
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.209	0.2	1331
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_other	0.18	0.2	4955
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.158	0.2	2913
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbtor_other	0.078	0.2	2570
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.173	0.2	217
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_other	0.022	0.2	2
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_refined	0.225	0.2	33
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.173	0.2	74
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_refined	0.176	0.2	20
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	1.722	4.714	2666
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	1.722	4.713	2665
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	2.863	7.058	3350
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	2.862	7.06	3351
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	2.309	5.593	3374
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	2.309	5.594	3375
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	3.893	8.279	4861
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	3.892	8.281	4862
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_it	9.317	58.231	6928
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_other	9.339	58.043	6879
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_1	0.096	0.05	7167
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_2	0.085	0.05	7179
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_3	0.09	0.05	7179

Refine LS restraints NCS

Ens-ID	Dom-ID	Auth asym-ID	Refine-ID	タイプ	Rms dev position (Å)	Weight position
1	1	BBB	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.09611	0.05008
1	2	CCC	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.09611	0.05008
2	3	BBB	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.08469	0.05008
2	4	AAA	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.08469	0.05008
3	5	CCC	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.08976	0.05008
3	6	AAA	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.08976	0.05008

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.17-2.226	0.373	251	0.367	4533	X-RAY DIFFRACTION	99.4388
2.226-2.287	0.346	221	0.337	4397	X-RAY DIFFRACTION	99.6978
2.287-2.354	0.309	223	0.312	4322	X-RAY DIFFRACTION	99.978
2.354-2.426	0.315	220	0.284	4203	X-RAY DIFFRACTION	99.9774
2.426-2.506	0.283	225	0.267	4055	X-RAY DIFFRACTION	99.9766
2.506-2.593	0.284	213	0.249	3947	X-RAY DIFFRACTION	99.7841
2.593-2.691	0.3	214	0.24	3760	X-RAY DIFFRACTION	99.9246
2.691-2.801	0.237	201	0.231	3656	X-RAY DIFFRACTION	99.9482
2.801-2.925	0.282	204	0.235	3455	X-RAY DIFFRACTION	99.9727
2.925-3.068	0.277	200	0.228	3353	X-RAY DIFFRACTION	100
3.068-3.234	0.313	141	0.246	3224	X-RAY DIFFRACTION	99.9703
3.234-3.43	0.255	158	0.233	3011	X-RAY DIFFRACTION	99.9054
3.43-3.666	0.232	157	0.215	2830	X-RAY DIFFRACTION	99.5003
3.666-3.96	0.235	124	0.186	2630	X-RAY DIFFRACTION	99.6382
3.96-4.337	0.171	131	0.171	2446	X-RAY DIFFRACTION	99.383
4.337-4.848	0.203	119	0.164	2188	X-RAY DIFFRACTION	99.2685
4.848-5.595	0.223	77	0.187	1963	X-RAY DIFFRACTION	99.2218
5.595-6.848	0.21	86	0.193	1652	X-RAY DIFFRACTION	99.5418
6.848-9.661	0.165	85	0.153	1278	X-RAY DIFFRACTION	99.8535
9.661-49.49	0.181	28	0.177	724	X-RAY DIFFRACTION	97.5357

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	8.0306	-4.1962	2.846	15.815	-12.8778	10.5545	0.8294	1.1966	0.7045	-1.897	-0.1276	0.7791	1.4236	0.0292	-0.7018	0.6866	0.0582	-0.0232	0.4113	0.2676	0.3243	3.0263	-7.7943	-18.6245
2	2.9489	-2.0034	-6.4878	13.3906	2.1597	14.7357	-0.1166	0.2822	-0.0599	-1.277	0.096	0.7993	0.5463	-0.5303	0.0206	0.2147	0.096	0.033	0.5359	0.1592	0.3992	12.3943	-9.8803	-18.9452
3	1.7761	0.4981	-0.7793	8.0078	-4.919	6.7257	-0.082	0.1507	0.0813	-0.1894	-0.0858	-0.0931	0.2356	-0.0457	0.1678	0.0482	0.0356	0.0348	0.1783	-0.0382	0.1466	19.0425	-24.3781	-12.5666
4	3.0658	-0.7714	1.0665	3.4944	0.9931	8.7203	-0.0407	-0.0744	-0.1806	0.1797	-0.1775	-0.3956	0.3675	0.376	0.2182	0.0307	0.0444	-0.0063	0.179	0.031	0.1813	22.556	-25.1665	-0.3245
5	12.2399	-6.6471	-1.2225	7.5407	-2.2557	7.0952	-0.0529	0.1772	1.7007	0.3484	0.2358	-0.8384	-1.0228	-0.0343	-0.1829	0.2131	0.0578	0.021	0.1265	0.0706	0.2542	14.4174	-10.1143	-8.5078
6	6.4088	5.1026	0.0847	11.1398	5.6335	4.4741	-0.0697	0.6195	0.4425	-0.2592	0.1879	0.2634	-0.0355	-0.0865	-0.1182	0.1723	0.1923	-0.0752	0.3216	0.015	0.1539	3.6387	-16.5696	-11.7878
7	5.5958	0.6556	6.5214	3.4163	1.8335	8.4211	0.1129	-0.1167	0.0562	-0.6119	-0.4207	0.3865	0.0076	-0.5729	0.3078	0.1487	0.0153	-0.0164	0.36	-0.0609	0.2077	7.7293	-24.1503	-14.1662
8	4.2852	1.7664	7.5232	1.5399	4.3348	15.096	0.5096	-0.0248	-0.2843	0.1633	-0.3447	0.114	0.8247	-0.5991	-0.1649	0.0798	0.0093	-0.0069	0.307	-0.0399	0.2146	10.8856	-25.4912	-4.2098
9	2.4829	0.9112	4.7539	2.2133	1.64	11.1347	-0.0388	0.1066	0.0174	0.0149	-0.0278	0.0525	-0.2577	-0.0454	0.0666	0.0184	0.0212	0.0005	0.04	-0.0017	0.0113	19.6242	-18.0097	9.4977
10	9.8298	-2.0767	3.2822	5.3518	-2.6834	2.1342	0.3061	-0.0132	0.0172	-0.3793	-0.1408	0.3022	0.3989	-0.102	-0.1653	0.1621	-0.1051	-0.0146	0.1094	0.0204	0.1965	10.5405	-17.1073	12.1832
11	5.8129	-5.2263	0.5005	13.3902	-11.7541	14.8669	0.164	0.0929	0.3237	-0.2861	0.4769	0.1575	-0.0743	-0.7016	-0.6409	0.5829	-0.0753	0.0631	0.1602	0.091	0.4966	8.0091	-3.9785	1.8387
12	11.2493	-7.6058	-5.7555	5.1472	3.9898	5.9577	0.0095	0.2203	-0.6561	-0.0383	-0.1387	0.4155	-0.7289	-0.115	0.1291	0.5433	-0.0186	0.0033	0.391	0.079	0.5772	9.1473	6.1164	-3.3989
13	6.6124	2.1932	-2.2074	5.8272	-0.676	0.7681	-0.2765	0.4768	-0.0198	-0.0151	0.1784	-0.2052	0.005	-0.2241	0.0981	0.4891	0.1435	-0.0771	0.3885	-0.1102	0.5276	10.8755	11.7758	2.9276
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56	1.7162	2.0525	1.4012	4.8389	0.8877	5.5172	-0.0231	-0.3793	-0.0906	0.2932	-0.168	0.104	-0.0893	-0.2025	0.1911	0.1357	0.0032	0.0527	0.2329	-0.0062	0.2022	30.7626	-1.5598	-29.8037
57	0.8626	-0.3747	0.2265	7.4349	2.7763	4.0319	-0.0381	0.3258	-0.1437	0.1266	0.2731	0.4668	0.0454	-0.2695	-0.235	0.2086	-0.0515	0.0436	0.2547	0.0001	0.2559	34.8286	8.2742	-25.5005
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59	3.7723	1.0112	4.7871	11.2611	-4.2704	8.8848	0.0092	0.1295	-0.0129	0.1822	-0.1026	-0.204	-0.0986	0.1984	0.0935	0.2875	0.0214	-0.0484	0.5921	0.0482	0.2763	28.3133	12.081	-43.5644
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精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	ALL	AAA	0 - 13
2	X-RAY DIFFRACTION	2	ALL	AAA	14 - 19
3	X-RAY DIFFRACTION	3	ALL	AAA	20 - 41
4	X-RAY DIFFRACTION	4	ALL	AAA	42 - 55
5	X-RAY DIFFRACTION	5	ALL	AAA	56 - 70
6	X-RAY DIFFRACTION	6	ALL	AAA	71 - 84
7	X-RAY DIFFRACTION	7	ALL	AAA	85 - 92
8	X-RAY DIFFRACTION	8	ALL	AAA	93 - 97
9	X-RAY DIFFRACTION	9	ALL	AAA	98 - 117
10	X-RAY DIFFRACTION	10	ALL	AAA	118 - 131
11	X-RAY DIFFRACTION	11	ALL	AAA	132 - 141
12	X-RAY DIFFRACTION	12	ALL	AAA	142 - 146
13	X-RAY DIFFRACTION	13	ALL	AAA	147 - 151
14	X-RAY DIFFRACTION	14	ALL	AAA	152 - 159
15	X-RAY DIFFRACTION	15	ALL	AAA	160 - 175
16	X-RAY DIFFRACTION	16	ALL	AAA	176 - 187
17	X-RAY DIFFRACTION	17	ALL	AAA	188 - 193
18	X-RAY DIFFRACTION	18	ALL	AAA	194 - 204
19	X-RAY DIFFRACTION	19	ALL	AAA	205 - 212
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21	X-RAY DIFFRACTION	21	ALL	BBB	0 - 13
22	X-RAY DIFFRACTION	22	ALL	BBB	14 - 19
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29	X-RAY DIFFRACTION	29	ALL	BBB	89 - 120
30	X-RAY DIFFRACTION	30	ALL	BBB	121 - 125
31	X-RAY DIFFRACTION	31	ALL	BBB	126 - 141
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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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