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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 8rkv | |||||||||
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タイトル | Conformational Landscape of the Type V-K CRISPR-associated TransposonIntegration Assembly CAST V-K TnsB domain local-refinement map | |||||||||
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![]() | DNA BINDING PROTEIN / CRISPR-associated Transposon genome editing transposition | |||||||||
機能・相同性 | ![]() | |||||||||
生物種 | ![]() | |||||||||
手法 | 電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.11 Å | |||||||||
![]() | Tenjo-Castano, F. / Mesa, P. / Montoya, G. | |||||||||
資金援助 | ![]()
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![]() | ![]() タイトル: Conformational landscape of the type V-K CRISPR-associated transposon integration assembly. 著者: Francisco Tenjo-Castaño / Nicholas Sofos / Luisa S Stutzke / Piero Temperini / Anders Fuglsang / Tillmann Pape / Pablo Mesa / Guillermo Montoya / ![]() 要旨: CRISPR-associated transposons (CASTs) are mobile genetic elements that co-opt CRISPR-Cas systems for RNA-guided DNA transposition. CASTs integrate large DNA cargos into the attachment (att) site ...CRISPR-associated transposons (CASTs) are mobile genetic elements that co-opt CRISPR-Cas systems for RNA-guided DNA transposition. CASTs integrate large DNA cargos into the attachment (att) site independently of homology-directed repair and thus hold promise for eukaryotic genome engineering. However, the functional diversity and complexity of CASTs hinder an understanding of their mechanisms. Here, we present the high-resolution cryoelectron microscopy (cryo-EM) structure of the reconstituted ∼1 MDa post-transposition complex of the type V-K CAST, together with different assembly intermediates and diverse TnsC filament lengths, thus enabling the recapitulation of the integration complex formation. The results of mutagenesis experiments probing the roles of specific residues and TnsB-binding sites show that transposition activity can be enhanced and suggest that the distance between the PAM and att sites is determined by the lengths of the TnsB C terminus and the TnsC filament. This singular model of RNA-guided transposition provides a foundation for repurposing the system for genome-editing applications. | |||||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 433.2 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 338.4 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 1.4 MB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 1.4 MB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 63.7 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 100.5 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | ![]() 19284MC ![]() 8axaC ![]() 8rduC ![]() 8rktC ![]() 8rkuC C: 同じ文献を引用 ( M: このデータのモデリングに利用したマップデータ |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性 ![]() |
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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要素
-Non-target strand - ... , 2種, 2分子 26
#1: DNA鎖 | 分子量: 20961.504 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) ![]() |
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#5: DNA鎖 | 分子量: 24402.717 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) ![]() |
-DNA鎖 , 4種, 4分子 3457
#2: DNA鎖 | 分子量: 40822.160 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) ![]() |
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#3: DNA鎖 | 分子量: 23238.008 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) ![]() |
#4: DNA鎖 | 分子量: 22876.809 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) ![]() |
#6: DNA鎖 | 分子量: 4559.971 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) ![]() |
-タンパク質 / 非ポリマー , 2種, 6分子 RSTU![](data/chem/img/MG.gif)
![](data/chem/img/MG.gif)
#7: タンパク質 | 分子量: 66592.945 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() 発現宿主: ![]() ![]() #8: 化合物 | |
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-詳細
研究の焦点であるリガンドがあるか | N |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: 電子顕微鏡法 |
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EM実験 | 試料の集合状態: PARTICLE / 3次元再構成法: 単粒子再構成法 |
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試料調製
構成要素 | 名称: Type V-K CRISPR-associated transposon post-transposition state after transesterification (TnsB domain) タイプ: COMPLEX / Entity ID: #1-#7 / 由来: RECOMBINANT |
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分子量 | 値: 1 MDa / 実験値: NO |
由来(天然) | 生物種: ![]() |
由来(組換発現) | 生物種: ![]() ![]() |
緩衝液 | pH: 7 |
試料 | 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES |
試料支持 | グリッドの材料: GOLD / グリッドのサイズ: 300 divisions/in. / グリッドのタイプ: UltrAuFoil R0./1 |
急速凍結 | 凍結剤: ETHANE |
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電子顕微鏡撮影
実験機器 | ![]() モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
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顕微鏡 | モデル: FEI TITAN KRIOS |
電子銃 | 電子線源: ![]() |
電子レンズ | モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス(公称値): 2000 nm / 最小 デフォーカス(公称値): 800 nm |
試料ホルダ | 試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER |
撮影 | 電子線照射量: 40 e/Å2 フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON IV (4k x 4k) 実像数: 19936 |
電子光学装置 | エネルギーフィルター名称: TFS Selectris X |
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解析
EMソフトウェア |
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CTF補正 | タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION | ||||||||||||||||||||||||||||||||
3次元再構成 | 解像度: 3.11 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 154000 / 対称性のタイプ: POINT | ||||||||||||||||||||||||||||||||
原子モデル構築 | プロトコル: AB INITIO MODEL |