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- PDB-8rku: Conformational Landscape of the Type V-K CRISPR-associated Transp... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8rku
タイトルConformational Landscape of the Type V-K CRISPR-associated TransposonIntegration Assembly CAST V-K TnsC domain local-refinement map
要素
  • Non-target strand - LE
  • ShTnsC
  • Target strand - LE
キーワードDNA BINDING PROTEIN / CRISPR-associated Transposon genome editing transposition
機能・相同性Bacterial TniB / Bacterial TniB protein / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase / ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE / DNA / DNA (> 10) / DNA (> 100) / TnsC
機能・相同性情報
生物種Scytonema hofmannii (バクテリア)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.3 Å
データ登録者Tenjo-Castano, F. / Mesa, P. / Montoya, G.
資金援助 デンマーク, European Union, 2件
組織認可番号国
Novo Nordisk FoundationNNF14CC0001 デンマーク
European Research Council (ERC)101096548European Union
引用ジャーナル: Mol Cell / 年: 2024
タイトル: Conformational landscape of the type V-K CRISPR-associated transposon integration assembly.
著者: Francisco Tenjo-Castaño / Nicholas Sofos / Luisa S Stutzke / Piero Temperini / Anders Fuglsang / Tillmann Pape / Pablo Mesa / Guillermo Montoya /
要旨: CRISPR-associated transposons (CASTs) are mobile genetic elements that co-opt CRISPR-Cas systems for RNA-guided DNA transposition. CASTs integrate large DNA cargos into the attachment (att) site ...CRISPR-associated transposons (CASTs) are mobile genetic elements that co-opt CRISPR-Cas systems for RNA-guided DNA transposition. CASTs integrate large DNA cargos into the attachment (att) site independently of homology-directed repair and thus hold promise for eukaryotic genome engineering. However, the functional diversity and complexity of CASTs hinder an understanding of their mechanisms. Here, we present the high-resolution cryoelectron microscopy (cryo-EM) structure of the reconstituted ∼1 MDa post-transposition complex of the type V-K CAST, together with different assembly intermediates and diverse TnsC filament lengths, thus enabling the recapitulation of the integration complex formation. The results of mutagenesis experiments probing the roles of specific residues and TnsB-binding sites show that transposition activity can be enhanced and suggest that the distance between the PAM and att sites is determined by the lengths of the TnsB C terminus and the TnsC filament. This singular model of RNA-guided transposition provides a foundation for repurposing the system for genome-editing applications.
履歴
登録2023年12月30日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02024年6月19日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年7月3日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / em_admin
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first / _em_admin.last_update

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
2: Non-target strand - LE
3: Target strand - LE
D: ShTnsC
E: ShTnsC
F: ShTnsC
G: ShTnsC
H: ShTnsC
I: ShTnsC
J: ShTnsC
K: ShTnsC
L: ShTnsC
M: ShTnsC
N: ShTnsC
O: ShTnsC
P: ShTnsC
Q: ShTnsC
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)508,83144
ポリマ－501,39116
非ポリマー7,44128
水9,692538
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: 電子顕微鏡法, not applicable
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1

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要素

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DNA鎖 , 2種, 2分子 23

#1: DNA鎖 Non-target strand - LE


分子量: 20961.504 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Scytonema hofmannii (バクテリア)
#2: DNA鎖 Target strand - LE


分子量: 40822.160 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Scytonema hofmannii (バクテリア)

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タンパク質 , 1種, 14分子 DEFGHIJKLMNOPQ

#3: タンパク質
ShTnsC


分子量: 31400.496 Da / 分子数: 14 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Scytonema hofmannii (バクテリア)
発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A8J0PCL3

-
非ポリマー , 3種, 566分子

#4: 化合物
ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 14 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#5: 化合物
ChemComp-ATP / ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE / ATP


分子量: 507.181 Da / 分子数: 14 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H16N5O13P3 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION / コメント: ATP, エネルギー貯蔵分子*YM
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 538 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

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試料調製

構成要素名称: Type V-K CRISPR-associated transposon post-transposition state after transesterification
タイプ: COMPLEX / Entity ID: #1-#3 / 由来: RECOMBINANT
分子量値: 1 MDa / 実験値: NO
由来(天然)生物種: Scytonema hofmannii (バクテリア)
由来(組換発現)生物種: Escherichia coli (大腸菌)
緩衝液pH: 7
試料