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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 8rk6 | |||||||||
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タイトル | Baseplate core of bacteriophage JBD30 computed in C3 symmetry | |||||||||
要素 |
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キーワード | VIRUS / Bacteriophage JBD30 / virion / baseplate core / baseplate upper protein / distal tail protein / baseplate hub protein | |||||||||
機能・相同性 | Bacteriophage phiJL001, Gp84 / Bacteriophage phiJL001, Gp84, C-terminal / Phage conserved hypothetical protein BR0599 / : / Bacteriophage phiJL001 Gp84 C-terminal domain-containing protein / Uncharacterized protein / Virion structural protein 機能・相同性情報 | |||||||||
生物種 | Pseudomonas phage JBD30 (ファージ) | |||||||||
手法 | 電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.6 Å | |||||||||
データ登録者 | Valentova, L. / Fuzik, T. / Plevka, P. | |||||||||
資金援助 | チェコ, European Union, 2件
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引用 | ジャーナル: Embo J. / 年: 2024 タイトル: Structure and replication of Pseudomonas aeruginosa phage JBD30 著者: Valentova, L. / Plevka, P. / Fuzik, T. / Novacek, J. / Pospisil, J. | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 8rk6.cif.gz | 275 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb8rk6.ent.gz | 表示 | PDB形式 | |
PDBx/mmJSON形式 | 8rk6.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 8rk6_validation.pdf.gz | 1.3 MB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 8rk6_full_validation.pdf.gz | 1.3 MB | 表示 | |
XML形式データ | 8rk6_validation.xml.gz | 64.5 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 8rk6_validation.cif.gz | 95 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/rk/8rk6 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/rk/8rk6 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | 19262MC 8rk3C 8rk4C 8rk5C 8rk7C 8rk8C 8rk9C 8rkaC 8rkbC 8rkcC 8rknC 8rkoC 8rkxC 8rqeC M: このデータのモデリングに利用したマップデータ C: 同じ文献を引用 (文献) |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索 |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 29979.053 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Pseudomonas phage JBD30 (ファージ) / 参照: UniProt: L7P7M8 |
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#2: タンパク質 | 分子量: 62163.148 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Pseudomonas phage JBD30 (ファージ) / 参照: UniProt: L7P802 |
#3: タンパク質 | 分子量: 79898.781 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Pseudomonas phage JBD30 (ファージ) / 参照: UniProt: L7P7X4 |
#4: 化合物 | ChemComp-FE / |
研究の焦点であるリガンドがあるか | Y |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: 電子顕微鏡法 |
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EM実験 | 試料の集合状態: PARTICLE / 3次元再構成法: 単粒子再構成法 |
-試料調製
構成要素 | 名称: Pseudomonas phage JBD30 / タイプ: VIRUS 詳細: Phage JBD30 was propagated in P. aeruginosa strain BAA-28 and purified using CsCl gradient. Entity ID: #1-#3 / 由来: NATURAL | ||||||||||||||||||||
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分子量 | 値: 0.516 MDa / 実験値: NO | ||||||||||||||||||||
由来(天然) | 生物種: Pseudomonas phage JBD30 (ファージ) | ||||||||||||||||||||
ウイルスについての詳細 | 中空か: NO / エンベロープを持つか: NO / 単離: STRAIN / タイプ: VIRION | ||||||||||||||||||||
天然宿主 | 生物種: Pseudomonas aeruginosa / 株: BAA-28 | ||||||||||||||||||||
ウイルス殻 | 名称: JBD30 capsid / 直径: 640 nm / 三角数 (T数): 7 | ||||||||||||||||||||
緩衝液 | pH: 8 / 詳細: 10 mM MgSO4, 10 mM NaCl, 50 mM Tris pH 8 | ||||||||||||||||||||
緩衝液成分 |
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試料 | 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES / 詳細: phage titer 10^11 PFU | ||||||||||||||||||||
試料支持 | 詳細: Gatan Solarus II / グリッドの材料: COPPER / グリッドのサイズ: 300 divisions/in. / グリッドのタイプ: Quantifoil R2/1 | ||||||||||||||||||||
急速凍結 | 装置: FEI VITROBOT MARK IV / 凍結剤: ETHANE / 湿度: 100 % / 凍結前の試料温度: 277.15 K 詳細: blotting force 0, blotting time 2 s, waiting time 15 s |
-電子顕微鏡撮影
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
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顕微鏡 | モデル: FEI TITAN KRIOS |
電子銃 | 電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM |
電子レンズ | モード: BRIGHT FIELD / 倍率(公称値): 105000 X / 最大 デフォーカス(公称値): 1600 nm / 最小 デフォーカス(公称値): 600 nm / Cs: 2.7 mm / C2レンズ絞り径: 50 µm / アライメント法: COMA FREE |
試料ホルダ | 凍結剤: NITROGEN 試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER |
撮影 | 平均露光時間: 2 sec. / 電子線照射量: 34 e/Å2 / フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) / 撮影したグリッド数: 1 / 実像数: 12356 |
電子光学装置 | エネルギーフィルター名称: GIF Bioquantum / エネルギーフィルタースリット幅: 10 eV |
画像スキャン | 横: 5760 / 縦: 4092 |
-解析
EMソフトウェア |
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CTF補正 | タイプ: PHASE FLIPPING ONLY | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
粒子像の選択 | 選択した粒子像数: 8376 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
対称性 | 点対称性: C3 (3回回転対称) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
3次元再構成 | 解像度: 3.6 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 1780 / アルゴリズム: FOURIER SPACE / クラス平均像の数: 1 / 対称性のタイプ: POINT | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子モデル構築 | プロトコル: AB INITIO MODEL / 空間: REAL | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
拘束条件 |
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