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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 8rks | |||||||||
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タイトル | Structure of VPS29-VPS35 bound to the LFa motif R21 of Fam21. | |||||||||
要素 |
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キーワード | TRANSPORT PROTEIN (運搬体タンパク質) / Retromer (レトロマー) / FAM21 / Membrane trafficking | |||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 positive regulation of locomotion involved in locomotory behavior / neurotransmitter receptor transport, endosome to plasma membrane / regulation of postsynapse assembly / mitochondrion-derived vesicle / negative regulation of protein localization / negative regulation of protein homooligomerization / regulation of dendritic spine maintenance / tubular endosome / mitochondrion to lysosome vesicle-mediated transport / positive regulation of Wnt protein secretion ...positive regulation of locomotion involved in locomotory behavior / neurotransmitter receptor transport, endosome to plasma membrane / regulation of postsynapse assembly / mitochondrion-derived vesicle / negative regulation of protein localization / negative regulation of protein homooligomerization / regulation of dendritic spine maintenance / tubular endosome / mitochondrion to lysosome vesicle-mediated transport / positive regulation of Wnt protein secretion / regulation of terminal button organization / retromer, cargo-selective complex / WASH complex / vesicle-mediated transport in synapse / WNT ligand biogenesis and trafficking / retromer complex binding / phosphatidylinositol phosphate binding / negative regulation of late endosome to lysosome transport / regulation of Arp2/3 complex-mediated actin nucleation / negative regulation of lysosomal protein catabolic process / positive regulation of dopamine receptor signaling pathway / positive regulation of dopamine biosynthetic process / mitochondrial fragmentation involved in apoptotic process / retromer complex / protein localization to endosome / dopaminergic synapse / regulation of synapse maturation / neurotransmitter receptor transport, endosome to postsynaptic membrane / voluntary musculoskeletal movement / regulation of protein metabolic process / transcytosis / endocytic recycling / positive regulation of protein localization to cell periphery / retrograde transport, endosome to Golgi / regulation of mitochondrion organization / endosomal transport / positive regulation of mitochondrial fission / lysosome organization / regulation of presynapse assembly / D1 dopamine receptor binding / regulation of macroautophagy / intracellular protein transport / protein destabilization / modulation of chemical synaptic transmission / regulation of protein stability / Wntシグナル経路 / negative regulation of inflammatory response / positive regulation of protein catabolic process / positive regulation of canonical Wnt signaling pathway / protein transport / late endosome / presynapse / early endosome membrane / postsynaptic density / リソソーム / エンドソーム / endosome membrane / エンドソーム / neuron projection / lysosomal membrane / negative regulation of gene expression / intracellular membrane-bounded organelle / neuronal cell body / glutamatergic synapse / positive regulation of gene expression / 核小体 / perinuclear region of cytoplasm / extracellular exosome / metal ion binding / 細胞膜 / 細胞質基質 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | Homo sapiens (ヒト) | |||||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.1 Å | |||||||||
データ登録者 | Romano-Moreno, M. / Astorga-Simon, E.N. / Rojas, A.L. / Hierro, A. | |||||||||
資金援助 | スペイン, 2件
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引用 | ジャーナル: Protein Sci. / 年: 2024 タイトル: Retromer-mediated recruitment of the WASH complex involves discrete interactions between VPS35, VPS29, and FAM21. 著者: Romano-Moreno, M. / Astorga-Simon, E.N. / Rojas, A.L. / Hierro, A. | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 8rks.cif.gz | 382.6 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb8rks.ent.gz | 314.5 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 8rks.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/rk/8rks ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/rk/8rks | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索 |
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-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 20531.705 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: VPS29, DC15, DC7, MDS007 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q9UBQ0 #2: タンパク質 | 分子量: 35834.652 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: VPS35, MEM3, TCCCTA00141 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q96QK1 #3: タンパク質・ペプチド | 分子量: 790.818 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: FAM21 Peptide / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: WASHC2A, FAM21A, FAM21B / 発現宿主: synthetic construct (人工物) / 参照: UniProt: Q641Q2 |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.64 Å3/Da / 溶媒含有率: 53.41 % |
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結晶化 | 温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8.5 / 詳細: 0.1 M NaCl, 20% PEG3350 0.1 M Tris pH 8.5 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: ALBA / ビームライン: XALOC / 波長: 0.97907 Å |
検出器 | タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年3月20日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.97907 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.972→146.15 Å / Num. obs: 31911 / % possible obs: 65.4 % / 冗長度: 7 % / Rmerge(I) obs: 0.166 / Rpim(I) all: 0.067 / Rrim(I) all: 0.18 / Net I/σ(I): 7.4 |
反射 シェル | 解像度: 2.972→3.315 Å / % possible obs: 11.7 % / 冗長度: 7 % / Rmerge(I) obs: 1.576 / Num. measured all: 11011 / Num. unique obs: 1584 / Rpim(I) all: 0.639 / Rrim(I) all: 1.703 / Net I/σ(I) obs: 1.3 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 3.1→146.15 Å / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 90.94 / 位相誤差: 30.54 / 立体化学のターゲット値: TWIN_LSQ_F
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 3.1→146.15 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル |
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