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- PDB-8rkq: Structure of human DELTA-1-PYRROLINE-5-CARBOXYLATE DEHYDROGENASE ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8rkq
タイトルStructure of human DELTA-1-PYRROLINE-5-CARBOXYLATE DEHYDROGENASE (ALDH4A1) complexed with the molecular tweezer CLR01
要素Delta-1-pyrroline-5-carboxylate dehydrogenase, mitochondrial
キーワードOXIDOREDUCTASE / ALDEHYDE DEHYDROGENASE / ALDH4A1 / ROSSMANN FOLD / NAD / MOLECULAR TWEEZER / SUPRAMOLECULAR LIGANDS / PROTEIN-PROTEIN INTERACTIONS
機能・相同性
機能・相同性情報


Proline catabolism / proline metabolic process / 4-hydroxyproline catabolic process / proline catabolic process / L-glutamate gamma-semialdehyde dehydrogenase / 1-pyrroline-5-carboxylate dehydrogenase activity / proline catabolic process to glutamate / Glyoxylate metabolism and glycine degradation / aldehyde dehydrogenase (NAD+) activity / electron transfer activity ...Proline catabolism / proline metabolic process / 4-hydroxyproline catabolic process / proline catabolic process / L-glutamate gamma-semialdehyde dehydrogenase / 1-pyrroline-5-carboxylate dehydrogenase activity / proline catabolic process to glutamate / Glyoxylate metabolism and glycine degradation / aldehyde dehydrogenase (NAD+) activity / electron transfer activity / mitochondrial matrix / mitochondrion / identical protein binding / cytosol
類似検索 - 分子機能
Delta-1-pyrroline-5-carboxylate dehydrogenase / Aldehyde dehydrogenase, glutamic acid active site / Aldehyde dehydrogenases glutamic acid active site. / Aldehyde dehydrogenase, cysteine active site / Aldehyde dehydrogenases cysteine active site. / Aldehyde dehydrogenase domain / Aldehyde dehydrogenase family / Aldehyde dehydrogenase, N-terminal / Aldehyde dehydrogenase, C-terminal / Aldehyde/histidinol dehydrogenase
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-9SZ / Delta-1-pyrroline-5-carboxylate dehydrogenase, mitochondrial
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.6 Å
データ登録者Porfetye, A.T. / Vetter, I.R.
資金援助 ドイツ, 1件
組織認可番号国
German Research Foundation (DFG)CRC1093 ドイツ
引用ジャーナル: Molecules / 年: 2024
タイトル: How Do Molecular Tweezers Bind to Proteins? Lessons from X-ray Crystallography.
著者: Porfetye, A.T. / Stege, P. / Rebollido-Rios, R. / Hoffmann, D. / Schrader, T. / Vetter, I.R.
履歴
登録2023年12月28日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02024年5月8日Provider: repository / タイプ: Initial release

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Delta-1-pyrroline-5-carboxylate dehydrogenase, mitochondrial
B: Delta-1-pyrroline-5-carboxylate dehydrogenase, mitochondrial
C: Delta-1-pyrroline-5-carboxylate dehydrogenase, mitochondrial
D: Delta-1-pyrroline-5-carboxylate dehydrogenase, mitochondrial
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)249,3285
ポリマ－248,6024
非ポリマー7271
水99155
1
A: Delta-1-pyrroline-5-carboxylate dehydrogenase, mitochondrial
B: Delta-1-pyrroline-5-carboxylate dehydrogenase, mitochondrial
ヘテロ分子


  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: equilibrium centrifugation, domain-swapped homodimer, see Srivastava D, Singh RK, Moxley MA, Henzl MT, Becker DF, Tanner JJ. The three-dimensional structural basis of type II hyperprolinemia. ...根拠: equilibrium centrifugation, domain-swapped homodimer, see Srivastava D, Singh RK, Moxley MA, Henzl MT, Becker DF, Tanner JJ. The three-dimensional structural basis of type II hyperprolinemia. J Mol Biol. 2012 Jul 13;420(3):176-89. doi: 10.1016/j.jmb.2012.04.010. Epub 2012 Apr 16. PMID: 22516612; PMCID: PMC3372638.
  • 125 kDa, 2 ポリマー
  • Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)
分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)125,0273
ポリマ－124,3012
非ポリマー7271
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area9270 Å2
ΔGint-30 kcal/mol
Surface area36720 Å2
手法PISA
2
C: Delta-1-pyrroline-5-carboxylate dehydrogenase, mitochondrial
D: Delta-1-pyrroline-5-carboxylate dehydrogenase, mitochondrial


  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: equilibrium centrifugation, domain-swapped homodimer, see Srivastava D, Singh RK, Moxley MA, Henzl MT, Becker DF, Tanner JJ. The three-dimensional structural basis of type II hyperprolinemia. ...根拠: equilibrium centrifugation, domain-swapped homodimer, see Srivastava D, Singh RK, Moxley MA, Henzl MT, Becker DF, Tanner JJ. The three-dimensional structural basis of type II hyperprolinemia. J Mol Biol. 2012 Jul 13;420(3):176-89. doi: 10.1016/j.jmb.2012.04.010. Epub 2012 Apr 16. PMID: 22516612; PMCID: PMC3372638.
  • 124 kDa, 2 ポリマー
  • Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)
分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)124,3012
ポリマ－124,3012
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area9200 Å2
ΔGint-24 kcal/mol
Surface area36690 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)148.752, 148.752, 189.957
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number170
Space group name H-MP65

-
要素

#1: タンパク質
Delta-1-pyrroline-5-carboxylate dehydrogenase, mitochondrial / P5C dehydrogenase / Aldehyde dehydrogenase family 4 member A1 / L-glutamate gamma-semialdehyde dehydrogenase


分子量: 62150.375 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: ALDH4A1, ALDH4, P5CDH / プラスミド: pET28 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
参照: UniProt: P30038, L-glutamate gamma-semialdehyde dehydrogenase
#2: 化合物 ChemComp-9SZ / (1R,5S,9S,16R,20R,24S,28S,35R)-3,22-Bis(dihydroxyphosphoryloxy)tridecacyclo[22.14.1.15,20.19,16.128,35.02,23.04,21.06,19.08,17.010,15.025,38.027,36.029,34]dotetraconta-2(23),3,6,8(17),10,12,14,18,21,25,27(36),29,31,33,37-pentadecaene


分子量: 726.646 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C42H32O8P2 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 55 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.44 Å3/Da / 溶媒含有率: 49.6 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法 / 詳細: 0.2M ammonium citrate, 20% PEG 3350

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X10SA / 波長: 0.97794 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2017年2月6日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97794 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.6→48.69 Å / Num. obs: 72820 / % possible obs: 99.5 % / 冗長度: 8.99 % / Biso Wilson estimate: 80.073 Å2 / CC1/2: 0.998 / Rmerge(I) obs: 0.131 / Rrim(I) all: 0.139 / Χ2: 0.923 / Net I/σ(I): 9.25 / Num. measured all: 654686
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. measured obsNum. possibleNum. unique obsCC1/2Rrim(I) all% possible all
2.6-2.678.3212.2490.9743869539152720.6032.39797.8
2.67-2.749.3971.5941.4449072526252220.7621.68699.2
2.74-2.829.5611.2641.8448742512350980.831.33599.5
2.82-2.99.4870.8472.6446797496449330.9140.89699.4
2.9-39.3680.6413.4845012483048050.9350.67899.5
3-3.119.1740.5174.2542823468846680.9530.54899.6
3.11-3.228.6280.3815.4438602448844740.9680.40699.7
3.22-3.359.0030.3076.9238685432142970.980.32599.4
3.35-3.59.4980.2429.1139140414641210.9870.25699.4
3.5-3.679.3480.19811.3437309400139910.9890.2199.8
3.67-3.879.1470.16712.7534357376137560.9910.17799.9
3.87-4.118.6660.13914.7731026359335800.9920.14899.6
4.11-4.397.9960.11716.2226753335233460.9930.12599.8
4.39-4.748.90.10618.928054315331520.9950.113100
4.74-5.28.7660.119.5525124286828660.9950.10699.9
5.2-5.818.6770.09719.4122735262126200.9950.103100
5.81-6.718.010.08919.4218503231323100.9950.09599.9
6.71-8.229.0620.07522.2817779196319620.9960.0899.9
8.22-11.628.4710.06223.2512799151215110.9970.06699.9
11.62-48.698.9770.04824.0975058498360.9980.05198.5

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0258精密化
XSCALEデータスケーリング
PDB_EXTRACT3.25データ抽出
XDSデータ削減
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.6→48.69 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.949 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.923 / SU B: 23.987 / SU ML: 0.45 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 1.447 / ESU R Free: 0.357 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : REFINED INDIVIDUALLY
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2774 2101 2.9 %RANDOM
Rwork0.2307 ---
obs0.232 70717 99.48 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso max: 167.1 Å2 / Biso mean: 86.127 Å2 / Biso min: 47.56 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-2.29 Å21.15 Å20 Å2
2--2.29 Å2-0 Å2
3----7.44 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.6→48.69 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数16829 0 52 55 16936
Biso mean--102.35 70.24 -
残基数----2176
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0020.01317322
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.01715957
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.2321.64623525
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.0991.57837084
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.74152172
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg33.46622.399838
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg17.649152811
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg16.2881592
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0460.22222
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0020.0219478
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.023670
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.3949.2798700
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other1.3949.2788699
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it2.40813.91810868
LS精密化 シェル解像度: 2.6→2.665 Å / Rfactor Rfree error: 0
Rfactor反射数%反射
Rfree0.417 152 -
Rwork0.413 5110 -
obs--97.75 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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